katkeb ningpoole, tekib seetõttu OH - ja OH moodustab süsinikuga sideme, ning tõrjub Cl-i - onCmolekulis vahele osalaengud. välja (on ründav osake). Keemilised omadused Eelnev reaktsioon võrrandina + - + - H3C Cl + KOH H3C OH + KCl elektro-nukleo- elekt-nukleo- fiil fiil rofiil fiil elektrofiil elektrofiil nukleofiil nukleofiil Rebane kui tugevam nukleofiil sai nõrgamalt nukleofiilit kätte elektrofiili Toimus asendusreaktsioon elektrofiil elektrofiil nukleofiil nukleofiil Keemilised omadused OH ründav osake (iooniline side) Cl lahkuv osake (kovalentne side)
Aastal 2012 oli vähemalt 30 erinevat DAA-d veel uuringute eri järgus.(6) Maksa siidamine Ravina võib käsitleda ka maksa siirdamist.(3) Kuigi viirus võib esineda taas ka siirdatud maksal. Transplantaadi infitseerumine viib 10-30% juhutdest maksatsirroosini 5 aasta jooksul.(9) DAA Interferooni (ja ribaviriini) vaba kombinatsioon on peamine suund viimastel aastatel. DAA-d klassifitseeritakse: RNA-st sõltuva RNA polümeraasi (RdRp) NS5B polümeraasi inhibiitorid (nukleo(t/s)iidsed ehk NI ja mittenukleosiidsed ehk NNI): sofosbuvir ja dasbuvir. Mittenukleotiidsed inhibiitorid seostuvad ensüümiga allosteeriliselt (väljaspool aktiivtsentrit) muutes nii polümeraasi konformatsiooni.(10) Nukleo(t/s)iidsed on aktiivtsentri blokeerijad ehk analoogsed substraadid polümeraasile.(5,6) NS5A fosfoproteiini inhibiitorid: ledipasvir, daclatasvir, elbasvir, ombitasvir ja velpatasvir.(5,6) NS3/4A proteaasi inhibiitorid: (telaprevir,
der Waals'i interaktsioonid) Teke ja lokalisatsioon - 4. Lihtvalgud ja konjugeeritud e. liitvalgud mõisted, liitvalkude prosteetilised rühmad. Lihtvalgud- Valgud, mis koosnevad ainult aminohapetest Liitvalgud- Valgud, mis sisaldavad lisaks aminohapetele mitte-aminohappelist osa. Liitvalkude prosteetilised rühmad- Kui mitte-aminohappeline osa on funktsionaalselt oluline, siis nimetatakse seda prosteetiliseks rühmaks. Sõltuvalt sellest jaotatakse valgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks. 5. Valkude bioloogiliste funktsioonide loetelu, näiteid vastava funktsiooniga valkudest. Katalüütiline- Ribonukleaas Regulatoorne- Insuliin Transport- Hemoglobiin Struktuurne- Kollageen, alfa-keratiin Reserv- Ovalbumiin, Kaseiin Kontraktsioon- Aktiin, Müosiin Kaitse- Immunoglobuliinid Adaptor e. Toes- AKAP-valgud Eksootilised funktsioonid- antifriisvalgud kalades 6. Valkude analüüsi meetodid
,)Harilikult valgu nstiaal-elektriliste on sünteesisaiti,rRNA-on potentsiaalide aromaatset,nt.,proflavii valgu sünteesi vahe,tasakaal(elektrolü n,malaariavastased saitiks,tRNA-on ütide lahuste kinoliintüüpi.Alküülivad adaptor,mis ühendab vahel)difusioonpotentsi ag.,Tugevad nukleiinhappe tripletset aal ja elektripotentsiaal elektrofiilid,reag.,nukleo koodi vastava liiguvad fiilidega,moodustades aminohapega)rRNA vastassuunas.Nernsti tugevaid kovalentseid kaudu toimivad paljud võrrand:E=RT/zF*lg*C sidemeid.Nad AB-d mõjutades 1/C2,kus E- reageerivad DNA-s translatsiooni,nt tasakaalupotentsiaal,R- paiknevas guaniiniga aminoglükosiidid(selekti gaasikonstant;T-
Ühe kromosoomi kromatiidid on mavahel ühendatud tsentromeeri abil. Ühtlasi jagab tsentromeer iga kromatiidi kaheks osaks. Neid osasid nimetatatkse kromosoomi õlgadeks. Ühe kromosoomi õlad ei pruugi olla alati ühepikkused sellest tuleneb ka eri kromosoomide erinev kuju. Raku jagunemisel lahknevad kõigi kromosoomide kromotiidid ja moodustunud tütarrakkudesse jäävad ühekromatiidilised kromosoomid. Mitoosile järgnevas interfaasis on nad taas lahtikeerunud kujul nukleo- soomsete fibrillidena. Alles järgmise rakujagunemise eel taastub kromosoomide kahekromatiidilisus. Meioos Raku jagunemine, mille käigus kromosoomide arv tütarrakkudes väheneb kaks korda, s.t tekivad haploidsed rakud (n). Sugurakud tekivad meioosi teel. Enne meioosi toimub DNA replikatsioon. Meioosis toimub 2 jagunemist. Interfaas: DNA replikatsioon Suureneb rakuorganellide arv Sünteesitakse makroergilisi ühendeid Tsentrioolide kahestumine I jagunemine: Profaas
