Valkude omaduste erinevused tulenevad aminohappejääkide järjestusest ning nende hulgast valgumolekulis ning on määratud DNA poolt. Sekundaarstruktuur tekib primaarstruktuuri keerdumisel - heeliksiks või voltimisel - struktuuriks. Tertsiaarstruktuur tekib - heeliksi keerdumisel gloobuliks või - struktuuri niitumisel. Kvaternaarstruktuur tekib mitme gloobuli liitumisel(emoglobiin koosneb 4-st gloobulist). Valkude denaturatsioon: Valkudele on omalik loomulik ehk natiivne molekulikuju, mille puhul valk on natiivne. Denaturatsioon on protsess, mille puhul välistegurite toimel valgu akriivsus kaob ning struktuur teiseneb kuni primaarstruktuurini. Valgu lagunemine aminohapeteks ensüümide toimel on valgu hüdrolüüs. Valkude ülesanded: energeetiline ülesanne(1g-17,6kJ), ensümaatiline ülesanne(ensüümid on valgud, mis reguleerivad biokeemiliste reaktsoonide kiirust), ehituslik ülesanne(rakuorganellides, karvad, küünised, kabjad, sõrad, suled),
camemberti funksioonid: Proteolüütiline: 1. ekstratsellulaarsed proteinaasid lagundavad s1- -kaseiini, tootes peptiide (kümosiin toimib s1-kaseiinile varases etapis). Happeline aspartüülproteinaas noores juustus, neutraalne metalloproteinaas 1 kuu jooksul 2. Peptidaasid: Karboksüpeptidaas, aminopeptidaas, töötavad aluselise pH keskkonnas vanemas juustus. Piima natiivne proteinaas töötab samuti nõrgalt leeliselises keskkonnas, lagundades - Kaseiini. Pinnamikrofloora AH katabolismist maitseühendid: NH3, 3-metüül-1-butanool, Fenüületanool, fenool- pinnaküpsemisega juustudele tüüpilised ühendid Aroomibuketis lenduvad väävliühendid H2S, dimetüülsulfiid (DMS), metaantiool (Metaantiool on eellaseks metüültiometaanile). Toodetakse ka tioestreid Proteolüütilise funktsiooni toimel 90% lämmastikühenditest muudetakse veeslahustuvaks
aminorühmaga otsa ning C-ots vaba karboksüülrühmaga otsa. Valgu süntees toimub N- terminusest C-terminuse poole, st. uusi aminohappeid liidetakse eelmise aminohappe karboksüülrühma külge. Üldiselt aminohappe aminorühmapoolne ots ja karboksüülrühmapoolne ots. Polüpeptiid ja oligopeptiid – polüpeptiid tähistab (pikka) polümeeri, mille monomeerideks on aminohapped; oligopeptiid on lühike aminohapete polümeer (5-7? aminohapet). Natiivne ja denatureeritud struktuur – natiivne struktuur on valgu selline konformatsioon, nagu talle on füsioloogiliselt ette nähtud (korrektselt töötava valgu kolmemõõtmeline struktuur); denatureeritud struktuuri korral on valk oma kõrgemat järku struktuurid kaotanud (kõrge temp., denatureerivad ained, jne.). Denatureerunud valk võib valesti kokku pakkuda ning kaotada oma natiivne struktuur. Edmani degradatsioon – valkude primaastruktuuri määramise protsess, kus N-terminusest eraldatakse ükshaaval aminohappeid ... (?)
