Seal kirjutas ta suurema osa oma klavessiinimuusikast, samuti palju ilmalikke kantaate. 1721. aastal saatis Bach Brandenburgi markkrahvile pühendusega kuuest orkestrikontserdist koosneva tsükli, sooviga saada kapellmeistri koht Brandenburgi õukonnas. 1722. aastal vabanes Leipzigis üks hinnatuim kantorikoht. Bach esitas end kandidaadiks ja sai selle koha. Sellega kaasnes veel Leipzigi muusikadirektori töö veel neljas Leipzigi linnakirikus. Peale selle poistekoori juhatamine ja laulu õpetamine ja pea igaks suuremaks kirikupühaks muusika kirjutamine. Koori, solistide ja orkestriga pidi Bach igal pühapäeval ning kirikupühal esitama kantaadi. Leipzigi perioodi ajal kirjutas ta oma tuntuimad ja ulatuslikumad oreliteosed. Näiteks Matteuse passioon. See teos räägib Jeesuse Kristuse reetmisest ja ristilöömisest. Sõna passioon antud kontekstis tähendab kannatust. Süzee on Piiblist Matteuse evangeeliumi peatükid 26-27 (Mt
kõigest 20-aastane. Temaga sündis Bachil 13 last, kellest kuus jäi ellu. Peale 6 aastat Köthenis suundus Bach Leipzigi, sest Leipzigi Toomkiriku kantor suri ja keegi teine ei saanud töökohta üle võtta ja nii pakutigi seda kohta Bachile. Oma kantoriproovi puhuks kirjutas Bach kaks kantaati: "Jesus nahm zu sich die Zwölfe" ja "Du wahrer Gott und Davids Sohn". Koos Tooma kantori ülesannetega kaasnes muusikadirektori töö neljas Leipzigi linnakirikus. Bachi tööülesannete hulka kuulusid muuhulgas poistekoori juhatamine ning pühapäevadeks ja suuremateks kirikupühadeks vokaalmuusika kirjutamine. Seepärast pärinebki Leipzigi perioodist, eriti aga selle esimestelt aastatelt suur hulk kirikumuusikat. Näiteks kirikukantaate kirjutas Bach Leipzigi perioodi algul umbes 60 aastas. Leipzig oli kohaks kus Bach veetis oma elu viimased 33 aastat. Johann Sebastian Bach suri 28. juulil 1750 Leipzigis ja maeti Johannese kalmistule