Kolmnurgaga on tähistatud initsiaatorkoodon ja ringidega stoppkoodon. Geen on kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt (tihti koostoimes teiste geenidega) ühe või mitme tunnuse arengu; DNAmolekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni (mRNA vahendusel) ühe valgu (või polüpeptiidi) sünteesiks (kuid on ka nt rRNA ja tRNA geenid, mis valgumolekule ei kodeeri). Genotüüp on indiviidi (sageli ka raku) kogu geneetiline informatsioon, mis koostoimes keskkonnatingimustega määrab tema fenotüübi. Genofond ehk geenifond on populatsiooni või liigi kõigi geenide ja nende alleelide ning muude geneetiliste elementide kogum. Modifikatsiooniline muutlikkus Keskkonna tingimustest tulenev fenotüübiliste tunnuste varieerumine. See on mittepärilik ja sellega ei kaasne geneetilisi muutusi. Nt toominga lehed on
ei ole kromatiinset püsiühendust valkudega (histoonid puuduvad). Geen on kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt (tihti koostoimes teiste geenidega) ühe või mitme tunnuse arengu; DNA-molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni (mRNA vahendusel) ühe valgu (või polüpeptiidi) sünteesiks (kuid on ka nt rRNA ja tRNA geenid, mis valgumolekule ei kodeeri). Desoksüribonukleiinhape ehk DNA on enamikus elusorganismides pärilikku informatsiooni säilitav aine, keemiliselt desoksüriboosist, lämmastikalustest ja fosforhappejääkidest koosnev polümeer. Puhas DNA on happeline, toatemperatuuril tahke, suhteliselt pehme, värvitu või õrnalt violetja varjundiga, vees hästi lahustuv aine. DNA biheeliks t-RNA Eluslooduse riigid. Taimed-katteseemne-,paljasseemne-,sammal-ja sõnajalgtaimed
tekib tihedam DNA struktuur. negatiivne spiralisatsioon - kui keerdumine on vastassuunas (vasakule), tekib lõdvem DNA struktuur Eukarüootne DNA on pakitud kromosoomidesse. Imetaja kromosoom on lineaarne DNA molekul, mis on tihedalt pakitud valkude kompleksis. Genoom on organismi kõigi kromosoomide DNA. Eukarütoosed genoomid: Reeglina suur genoom. Umbes 98% genoomist ei kodeeri valkudeks. Kuid osa sellest transkribeeritakse RNA-ks. Vahel nimetatakse “rämps“ DNAks. Inimese genoomne DNA on 3x109 aluspaari. Lisaks nukleaarsele DNA-le esineb ka mitokondriaalne ja kloroplastide DNA. Suur osa genoomist moodustavad kordusjärjestused. Ainult mõni protsent genoomist on kodeeritav valguks. Inimese genoom on pakitud 24 kromosoomi. Eukarüootses rakus on mitmeiid geenide regulatoorseid mehhanisme: sageli rakuvälised stiimulid reguleerivad geenide aktiivsust
Replitseeruvad lõik mõlemad ahelad Translatsioon RNA alusel valgu süntees ribosoomidel Vajalikud tingimused: ribosoomid, mRNA, tRNA, aminohapped, energiat (ATP,GTP), ensüümid aminohapete aktiveerimiseks, nende seostumiseks tRNA-ga ja peptiidahela sünteesiks mRNA primaarstruktuur määrab ära valgu primaarstruktuuri Koodipäike Initsiaatorkoodon - AUG mRNA-s (metioniin) Stoppkoodon - ei kodeeri aminohappeid: UAA, UAG, UGA Geneetiline kood - süsteem, mille abil nukleiinhapetes olev info viiakse üle valgule Geneetilise koodi omadused: Tripletsus - ühe koodoni koosseisu kuulub 3 nukleotiidi mRNA-s Sünonüümsus - ühte aminohapet võib määrata mitu koodonit Universaalsus - on ühesugune kõigil elusorganismidel Ühetähenduslikkus - teatud koodon määrab alati kindlat aminohapet Kattumatus - vaadeldaval ajahetkel saab üks nukleotiid olla vaid ühe koodoni koosseisus
Osalevad genoomsetes ümberkorraldustes Eukarüootidel on mobiilsed elemendid seotud uute geenide tekkega (exon shuffling) liikudes genoomi ühest osast teise, võtavad nad kaasa geenidest eksoneid, ja kombineerudes satuvad eksonid erinevatest geenidest lähestikku, andes materjali uue geeni tekkele. 6. Kirjelda inimese genoomis esinevaid SINE elemente? Miks nad on olulised? SINE (Short Interspersed Nuclear Element) · SINE pikkus 150-300 np. · valku ei kodeeri . SINE elemente leidub ~1,6 miljonis genoomi positsioonis (13% inimese DNAst) · 1,1 milj neist on Alu-elemendid (lõikab ensüüm AluI)· Alu-elemendid paiknevad eelistatult intronites, geenide vahel ja geenide 3' UTR regioonides mittekodeerivates alades geenitihedates regioonides on olemuselt retrotransposoonid DNA segmendid, mis amplifitseeruvad ensüüm pöördtranskriptaasi vahendusel ja liiguvad iseseisvalt genoomi ühest piirkonnast teise
