NB! Looduslikud vahad on komplekssed segud erinevat klassi ühenditest Glütserofosfolipiidid ehk fosfoglütseriidid Polaarsed fosforüül-X pearühmad Bioloogiliste membraanide X-OH Fosfolipiidi nimi olulised koostisosad- membraanilipiidid Vesi fosfatiidhape i. etanoolamiin fosfatidiilatanoolamiin NB
Mõisted: 1. Nukleosiid koosneb lämmastikalusest ja suhkrust 2. Nukleotiid Lämmastikalus( puriin v pürimidiin) + suhkur+fosforhappe jääk ( fosforüül) 3. Oligonukleotiid RNA v DNA jupp, mis koosneb mitmest nukleotiidist( tavaliselt kuni 20 nukleotiidi) oligonukleotiid on lühike DNA/RNA järjestus 4. Geen- DNA molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni ( mRNA vahendusel) ühe VALGU sünteesiks ( rRNA ja tRNA geenid ei kodeerivalgumolekule 5. DNA denaturatsioon - vesiniksidemete katkemine ja polünukleotiidiahelate lahknemine ( kõrge temp
Glütserofosfolipiidid ehk fosfoglütseriidid Bioloogiliste membraanide olulised koostisosad membraanilipiidid Glütserofosfolipiidide struktuur glütserool3fosfaat posits. C1 ja C2 esterifitseeritud rasvhappe poolt fosforüül seotud rühmaga X Sageli C1 küllastunud, C2 küllastumata rasvhape Glütserofosfolipiidid on amfipaatsed mittepolaarse saba ja polaarse pearühmaga fosforüülX Polaarsed fosforüülX pearühmad XOH Fosfolipiidi nimi
fosfoatsüülester kõrge energiasisaldusega molekuliks ja seotakse fosfaat ATP kujul. 3PG konverteeritakse esmalt 2PGks fosfoglütseraadi mutaasi toimel ja 2PG omakorda enolaasi reaktsioonis fosfoenoolpüruvaadiks (PEP). 10. Püruvaadi kinaas Glükolüüsi raja viimases reaktsioonis konverteeritakse PEP püruvaadiks reguleeritava ensüümi püruvaadi kinaasi (PK) poolt. Reaktsioon on tugevalt eksergooniline. Reaktsiooni tulemusel kantakse fosforüül üle ADP koosseisu ning seega moodustub ATP. Fosfaadi eemaldamise tulemusel PEP kossseisust moodustub esmalt ebastabiilne enoolvorm, mis tautomeriseerub spontaanselt stabiilsemaks püruvaadi ketovormiks. Selle reaktsiooni arvele langeb oluline osa PEP hüdrolüüsi vabaenergiast. Anaeroobne glükolüüs, fermentatiivsed reaktsioonid Aeroobsetes tingimustes metaboliseeritakse püruvaat enamikes rakkudes edasi TCA tsükli vahendusel. Anaeroobsetes tingimustes konverteeritakse püruvaat
Kvalitatiivse analüüsi puhul pole tavaliselt vaja reagente täpselt mõõta, piisab silmamõõdust ja suurusjärguga arvestamisest. 1.1 VALKUDE REAKTSIOONID Valgud on polüpeptiidid, mille ,,ehituskivid" aminohapped on omavahel ühendatud peptiidsidemetega. Peptiidside tekib aminohapete karboksüülrühma ja aminorühma vahel, eraldub vesi. Erinevaid valkude koostises sisalduvaid aminohappeid on 20. Vahel leidub valkudes ka üldlevinud aminohapete hüdroksü-, metüül-, fosforüül- jt derivaate. Valkude puhul võib eristada primaarset, sekundaarset, tertsiaarset ja kvaternaarset struktuuri. Need struktuurid on fikseeritud nõrkade vastasmõjude ja keemiliste sidemetega. Valgu ruumilise struktuuri lagunemist nimetatakse denaturatsiooniks, mis võib põhjustada valgu väljasadenemist. Valgu peptiidsidemete lagunemist nimetatakse valgu hüdrolüüsiks. Valkude kindlakstegemiseks kasutatakse värvusreaktsioone, väljasadestamist, väljasoolastamist, üld- ja erireaktsioone
