Intragenomic Profiling Using Multicopy Genes: The rDNA Internal Transcribed Spacer Sequences of the Freshwater Sponge Ephydatia fluviatilis Liisi Karlep, To~nu Reintamm, Merike Kelve* Department of Gene Technology, Tallinn University of Technology, Tallinn, Estonia Abstract Multicopy genes, like ribosomal RNA genes (rDNA), are widely used to describe and distinguish individuals. Despite concerted evolution that homogenizes a large number of rDNA gene copies, the presence of different gene variants within a genome has been reported. Characterization of an organism by defining every single variant of tens to thousands of rDNA repeat units present in a eukaryotic genome would be quite unreasonable. Here we provide an alternative approach for the characterization of a set of internal transcribed spacer sequences found within every rDNA repeat unit by implementing direct sequencing methodology
FISH metoodikast on palju abi raskesti kultiveeritavate mikroobide analüüsil (Yersini pestis, Bartonella spp.) Samuti saab korraga detekteerida erinevaid organisme, kui kasutada erinevalt fluorestseeruvaid proove (erinev emissiooni lainepikkus) Protsess võtab aega 1-2 tundi, koos proovi fikseerimise, alusklaasile kandmise, rakkude permeabiliseerimise (kestad läbilaskvaks), proovi hübridiseerimise ja analüüsiga fluorestsents mikroskoobis (või FACS) 24. Patogeenide testimine 16S rDNA abil Kasutatakse universaalseid märklaudu: Ribosomaalse rRNA geenid 16S rDNA või 23S rDNA DNA mikrokiip kujutab endast väikest 2-mõõtmelist DNA fragmentide kõrgtihedat maatriksit, mis on kindlas järjekorras sünteesitud või trükitud klaas või silikoon kiibile. DNA fragmentide hübridiseerumine fluorestseeruva prooviga detekteeritakse spetsiaalse aparatuuriga.
funktsioone (raku kasvu pidurdamine, vananemine, plasmiidis kodeeritud mürkide abil konkurentide surmamine). Neid geene antakse edasi tsütoplasmaga seenehüüfide kokkukasvamisel (heteroplasmas). On kirjeldatud HGT bakterilt seenele, seenelt seenele (eri liikide või sama liigi eri isendite mtGenoomide vahel, seeneperekondade või ühe perekonna liikide tuumagenoomide vahel) ja seenelt taimele (sümbiontse või parasiitsete seene mtGenoomist taime mtGenoomi). HGT on leitud rDNA I grupi intronite osas ja mitmete valke kodeerivate järjestuste osas. Nii pärmidel kui hüüfe moodustavatel seentel on leitud mitootiline geenisiire, mis on sisuliselt sama, mis bakterite konjugatsioonil toimuv HGT. Kui haploidne tuum siseneb teise hüüfi, võib ta liikuda mitootiliselt jagunedes, säilitades oma intaktsuse. Selliselt tekkivad dikarüootsete hüüfide tuumad võivad olla küllaltki erinevad (aneuploidsus, kromosoomi pikkuse polümorfism)
1331-1335. Schardl, C.L. & Craven, K.D. 2003. Interspecific hybridization in plant-associated fungi and oomycetes: a review. Molecular Ecology 12: 2861–2873.lishing Zolan, M.E. 1995. Chromosome-length polymorphism in fungi. Microbiological Reviews, 49: 686–698. Tamm, H. 2004. Seeneperekonna Peziza (Pezizales, Ascomycota) gruppide P. varia ja P. violacea ning lähedaste liikide fülogeneetiline analüüs rDNA ITS regiooni alusel. Bakalaureusetöö. Tartu Ülikool. Käsikiri. Tamm, H., Kullman, B. & Kullman, K. 2005. Fungal Genome Size Database. In: Programme and Book of Abstracts of XVI Symposium of Mycologists and Lychenologists of Baltic States. 44. Cesis, Latvia. Taylor, W., Jacobson, D.J. & Fisher, M.C. 1999. The evolution of asexual fungi: reproduction, speciation and classification Annual Revue of Phytopathology 37: 197–246. Taylor, J.W
Evolutsioon Elu areng maal Maa vanus u 4.5 milj a. Elu teke 43.5milj a tagasi. Vanimad organismid ainuraksed – tuumata arhed ja bakterid – eeltuumsed. Anaeroobsed heterotroofid. Arenes fotosüntees ja aeroobne hingamine. Esimesed hulkraksed (käsnad) ilmusid enne Kambriumi ajastu algust. Kambriumi plahvatus – tormiline hulkraksete loomade ehitustüüpide areng – kõigi tänapäeval tuntud hõimkondade varaseimad esindajad. Kujunes välja organismi ehitusplaani määravate regulatoorgeenide süsteem , mille mitmekesistumise võimalused käivitasidki vaadeldava ’plahvatuse’. Piiritleti ehitustüübid – nt ainuõõssed, ussid, limused, lülijalgsed, keelikloomad. Ajastu lõpul surid enamus lülijalgsetest. Ordoviitsiumi ajastul elustiku mitmekesisuse taastumine uute lülijalgsetega. Esimesed maismaal levivad vetikad ja taimed. Suur surm taaskord – kliimajahenemine. Siluri ajastul korallri...