st ei transkribeerita. See, kas arengu käigus inaktiveeritakse isalt või emalt saadud X-kromosoom, on juhus. Inaktiveeritud X-kromosoom inaktiveeritakse ka tütarrakkudes inaktivatsiooni pöördumatus . CpG-saared inaktiivses X-kromosoomis on suuremas osas metüleeritud. Metüleerimine on mehhanism transkriptsiooni peatamiseks. XIC X-kromosoomi inaktivatsiooni tsenter. Selle ala peal on geen XIST. See geen on aktiivne vaid inaktiivsel X-kromosoomil. XIST geen ei kodeeri ühtki valku. XIST RNA !!! seondub rakutuumas inaktiivse X-kromosoomiga (Barri kehaga). Inimese aktiivses X-kromosoomis on H4 histoon atsetüleeritud, inaktiivses X-is aga mitte (s.t., on vaikiv). CpG saarekeste metüleerumine kutsub esile geenide inaktivatsiooni. Aktiivsetel geenidel Barri kehas puuduvad CpG saared 11. Kuidas määratakse mRNA eluiga rakus? mRNA eluiga mõjutavad polü-A saba olemasolu
Ta ei karda ja julgeb minna tundmatutesse olukordadesse. Nad on vigade avastajad. Nad armastavad uut tarkvara. Testija on järeleandmatu. Nad on loomingulised ja püüdlevad alati täiuslikkusse poole. Nad on taktitundelised ja diplomaatilised. Testija peab alati tooma halbu uudiseid programmeerijatele ja kujundajatele. ERINEVAD TARKVARA ARENDUS MEETODID Üldjuhul kasutatakse nelja erinevat arendus meetodit: Big-Bang (suur-pauk), Code-and-Fix (kodeeri ja paranda), Waterfall (kosk) ja Spiral (spiraal). Igal mudelil on omad plussid ja miinused. Testijana puutud sa tõenäoliselt kõigi nendega kokku ja pead oma testid kõigi nende meetodite ja kohandama. Big-Bang (suur-pauk) meetod: See tarkvara loomise meetod sarnaneb paljugi teooriaga kuidas loodi universum kus me praegu elame. Suur hulk inimesi ja raha suunatakse sellesse projekti. Projekti suunatakse väga palju energiat, ning lõpptulemus on ideaalne tarkvara või mitte midagi
TRANSLATSIOON- RNA alusel valgu süntees tsütoplasmas paiknevatel ribosoomidel: RNA-lt valk. Lõpeb, kui ribosoom jõuab ühe stoppkoodonini. ● VAJALIKUD TINGIMUSED: ribosoomid; mRNA, tRNA; aminohapped; energia (ATP,GTP); ensüümid aminohapete aktiveerimiseks, nende seostumiseks tRNA-ga ja peptiidahela sünteesiks mRNA primaarstruktuur määrab ära valgu primaarstruktuuri ● KOODIPÄIKE: initsiaatorkoodon- AUG mRNA-s; stoppkoodon- ei kodeeri aminohappeid (UAA, UAG, UGA) ○ koodon- mRNA-s ○ antikoodon- tRNA-s ● ETAPID: 1) mRNA ühineb ribosoomiga; 2) mRNA molekuli initsiaatorkoodoniga (AUG) seondub esimene tRNA molekul; 3) ribosoomi siseneb teine tRNA molekul, tuues endaga kaasa järgmise mRNA koodonile vastava aminohappe; 4) ribosoomis kahe kõrvuti asetseva tRNA molekuli otstes olevate aminohapete vahel sünteesitakse ensüümide abil peptiidside;
16. Transposooni mõiste? Transposoonide jaotus inimesel? Transposoon (mobiilne DNA element), mis kannab mingit geneetilist markerit, näiteks resistentsust antibiootikumile. DNA-transposoonid transponeeruvad uude kohta kohe DNA järjestustena. Enamasti prokarüootidel. Inimese DNAst ~3%. 17. Kirjelda SINE ehitust, paiknemist inimese genoomis ja olulisust? SINE (Short Interspersed Nuclear Element) · SINE pikkus 150-300 np · valku ei kodeeri · SINE elemente leidub ~1,6 miljonis genoomi positsioonis (13% inimese DNAst) Alu-elemendid paiknevad eelistatult intronites, geenide vahel ja geenide 3' UTR regioonides mittekodeerivates alades geenitihedates regioonides on olemuselt retrotransposoonid DNA segmendid, mis amplifitseeruvad ensüüm pöördtranskriptaasi vahendusel ja liiguvad iseseisvalt genoomi ühest piirkonnast teise 18
35. Loetle diskursusanalüüsi sammud. Diskursusanalüüsi sammud: 1 Formuleeri esialgsed uurimisküsimused, mitte hüpoteesid! 2 Vali (tekita) tekstid analüüsimiseks. 3 Tee detailset transkriptsiooni (ajalehe artikli või muu olemasoleva teksti puhul jääb ära). 4 Loe teksti kahtlevalt ja koos lindi kuulamisega korduvalt. 5 Küsi: “Mida tekst teeb?” 6 “Kuidas ta seda teeb?” - mis vahendid on kasutusel? 7 Kodeeri (analüüsitavate tekstilõikude eristamine) nii kaasamõtlevalt kui on võimalik; vaata üle oma uurimisküsimusi vastavalt nendele mudelitele/mustritele, mis tekivad tekstide alusel. Koonda tekstilõike ühte. Analüüsi mustrite regulaarsust ja varieeruvust. 8 Formuleeri võimalikud hüpoteesid. 9 Kontrolli usaldusväärsust ja põhjendatust, tuues välja hälbivaid juhtumeid, osalejate arusaamisi ja selgitusi.
