Ta on Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia professor ja dirigeerimisosakonna juhataja. 1980 saavutas kammerkoor Ellerhein 1. auhinna Béla Bartóki nimelisel rahvusvahelisel koorikonkursil Ungaris. Tänu selle edu tõttu saadud riiklikule rahastamisele sai Kaljuste muuta koori elukutseliseks ja 1981 võeti kasutusele uus nimi ENSV Riikliku Filharmoonia Kammerkoor. Koori tegevuse käigus sai selgeks vajadus stabiilse instrumentaalkoosseisu järele, mis viis Tallinna Kammerorkestri asutamiseni 1993. 19942000 oli Tõnu Kaljuste Rootsi Raadio Koori peadirigent 19982000 Madalmaade Kammerkoori peadirigent. 2001. aastal lõpetas Tõnu Kaljuste töö Eesti Filharmoonia Kammerkoori peadirigendina ja tema mantlipärijaks sai Paul Hillier. 2004 käivitas Tõnu Kaljuste uue projektiteatri Nargen Opera. Töö dirigendina 19711981: Kammerkoor Ellerhein, sh peadirigent alates 1974
Ta on Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia professor ja dirigeerimisosakonna juhataja. 1980. aastal saavutas kammerkoor Ellerhein 1. auhinna Béla Bartóki nimelisel rahvusvahelisel koorikonkursil Ungaris ja Tõnu Kaljuste sai parima dirigendi auhinna. Tänu selle edu tõttu saadud riiklikule rahastamisele sai Kaljuste muuta koori elukutseliseks ja aastal 1981 võeti kasutusele uus nimi ENSV Riikliku Filharmoonia Kammerkoor. Koori tegevuse käigus sai selgeks vajadus stabiilse instrumentaalkoosseisu järele, mis viis Tallinna Kammerorkestri asutamiseni 1993. Koor ja orkester on teinud tihedat koostööd. Aastal 19942000 oli Tõnu Kaljuste Rootsi Raadio Koori peadirigent ja aastatel 1998 2000 Madalmaade Kammerkoori peadirigent. Neist esimene oli talle eriti tähtis, kuna Rootsi koori oli kuulsaks teinud Kaljustele suurt mõju avaldanud dirigent Eric Ericsson. 2001. aastal lõpetas Tõnu Kaljuste töö Eesti Filharmoonia Kammerkoori peadirigendina ja tema
Aastal 1980 kirjutas ta alla 40 kirjale. 1980 saavutas kammerkoor Ellerhein 1. auhinna Béla Bartóki nimelisel rahvusvahelisel koorikonkursil Ungaris ja Tõnu Kaljuste sai parima dirigendi auhinna. Tänu selle edu tõttu saadud riiklikule rahastamisele sai Kaljuste muuta koori elukutseliseks ja 1981 võeti kasutusele uus nimi ENSV Riikliku Filharmoonia Kammerkoor. Koori tegevuse käigus sai selgeks vajadus stabiilse instrumentaalkoosseisu järele, mis viis Tallinna Kammerorkestri asutamiseni 1993. Koor ja orkester on teinud tihedat koostööd. 19942000 oli Tõnu Kaljuste Rootsi Raadio Koori peadirigent ja 19982000 Madalmaade Kammerkoori peadirigent. Neist esimene oli talle eriti tähtis, kuna Rootsi koori oli kuulsaks teinud Kaljustele suurt mõju avaldanud dirigent Eric Ericsson. 2001. aastal lõpetas Tõnu Kaljuste töö Eesti Filharmoonia Kammerkoori