Failis vetikate, samblate, samblike ,sõnajalgade, seente, käsnade, korallidega jne. Ikkagi kaks riiki, loomad ja taimed (nuub). --- 19.sajandil areng 1)mikroskoopia täiustumine 2) evolutsiooniteooria juurdumine. Loomuliku süsteemi ideaaliks sai organismide rühmitamine põlvnemissuguluse ehk fülogeneetiliste suhete järgi. Fülogenees evolutsiooniline päritolu. --- Ernst Haeckel protistid, Herbert Copeland bakterid, Robert Whittaker seened. Carl Woese'i uurimused rDNA võrdluse kohta -> hüpotees, et elu arengu algperioodil toimus lahknemine kolme harru ehk domeeni. Bakterid ja arhed säilitasid prokarüootse rakutüübi, kolmas arenes aga sümbiogeneesi kaudu eukarüootseks. Domeen ülemriik e impeerium. Kaks prokarüootset ja neli eukarüootset riiki. Aga protiste tahetakse veel rohkematekski riikideks jagada (paras tulevastele õpilaspõlvedele!!!!!!). Inimese põlvnemine Death is imminent
vahendavad TTAGGG korduste kinnitumist tuuma maatriksile. Telomeeri kromatiini struktuur mõjutab ka telomeeriga külgnevae geenide ekspressiooni, mistõttu telomeeri vahetus läheduses on geenid sageli represseeritud. Tuumakese organisaatori piirkond ehk NOR Tuumakese organisaatori piirkond on kromosoomiala, mis moodustab tuumakese. NOR-is paiknevad rRNA tandeemselt korratud geenid. Iga rDNA transkriptsiooniühik sisaldab rRNA geene kodeerivaid järjestusi ja mittetranskribeeritavat intergeenset speisserit. Inimese 5S RNA geenid, mis on 120 bp pikad ja mitusada korda tandeemelt korratud, paiknevad 1. kromosoomi pikal õlal ja ei ole seotud tuumakesega. 18S, 5.8S ja 28S rRNA geenid on 44 bp pikad ja paiknevad akrotsentriliste kromosoomide 13-15 ja 21-22 NOR-alades. DNA kordusjärjestused
1.Mis võiks varuaineteks olla? Polüsahhariidid, rasvad ja polühüdroksüvõihape on varuained, mida saab kasutada nii energia saamiseks kui ka endogeense süsiniku allikana. 2.Mille poolest erineb graampos ja neg viburite basaalkeha?? Graamneg kaks paari kettaid, graampos ainult sisemine. Lisaks sisemistele ketastele esinevad graamneg. bakteritel ka välimised kettad: P (periplasma) ja L (LPS) ketas. Need välimised kettad ilmselt ei pöörle, vaid stabiliseerivad telgvarrast. Viburi basaalkeha ehitus gramnegatiivsetel bakteritel. Sisemist ketast ümbritsevad rakumembraanis paiknevad Mot valgud, mis toimivad kettaid pöörlemapaneva mootorina (moodustavad ioonkanali) ja nendega on seotud Fli valgud, mis võimaldavad muuta viburi pöörlemise suunda. 3.Kuidas saab bakter liikumissuunda muuta? Mööda kõverjoont sujuvalt liikuda ei saa, bakteri liikumine käib piki sirgjoont, lii...
polmeraasi ahelreaktsioon (PCR), DNA kloneerimine ja sekveneerimine on teinud vimalikuks uute meetodite arengu, mis on suuresti muutnud meie arusaamist bakterikooslustest ja mikroobide mitmekesisustest looduses. Mitmekesisus: feneetiline ssteem, numbriline taksonoomia- bakterite liikideks rhmitamine phineb morfoloogilistel ja biokeemilistel tunnustel Molekulaarsetest markeritest kasutatakse mikroobide mitmekesisuse uurimisel kige rohkem ribosomaalse operoni geene (16S rDNA, 5S rDNA), samuti ribosomaalsete geenide vahelist intergeenset piirkonda, samuti kasutatakse DNA graasi B alahiku GyrB , .70 RNA polmeraasi faktori, elongatsioonifaktori geeni EF-Tu ja ATPaasi b alahiku jrjestusi. Molekulaarsetest markeritest saadud informatsiooni phjal jaotatakse elusorganismid kolme domeeni: eubakterid, arhed ja euakroodid. Bakterite flogeneetiline puu koosneb vhemalt 18 alamjaotusest ehk himkonnast (uues Bergey mrajas on 23 himkonda), arhede puu kolmest himkonnast.
