halvas seisus elupaikadega, suures hävimisohus olevad liigid, kelle edasine säilimine Eesti looduses ohutegurite toime jätkumisel on kaheldav. I kaitsekategooria liikide puhul on keelatud täpse kasvukoha või elupaiga kohta käiva teabe avalikustamine massiteabevahendites. I kategooria liigid võtab kaitse alla Vabariigi Valitsus määrusega I kategooria seeneliigid poropoorik Amylocystis lapponica lõhe-lehtervahelik Leucopaxillus salmonifolius roosakas tammenääts Pachykytospora tuberculosa I kategooria seeneliigid leht-kobartorik - Grifola frondosa taigapässik - Inonotopsis subiculosa lilla põdramokk - Sarcodon fuligineoviolaceus I kategooria seeneliigid krookustorik - Hapalopilus croceus Võrkheinik - Rhodotus palmatus limatünnik - Sarcosoma globosum II kategooria seeneliigid II kategooriasse kuuluvad väga piiratud alal või vähestes elupaikades esinevad
ka vähe märgatavad. Eestis on kaitse all 46 seeneliiki: I kategoorias 9, II kategoorias 27 ja III kategoorias 10. 2004. aasta looduskaitseseaduse alusel on võetud kaitse alla 17 varem kaitseta liiki: I kategooria: II kategooria: poropoorik Amylocystis lapponica lepa-kärbseseen Amanita friabilis lõhe-lehtervahelik Leucopaxillus soo-maamuna Bovista paludosa salmonifolius lilla kukeseen Cantharellus melanoxeros roosakas tammenääts Pachykytospora tuberculosa Bloxami punalehik Entoloma bloxamii võrkheinik Rhodotus palmatus purpur-maakeel Geoglossum atropurpureum lilla põdramokk Sarcodon fuligineoviolaceus värviline lehtervahelik Leucopaxillus compactus