mõlemas otsas IS elementi. Tekivad, kui kaks IS elementi lülituvad lähestikku kromosoomi ja muudavad nende vahele jääva DNA lõigu mobiilseks. kodeerivad lisaks transpositsiooniks vajalike ensüümide ka ensüüme, mis seotud antibiootikumi või raskemetalli resistentsusega. Tn elemendid jaotatakse: IS otsad võivad olla samasuunalised (Tn9) või erineva suunaga (Tn5). transpositsiooni kohtades esinevad elemendi otstes DirectRepeats järjestused. Tn transposooni sisselülitumine põhjustab kromosoomis geenide inaktivatsiooni (mutatsioonid IR järjestuses aktiveerivad geeni). Tn3 tüüpi transposoonid ehk replikatiivsed transposoonid erinevad Tn transposoonidest, sest ei sisalda otstes IS elemente, sisaldavad otstes ~40 np pöördkordusjärjestusi. replikatiivsed transposoonid esinevad ainult prokarüootidel! on suuremad kui IS - elemendid . sisaldavad geene, mis pole otseselt vajalikud transpositsiooniks
determineerivad geenid asuvad transposoomides ja iga R faktor sisaldab alati IS elemente ja transposoome. 22. Kuidas saab kasutada plasmiidide analüüsi epidemioloogias? Plasmiidse profiili määramine erinevatelt inimestelt isoleeritud bakterites hospitaalinfektsiooni korral on tihti kergem, kiirem ja kindlasti täpsem kui traditsioonilised meetodid mikroobide leviku kindlaks tegemisel haiglas. R plasmiidides ’’kuhjuvad’’ ravimresistentsuse geenid. 23. Transposooni ehitus: Transposoon võib ’’hüpata’’ ühelt plasmiidilt teisele või ka plasmiidilt bakteri kromosoomi. Transposooni puhul võivad IS elementide vahel paikneda ravimiresistentsuse geenid. Transposooni tekkeks peab kahe IS elemendi vahele paigutuma struktuurgeen. 24. Millise plasmiidi olemasolu on vajalik konjugatsiooniks? F plasmiidi (fertility) olemasolu: kodeerib F pilide sünteesiks vajalikke geene ning faktoreid, mis võimaldavad ülekantava DNA seondumist genoomi
Vaikse vooluga vees moodustuvad seene- või kuhjakujulised biofilmid (Joonised B, C). A B C 6 Biofilmi moodustumiseks vajalikud geenid Biofilmi moodustumise eest vastutavad geenid tehti kindlaks, kasutades juhuslikku transposooni mutageneesi ja knock-out mutante. Katsetes võrreldi mutantset tüve metsiktüüpi bakteriga. Biofilmi moodustumiseks vajalike geenide alla kuuluvad pinna adhesioonivalkude, pilide ja flagelliinide ning ekstratsellulaarse polümeerse maatriksi komponentide ekspressiooni reguleerivad geenid. Jõuti järeldusele, et kui mingist spetsiifilisest geenist tehi knock-out mutant, sel juhul biofilmi moodustumist ei hoitud täielikult ära, vaid biofilmi moodustamine ainult vähenes.
geenidest unikaalse järjestusega, eukarüoodil 60% kogu geenivälisest DNA st ja 25-50% geenidest Nt: lüsosüümi geen, mis avaldub pisaranäärmes cc. Kordusjärjestused mingi nukleotiidne motiiv esineb genoomis kuni miljonite koopiatena > 105 (eukarüoodil 40% kogu geenivälisest DNAst). ccc. Lokalisatsiooni alusel klastrite- ja tandemitena või laiali üle genoomi cccc. Korduste arvu alusel- mõõdukalt ja kõrgelt korduvad 16. Transposooni mõiste? Transposoonide jaotus inimesel? Transposoon (mobiilne DNA element), mis kannab mingit geneetilist markerit, näiteks resistentsust antibiootikumile. DNA-transposoonid transponeeruvad uude kohta kohe DNA järjestustena. Enamasti prokarüootidel. Inimese DNAst ~3%. 17. Kirjelda SINE ehitust, paiknemist inimese genoomis ja olulisust? SINE (Short Interspersed Nuclear Element) · SINE pikkus 150-300 np · valku ei kodeeri
