Hubridisatsioon ja heteroploidsus kui bioloogilise mitmekesisuse allikad huufe moodustavatel seentel
fülogeneetilise analüüsi abil keerulisemaks, vähendades toetust ristuvate
liikide klaadidele, annab just fülogeneetiline liigikontseptsioon kõige
kindlama evolutsioonilise baasi seente süstemaatikale. Liikidevahelised
hübriidid on identifitseeritavad teatud markerite abil. Epichloë/
Neotyphoideum liikide puhul on kasutatud hübriidsete tüvede
tuvastamiseks markerina ß-tubuliini geeni (tub2) (Schardl & Craven,
2003). Kim et al. (2001) kasutasid geenidevahelise speisserregiooni
(intergenic spacer, IGS) RFLP mustreid perekonna Armillaria
liigisisese ja liikidevahelise hübridiseerumise tuvastamiseks.
Fülogeneetilistest uuringutest nähtub, et iga heteroploid omab mingit
osa või kogu geneetilist materjali, mis on pärit kahelt või enamalt
eellaselt (Moon et al. 2000, 2002; Craven et al. 2001a).
Seda, mis juhtub hübriidse genoomi suurusega sügootses meioosis,
näitab ühe viljakeha eosproovi (sisuliselt F1) DNA-sisalduse analüüs.