Liigne puhtus on hukutav. Baktereid on ka paljudes jogurtites. Kui normaalne mikrofloora puudub, siis tekivad haigused, sest osad bakterid on patogeensed (eritavad ümbritsevasse keskkonda bakteritoksiine, põhjustavad haigusi). Kõige tõhusam bioloogiline mürk on biotoksiin 1gramm tapaks 225 miljonit inimest. Bakteriaalsete haiguste raviks kasutatakse antibiootikume, osade bakterihaiguste (toksiinide) vastu vaktsineeritakse, aga bakterit ennast antikeha kahjutuks ei tee. Toksiinib on valgulise ehitusega. On baktereid, mis muutuvad toksiliseks lagunema hakates. Bakterite tekitatavaid haigus: salmonelloos (toiduainetega), düsenteeria (toiduainete ja pesemata käte vahendusel), botulism, teetanus ehk kangestuskramptõbi, kopsupõletik, puukborrelioos, difteeria, tuberkuloos (hingamisteede kaudu), gonorröa (sugulisel teel).