Eukarüoodid
omandatud bakteritest. Mitokonder pärineb -proteobakterist ning algselt ilma mitokondrita
eukarüoote pole suure tõenäosusega olemas. Kõikidel amitokondriaalsetel (mitokondrita)
eukarüootidel on kindlaks tehtud, et neil kas on kunagi olnud mitokonder (tõenduseks on
tüüpiliste mitokondri geenide esinemine rakutuumas) või on see tugevalt redutseerunud e.
taandarenenud (näiteks hüdrogenosoomideks, mitosoomideks). Kloroplastide evolutsioon on
pisut keerulisem. Primaarne endosümbioos (eukarüoot neelab tsüanobakteri, kellest kujuneb
sümbiont) leidis aset liitvetikate, punavetikate ja rohevetikate (kellest pärinevad kõik
maismaataimed) ühisel eellasel. Sekundaarse endosümbioosi (eukarüoot neelab juba
kloroplastiga varustatud eukarüoodi) juhtumeid on olnud rohkem. On kahte tüüpi
sekundaarsete plastiididega vetikaid ühtede plastiidid on pärit punavetikast ja teiste omad
rohevetikast