1.1 VALKUDE REAKTSIOONID Valgud on polüpeptiidid, mis koosnevad aminohapetest ning on omavahel ühendatud peptiidsidemetega. Peptiidside tekib aminohapete karboksüülrühma ja aminorühma vahel, eraldub vesi ehk toimub kondensatsioonireaktsioon. Erinevaid valkude koostises sisalduvaid aminohappeid on 20, mida nimetatakse ka proteogeenseteks aminohapeteks. Vahel leidub valkudes ka üldlevinud aminohapete hüdroksü-, metüül-, fosforüül- ja teisi derivaate. Valkude puhul võib eristada primaarset, sekundaarset, tertsiaarset ja kvaternaarset struktuuri. Need struktuurid on fikseeritud nõrkade vastasmõjude ja keemiliste sidemetega. Valgu ruumilise struktuuri lagunemist nimetatakse denaturatsiooniks, mille juures võib näha valgu väljasadenemist. Valgu peptiidsidemete lagunemist nimetatakse valgu hüdrolüüsiks. Valkude
amiid- ehk biokeemias tuntud peptiidsidemete abil. Peptiidside moodustub ühe aminohappe karboksüülrühma ja teise aminohappe aminorühma vahele. Kuna peptiidsideme moodustumisel eraldub vesi, võib seda nimetada ka kondensatsioonireaktsiooniks. Valkude koostises leidub 20 üldlevinud aminohapet proteogeensed aminohapped. Mõningates valkudes on ka ebaharilikke aminohappeid, peamiselt üldlevinud aminohapete hüdroksü-, metüül-, fosforüül- jt derivaate. Tuntud on ka rida aminohappeid ja nende derivaate, mida ei leidu valkudes, kuid mis täidavad olulisi füsioloogilisi funktsioone (- aminobutüraat, -alaniin, ornitiin jt). Proteogeensed aminohapped jaotatakse polaarsuse järgi: a) Polaarsete mitteionogeensete radikaalidega: Gly, Ser, Asn, Gln, Thr, Cys, Tyr b) Ionogeensete radikaalidega aluselised: Arg, Lys, His c) Apolaarsete radikaalidega: Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp, Pro
karboksüülrühma reageerimisel teise aminohappe aminorühmaga. Kuna peptiidsideme moodustumisel eraldub vesi, võib seda nimetada ka kondensatsioonireaktsiooniks. Peptiidside on osalise kordsuse tõttu planaarne ning enamasti trans-konformatsioonis. Valkude koostises leidub 20 üldlevinud aminohapet, mida nimetatakse proteogeenseteks aminohapeteks. Lisaks neile sisaldavad mõningad valgud ka nn ebaharilikke aminohappeid, peamiselt üldlevinud aminohapete hüdroksü-, metüül-, fosforüül- jt derivaate. Tuntud on ka rida aminohappeid ja nende derivaate, mida ei leidu valkudes, kuid mis täidavad olulisi füsioloogilisi funktsioone (-aminobutüraat, -alaniin, ornitiin jt). Valgud, nagu teisedki biopolümeerid, täidavad oma funktsioone tänu iseloomulikele ruumilistele struktuuridele, mis tulenevad primaarsest struktuurist, st aminohapete valikust ja järjestusest polüpeptiidahelas. Ahela lokaalset korrapärastumist iseloomustab
peptiidsidemete abil. Peptiidside moodustub ühe aminohappe karboksüülrühma reageerimisel teise aminohappe aminorühmaga. Kuna peptiidsideme moodustumisel eraldub vesi, võib seda nimetada ka kondensatsioonireaktsiooniks. Valkude koostises leidub 20 üldlevinud aminohapet, mida nimetatakse proteogeenseteks aminohapeteks. Mõningad valgud sisaldavad lisaks neile ka nn ebaharilikke aminohappeid: hüdroksü-, metüül-, fosforüül- jt derivaate. Valkudel eristatakse peamiselt primaar-, sekundaar-, tertsiaar- ja kvaternaarstruktuure. Primaarstruktuuri puhul on tegu aminohapete järjestusega ahelas. Ahela lokaalset korrapärastumist iseloomustab sekundaarne struktuur, kogu valgumolekuli kolmemõõtmelist struktuuri aga tertsiaarne struktuur. Kui valgumolekul koosneb osamolekulidest, siis tegu on kvaternaarstruktuuriga. Struktuurid on fikseeritud nõrkade keemiliste sidemete ja vastasmõjudega.