ära kasuta peeglit, mõõda aega. Harjuta tervet esinemist, ära harjuta žeste ja kehakeelt, harjuta küsimustele vastamist, harjutades kasuta audiovisuaalseid abivahendeid, kasuta proovides rekvisiite. 17. Mida tuleb silmas pidada märkmete tegemisel ja kasutamisel? Vali niisugune kaardi suurus ja kujundus,nagu sulle meeldib. Kasuta ainult ühte kaardi poolt. Nummerda kaardid. Kodeeri kaardid, mida saaks kärpida. Paiguta tekst kaartidele nii, et oleks kerge lugeda. Ära kasuta lühendeid, mille tähendused võid unustada. Alusta märkmetesse vaatamata. Tea oma märkmeid põhjalikult. Loe statistika ja tsitaadid maha. Ära tee nägu, nagu sul poleks märkmeid. Ära hoia nina märkmetes. Ära mängi märkmetega. 18. Mida silmas pidada esinemise ruumi valimisel ja istekohtade planeerimisel? Kas kõik näevad sind? Kas sina näed kõiki
molekuli sünteesi ja ka tavaliselt ühe tunnuse). Geen ehk pärilikkustegur (inglise gene) on kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt (tihti koostoimes teiste geenidega) ühe või mitme tunnuse arengu. DNA molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni (mRNA vahendusel) ühe valgu (või polüpeptiidi) sünteesiks (kuid on ka nt rRNA ja tRNA geenid, mis valgumolekule ei kodeeri). Geenid jagunevad: Struktuurgeenid määravad raku ehituses ja ainevahetuses osalevate valkude, tRNA ja rRNA sünteesi Regulaatorgeenid kontrollivad struktuurgeenide avaldumist. Lookus on kromosoomi (DNA) lõik, kus paikneb geen. Tänapäeva geneetikas mõistetakse lookuse all mingil viisil (harilikult alleelse muutlikkuse järgi) iseloomustatavat kromosoomi- või DNA-molekuli lõiku, milles paikneb kindel geen või mis tahes muu eristatav nukleotiidijärjestus
väljasuremisele kuid ei vii( haldane hinnang tallutavus ca 1 asendus 300 generatsiooni kohta tegelikult vast 3 generatsiooni kohta või eanm. *NeoD kohaselt peaksid populatsioonid liikuma homosügootsuse suunas(va erandid kus tugev valik heterosügootsuse kasuks) Seega mitte looduslik valik vaid neutraalne triiv hoiab heterosügootsuse taset. *molekulaarne evolutsioon on liiga kiire, et seletuda LV'ga *need geenid, mis midagi ei kodeeri, evolutsioneeruvad kiiremini *kõik molekulaarsed muutused ei oma mõju fenotüübile ja seega ei evolutsioneeru ***kõrvalmärkus : MOLEKULAARNE KELL -sama valgu evolutsioonikiirus eri evolutsiooniliinides on ligikaudu sama. Seega saab 2 liigi valguerinevusi lugedes määrata lahknemise aega. -ei olene põlvkonna elueast! -eri molekulidel on erinev molekulaarne kell*** 7. Neodarwinismi e moodne süntees e sün
01 d 00 10 d 00 01 01 10 d 10 d 10 10 Kevad 2009 Tallinna Polütehnikum 20 Koodipuu Liikumissuund koodipuus on vasakult paremale vastavuses sisendsümbolite järjestusele Sisendbittide järjestusele vastava kodeeri tud väljundsümboli saame vastavate harude pealt Näiteks sisendsümboli (10011) korral saame kodeeritud sümboliks (11, 10, 11, 11, 01) Kevad 2009 Tallinna Polütehnikum 21 Näide 10011 kodeerimine 00 00 a 11 a 11 10
40.triplett-kolmik DNA-l koodon-kolmik mRNA-l antikoodon-kolmik tRNA-l 41. Geen- kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt (tihti koostoimes teiste geenidega) ühe või mitme tunnuse arengu; DNA-molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni (mRNA vahendusel) ühe valgu (või polüpeptiidi) sünteesiks (kuid on ka nt rRNA ja tRNA geenid, mis valgumolekule ei kodeeri). Intronid-lõigud, mis ei kodeeri aminohappeid. Alati geeni sees, mitte kunagi alguses. Algab GU Eksonid- lõigud, mis kodeerivad aminohappeid. Lõppeb alati AG Geenide katkendlikkus- kodeerivate nukleotiidijärjestuste (eksonide) vahel on mittekodeerivad järjestused (intronid); geeni pidevus mRNAs on tagatud pre-mRNA töötlusega tuumas (RNA protsessing, splaissing- intronite väljalõikamine mRNAs). 42.Geneetiline kood- info mis on vajalik teatud aminohappelise järjestusega polõpeptiidahela sünteesimisex
40.triplett-kolmik DNA-l koodon-kolmik mRNA-l antikoodon-kolmik tRNA-l 41. Geen- kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt (tihti koostoimes teiste geenidega) ühe või mitme tunnuse arengu; DNA-molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni (mRNA vahendusel) ühe valgu (või polüpeptiidi) sünteesiks (kuid on ka nt rRNA ja tRNA geenid, mis valgumolekule ei kodeeri). Intronid-lõigud, mis ei kodeeri aminohappeid. Alati geeni sees, mitte kunagi alguses. Algab GU Eksonid- lõigud, mis kodeerivad aminohappeid. Lõppeb alati AG Geenide katkendlikkus- kodeerivate nukleotiidijärjestuste (eksonide) vahel on mittekodeerivad järjestused (intronid); geeni pidevus mRNAs on tagatud pre-mRNA töötlusega tuumas (RNA protsessing, splaissing- intronite väljalõikamine mRNAs). 42.Geneetiline kood- info mis on vajalik teatud aminohappelise järjestusega polõpeptiidahela sünteesimisex
genoom on suurem, see seaduspärasus alati ei kehti. Näiteks kahepaiksete genoom on ~50x suurem kui inimesel. Seda nim C-paradoksiks. Geen on defineeritud kui DNA (viirustes ka RNA) nukleotiidide järjestus mis on vajalik funktsionaalse valgu sünteesimiseks. Koosneb mitte ainult kodeerivatest piirkondadest vaid ka regulaatorpiirkondadest, mis võivad kodeerivast osast kaugel paikneda ja samuti pre- mRNA protsessingut võimaldavatest piirkondadest. Esinevad ka geenid, mis ei kodeeri valku, näiteks tRNA, rRNA geenid. Geenide suurus varieerub. Inimese keskmise geeni suurus on ~27000 DNA aluspaari (Abeles tabel 4-1 lk.202). Eukarüootse raku geenid sisaldavad mittekodeerivaid piirkondi mida nim introniteks, need piirkonnad pre-mRNA protsessimisel lõigatakse välja, toimub nn splicing. Kodeerivaid piirkondi nim eksoniteks. Geeni otstes paiknevad mittekodeerivad DNA alad on vajalikud geeni transkriptsiooniks. 5' otsas on transkriptsiooni regulatsiooni piirkond,
Erinevad rakulise ehitusega parasiitidest selle poolest, et : Viirus ei ole iseseisvalt aktiivse eluga väljaspool rakku. Viiruse bioloogiline aktiivsus avaldub ainult nakatunud rakus. Viiruse geneetiline materjal asub vahetult rakus, ei ole ümbritsetud mingi membraaniga. Viirus ei paljune pooldumisega vaid sünteesitakse ta struktuurseid osasid ja pakitakse jälle kokku. Ükski teadaolev viirus ei kodeeri tervikliku translatsioonisüsteemi. Viirus on võimeline peremeesrakust lahkuma ja nakatama teisi rakke. Virion- viiruse osake Virion- viirus-spetsiifiline struktuur , mis on ette nähtud viiruse genoomi toimetamiseks ühest rakust teise. Erinevused virioni struktuuris kajastavad enamasti erinevusi viiruste elutsüklites. Olulisemaks sellistest omadustest on lipiidse membraani olemasolu (envelope viruses) või selle puudumine (nonenvelope viruses)
Mikrobioloogia I 2017 Info säilitamine ja edastamine: kuidas see kaasaegsetes elusorganismides toimub? DNA RNA valk Pärilikkuse kandjaks on DNA (kuid on ka viirusi, kel pärikkusaineks on RNA); DNA ei kodeeri vahetult valgujärjestust. Mikrobioloogia I 2017 • Arvatakse, et esimeseks pärilikkuse kandjaks oli mitte DNA, vaid RNA; • Abiootiliselt moodustunud ribonukleotiidid polümeriseerusid lühikesteks ahelateks . See võis toimuda näiteks savi pinnal kõrgel
informatsiooni sisu DNA molekulis. Tähenduslikud mutatsioonid võivad tekkida kolmel põhjusel: 1) nukleotiidipaari (de) väljalangemisel mikrodeletsioon 2) nukleotiidipaari(de) lisandumisel insertsioon 3) nukleotiidipaaride asendumine - asendusmutatsioon (A-G või T-C). Asendusmutatsioon on tähenduslik ainult siis, kui see muudab koodoni tähendust ja põhjustab ühe aminohappe aasendumist teisega. 2. Mõttetud mutatsioonid - tekib triplet, mis ei kodeeri ühtki aminohapet ja lõpetab polüpeptiidahela sünteesi (terminaatorkoodon). 3. Sünonüümsed mutatsioonid - koodon asendub sünonüümse (sama aminohapet kodeeriva) koodoniga ja polüpeptiidahela aminohapetejärjestus ei muutu. 13. Tsütogeneetika alused. Kromosoomid. Tsütogeneetika põhiliseks uurimisobjektiks on kromosoomid, milles sisaldub kogu raku geneetiline informatsioon. Baktereid ja teisi organisme, kellel puudub rakutuum, nimetatakse prokarüootideks
informatsiooni sisu DNA molekulis. Tähenduslikud mutatsioonid võivad tekkida kolmel põhjusel: a) nukleotiidipaari (de) väljalangemisel mikrodeletsioon b) nukleotiidipaari(de) lisandumisel insertsioon c) nukleotiidipaaride asendumine - asendusmutatsioon (A-G või T-C). Asendusmutatsioon on tähenduslik ainult siis, kui see muudab koodoni tähendust ja põhjustab ühe aminohappe asendumist teisega. 2. Mõttetud mutatsioonid - tekib triplet, mis ei kodeeri ühtki aminohapet ja lõpetab polüpeptiidahela sünteesi (terminaatorkoodon). 3. Sünonüümsed mutatsioonid - koodon asendub sünonüümse (sama aminohapet kodeeriva) koodoniga ja polüpeptiidahela aminohapetejärjestus ei muutu. DNA reparatsioon Organismidel on evolutsiooni käigus välja kujunenud fermentsüsteemid, mis kindlustavad geneetilise info säilimise suhteliselt muutumatuna ja liikide püsimise. Absoluutne muutumatus katkestaks evolutsiooni.
