Bach hakkas uut töökohta otsima. Töötas hertsogi õukonnaorganisti ja kammermuusikuna. Sellel perioodil puutus Bach kokku Antonio Vivaldi loominguga, mis mõjutas tema muusikat tugevalt. Bach kirjutas Antonio Vivaldi kontsertide traskriptsioone, töötlusi orelile. Oreliteostest on Weimaris kirjutatud tuntud ja tema ainus taoline teos Passacaglia orelile. Orelile · Passacaglia c-moll BWV 582. · Orgelbüchlein BWV 599-644 Klaviirile · Inglise süiidid. BWV 806-811 Bach lahkus Weimarist konflikti tõttu hertsogiga, kuna teda ei palutud kapellmeistri ametisse. Aastal 1717 läks Bach Köthenisse, kus ta töötas õuekapellmeistrina. Sealses kalvinistlikus õukonnas aga ei tohtinud orelit mängida, mistõttu kirjutas Bach nüüd kirikumuusika asemel orkestriteoseid ja klavessiinimuusikat. Tuntud teosed klaviirile · Hästitempereeritud klaviir kahes osas. Esimene osa Köthenis kirjutatud BWV 846-869. Siin
17001702 õppis Bach lüneburgis ning laulis sealses kooris. 1705 aastal tegi ta õppereisi lübeckisse, et kuulata Dietrich Buxtehude orelimängu. Dietrich Buxtehude looming oli paljuski mõjutanud Johann Sebastian Bachi varajast loomingut. Bach viibis lübeckis kolm kuud kauem, kui lubatud ning ta läks töölt minema. Orelile Passacaglia cmoll BWV 582. Orgelbüchlein BWV 599644 Klaverile Inglise süiidid. BWV 806811 Tuntud teosed klaviirile Hästitempereeritud klaviir kahes osas. Esimene osa Köthenis kirjutatud BWV 846 869. Siin on 24 prelüüdi ja fuugat, mis paiknevad kromaatiliselt helistike kaupa. Prantsuse süiidid. BWV 812817 Tuntud suured oreliteosed 6.Triosonaati orelile BWV 525530 Tokaata ja Fuuga dmoll ("Dorische Toccata und Fuga") BWV 538 18 Koraali BWV 651668 6 SchüblerChorale BWV 599544 Klaviirile Hästitempereeritud klaviir. Teine osa BWV 870893.