suunas. Monomeerne valk – üks polüpeptiidahel. Multimeerne valk – mitu polüpeptiidahelat. Lihtvalk on ehitatud ainult aminohapetest. Liitvalgus esineb veel täiendav rühm, milleks võib olla sahhariidi, rasvataolise või mõne muu lihtsama aine molekul, millega omakorda võivad olla seotud metalliioonid. Kui mitte-AH osa on funktsionaalselt oluline, siis nim seda prosteetiliseks rühmaks. Sõltuvalt mitte-AH osast jaotatakse valgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks. Valkude arhidektuuris eristatakse nelja struktuuritasandit: - Primaarstruktuur – aminohappe järjestus polüpeptiidis – kovalentsed (peptiid-ja disulfiid-) sidemed - Sekundaarstruktuur – valgu lokaalsed struktuuriühikud – vesinik sidemed lähestikku asuvate AHjääkide vahel. Polüpeptiidahela mingi osa lokaalne konformatsioon, mis on stabiliseeritud vesiniksidemetega aminorühma
Viiruse järjestused, mille kaudu toimub integreerumine, on mõlema genoomi variandi puhul samad. Kuhu kuuluvad vetikate viirused? Vetikate viiruste genoomsete järjestuste analüüs näitab, et vetikate viirused moodustuvad evolutsiooniliselt ühtse grupi (st. pärinevad ühest ürg-eelasest). Samas pole nad kuigi lähedased sugulased – PBCV1, EhV-86 ja EsV-1 omavad ainult 14-t ühist geeni. Koos mimiviiruse, poksviiruste, iridoviiruste ja ASFV-ga moodustavad phycodnaviirused suurte nukleo-tsütoplasmaatiliste DNA viiruste (NCLDV) grupi. Kõikidel NCLDV esindajatel on 9 ühist geeni (st. 14-st phycodnaviiruste ühisest geenist on 9 ühised kõikidele NCLDV-dele); 33 geeni on leitud rohkem kui ühest viiruste sugukonnast. NCLDV-d on ürgset päritolu viiruste grupp; analüüsid näitavad, et nende eellased pärinevad ajast, millal toimus prokarüootide ja eukarüootide lahknemine (ca 2 miljardit aastat tagasi). Amööbi viirus – mimiviirus
Pärast transkriptsiooni DNA ahelad ühinevad ning DNA omandab endise biheeliksikujulise struktuuri. Seega toimub RNA transkriptsioonil informatsiooni ümberkirjutamine DNA-lt RNA-le. 10. Valgusüntees. S.o geneetilise informatsiooni realiseerumine fenotüübiks. Translatsioonil toimub valkude biosüntees, mille käigus geneetiline informatsioon «tõlgitakse» keemiliste reaktsioonide keelde. Esimeseks etapiks valgusünteesil on DNA-s sisalduva geneetilise informatsiooni (nukleo-tiidijärjestuse) transkriptsioon matriits-RNA-le. See toimub rakutuumas. Seejärel väljub mRNA rakutuumast ja viib endas sisalduva informatsiooni valgusünteesi paika ribosoo-midesse. Ribosoomid paiknevad tsütoplasmas ja koosnevad rRNA-st ja valgust. Tavaliselt moodustavad ribosoomid polüribosoome (polüsoome), kus ribosoome hoiab koos mRNA-molekul. Valgumolekuli «ehituskivid» aminohapped transporditakse polüsoomile tRNA molekulide abil
polüpeptiidahel; Multimeernevalk mitu polüpeptiidahelat 2. Lihtvalgud ja konjugeeritud e. liitvalgud mõisted, liitvalkude prosteetilised rühmad. Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest Liitvalgud sisaldavad lisaks mitteaminohappelist osa: kui see osa on funktsonaalselt oluline prosteetiline rühm (lihtne ehitus kofaktor, keeruline koensüüm). Liitvalgud jagatakse vastavalt mitteaminohappelisele osale: glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo-, ja flavoproteiinideks. 3. Valkude bioloogiliste funktsioonide loetelu, näiteid vastava funktsiooniga valkudest. 4. Sekundaarstruktuuri mõiste ja tüübid. -heeliks ja -leht ehk voldik (paralleelne ja antiparalleelne) põhilised parameetrid, stabiliseerivad sidemed. Teised - struktuurid. Valgu sekundaarstruktuur moodustub põhiahela amino- ja karbonüülrühma aatomite vahel tekkivate vesiniksidemete abil. Moodustuvad struktuurid: 1
