2. Tsükli keemiline loogika. TCA tsükkel võib paista liig keerulisna atsetaadi oksüdeerimiseks, kuid normaalsed rajad C-C sidemete lõhustamiseks atsetaadi puhul ei tööta. Otstarbekam on kondenseerida atsetaat oksaalatsetaadiga ja viia läbi - lõhustamine TCA ühendab endas sellise lõhustamise ja oksüdeerimise CO2-ks, regenereerib oksaalatsetaadi ja akumuleerib kogu energia NADH ja ATP kujul. Reaktsiooinid. Reaktsioon 1: tsitraadi süntees oksaalatsetaadist ja atsetüül-CoA tsitraadi süntaasiga (atsetüül-CoA karbanioon atakeerib nukleofiilselt oksalaatatsetaadi -keto rühma karbonüülset süsinikku, millele järgneb tioestri hüdrolüüs ja CoA vabanemine). Reaktsioon 2: tsitraadi isomerisatsioon isotsitraadiks akonistaasiga. Reaktsioon 3: esimene oksüdatiivne dekarboksüleerimine isotsitraadi dehüdrogenaasiga. Reaktsioon 4: teistkordne oksüdatiivne
Glükoneogenees: püruvaat muundub glükoosiks. Kuid glükoneogenees ei ole glükolüüsi täielik pöördprotsess! Erinevad on glükolüüsis olevad pöördumatud reaktsioonid (3 reaktsiooni). Glükoneogeneesis on need asendatud. 1. Püruvaadi muundamine fosfoenoolpüruvaadiks. Toimub mitokondris. Esmalt tehakse püruvaadist oksaalatsetaat: Seejärel viiakse oksaalatsetaat malaadina mitokondrist välja ja konverteeritakse uuesti oksaalatsetaadiks. Oksaalatsetaadist saadakse tsütosoolis fosfoenoolpüruvaat. 2. Fruktoos-1,6-bisfosfaadi muundumine fruktoos-6- fosfaadiks Teine pöördumatu protsess, mis on asendatud võrreldes glükolüüsiga. Katalüüsiv bisfosfataas on allosteeriline ensüüm. 3. Vaba glükoosi süntees Enamikes kudedes vaba glükoosi ei sünteesita. Eelmises reaktsioonis tekkinud fruktoos-6P muutub glükoos-6P ning see kasutatakse glükogeeni sünteesiks