peptiidsidemete abil. Peptiidside moodustub ühe aminohappe karboksüülrühma reageerimisel teise aminohappe aminorühmaga. Kuna peptiidsideme moodustumisel eraldub vesi, võib seda nimetada ka kondensatsioonireaktsiooniks. Valkude koostises leidub 20 üldlevinud aminohapet, mida nimetatakse proteogeenseteks aminohapeteks. Mõningad valgud sisaldavad lisaks neile ka nn ebaharilikke aminohappeid: hüdroksü-, metüül-, fosforüül- jt derivaate. Valkudel eristatakse peamiselt primaar-, sekundaar-, tertsiaar- ja kvaternaarstruktuure. Primaarstruktuuri puhul on tegu aminohapete järjestusega ahelas. Ahela lokaalset korrapärastumist iseloomustab sekundaarne struktuur, kogu valgumolekuli kolmemõõtmelist struktuuri aga tertsiaarne struktuur. Kui valgumolekul koosneb osamolekulidest, siis tegu on kvaternaarstruktuuriga. Struktuurid on fikseeritud nõrkade keemiliste sidemete ja vastasmõjudega.
valkudele, -spetsiifilised e erireaktsioonid (tiooli-, ksantoproteiini-, Milloni reaktsioon jt), mis on iseloomulikud ainult teatud aminohappeid sisaldavatele valkudele. 2. Kirjutage aminohappe molekuli üldistatud struktuurivalem. Kuidas aminohappeid klassifitseeritakse radikaali keemilise ehituse järgi? Valkude koostises leidub 20 proteogeenseteks aminohapeteks. Mõningad valgud sisaldavad ka nn ebaharilikke aminohappeid, peamiselt üldlevinud aminohapete hüdroksü-, metüül-, fosforüül- jt derivaate. Polaarsete mitteionogeensete radikaalidega: Gly, Ser, Asn, Gln, Thr, Cys, Tyr Ionogeensete radikaalidega aluselised Arg, Lys, His Apolaarsete radikaalidega: Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp, Pro Ionogeensete radikaalidega happelised: Asp, Glu 3. Kuidas tekib peptiidside? Kirjutage reaktsioonivõrrand, kasutades vabalt valitud aminohappeid. 1
LIISI KINK 31 BIOKEEMIA test I Fosforüülensüüm Atsüülensüüm Glükosüülensüüm Nukleofiilse katalüüsi puhul ensüümi mõni nukleofiilne tsenter (amiin, karboksülaat, hüdroksüül, imidasool, tiool) atakeerib substraadi elektrofiilset tsentrit (fosforüül-, atsüül-, glükosüülrühm). Elektrofiilne katalüüs esineb väga harva, siis osalevad koensüümide elektrofiilsed tsentrid. 2. Hape-alus katalüüsi põhimõte, ,,spetsiifiline" ja ,,üldine" hape-alus katalüüs. Seriinproteaaside esindajad, ,,katalüütiline triaad" ja selle roll katalüüsis. Üldine hape-alus katalüüs on katalüüs, mille puhul siirdeseisundis kantakse üle üks prooton. ,,Spetsiifilises" hape-alus katalüüsis osaleb kas H+ või OH-, mis
kondensatsioonireaktsiooniks. Peptiidside on osalise kordsuse tõttu planaarne ning enamasti trans-konformatsioonis. 4 Peptiidsideme moodustumine Valkude koostises leidub 20 üldlevinud aminohapet, mida nimetatakse proteogeenseteks aminohapeteks. Lisaks neile sisaldavad mõningad valgud ka nn ebaharilikke aminohappeid, peamiselt üldlevinud aminohapete hüdroksü-, metüül-, fosforüül- jt derivaate. Tuntud on ka rida aminohappeid ja nende derivaate, mida ei leidu valkudes, kuid mis täidavad olulisi füsioloogilisi funktsioone (-aminobutüraat, -alaniin, ornitiin jt). 5 Proteogeensete aminohapete struktuurid ja jaotus polaarsuse järgi Polaarsete mitteionogeensete radikaalidega: Gly, Ser, Asn, Gln, Thr, Cys, Tyr Ionogeensete radikaalidega aluselised (sinisel taustal): Arg, Lys, His
annaabi.ee 