kindlaks määratud. Ülejäänud sõltuvad primaarsest ahelast. Valgud on väga amfiinsed. Valgu teiste struktuursete tasandite saavutamiseks on olemas spetsiaalsed kaitsevalgud, mis ümbritsevad ühte konkreetset polüpeptiidahelat kui ta toimetab. Peptiidside tuleneb keemiliselt, aga aminohapped määratakse ära geneetiliselt. Erinevate meetoditega oli võimalik identifitseerida 61 koodonit, need kodeerisid aminohappe asupaika. Ülejäänud 3 (nonsense või stop-koodon), mis ei kodeeri aminohapet, aga millega lõppeb ära mRNA, et rohkem aminohappeid sellele ahelale vaja ei ole. Valkudel on neli organisatoorset tasandit: 1. Primaarne = a/h järjestus, määratakse gen.koodi poolt mRNA. 2. Sekundaarne = kujuneb elektrostaatiliste jõududem ja vesiniksidemetega aminohapete vahel 3. Tertsiaarne = kolmemõõtmeline kuju, mis tagab funktsioon 4. Kvaternaarne mitme ahela ühinemine koos prosteetilise rühmaga moodustamaks
Geneetiline kood on reeglite kogum, mis ütleb millisele nukleotiidide järjestusele, millisele koodonile mRNAs vastab üks aminohappejääk sünteesitavas valgu molekulis. Igas koodonis on kolm nukleotiidi (vähemaga ei saa vajalikku erinevat 20 aminohapet moodustada ja rohkemaga pole otstarbekas). Erinevaid nukleotiidide kombinatsioone koodonites saab olla 64. Mis tähendab, et mitmed erinevad koodoni kodeerivad ühtesid ja samu aminohappeid. (kolm koodonit aminohappeid ei kodeeri). Uute nukleiinhappete süntees toimus komplementaarsusprintsiibi alusel. Geneetilisel koodil pole mingisugust teaduslikku seletust. Koodon ei puutu kunagi füüsiliselt kokku selle aminohappega mis parasjagu sinna valgu molekuli lülitatakse. Kõik organismid Maal kasutavad ühte ja seda sama geneetilist koodi, mis viitab sellele, et elu Maal on tekkinud üks kord juhuslikult ja kõigil organismidel on ühine eellane. See
geeni ka β-galaktosidaasi kodeerivat lacZ operooni. Kui inserd ligeeris vektoriga kokku, siis see vektor enam ei kodeeri ensüümi, mis lõhub β- galaktosidaasi, kuna inserdi sisestamisel me rikkume selle geeni lugemisraamid. Selle alusel põhineb meie sini-valge selektsioon: bakterid lõhuvad galaktosidaasi – ei sisalda inserdi, ei lõhu – sidaldavad. Selle protsessi saab ka visualiseerida. Ligeerimiseks segasime kokku: 1,5 µl MQ vett 1 µl puhastatud PCR produkti –
Semikonservatiivne replikatsiooni mudel. 26.Mis on geen? Geen on kromosoomi kindlas lookuses (geeni asukoht kromosoomis) paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt (tihti koostoimes teiste geenidega) ühe või mitme tunnuse arengu; DNA-molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni (mRNA vahendusel) ühe valgu (või polüpeptiidi) sünteesiks (kuid on ka nt rRNA ja tRNA geenid, mis valgumolekule ei kodeeri). Eristatakse struktuur- ja regulaatorgeene. Geenid eksisteerivad struktuurilt ja tihti ka funktsioonilt erinevate alleelide kujul. Geenide oma- ja keskkonnavahelisest mõjust on tingitud organismi areng ja fenotüüp. 27. Transkriptsioon Informatsioon valgu primaarstruktuuri kohta on salvestatud rakutuuma DNA-s. Info ülakanne tuumast ribosoomidesse toimub mRNA e informatsiooni RNA vahendusel. Transkriptsioon on geeni struktuuris sisalduva info ümberkirjutamine mRNA-le rakutuumas
48. Viiruste peamised klassid ja omadused. Eristatakse RNA ja DNA viiruseid. 49. HIVi molekulaarbioloogia. 50. HIV nakkuse epidemoloogia ja mehhanismid. 51. HIV vastase ravi võimalus. 52.Viirused. HIV. Viirused on endoparasiidid, kellel pole rakulist ehitust. Väljaspool elusat rakku pole viirus bioloogiliselt aktiivne. Viiruse paljunemine rakus toimub viiruse struktuursete osade sünteesi ja kokkupanemise teel (mitte pooldumise teel). Viirus ei kodeeri täielikku translatsioonisüsteemi. Viirused erinevad mobiilsetest geneetilistest elementidest selle poolest et: viirus on võimeline peremeesrakust väljuma ja uusi rakke nakatama. EHITUS: Kui rakkudes esineb nii DNA kui ka RNA molekule, siis iga viirusosakese sisemusest leiame vaid üht tüüpi nukleiinhapet. Eristatakse DNA- ja RNA-viirusi. DNA-viiruste koostises on vaid üks DNA molekul. RNA-viiruste võib olla üks või mitu RNA molekuli. Viirusosakese genoomi
