Kaljulaid oli 16. jaanuarist 2012 kuni 10. oktoobrini 2016 Tartu Ülikooli nõukogu esimees. 2015. aasta septembris valiti ta Poliitikauuringuta Keskuse PRAXIS juhiks, kuid asendaja puudumise tõttu Euroopa Kontrollikoja liikme ametis ei saanud ta Praxise juhi ametisse astuda. Seejärel tehti talle ettepanek asuda PRAXISe nõukogusse, kus ta alustas tegevust juulis 2016. Septembris 2016 valis Riigikogu kantselei juurde moodustatud arenguseire nõukogu Kaljulaidi oma esimeheks. Aastatel 20012004 kuulus ta Isamaaliitu, kuid valimistel kandidaadina ei osalenud. Kaljulaid astus Isamaaliidust välja Euroopa Kontrollikoja liikmeks saades, et tagada oma sõltumatus ja siduda end lahti erakonnapoliitikast. 2016. aasta Eesti presidendivalimistel tegi Riigikogu vanematekogu 27. septembril pärast presidendi valimata jäämist valimiskogus Kersti Kaljulaidile ettepaneku kandideerida
kuna see on kõigi eraasi ja eravabadus ning, et riik peab kaitsma inimesi, et rahvast uskumise või mitte uskumise pärast taga ei kiusataks. Olen sellega täiesti nõus. Meil on ikkagi siin riigis vabadus ning keegi pole sunnitud tegema, uskuma või ütlema seda, mida ta ei soovi. Kiusata kedagi erinevuse pärast, ei oleks väga eetiline, kuid paljud ei mõista seda kahjuks. Põhiliseks vastuseisjaks on poliitik Mart Helme, kes arvab hoopis teisiti. Ta tõi välja Kersti Kaljulaidi öeldud lause, et ta püüab olla kõikide lõhede ühendaja. Tuues selle välja, ütles Helmet: „Ta külvab hoopis uusi lõhesid. Oma käitumisega ässitab ta eri vaatega inimesi üksteise vastu sõna võtma.“ Ta ütles, et jõulude ajal kirikus käimine on osa meie kultuurist ja traditsioonidest. Mainis ka ära veel, et president peaks arvestama kõigi erinevate ühiskonnagruppidega. Ta arvab, et president on asunud Nõukogude liidule omasele võitleva ateismi positsioonile.