säilimine Eesti looduses ohutegurite toime jätkumisel on kaheldav. I kaitsekategooria liikide puhul on keelatud täpse kasvukoha või elupaiga kohta käiva teabe avalikustamine massiteabevahendites. I kategooria liigid võtab kaitse alla Vabariigi Valitsus määrusega I kategooria seeneliigid poropoorik Amylocystis lapponica lõhe-lehtervahelik Leucopaxillus salmonifolius roosakas tammenääts Pachykytospora tuberculosa I kategooria seeneliigid leht-kobartorik - Grifola frondosa taigapässik - Inonotopsis subiculosa lilla põdramokk - Sarcodon fuligineoviolaceus I kategooria seeneliigid krookustorik - Hapalopilus croceus Võrkheinik - Rhodotus palmatus limatünnik - Sarcosoma globosum II kategooria seeneliigid II kategooriasse kuuluvad väga piiratud alal või vähestes elupaikades esinevad liigid, kelle arvukus langeb ning levila aheneb.
2004. aasta looduskaitseseaduse alusel on võetud kaitse alla 17 varem kaitseta liiki: I kategooria: II kategooria: poropoorik Amylocystis lapponica lepa-kärbseseen Amanita friabilis lõhe-lehtervahelik Leucopaxillus soo-maamuna Bovista paludosa salmonifolius lilla kukeseen Cantharellus melanoxeros roosakas tammenääts Pachykytospora tuberculosa Bloxami punalehik Entoloma bloxamii võrkheinik Rhodotus palmatus purpur-maakeel Geoglossum atropurpureum lilla põdramokk Sarcodon fuligineoviolaceus värviline lehtervahelik Leucopaxillus compactus limatünnik Sarcosoma globosum luiteliudik Peziza ammophil III kategooria: