I kaitsekategooria liikide puhul on keelatud täpse kasvukoha või elupaiga kohta käiva teabe avalikustamine massiteabevahendites. I kategooria liigid võtab kaitse alla Vabariigi Valitsus määrusega I kategooria seeneliigid poropoorik Amylocystis lapponica lõhe-lehtervahelik Leucopaxillus salmonifolius roosakas tammenääts Pachykytospora tuberculosa I kategooria seeneliigid leht-kobartorik - Grifola frondosa taigapässik - Inonotopsis subiculosa lilla põdramokk - Sarcodon fuligineoviolaceus I kategooria seeneliigid krookustorik - Hapalopilus croceus Võrkheinik - Rhodotus palmatus limatünnik - Sarcosoma globosum II kategooria seeneliigid II kategooriasse kuuluvad väga piiratud alal või vähestes elupaikades esinevad liigid, kelle arvukus langeb ning levila aheneb. II kategooria liigid võtab kaitse alla Vabariigi Valitsus määrusega II kategooria seeneliigid lepa-kärbseseen
limatünnik Sarcosoma globosum luiteliudik Peziza ammophil III kategooria: hall hundiseenik Boletopsis grisea II kategooriast tõsteti esimesse: taiga-peenpoorik Skeletocutis odora leht-kobartorik Grifola frondosa kuld-soverbiell Sowerbyella imperialis krookustorik Hapalopilus croceus hiidheinik Tricholoma colossus taigapässik Inonotopsis subiculosa Leht-kobartorik Roosakas tammenääts Lilla põdramoka