Klassifikatsioon geeniperekondadesse toimub DNA järjestuse homoloogia alusel: *Paljud polüpeptiidide ja ka mittekodeeriva RNA geenid koonduvad DNA järjestusel põhinevatesse geeniperekondadesse, mis omavad suurt perekonnasisest järjestushomoloogiat. Paljud perekonna liikmed võivad olla mittefunktsionaalsed s.t. pseudogeenid ja geenide fragmendid. *Klassikalised geeniperekonnad on järjestuselt väga sarnased ja tekkinud peamiselt duplikatsioonide tagajärjel (histoonid, globiinid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud domäänide osas (transkriptsioonifaktorid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud lõikude osas (sarnaseid lõhikesi motiive omavad geeniproduktid)(DEAD box, WD kordus). *Mõned evolutsiooniliselt kauged geeniperekonnad liigitatakse superperekondadesse (produktid strukturaalselt ja/või funktsionaalselt kaudselt seotud, nt. immuunglobuliinide ja G-valkudega seotud
16. Geeniperekonnad. Klassifikatsioon geeniperekondadesse toimub DNA järjestuse homoloogia alusel: Paljud polüpeptiidide ja ka mittekodeeriva RNA geenid koonduvad DNA järjestusel põhinevatesse geeniperekondadesse, mis omavad suurt perekonnasisest järjestushomoloogiat. Paljud perekonna liikmed võivad olla mittefunktsionaalsed s.t. pseudogeenid ja geenide fragmendid. Klassikalised geeniperekonnad on järjestuselt väga sarnased ja tekkinud peamiselt duplikatsioonide tagajärjel (histoonid, globiinid), Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud domäänide osas (transkriptsioonifaktorid), Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud lõikude osas (DEAD box, WD kordus), Mõned evolutsiooniliselt kauged geeniperekonnad liigitatakse superperekondadesse (produktid strukturaalselt ja/või funktsionaalselt kaudselt seotud, nt. immuunglobuliinide ja G-valkudega seotud retseptorite superperekond)
genoomi muude elementide kogum. Geograafiline liigiteke - vt. erimaine liigiteke. Geokronoloogia - geoloogiline ajaarvamine; geoloogiliste ajaüksuste piirid kivimite ja kivististe vanusehinnangute alusel. Geokronoloogilise skaala suurimad ajaüksused alates pikimast on eeonid, aegkonnad ja ajastud. Globaalökoloogia - uurib suuri üleplaneedilisi muutusi ja seoseid biosfääris. (Näiteks, kuidas mõjub vihmametsade raiumine kliimale). Globiinigeenid - globiine kodeerivad geenid. Globiinid on müoglobiini ja hemoglobiinide polüpepetiidid. Inimese hemoglobiinides sisalduvaid globiine on kaht põhitüüpi: alfa ja beetatüüpi, kummaski on alltüübid, mis avalduvad ontogeneesi eri arengujärkudes. Globulaarne valk - teraja kujuga valk. Globulaarne kuju on iseloomulik kolmandat järku struktuuriga valkudele. Glükogeen (loomne tärklis) - loomadele ja seentele omane energeetiline varuaine. Polüsahhariid, mille monomeerideks on glükoosi molekulid.
C-paradoks ongi küsimus, miks erinevatel liikidel on erinev genoomi suurus, mis ei ole seotud näiteks liigi arenguastmega. Miks ei näita genoomi suurus liigi keerukust? 12. Millised erinevused tooksid esimesena välja kui võrdleksid rRNA geeniklastri ja globiini geeniklastri evolutsioone?geeniklaster grupp lähestikku paiknevaid geene, mis määravad sama või sarnase produkti teket. Lähedastel liikidel on sarnased geeniklastrid (ühine eellane). Globiinid on arenenud divergentses evolutsioonis, geen duplitseerus enne liigiteket ehk jäljendab fülogeneetilist põlvnemist, koopiatel on erinev funktsioon. rRNA tekkis geenikonversioonil, ühe lookuse info on viidud tervesse geeniklastrisse, genoomis on liigispetsiifilised geenid, produkte on vaja kiiresti ja palju mistõttu on nende koopiaid palju. 1. Millised uut tüüpi mehhanismid on pidanud tekkima koos multitsellulaarsusega ja mitmel korral on multitsellulaarsus tekkinud?
· Geneetiline lokalisatsioon - Klassikalise geneetika reeglite järgi peaks iga valku- kodeeriv DNA segment olema haploidses tuumas ühekordselt. Tegelikult on aga taimede ja loomade erinevate geenide kloneerimine näidanud, et vaid 25-50% valku-kodeerivatest geenidest on hulkraksete organismide genoomis esindatud üksikuna; ülejäänud on duplitseerunud. Duplitseerunud geenid kodeerivad mitteidentseid sugulasvalke (näiteks beeta-globiinid, tubuliinid). Duplitseerunud geenid pole enamasti identsed, vaid koosnevad väga sarnastest järjestustest, mis kodeerivad sarnaseid valke. Mõned geeniperekonnad võivad aga sisaldada sadu liikmeid (näiteks immunoglobuliinid, transplantatsiooni antigeenid). Lisaks funktsionaalsetele duplitseerunud geenidele esineb genoomis ka duplitseerunud mittefunktsionaalseid geenikoopiaid e. pseudogeene.
Genoomide suurus - kõige väiksemad genoomid on endosümbiontsetel bakteritel. Carsonella rudii 160 kb (kõige suuremate viiruste genoomid on pea 10x suuremad kui sellel), Buchnera aphidicola 422 kb - osa geene on „ümber kolinud“ peremehe kromosoomidesse Mudelliigid: nematood, äädikakärbes/ puuviljakärbes, kerakala, hiir Geenide homoloogia alusel saab teha geeni puid. Globiini geenid on tekkinud on tekkinud duplikatsioonide tagajärel. On selgunud, et β- globiinid on tekkinud ühest ja samast eellasest. Et saaks uus geen tekkida, peab ta enne duplitseerima. Morfoloogia mitmekesisuse tekitamiseks mustrit määravad geenid. Need võivad olla kas transkriptsioonifaktorid või – repressorid. Tavaliselt on seotud transkriptsiooniga ja selle reguleerimisega, kas positiivse või negatiivse reguleerimisega. Koertel geenid väga sarnased, erinevused just nendes transkriptsiooni regulatsiooni määravates geenudes. Neil ei ole kuigi olulist geneetilist erinevust