seeneliikide või kõrge resistentsusega odra poolt mlo mutant alleelis. · AtSYP121 geeni puudumine tagajärjeks on viivitus lokaliseeritud rakuseina appositions tekkimisel kohandamata jahukastme attack sites , suggesting et AtSYP121 soodustab pathogen-triggered rakuseina tugevduste õigeaegset loomist. · Peale rolli mängimise seente levikus, on SNARE ka seotud postinvasiivsete kaitsekihtide regulatsiooniga. · Odra Qa + Qb-SNARE kodeerimisgeeni HvSNAP34 (AtSNAP33-e ortoloog) inaktiveerimine , näitas suurenenud seente sisenemismäära täielikult resistentses mlo genotüübis. · On pakutud, et Qa-SNARE fosforülatsioon võib olla säilinud esialgne vastus erinevat tüüpi taime kaitses. · In the present study we identified 35 SNARE genes from wheat genome using homology searches. It is expected that wheat, havinglarge genome size (16.94 Gb), might contain many more SNARE genes.
RIGRIVFRAAQKRSDIEIVAINDLLDADYMAYMLKYDSTHGRFDGTVEVKDGHLIVNGKKIRVTAERDPANLKWD EVGVDVVAEATGLNFDKYAGQDIVSNASCTTNCLAPLAKVINDNFGIIEGLMTTVHATTATQKTVDGPSHKDWRG GRGASQNIIPSSTGAAKAVGKVLPELNGKLTGMAFRVPTPNVSVVDFRVPTPNVSVVDFRVPTPNVSVVDLTVRL EKAATYEQIKAAVKAAAEGEMKGVLGYTEDDVVSTDFNGEVCTSVFDAKAGIALNDNFVKLVSWYDNETGYSN b. Milline on uuritav valk, millised ortoloogid ja paraloogid leiti erinevatel otsingutel? . ortoloog eri liikidest pärit järjestused, millel on üks ühine eellane 4 paraloog samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane Uuritav valk: Glyceraldehyde 3-phosphate E. Colide puhul esineb nii ortolooge kui paralooge. Näiteks paraloogid: >>UNIPROT:Q6WAN9_ECOLX Q6WAN9 Glyceraldehyde phosphate d (220 aa) initn: 1051 init1: 715 opt: 721 Z-score: 859.5 bits: 166.6 E(): 2.7e-39 Smith-Waterman score: 1058; 75.8% identity (75.8% similar) in 244 aa overlap (36-244:1-220)
seondumisega. Toxin-antitoxin systems and trans-translation. Koosnevad alati valgulisest toksiinist ja selle valgulise toksiini omadusi/võimeid neutraliseerivast antitoksiinist (valk või RNA). Toksiin on enamasti stabiilne, antitoksiin on ebastabiilne ning seda peab koguaeg juurde sünteesima. - 100S ribosoomid dimerisatsioon Translatsioonilised GTPaasid Mis on ortoloogid ja mis on paraloogid. Ortoloog - eri liikidest pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. Paraloog - samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. geenid mis on tekkinud geeniduplikatsiooni tulemusena sama liigi piires Kas EF-Tu/eEF1A/aEF1A on ortoloogid/paraloogid IF2/eIF5B/aIF5B on ortoloogid/paraloogid EF-G/eEF2/aEF2 on ortoloogid/paraloogid RF3/eRF3 on ortoloogid/paraloogid Järgmiste valkude funktsioon
I paardub nagu G. Toimub RNA editing – primaarstruktuuri tasemel tehakse valgustruktuuris muutusi. DNA järjestuse võrdlemine: võrreldakse neljast nukleotiidist koosnevaid järjestusi. Järjestuse homoloogia alusel jagatakse perekondadesse ja superperekondadesse. Geenid jagatakse järjestuse ja funktsiooni alusel: homoloogilised – sarnane järjestus ja funktsioon paralood – sarnane järjestus, erinev funktsioon nt pseudogeenid ortoloog – geenid kahest eri liigist, mis pärinevad ühest geenist nende liikide viimases ühises eellases. Geenide võrdlemisel on oluline leida lõigud, mis on suure homoloogiaga (mitte üldpilt). Eriti oluline valgu geenide võrdlemisel. Valkudes on järjestuse motiivid, perekondade piires konserveerunud järjestuse elemendid, mis koosnevad lühikestest lõikudest, aga need lõigud peavad olema kindlas järjestuses. Pööratud geneetika – järjestuse võrdlemise alusel on võimalik tundmatu
populatsioonil kõige efektiivsemalt peremeesorganismi rünnata. Kui bakter ekspresseeriks virulentsusgeene konstitutiivselt, siis bakterite madala arvukuse korral saaks peremeesorganismi immuunsüsteem vähestest bakteritest jagu. Ära hoidmaks immuunsüsteemi vastust, ekspresseeritakse virulentsusgeene ainult piisava bakteriarvukuse korral. Pseudomonas aeruginosa ekspresseerib kahte olulist AHL signaalmolekuli: LasR-I (LuxR-I süsteemi ortoloog) süsteemi abil 3-oxo-C 12- homoseriin laktooni ja RhlR-I süsteemi abil C4-homoseriin laktooni. Need signaalmolekulid on hierarhiliselt sünteesitud ning kontrollivad bakteri virulentsust ja biofilmi moodustumist. LasR-I süsteemi signaalmolekul on esmane ning reguleerib nii biofilmi moodustumist, virulentsust kui ka RhlR-I süsteemi tööd. Kiiresti kasvavates rakkudes sünteesib LasI 3-okso-C12-HSL (dodekanoüül-homoseriinlaktoon), mille tunneb ära LasR
annaabi.ee 
