Lisaks tulevad toorainena kõne alla ka puidujäätmed ning uued kultuurtaimed nagu päideroog ja vitshirss.(Olesk, 2008) Teise põlvkonna bioetanool ei ole siiski veel laialdaselt maailma kütuseturgudele jõudnud, sest olenemata mahukatest ja kulukatest arendustöödest seisab teadlastel veel mitu olulist takistust ees. 1 Probleem ja lahendused: Teise põlvkonna bioetanool liigitub lignotselluloosist toodetud etanooli üldnimetaja alla. Kütuse tootmise protsessis osalevad tselluloos, hemitselluloos ja ligniin, mis üheskoos moodustavad taimerakkude seinad ja annavad neile püsti püsimiseks vajaliku jäikuse. Siin ongi probleem, millega teise põlvkonna biokütuseid arendavad teadlased maadlevad. Neid aineid on keeruline lõhkuda. ,,Need kolm komponenti on rakuseinas väga keerukal kujul. Lagundamist ei tee raskeks ainult ligniin, vaid ka see, kuidas tselluloos ja hemitselluloos
toiduainete tööstuse jääkidest on võimalik kääritamise teel toota biogaasi. Näiteks 1 m3 sõnnikust saadav biogaasi hulk oleks 28 m3 ja energiahulk 115,4 kWh. [1] Vedelate biokütuste liigitus Esimese põlvkonna biokütused: Bioetanool suhkrust ja tärklisest. Tooraineks on suhkruroog, mais, nisu jt teraviljad, suhkrupeet, kartul; Biodiislikütus rapsiõlist, sojaõlist palmiõlist jt. [3] Teise põlvkonna biokütused: Bioetanool lignotselluloosist(õled, puit jne). Bioetanool ja biodiislikütus toodetud Fisher-Tropschtehnoloogiaga. Bio-DME. Biometanool. Biodiislikütus. Biodiislikütus, toodetud HTU (HydroThermalUpgrading) tehnoloogiaga. [3] Sisaldades keskmiselt 42% tselluloosi ja 21% hemitselluloosion ühest grammist puidust teoreetiliselt võimalik saada 0,32 grammietanooli. [3] Kolmanda põlvkonna biokütused: Tooraineks vetikad Biodiislikütus Bioetanool jt [3]