Suurim muudatus K24A3 paigalduseks on siiski seotud mootori juhtseadega. Kuna uus mootor parameetritelt erinev siis ei ole võimalik kasutada originaal juhtarvutit standardsel kujul. Lahenduseks oli kaks varianti, kas soetada seade, millega võimalik originaal juhtseade üle kirjutada või siis paigaldada programmeeritav juhtseade. Programmeeritavad juhtseadmete maksumus oli oluliselt kallim ning paigaldamine eeldas ka juhtmestiku muutmist. Seeläbi osutus valituks Hondata Flashpro, ehk seade millega on võimalik originaal juhtarvuti üle kirjutada. Võimalik on reaalaajas andmete kuvamise/salvestamine ning hilisem andmete analüüsimine. Antud seadet on võimalik kasutada ainult ühe auto peal korraga. Juhtarvutit üle kirjutades lukustub seade konkreetsele autole. Kuna juhtarvuti üle kirjutamine pole võimalik töötava mootoriga siis selleks toiminguks on vaja mootor seisata. See muudab aga seadistamise ajamahukamaks, mis on antud seadme puhul miinuseks.