A-T-C-G-A-T--G T-A-G-C-T-A--C T A Molema nimetatud mutatsiooni puhul muutub informatsiooni (geneetilise koodi) lugemise samm (faasinihke efekt), millest omakorda muutub aminohapete jarjestus polupeptiidahelas. 3) nukleotiidipaaride asendumine -asendusmutatsioon (A-G voi T-C). Asendusmutatsioon on tahenduslik ainult siis, kui see muudab koodoni tahendust ja pohjustab uhe aminohappe aasendumist teisega. 2. Mottetud mutatsioonid -tekib triplet, mis ei kodeeri uhtki aminohapet ja lopetab polupeptiidahela sunteesi (terminaatorkoodon). 3. Sunonuumsed mutatsioonid -koodon asendub sunonuumse (sama aminohapet kodeeriva) koodoniga ja polupeptiidahela aminohapetejarjestus ei muutu. DNA reparatsioon Organismidel on evolutsiooni kaigus valja kujunenud fermentsusteemid, mis kindlustavad geneetilise info sailimise suhteliselt muutumatuna ja liikide pusimise. Absoluutne muutumatus katkestaks evolutsiooni
(3p) · 5´capimine - 5'cap on spetsiaalselt muudetud nukleotiid prekursos mRNA 5' otsas. 5' cappimine on oluline, et luua küps mRNA, mis oleks võimeline läbima translatsiooni. Cappimine tähendab 7-mteüülguanosiini lisamist 5' otsale. · 3´cleavage · Polüadenüleerimin - sisaldab 250 adeniini jäägi lisamist, et moodustuks polü(A)-saba. · Splaicing intronid, alad mis ei kodeeri valke, lõigatakse RNAst välja ja järele jäänud ekesonid ühendatakse. · RNA editing 5. Mis vahe on eukarüootsel ja prokarüootsel mRNA-l? (2p) Enamus eukarüootsetest geenidest kodeerib monotsistroonseid mRNAsid sisaldades pikki introneid. Paljud bakteriaalsed mRNAd on polütsistroonsed, st et üks mRNA molekul (näit. Trp operoni kodeeriv mRNA) sisaldab kodeerivaid järjestus, mis kodeerivad mitut, samas bioloogilises protsessies osalevat valku
käigus (DNA polümeraas teeb vigu). Jaotatakse somaatilised – tekivad keharakkudes ja generatiivsed – tekivad sugurakkudes. Geenmutatsioonid jaotatakse: Tähenduslikud mutatsioonid – muudab koodoni tähendust st põhjustab ühe AH asendumist teisega. mikrodeletsioon – nukleotiidipaar langeb välja insertsioon – nukleotiidipaar lisandub asendusmutatsioon – nukleotiidipaari asendumine Mõttetud mutatsioonid – tekib koodon, mis ei kodeeri ühtegi AH ja lõpetab polüpeptiidahela sünteesi (terminaatorkoodon). UGA, UAG, UAA. Sünonüümsed mutatsioonid – koodon asendub sünonüümse (sama AH kodeeriva) koodoniga ja polüpeptiidahela AH järjestus ei muutu. Ühte ja sama AH võib kodeerida mitu koodonit (2-6). 13. Tsütogeneetika alused. Kromosoomid Tsütogeneetika - geneetika valdkond, mis uurib kromosoome. Tegeleb pärilikkusega raku tasemel. Kromosoom on valkude abil kokku pakitud üks lineaarne DNA molekul.
Loomad, kes oleksid suured ja neilt oleks võimalik palju liha saada. Riisi, sojat, maisi, õlisid (GM raps) 50. Viiruste peamised klassid Viirused on endoparasiidid, mil pole rakulist ehitust: - Väljaspool elusat rakku ei ole viirus bioloogiliselt aktiivne, - Viiruse paljunemine rakus toimub viiruse struktuursete osade sünteesi ja kokkupanemise teel (mitte pooldumise teel). - Viirus ei kodeeri tervikliku translatsioonisüsteemi. Viirused erinevad mobiilsetest geneetilistest elementidest selle poolest, et viirus on võimeline peremeesrakust väljuma ja uusi rakke nakatama Viirused jaotatakse neis sisalduva nukleiinhappe järgi RNA(hepatiit C, gripp)- ja DNA- viirusteks(herpes, papilloomid) (mõlema viirused : HI, hepatiit B) Viirused on eluta ja elusa looduse piirimail olevad rakulise ehituseta ainult elusrakkudes paljunevad bioloogilised objektid.
Loomad, kes oleksid suured ja neilt oleks võimalik palju liha saada. Riisi, sojat, maisi, õlisid (GM raps) 50. Viiruste peamised klassid Viirused on endoparasiidid, mil pole rakulist ehitust: - Väljaspool elusat rakku ei ole viirus bioloogiliselt aktiivne, - Viiruse paljunemine rakus toimub viiruse struktuursete osade sünteesi ja kokkupanemise teel (mitte pooldumise teel). - Viirus ei kodeeri tervikliku translatsioonisüsteemi. Viirused erinevad mobiilsetest geneetilistest elementidest selle poolest, et viirus on võimeline peremeesrakust väljuma ja uusi rakke nakatama Viirused jaotatakse neis sisalduva nukleiinhappe järgi RNA(hepatiit C, gripp)- ja DNA- viirusteks(herpes, papilloomid) (mõlema viirused : HI, hepatiit B) Viirused on eluta ja elusa looduse piirimail olevad rakulise ehituseta ainult elusrakkudes paljunevad bioloogilised objektid.
