"Re-load" on esimene Metallica plaat, kus teeb kaasa külalisesineja Marianne Faithfull laulab laulus "The Memory Remains". 1998 aastal viibis Metallica kontserdireisil. Ühtlasi ilmus kaverialbum "Garage Inc". 2001. aastal, kui bänd plaanis minna stuuiosse uut albumit lindistama, teatas bassist Jason Newsted, et ta lahkub bändist, tuues põhjuseks füüsilised kahjustused, mida ta endale oli muusikat mängides teinud. hiljem selgus siiski, et peamiseks põhjuseks olid vastuolud James Hetfieldiga, kes vastustas Newstedi kõrvalprojekti, bändiga Echobrain, tegelemist. Et suhted bändis olid üldiselt halvad, oli bänd palganud endale psühhoterapeudi, mis Newstedi sõnul oli "nõrk ja lame". Järgmiseks hoobiks oli Hetfieldi minek alkoholi võõrutusravile 2001. aasta juulis, misjärel bändi funktsioneerimine lakkas. Ulrich ja Hammet pidid esimest korda Metallica ajaloos kaaluma tõsiselt bändi eksisteerimise lakkamise võimalust. Siiski otsustas Hetfield pärast
2000. aastal tekkisid Metallical probleemid Napsteriga. Metallica leidis, et nende lugu ,,I Disappear" oli pandud internetti üles, mida saadi Napsterist tasuta alla laadida. Bändi liikmed ütlesid, et see on autoriõiguste rikkumine ning algatasid selle vastu kohtuasja, mis nõudis, et kõik kes levitasid bändi loomingut, tuleks eemaldada faililevitusvõrgust. Järgmine tagasilöök Metallicale oli see, et Newsted teatas, et ta lahkub bändist. Tema lahkumise põhjuseks olid konfliktid James Hetfieldiga. Peale seda jäi bändi bassimängijat asendama Bob Rock. Newstedi asemele võeti 2003. aastal Robert Trujillo, kes on siiamaani jäänud Metallicasse. Juunis 2003 avaldas Metallica oma kaheksanda täispika stuudioalbumi ,,St. Anger". Selle muusika on hoopis teise stiiliga kui bändi varasem looming. Seetõttu sai album ka palju kriitikat, eriti märgiti seda, et Hetfieldi vokaal on liiga pehme ja paindlik, Ulrichi trummid