Igal valgul on unikaalne aminohappe järjestus. See on kodeeritud vastava DNA lõigu järjestusega. 2. Lihtvalgud ja konjugeeritud e. liitvalgud mõisted, liitvalkude prosteetilised rühmad. Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest. Liitvalgud koosnevad lisaks mitteaminohappelisest osast: kui see osa on funktsionaalselt oluline (lihtne ehitus kofaktor, keeruline koensüüm). Jagatakse vastavalt mitteaminohappelisele osale glüko-, lipo-, nukleo-, hemoproteiinideks. 3. Valkude bioloogiliste funktsioonide loetelu, näiteid vastava funktsiooniga valkudest. Funktsioon Näide Katalüütiline Ribonukleaas Transport Hemoglobiin Struktuurne Kollageen Kaitse Immunoglobuliinid Eksootilised funktsioonid Antifriisvalgud kalades 4. Sekundaarstruktuuri mõiste ja tüübid
Rakutuum Rakutuum esineb ainult eukarüootsetes rakkudes. Üks suurematest organellidest (5-25 µm). Ümbritsetud kahekordse membraaniga nn tuumaümbrisega. Välimine membraan on sageli seotud ER membraaniga ja kahe membraani vaheline ruum on ER luumeni jätkuks. Tuumamembraanid koosnevad lipiidsest kaksikkihist, milles esinevad teatud tüüpi valgud. Tuumas on eristatav tuumakese piirkond. Tuuma sisemist osa, mis ei ole tuumake, nimetatakse nukleo- e. karüoplasmaks. Tuuma struktuur ja koostis on määratud tuuma funktsioonidega. Tuumas paikneb DNA ja toimub DNA replikatsioon. Tuumas paikneval DNA-l sünteesitakse mRNA, tRNA, rRNA, samuti toimub tuumas ribosoomide subühikute teke. mRNA, tRNA ja ribosoomide subühikud peavad liikuma tuumast tsütoplasmasse. Tsütoplasmast tuuma peavad liikuma tsütoplasmas sünteesitud valgud (histoonid, regulaatorvalgud, DNA ja RNA polümeraasid jt) Seega läbi tuuma membraani peavad
Aminohapete klassifitseerimine · proteogeensed (esinevad valkude koostises) apolaarsed, polaarsed, happelised, aluselised · aproteogeensed ei esine valkude koostises Peptiidside aminohapetes esineb trans-konfiguratsioonis, iseloomult 40% kaksikside, lühem kui tüüpiline üksikside ja pkem kui tüüpiline kaksikside, põhiskelett kergelt laetud, tänu osalisele kaksiksideme peptiidsideme 6 aatomit on planaarselt Liitvalkude prosteetilised rühmad glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinid Valkude bioloogilised funktsioonid · katalüütiline ribonukleaas · regulatoorne insuliin · transport hemoglobiin · struktuurne kollageen, keratiin · reserv ovalbumiin, müosiin · kontraktsioon müosiin, aktiin · kaitse immunoglobuliinid -heeliks pöörde kohta 3,6 jääki, ühe jääki tõus 1,5 Å, heeliksin suur dipoolmoment, stabiliseeritud lähestikku asuvate
positiivne; karbonüülrühma O osaliselt negatiivne. · Lihtvalgud valgud, mis koosnevad ainult aminohapetest · Liitvalgud valgud, mis sisaldavad lisaks aminohapetele mitte- aminohappelist osa - Kui mitte-aminohappeline osa on funktsionaalselt oluline, siis nimetatakse seda prosteetiliseks rühmaks - Sõltuvalt mitte-aminohappelisest osast jaotatakse liitvalgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks · Ensüümvalkudes nimetatakse struktuurilt lihtsaid prosteetilisi rühmi kofaktoriteks, keerulisi koensüümideks katalüütiline (ensüümid) ribonukleaas, heksokinaas jpt. regulatoorne (hormoonid) insuliin, kasvuhormoon jt gaaside transport (O2, CO2) hemoglobiin struktuurne kollageen, a-keratiin reserv ovalbumiin, kaseiin jt
BIOKEEMIA test I 3. Lihvalgud ja konjugeeritud e. liitvalgud mõisted, liitvalkude prosteetilised rühmad. Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest. Liitvalgud sisaldavad lisaks mitteaminohappelist osa. Kui mitteaminohappeline osa on funktsionaalselt oluline, siis nim seda prosteetiliseks rühmaks. Prosteetilised rühmad sõltuvalt mitteaminohappelisest osast jaotatakse valgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks. 4. Valkude bioloogiliste funktsioonide loetelu, näiteid vastava funktsiooniga valkudest. Funktsioon Näide Katalüütiline ribonukleaas Regulatoorne insuliin Transport hemoglobiin Struktuurne kollageen Reserv kaseiin
4 ja 5). Inim- r.5 organismis katalüüsivad estrite hüdrolüüsi esteraasid (vt O hüdrolüüs). + (CH 3 ) 3 N CH 2 CH 2 O C CH 3 + CoA-SH Esterifikatsioon on tüüpiline hape-katalüüsitav nukleo- fiilne asendus. Toimub atsüülrühma inkorporatsioon al- Atsetüülkoliin Koensüüm A koholi (vesinikuaatomi asendamine). Karboksüülrühmas oleva OH-rühma toimel on karbonüülse C-aatomi posi-
annaabi.ee 