mis avaldusid tõlvikute terade punase värvuse kadumises. Osa selliseid mutatsiooone olid kiiresti kaduvad, st terad muutusid jälle punasteks. Punase värvi kadumist põhjustab transposon Ac-Ds. Transposoonid sisaldavad 1-2 geeni (bakteritel tavaliselt mingi antibiootikumiresistentsuse geen, eukarüootidel introneid sisaldavad geenid). Transposonid sisaldavad ka transposaasi geeni. Transposaas lõikab elemendi välja ja seob transposooni uude sihtkohta DNA-s, st transpositsioon toimub cut-paste meetodil. (heterodupleks ei moodustu, pole vajalik transposooni tiibade ja insertsioonikoha nukleotiidse järjestuse homoloogsus) Samuti on võimalik elemendi kopeerimine ja uude kohta lülitamine (copy-paste meetod) Umbes pool spontaansetest mutatsioonidest Drosophila'l on põhjustatud mobiilsete elementide sisenemisest, millest suurem osa on retrotransposoonid aga mõned ka transposoonid
Otse ja pöördmutatsioonid (reversioonid) 3. Mutatsioonide tüübid. DNA nukleotiidipaari piirides saab toimuda 12 N-aluste vahetust: 4 transitsiooni ja 8 transversiooni. Transitsioonide puhul asendub puriin teise puriiniga või pürimidiin teise pürimidiiniga: indutseeritud mutatsioonide tekkemehhanism lülitumisel geeni piiridesse muudetakse geen inaktiivseks indutseeritud mutatsioonil moodustub tavaliselt lühenenud mittefunktsionaalne valk, sest transposooni koosseisus on transkriptsiooni ja translatsiooni termineerivad järjestused Transversioonide puhul asendub puriin pürimidiiniga ja vastupidi, pürimidiin puriiniga. Progeria (enneaegne vananemine) 1:8 000 000, LMNA geeni mutatsioon, karvkate puudub Lesch-Nyhan`i sündroom kusihappe üleproduktsioon, poisid, ettearvamatu liikumine Uner Tan sündroom (tagurpidi evolutsioon), türgi perekond, Mutatsioon, kõndimine neljal jäsemel Albiino 4. Sugupuud. 1. Sugupuu koostamine · Proband e
· Transversioon A -G või C Transposoonid - DNA fragmendid, mis võivad muuta enda asukohta kromosoomis. Mõned kopeerivad end juurde, ja nende arv suureneb genoomis. Vastutavad suurte kromosomaalsete ümberpaigutuste eest ja samuti ühe-geeni mutatsiooniliste efektide eest. Avastati maisis ( Barbara McClintok) kirju maisitõlvik. Transposoonid põhjustavad mitteaktiivseid või ebastabiilseid alleele. Naturaalselt esinevad transposoonid põhjustavad geneetilist variatsiooni. Transposooni vaigistamine: Maisis rohkelt aktiivseid transposoone. Kui luua mutandid, mis takistavad epigeneetilist protsessi, siis transposoonid ,,ärkavad". Epigeneetilised sildid tekkisid, et võõrast DNA-d (viirused) vaigistada. Transposoonide epigeneetiline vaigistamine on oluline et hoida genoomi terviklikkust! Transposoonide vaigistamise haldamine on aktiivne protsess, milleks on vaja siRNA tootmist ja epigeneetikat. Small interfering RNA-s e
transversioon (ingl. Transversion)- Mutatsioon, mis on põhjustatud DNA- või RNA-molekulis puriini asendumisel pürimidiiniga või vice versa (pürimidiin puriiniga). 11. Raaminihkemutatsioonid raaminihkemutatsioon (ingl. Frameshift mutation)- Mutatsioon, mis muudab mRNA lugemisraami nukleotiidide lisandumise või väljalangemise tõttu. 12. Transposoonmutagenees transposoonmutagenees (ingl. Transposon mutagenesis)- Mutatsioonide tekitamine transposooni sisenemisel geeni. 13. Punktmutatsioonilised haigused inimesel Tsüstiline fibroos, müotooniline lihasdüstroofia, soolevähk, sirprakuline aneemia, β-talasseemia, McArdle’i haigus, fragiilse X-i sündroom, Huntingtoni, Kennedy tõbi, tserebellaarne ataksia, Friedrichi ataksia 14. Malaaria 15. Indeksisik. Tunnuste pärandumine järglasetele proband (ingl. Proband)- Indiviid (indeksisik) perekonnas (suguvõsas), kellel selgitati esimesena päriliku tunnuse olemasolu. 16
transposoonid Transposaas ja insertsioonidega resistentsuse marker. 2. bakteri „lõika-kleebi“ sama eelmisega. Nt. ABenne kui uude kohta Tn5; Tn10; Tn7; transposoonid resistentsus, transpoaas läheb, lõigatakse vanast IS91 vajalik transposooni välja liikumiseks 3. eukarüoodi transposoonid pöördkordused raamis-„lõika-kleebi“ P element; tavad intronitega geene mAT perekond 88 Transposoonid: - laialt levinud, kordusjärjestused on küllalt pikad. Esinevad otsimised kordused otsas. Viiruse saransed retroposoonid on transposoonid, mis käivad üle RNA – sisaldavad