interaktsioonis, käituda "õigesti". Diskursusanalüüsi sammud: 1) Formuleeri esialgsed uurimisküsimused, mitte hüpoteesid! 2) Vali (tekita) tekstid analüüsimiseks. 3) Tee detailset transkriptsiooni (ajalehe artikli või muu olemasoleva teksti puhul jääb ära). 4) Loe teksti kahtlevalt ja koos lindi kuulamisega korduvalt. 5) Küsi: "Mida tekst teeb?" 6) "Kuidas ta seda teeb?" - mis vahendid on kasutusel? 7) Kodeeri (analüüsitavate tekstilõikude eristamine) nii kaasamõtlevalt kui on võimalik; vaata üle oma uurimisküsimusi vastavalt nendele mudelitele/mustritele, mis tekivad tekstide alusel. Koonda tekstilõike ühte. Analüüsi mustrite regulaarsust ja varieeruvust. 8) Formuleeri võimalikud hüpoteesid. 9) Kontrolli usaldusväärsust ja põhjendatust, tuues välja hälbivaid juhtumeid, osalejate arusaamisi ja selgitusi.
editing'i tagajärg. Nukleotiid positsioonis 6666, s.o C konverteeritakse deamiinimise tagajärjel U-ks. See muutus, mis toimub vaid soole rakkudes, muudab CAA koodoni UAA poolt kodeeritud Stop koodoniks ning lõpeb poole lühema valgu apoB-48 sünteesiga. 51. RNA-sõltuv vaigistamine. siRNA, miRNA. RISC kompleks. MikroRNAd (miRNAd) avastati nematoodi C. elegans geenide lin-4 ja let-7 mutatsioonide analüüsil, kus selgus, et lin-4 ja let-7 ei kodeeri valke, vaid RNAsid, mis on vaid 21 ja 22 bp pikad ning seostuvad märklaud-mRNAde 3' UTRidele. Selle interaktsiooni tulemusena nad represseerivad märklaudgeenide ekspressiooni. Arengu käigus lin-4 miRNA ekspressioon väheneb, let-7 miRNA ekspressioon on samuti arenguliselt reguleeritud. Tänaseks on leitud nematoodil ca 100 miRNAd ja vähemalt samapalju on leitud miRNAsid ka inimesel. Kõik miRNAd näivad olevat pikema ca 70bp prekursor RNA produktid. Prekursor RNA moodustab stem-
Erinevaid protsessingu radasid võidakse kasutada isegi ühe ja sama organismi piires. Esmalt lõikab prekursorit 3’- otsast endoribonukleaas RNaasE. Seejärel treivad eksoribonukleaasid RNaas PH ja RNaas T 3'-otsa parajaks. Kui tRNA on transkribeeritud pikemate prekursoritena, siis lõikavad eksonukleaasid PNPaas ja RNaas II esmalt transkripti lühemaks ja nüüd asuvad tööle 5' otsas RNaas P ja 3' otsas RNaas PH ja RNaas T. Kui tRNA geen ei kodeeri CCA-otsa, osaleb 3’ otste protsessimisel endonukleaas RNaas Z. RNaas Z sooritab lõike prekursori 3' otsas kohe pärast diskriminaatornukleotiidi (N73). Lisaks RNaas Z-le võib 3’ otsa protsessingul osaleda ka eksonukleaase, näiteks pärmi ensüüm Rex1p. Eukarüootidel leiavad nii tRNA protsessing kui ka 3'-terminaalse CCA järjestuse lisamine aset tuumas. organismides lisatakse CCA
5’UTR sisaldab RNA pol II promootorit. Alu element sisaldab kahte monomeeri, mis on eraldatud A-rikka linkerregiooniga. Üks monomeer RNA pol III promootorit. Transponeeruvad elementide jaotuvus üle genoomi ei ole juhuslik. SINEd esinevad eukromatiinis, geenirikastes R-vöötides ja LINEd paiknevad G-vöötides (AT rikkad alad, geenivaesed). SINEde korduste arv on väiksem kui LINEdel. SINEd ei ole viiruslikku päritolu, nad ei kodeeri oma pöördtranskriptaasi, on rekombinatsiooni hotspotideks. LINEd on viiruslikku päritolu. Kodeerivad oma pöördtranskriptaasi, pol II transkriptid. Mõlemad kasutavad copy paste mehanismi. • Evolutsioon – inimgenoom on suurem ning sisaldab rohkem kordusi kui ükski teine looma genoom. Retrotransposoon-kordused on väga erinevad erinevate primaatide liinides. Need erinevused on viinud 15-20% suurema inimgenoomini
kodeerib. 4. Eukarüootsete geenide ja mittekodeeriva DNA paiknemine kromosoomides. Geenide tihedus varieerub kromosoomidel suuresti: on geenirikkaid piirkondi, näiteks -globiini klaster, geenivaesemaid piirkondi ja "geenikõrbeid". Vaid väga väike osa sisaldab valkukodeerivaid eksoneid. Geeniperekonnad. Rühma duplitseeritud geene, mis kodeerivad aminohappejärjestuselt sarnaseid aga mitte identseid valke, nimetatakse geeniperekonnaks. Mittefunktsionaalne DNA. Ei kodeeri mRNAd ega ühtki muud organismile vajalikku RNAd ning ei oma mingit muud funktsionaalset tähtsust. Korduvjärjestused. Jaotuvad lihtjärjestusega DNAks (tsentromeersed alad) ja mõõdukalt korduvateks DNA järjestusteks (mobiilsed DNA elemendid). Tandemid. Tandeemselt korduvad geenid kodeerivad rRNAsid, tRNAsid ja histoone. Neid eristavad duplitseerunud geeniperekondadest identsed või peaaegu identsed valgulised või funktsionaalsed RNA-produktid. Tandemkordusega geenide paljusus
A-T-C-G-A-T- -G T-A-G-C-T-A- -C T A Mõlema nimetatud mutatsiooni puhul muutub informatsiooni (geneetilise koodi) lugemise samm (faasinihke efekt), millest omakorda muutub aminohapete järjestus polüpeptiidahelas. 3) nukleotiidipaaride asendumine - asendusmutatsioon (A-G või T-C). Asendusmutatsioon on tähenduslik ainult siis, kui see muudab koodoni tähendust ja põhjustab ühe aminohappe asendumist teisega. 2. Mõttetud mutatsioonid - tekib triplet, mis ei kodeeri ühtki aminohapet ja lõpetab polüpeptiidahela sünteesi (terminaatorkoodon). 3. Sünonüümsed mutatsioonid - koodon asendub sünonüümse (sama aminohapet kodeeriva) koodoniga ja polüpeptiidahela aminohapetejärjestus ei muutu. DNA reparatsioon Organismidel on evolutsiooni käigus välja kujunenud fermentsüsteemid, mis kindlustavad geneetilise info säilimise suhteliselt muutumatuna ja liikide püsimise. Absoluutne muutumatus katkestaks evolutsiooni.
