Eukarüoodid
tekkisid umbes samal ajal kui esimesed prokarüoodid (nn. kolm domeeni: Bacteria, Archaea
ja Eucarya; Woese et al., 1990), hoopis tunduvalt hiljem ja mingist bakterite (Bacteria sensu
Woese) harust (Cavalier-Smith, 2002) või hoopis kahe prokarüoodi ühinemisel (nt. Rivera &
Lake, 2004), pole veel päris kindlaks tehtud. Vanimad eukarüootide kivistised on 1,5
(võibolla isegi 1,7-1,9) miljardit aastat vanad, kuid neid ei ole võimalik kindlalt paigutada
ühessegi tänapäeval elavasse rühma (Javaux et al., 2003; Katz et al., 2004).
Eukarüootide evolutsioonis on olulist rolli mänginud endosümbioos. Kahte tüüpi organellid
plastiidid (kloroplastid) ja mitokondrid pärinevad kunagi eukarüoodi poolt fagotsütoosi teel
omandatud bakteritest. Mitokonder pärineb -proteobakterist ning algselt ilma mitokondrita
eukarüoote pole suure tõenäosusega olemas. Kõikidel amitokondriaalsetel (mitokondrita)