"mpsrch" - 1 õppematerjal

Järjestuste võrdlemine, otsingud andmebaasidest (BLAST, FASTA, SW).

tgcggatagcgtcgagtttttcgaatcgctcgccaggttccagtccttcagctaaagcgaccagcagattagtgataccagcagaag  4. Erinevate otsingualgoritmide võrdlus, uuritava valgu ja selles toimunud mutatsioonide tuvastamine. a. Kasutada otsingutel erinevaid ,,k-tuple" (BLAST - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/, FASTA - http://www.ebi.ac.uk/Tools/similarity.html) ja SW modifitseeritud algoritme (MPsrch ja Scanps - http://www.ebi.ac.uk/Tools/similarity.html). Parema tulemuse saamiseks varieerida vajaduse korral parameetreid. RIGRIVFRAAQKRSDIEIVAINDLLDADYMAYMLKYDSTHGRFDGTVEVKDGHLIVNGKKIRVTAERDPANLKWD EVGVDVVAEATGLNFDKYAGQDIVSNASCTTNCLAPLAKVINDNFGIIEGLMTTVHATTATQKTVDGPSHKDWRG GRGASQNIIPSSTGAAKAVGKVLPELNGKLTGMAFRVPTPNVSVVDFRVPTPNVSVVDFRVPTPNVSVVDLTVRL EKAATYEQIKAAVKAAAEGEMKGVLGYTEDDVVSTDFNGEVCTSVFDAKAGIALNDNFVKLVSWYDNETGYSN b