Konspekt aastast 2005
kige rohkem ribosomaalse
operoni geene (16S rDNA, 5S rDNA), samuti ribosomaalsete geenide vahelist
intergeenset piirkonda, samuti
kasutatakse DNA graasi B alahiku GyrB ,
.70
RNA polmeraasi faktori,
elongatsioonifaktori geeni EF-Tu ja ATPaasi b
alahiku jrjestusi.
Molekulaarsetest markeritest saadud
informatsiooni phjal jaotatakse
elusorganismid kolme domeeni: eubakterid,
arhed ja euakroodid. Bakterite flogeneetiline
puu koosneb vhemalt 18 alamjaotusest ehk
himkonnast (uues Bergey mrajas on 23
himkonda), arhede puu kolmest himkonnast.
Bakterite puhul on kokku leitud 56 suuremat
alamjaotust, nendest 26 on kultiveeritavate
esindajatega.
Puudub korrelatsioon flogeneetiliste rhmade
ja fenotbiliste tunnuste (feneetilise ssteemi)
vahel.
Mikroobikoosluste uurimisel rakendatavad
molekulaarsed meetodid vib laias laastus
jagada kaheks: osaliseks ja tielikuks koosluse
DNA analsiks (partial and whole community
DNA analysis). Osalise analsi puhul
keskendutakse vaid osale genoomist,
annaabi.ee 