evolutsiooni See on printsipiaalse tähtsusega kinnitus. Kas ka õige, on diskuteeritav. Loosungina õige, kuid sisult hoopis keerulisem on üritada viia läbi uus suur süntees: st. neodarvinismi ja NT vahel. Molekulaarset evolutsiooni jälgitakse kas valkude aminohappelise järjestuse varieeruvuse alusel, või veel parem - otseselt DNA järjestuse alusel. Erijuhtudel ka RNA järjestuste alusel. DNA omab olulisi eeliseid, kuivõrd a) kaugelt suurem osa genoomist ei kodeeri paljude organismide puhul valke; b) kaugeltki mitte kõik muutused geenis ei pruugi põhjustada aminohappe muutust. Neutraalse teooria (NT) ideestiku algajal (1968 - 1975) ei osatud veel sekveneerida DNA’d ja ka valkude massiline sekveneerimine evolutsioonibioloogiliste küsimuste lahendamiseks ei olnud valdavalt jõukohane. Seetõttu saadi suurem osa andmeist palju kaudsemate meetoditega - põhiliseks oli valkude elektroforeetilise liikuvuse muutuste hindamine. Nii saadud andmed aga
Juhul, kui geenis tekkinud mutatsioon ei põhjusta muutusi fenotüübis või on efekt vaevumärgatav, on tegemist vastava geeni isoalleeliga. Selliseid mutatsioone nimetatakse neutraalseteks mutatsioonideks. Need mutatsioonid võivad näiteks muuta aminohapet kodeeriva koodoni kolmandat nukleotiidi, ilma et muutuks aminohape mutantse alleeli poolt kodeeritud polüpeptiidis. Osade mutatsioonide tagajärjel tekivad nullalleelid, mille tulemusena mutantne geen ei kodeeri enam valku või kodeerib mittefunktsionaalset valku. Juhul, kui muteerunud geen kodeeris varem organismile eluliselt tähtsat valku, siis vastava mutatsiooni sattumine homosügootsesse olekusse on organismile letaalse toimega. Sellised mutatsioonid on retsessiivsed letaalsed. Näiteid mutatsioonidest, mis muudavad valgu omadusi, on palju. Üheks levinuimaks näiteks on mutatsioonid geenis, mis kodeerib inimese hemoglobiini A beeta ahelat. Näiteks T:A aluspaari asendumine
Juhul, kui geenis tekkinud mutatsioon ei põhjusta muutusi fenotüübis või on efekt vaevumärgatav, on tegemist vastava geeni isoalleeliga. Selliseid mutatsioone nimetatakse neutraalseteks mutatsioonideks. Need mutatsioonid võivad näiteks muuta aminohapet kodeeriva koodoni kolmandat nukleotiidi, ilma et muutuks aminohape mutantse alleeli poolt kodeeritud polüpeptiidis. Osade mutatsioonide tagajärjel tekivad nullalleelid, mille tulemusena mutantne geen ei kodeeri enam valku või kodeerib mittefunktsionaalset valku. Juhul, kui muteerunud geen kodeeris varem organismile eluliselt tähtsat valku, siis vastava mutatsiooni sattumine homosügootsesse olekusse on organismile letaalse toimega. Sellised mutatsioonid on retsessiivsed letaalsed. Näiteid mutatsioonidest, mis muudavad valgu omadusi, on palju. Üheks levinuimaks näiteks on mutatsioonid geenis, mis kodeerib inimese hemoglobiini A beeta ahelat. Näiteks T:A aluspaari asendumine
ekspluatatsioonikulud kasvavad koos eaga. Sel põhjusel on alates raudteevedude algusest 150 aastat tagasi arendatud ja toodetud kõigest 4-5 vagunite põlvkonda. Iga vagun on märgistatud olulise kaheksakohalise vaguni numbriga, mis sisaldab kodeeri- tud infot vaguni liigi, telgede arvu, vaguni põhiandmete, omandi staatuse (üldpargi- või eravagun) ja pidurisüsteemi kohta. Vagunite tootmisel on suunatud peatähelepanu vagunite kandevõime ja kaubamahutavuse võimalikult paremale kasutamisele
annaabi.ee 