Lipaasid: bakteriaalse päritoluga Toodetakse hilises log ja statsionaarses faasis Bakteri kasvuks optimaalsest madalamal temperatuuril nt: P.fluorescens ´il sünteesi optimumtemp. 8°C, kasvuks 20°C Ensüümi aktiivsuse optimum 30-40°C. Väga efektiivne temperatuurivahemikus 20-70°C. D140°C=437 s Opt. pH: 7,5-8,5 Lipaasne riknemine: 1. Veise natiivne lipaas 2. Bakteriaalne lipaas Riknemisega kaasnevad organoleptiliselt tuvastatavad muutused maitses ja lõhnas Vabanevad C4-C8 rasvhapped Suurema Molekulmassiga rasvhapped põhjustavad nn seebimaitset Küllastumata rasvhapete oksüdeerumisel tekkinud ketoonid ja aldehüüdid annavad nn papimaitse Puuviljamaitse estritest (rasvhape+alkohol) nt: etüülheksanaat, etüülbutüraat
2) Eksogeenne e. transiitne mikrofoora – mikroobid, mis satuvad antud biotoopi ning jäävad sinna püsima lühikeseks ajaks. Probiootkumid – on bioloogiliselt aktivsed bakteriaalsed preparaadid, mis sisaldavad organismi residentmikrofoorast pärinevaid elusmikroobe ja mis avaldavad kasulikku mõju inimese tervisele. 8. Immuunsüsteem. Organismil on spetsiiflised ja mitespetsiiflised mehhanismid, mis kaitsevad neid mikroorganismide ja infektsioonhaiguste eest. 1) Loomulik (natiivne) e. kaasasündinud immuunsus e. organismi loomulik resistentsus ehk mitespetsiifline immuunsus – vastus kiire, paljudele tekitajatele; pidev valmisolek. 2) Omandatud e. spetsiifline immuunsus e. adaptiivne - vastus kindlale tekitajale, täpselt reguleeritavad. Humoraalne: (tsütokiinide produksioon: tagavad kommunikatsiooni immuunrakkude vahel, komplement jne.) Rakuline: (neutrofilid, makrofaagid, NK rakud jne.) T-lümfotsüüdid – rakuline immuunsus: Lümfsõlmedes naiivne T-lümfotsüüt
ning see muutub organismi individuaalse arengu jooksul ning haiguste korral (NB! diagnostika. 1.4. Valkude keemilised omadused 7 Andmed valgu molekuli keemilise ehituse kohta on saadud loomsetes või taimsetes kudedest isoleeritud ja keemiliste meetoditega puhastatud valgupreparaatide uurimisel. Kasutatakse ka biokeemilisi meetodeid, kus uurimisele kuulub elusa koe funktsioon, nn. natiivne valk koos mittevalguliste lisanditega. Kõige sagedamini rakendatakse valkude keemilise koostise uurimisel hüdrolüüsi ensüümidega või hapetega (HCl, H2SO4), kusjuures pikaajalise (6...20 t.) kuumutamise tagajärjel 110...110°C juures valgu molekul lõhustub aminohapeteks. Aminohapped osutuvad järelikult valgu põhilisteks ehituskomponentideks. (Männik 1985: 41)
Järjestuse homoloogia võimaldab seonduda erinevad valgud evolutsiooniliselt. Homoloogilised struktuurid pärinevad samast eellasest, kuid ei pea täitma sama funktsiooni. Valgu perekond on grupp evolutsiooniliselt lähedasi valke. 8. Valkude de- ja renaturatsioon. Valgu denaturatsioon on tema kõrgem taseme struktuuride hävinemine rõhu, tempi, aluse, happe vms mõjul. Valgu renaturatsioon on valgu kõrgema struktuuri taastumine detergendi, rõhu, reagendi vms abil. 9. Valkude natiivne pakkimine, chaperonid. Valkude kõrgemad struktuurid on kodeeritud tema järjestuses. Valkude pakkimine natiivseteks toimub posttransaltsiooniliselt.Pakkimine algab vahetult pärast polüpeptiidi väljumist ribosoomist. Efektiivsus on tagatud spetsiaalsete valkude molekulaarsete tsaperonidega. Ilma tsaperonideta toimuks paljude valgudomeenide vahestruktuuride agregatsioon. Eukarüüootidel vähemalt 2 suuremat klassi chaperone Hsp60 ja Hsp70. 10
Sellised kofaktorid võivad olla näiteks metalli ioonid, mis moodustavad valgu struktuuris koordinatiivseid sidemeid. Renatureerimine on aeglane protsess võrreldes valgusünteesi käigus toimuva struktuuri tekkega. Renatureerumist kiirendavad mitmed ensüümid (valgu disulfiid isomeraas, peptidüül-prolüül isomeraasid), mis kiirendavad disulfiidsidemete vahetust või proliini konformatsiooni muutust. Valkude renatureerimist kiirendavad molekulaarsed chaperonid. 11 Valkude natiivne pakkimine, chaperonid Valkude pakkimine natiivseteks toimub posttranslatsiooniliselt: -valk peab saavutama natiivse 3D struktuuri; -valk peab siduma kofaktorid; -valgud modifitseeritakse ensümaatiliselt; -valgud peavad komplekseeruma teiste alaühikutega Valkude kõrgemad struktuurid on kodeeritud tema järjestuses. Valkude pakkimine natiivseteks toimub posttransaltsiooniliselt. Pakkimine algab vahetult pärast polüpeptiidi väljumist ribosoomist