transposaas), levivad vahendaja RNA kaudu rakkude jagunemisel Mitteretroviiruselised retrotransposoonid-kasutavad pöördtranskriptaasi ja endonukleasi, levivad vahendaja RNA kaudu. L1 element kromosoomis,tehakse RNA, endonukleaas seondub polyA sabaga. PolyA seondub sihtmärk DNA ja RNA pealt sünteesitakse uus DNA lõik, mis seotakse sihtmärk DNA ga DNA-ainult transposoonide ja retrotransposoonide põhimõtteline erinevus. Transposaaside olemus ja funktsioon. Transposaasid katalüüsivad transposooni lisamist sihtmärk DNA-sse Konservatiivse saitspetsiifilise rekombinatsiooni erinevus transposoonidest. Nõuab erinevalt transposoonidest spetsiifilist DNA järjestust nii doonor kui ka retsipent DNA osas ning ta ei jäta auke DNA ahelasse RNA ja transkriptsioon. RNA keemiline struktuur- riboos, fosfaatrühm, lämmastikalused (G,C,A,U) DNA matriitsi alusel toimuv RNA süntees e. DNA transkriptsioon. Üheahelalise RNA süntees, mis on komplemntaarne ühega kahest DNA ahelast ja kasutab
transposoonid. Kannavad geene, mis flankeeruvad IS elementide mõlemas otsas (antibiootikumi resistentsus). IS elemendid varustavad transposaasiga ja ITR äratundmise signaali. Mittekomposiitsed kannavad samuti geene, aga ei termineeri IS elemendiga. Lõpevad sarnaste kordusjärjestustega. Transponeerumine on sarnane IS elementidele; kohapeal toimub duplikatsioon. Kointegreerumine transposooni üleminekul ühest genoomi osast (plasmiidist kromosoomi) intereerub see duplikatsiooniga mõlemas. Võib siis olla replikeeruv (duplikatsioon) või mitte (kaob originaalsaidist). Sama tüüpi mutatsioonid mis IS korral. Ristsiire esineb kui doonor DNA koos tarnsposoniga sulandub retsipiendi DNAga. 3. Bakterifaagid mutaatorjärjestus (Mu): Infitseerimisel Mu integreerub mittereplikeeruval transponeerumisel ja replitseerub koos E. coli paljunemisega.
on laialt levinud. Valik nende vastu on nõrk või olematu. Hiirtel võib vastus olla käitumuslik t/+ emased eelistavad +/+ isaseid mitte t/+. t on segav alleel. Kui kahjulik transposoon paljuneb aseksuaalses kloonis siis vähendab ta kuhjudes selle genoomi kohasuse lõpuks nullini. Palju edukama paljunemisstrateegia pakub suguline paljunemine, kus rekombinatsioon võimaldab geenil liikuda lateraalselt. Üldiselt on transpositsioonisagedus väga madal ja seda tagavad nii transposooni enese kui ka peremehe kodeeritud negatiivsed regulaatorid. Neurosporal on näiteks RNA inteferents. Tavaliselt esineb taimepopulatsioonis mitu erinevat steriilsuse tsütotüüpi (mtDNA variandid) ja tuumageenide vastused neile. 8. Miks tekivad kohastumused tänu väikese mõjuga mutatsioonidele? Fisheri argument. Adaptatsioonid tekivad tänu väikese mõjuga mutatsioonidele, sest kui populatsiooni keskmine
subühiku N-terminusega ning paindliku hingeregiooni abil seondub -subühiku C- terminus ülesvoolu asuva DNA regulaatoralaga. Klass II promootorite puhul soodustatakse avatud kompleksi teket. DNA piirkonnad, kuhu seonduvad regulaatorid, võivad asuda hoopiski väga kummalises kohas. Üldjuhul seonduvad repressorid otse promootorile, kuid mõnikord võib asuda promootori vahealas ka aktivaatori seondumiskoht. Näiteks transposooni Tn501 elavhõbeda resistentsusoperoni mer aktiveerimiseks on regulaatori MerR seondumine operoni promootori vahealasse, mis jääb -35 ja -10 elemendi vahele. Selle promootori vaheala on tavatult pikk 19 20 nukleotiidi ning transkript-siooni initsiatsiooniks on vajalik vaheala väändumine regulaatorvalgu abil. Sellisel juhul -35 ja -10 elemendi vaheala lüheneb ning elemendid positsioneeruvad täpselt RNAP seondumisjärjestustele vajalikule kaugusele
annaabi.ee 
