2 tüüpi: komposiitsed transposoonid ja mittekomposiitsed transposoonid. Kannavad geene, mis flankeeruvad IS elementide mõlemas otsas (antibiootikumi resistentsus). IS elemendid varustavad transposaasiga ja ITR äratundmise signaali. Mittekomposiitsed kannavad samuti geene, aga ei termineeri IS elemendiga. Lõpevad sarnaste kordusjärjestustega. Transponeerumine on sarnane IS elementidele; kohapeal toimub duplikatsioon. Kointegreerumine transposooni üleminekul ühest genoomi osast (plasmiidist kromosoomi) intereerub see duplikatsiooniga mõlemas. Võib siis olla replikeeruv (duplikatsioon) või mitte (kaob originaalsaidist). Sama tüüpi mutatsioonid mis IS korral. Ristsiire esineb kui doonor DNA koos tarnsposoniga sulandub retsipiendi DNAga. 3. Bakterifaagid mutaatorjärjestus (Mu): Infitseerimisel Mu integreerub mittereplikeeruval transponeerumisel ja replitseerub koos E