BSA, seega tuleb võtta 400/10=40 µl. Antikeha peab olema 1:500, seega tuleb lahjendada 500 korda, seega 400/500=0,8 µl. 2) Sekundaarse antikeha lahjendus: BSA lahjendus sama, mis primaarse antikeha puhul. Antikeha peab olema 1:2000, seega tuleb lahjendada 2000 korda, 400/2000=0,2 µl. c. Fikseerimine on vajalik, et kinnitada rakud plaadile ning fikseerida antigeenide asukoht rakus, samal ajal säilitades raku natiivne kuju. Neutraliseerimine on vajalik selleks, et fikseerimisel kasutatud ained ei segaks antikehade seondumist ning permeabiliseerimine võimaldab antikehadel rakku siseneda ning pääseda antigeenideni. Blokeerimise eesmärk on takistada antikehade ebaspetsiifilist seondumist nendesse kohtadesse, kuhu igasugused valgud kleepuvad. Primaarse antikehaga inkubeerimisel seondub primaarne antikeha antigeeniga antud juhul tubuliiniga
pärast mõjutamist potensiaalsete ravimite, patogeenide, keskkonnamõjude, stressifaktorite jne. poolt Positsionaalsed kiibid on tehnika, kus kasutatakse võrdluseks kindlaid cDNA-si ekspresseerivaid rakuklastreid X,Y koordinaatides. cDNA-d, on kloneeritud ekspressioonivektoritesse ja algselt seotud mikroskoobi slaididele. Pärast transfekteerimist adheeruvad rakud moodustavad elusa korrastatud ,,array". Eeliseks valkude natiivne vorm Cellomics CellChip (1999) kasutab märgistatud eri tüüpi rakke, mis püütakse plaadile kasutades erinevaid affiinsus reagente. Mittepositsionaalsed kiibid: Põhinevad mitte andmepunktide kogumisele X,Y koordinaadistikus vaid andmepunktid on assotseerunud unikaalsete eri päritolu koodidega. Andmeanalüüs kas FACS või mikroskoopia abil Pharmaseq (2002) tehnoloogia: -Uut tüüpi DNA mikrokiip nanoülekandja. On väikseim kuubikujuline raadiosaatja-
Antigeenid- ained, mis seonduvad antikehadega. Immunogeenid need antigeenid, mis tekitavad immuunvastuse. Head immunogeenid on reeglina makromolekulid (valgud ja suhkrud). Puudulikud immunogeenid on väikesed molekulid hapteenid, selleks et hapteeni immunogeensust tõsta, seotakse ta suuremale kandjale. Immunogeensust mõjutavad faktorid: · Immunogeeni poolt vaadelduna 1. võõraks tunnistamine 2. suurus 3. keemiline koostis 4. füüsikaline seis (natiivne, denatureeritud) 5. sobivus antigeeni protsessinguks (fagotsütoosile allumine ja MHC-le seondumine) · Bioloogilise süsteemi poolt vaadatuna: geneetilised faktorid ja organismi vanus · Antigeeni sisestamise meetodid (kogus, viis, adjuvandid) Mis teeb antigeenist immunogeeni? Antigeen peab olema organismile võõras. Selle määrab antigeeni ja organismi analoogi geneetiline erinevus. Mida kaugemal
transcriptome brought by the transfection. In the drops, the cell can adhere to the support or maintained in suspension kasutatakse rakkude "high-throughtput" testidena uurimaks geenifunktsioone pärast mõjutamist. Positsioonilised kiibid on tehnika kus kasutatakse võrdluseks kindlaid cDNA klastreid X,Y koordinaadistikus. cDNA kloneeritud vektoritesse ja seotud mikroskoobi slaidile, pärast transfektsiooni adhereeruvad rakud moodustavad korrapärase array, eeliseks natiivne vorm. 11. Valgukiibid Valgukiipide eelis - vaheetappide puudumine, otseste interaktsioonide määramine, valguekspressiooni muutuste tuvastamine. Võimaldab tuhandete parameetrite üheagset analüüsi ühes eksperimendis. Valgukiibile on immobiliseeritud valgud, mida kasutatakse eelkõige valk- valk interaktsioonide tuvastamiseks. Rakendustest: antikehade kiibid diagnostikas, uued interaktsiooni partnerid, prognostika, farmakoloogia. Valgukiipidele on kinnitatud: · Antigeenid
Antikehade funktsioon ei sõltu sellest kas nad on glükosüleeritud või mitte. Sellest sõltub nende eluiga. Et püsiks orgaismis (nt kui toodame bakterites) peab olema glükosüleeritud. Variaable domään – halliga eriti varaablid domäänid. Mustaga on tähist kahe tsüsteiini vahel ole disulfiidsild. EPITOOBID – piirkonnad millele antikehad seonduvad 1.STRUKTUURSED – see võib olla struktuur, mingi jupp valgust mida ära tuntakse, pole oluline kas on natiivne või denatureeritud, enamus antikehasid 2.KONFORMATSIOONILISED – tunnevad ära anult natiivseid antigeene, tunnevad ära struktuuris olevaid aminohappeid mis ona struktuuris üksteise kõrval. 3.NEO – avanevad kui oleme antigeeni proteaasidega töödelnud, midagi avanud ära lõiganud. Müoglobiin ja tema antigeensed piirkonnad. Piirkonnad mis jäävad antigeeni pinnale, pöördekohad – need on need alad mida antikeha meelsamini ära tunneb. Antigeen antikeha omavaheline seostumine
annaabi.ee 