even in absence of insecticide ; in absence of J, mortality, high / c. 87% ; ref to comparative figures ; e.g. 87 to 48% / almost halved, in presence of insecticide 16 to 7% / more than halved, in absence of insecticide slight expression of E in absence of J caused by insecticide ; 4 max [4] 123. (a) rDNA = DNA from two sources ; both DNAs cut with, restriction enzyme / named restriction enzyme ; giving sticky ends ; or giving blunt ends to which sticky ends added ; complementary binding of sticky ends ; H bonds / e.g. A to T / e.g. C to G ; nicks in (sugar-phosphate) backbone sealed by ligase ; 3 max (b) percentage / proportion, of, muscle fibres with central nuclei / dying muscle
Mida tähendab fingerprintimine. See on mikrosatelliitse kordus DNA määramine. Mikrosatelliidid on kiiresti muteeruvad mittekodeerivad DNA lõigud, mis koosnevad tandeemselt korduvatest nukleiididest. Kuna nad muteeruvad suhteliselt kiiresti, siis populatsioonid erinevad korduste arvu poolest. Esmalt koguti üle Aafrika eri elevantide fecest, eraldati sealt DNA ja määrati referents proovid. Seejärel eraldati spetsiaalse meetodiga salakaubana konfiskeeritud elevandiluust DNA ja võrreldi mikrosatellitide korduseid referntsiga. Genotüüp = organismi geenide (alleelide) kogum Fenotüüp = organismi tunnuste kogum Monohübriidne = kahe erineva homosügoodi ristamine (erinevad tunnused) Vastastikune ristamine (retsiprookne) = tunnused vahetatakse ristamiseks erinevatel sugupooltel (kui tulemus ei muutu, siis tunnus ei ole seotud sooga) Dihübriidne ristamine = ristatakse kahe tunnuse suhtes erinevaid homosügoote F1 x F1 ristamine: Mendel avastas, et t...
Usk Et inimkond on elanud kaugelt suurema aja oma eksistentsist väga aeglaselt muutuvas maailmas, on loomislegendid (suured religioonid) valdavalt lähtunud loodu täiuslikkusest - Jumal on kõikvõimas ja täiuslik - seega peab olema ka loodu täiuslik. Ja kuigi antiikkreeka mõte oli palju rikkam, kui niisugune must-valge stsenaarium, läks keskaega ja kristlusesse üle siiski eelkõige Platoni Absoluutse Idee kontseptsioon. Sellest tulenevalt: idee ebatäiuslikust loodusest, mis on pidavas muutuses ja kohanemises muutuva ümbruskonnaga ei saanudki olla elujõuline. Täiuslikkuse ja muutumatuse samastamine ei ole ju tegelikult sugugi imperatiivne: täiuslikkust võib samahästi interpreteerida võimena muutuda. Kuid on ilmne, et ideed muutuvast loodusest hakkasid elujõudu koguma alles 18 sajandi teisel poolel. Dogmaatiline kirik ja tähttähelt võetav Vana Testament on valdavalt võõras ka tänapäeva (katoliku) kirikule. Paavst astus siin hiljaaegu paar ot...
sarnaselt reguleeritavatel geenide homoloogsed DNA regulaatorjärjestused, mis on samade või sarnaste transkriptsioonifaktorite seondumiskohtadeks. Eukarüootides on kolm erinevat RNA polümeraasi, millest igaühel on oma kindlad märklaudgeenid - eukarüootide 3 erinevat RNA polümeraasi: RNAP I – vastutab ribosomaalsete RNA geenioperonide transkriptsiooni eest (18S- 5, 8S-28S rRNA), transkribeerib ühte geeni, mida on paljusid koopiaid (rRNA). rDNA – geenid, mis kodeerivad ribosoomi RNA-d. Ühte operoni organiseeritud – erand eukarüootides, tavaliselt seda neil ei esine. RNAP II – sünteesib valke kodeerivaid mRNA molekule – transkribeerib enamikke geene, olulisim (!) RNAP III – transkribeerib 5S rRNA, tRNA ja mitmeid U-RNA molekule, sno RNA (ja ka tuumas!) epigeneetilised fenomenid: 1. Prion 2. Chaperonid (Hsp 90) mutatsioonide varjestajatena 3. RNA interferents 4. DNA metüleerimine ja geenide päritav represseerimine
aureus Spain SDS-PAGE-sequencing of 16S-rRNA gene18 St. auricularis serbian Phenotypic10 St. capitis Serbia Phenotypic10 Croatia St. caprae Greece Phenotypic10 Bosnia-Herzegovina St. carnosus Slovakia Species specific PCR2,11 Spain 16S–23S rDNA intergenic region amplification— Croatia species specific PCR9 Italy Phenotypic10 St. cohnii Italy PCR-DGGE11 St. cohnii cohnii Greece Phenotypic24 St. cohnii urealyticum Greece Phenotypic10 St. epidermidis Spain 16S–23S rRNA intergenic region amplification-species
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
