ALUSELISE FOSFATAASI ENSÜÜMIKINEETIKA PROTOKOLL Koostanud: LUISE TIKS YASB61 112332 SISSEJUHATUS Aluseliseline fosfataas on laia substraatspetsiifilisusega fosfomonoesteraas, mille poolt katalüüsitavaid reaktsioone võib üldistatult esitada järgimise võrrandiga: R O PO3 2- + H2O = R- OH + HPO4 2- R tähistab mitmeid erinevaid ühendeid, nagu mono-, oligo- ja polüsaahariidid, mono-, oligo ja polünukleotiidid jt. Aluselised fosfataasid on looduses laialt levinud, kuid tavaliselt isoleeritakse seda ensüümi E.colist või veise soolestikust
Proteaas, mis lõhub valke. Seda kasutatakse liha pehmendamiseks, kala nülgimiseks, loomanahalt karvade eemaldamiseks ning pesupulbrite koostisosana. Markerensüümid Markerensüümid on olulised haiguste kindlakstegemisel. Kui markerensüüm ilmub verre, on tegu vastava koe kahjustusega, kust ensüüm pärit on. Tähtsamad markerensüümid on: kreatiini kinaas (CK), laktaadi dehüdrogenaas (LDH), aspartaadi aminotransferaas (AST), alaniini aminotransferaas (ALT), aluseline fosfataas (ALP), happeline fosfataas (ACP), plasma koliini esteraas (PChE). vm - maksimaalne substraadi kontsentratsioon reaktsiooni kiiruses. Km- michaelise konstant (mol/l) G- gibsi vabaenergia Reaktsiooni kiirust saab muuta: substraadi kontsentratsiooniga, ensüümi kontsentratsiooniga, temperatuuriga Allosteeriline ensüüm- Inhibiitorid- ained, mis võimaldavad vähendada reaktsiooni kiirust (pidurdavad reaktsiooni) · Konkureeriv inhibiitor (max kiirus jääb samaks)
4. Kirjelda järgnevate ensüümide funktsiooni: Pöördtranskriptaas:sünteesib DNA kasutades RNA ahelat Terminaalne deoksünukleotiid transferaas (TDT): Katalüüsib pöördumatu dNTP lisamine DNA 3' otsa hüdroksüül-rühma peale. Kasutatakse radioaktiivseks märgistamiseks, kloonimisel (RACE tehnika), et lisada homopolümeersed osad DNA molekuli 3' otsale kloonimiseks. Alkaalne fosfataas ,,BAP": bakteriaalne alkaalne fosfataas, mis eemaldab 3´ ja 5´ fosfaatrühmad DNAst ja RNAst. Tähtis roll kloonimisel: defosforüülib 5´-fosforüülitud otsa selleks, et takistada vektori ise-ligeerimist. BAP aktiivne 65°C juures for at least 1 h ja seda inaktiveeritakse phenol extraction. Alkaalne fosfataas ,,CIP": fosfataas, mis eemaldab 3´ ja 5´ fosfaatrühmad DNAst ja RNAst. Hüdrolüüsib NTPd ja dNTPd. Kasutatakse kloonimisel, et vältida korduvat
tervisele Glc-laktaat ringlus PyrDH Koostis: 3 ensüümi ja 5 koensüümi otsekontaktis ja vaheühendid ei vabane (südamelihases, neerudes, maksas) Funktsioon: püruvaadi pöördumatu dekarboksüülimine atsetüül-CoA-ks (PFT atsetüül-CoA põhitootja) Häired: spinotserebraalne ataksia, tõsine laktatsidoos ja neuroloogilised häired Töö: allosteeriliselt ja hormonaalselt reguleeritud (aktivatsioon- fosfataas, INS, noradrenaliin), inaktivatsioon-kinaas) Kuidas tekib 1 ATP sukstinaadi sünteesil? Sukstinüül-CoA muundamine sukstsinaadiks toodab tioorsideme hüdrolüüsi arvel GTP, mille arvel sünteesitakse ATP. Tsitraadi süntaasi aktiivsus sõltub atsetüül-CoA, Ca2+,atsüül- CoA. NADPH tähtsus ATP tootmine NO süntees Rasvhapete süntees (maksas, piimanäärmes ja rasvkoes) Steroidide süntees (neerupealistes, aminohapete süntees)
ensüümide abil lagundab ja teiselt poolt istuvaid näärmeid, mille ülesanne on toitaineid vastu võtta ja mis mõnel liigil ka puuduvad. Väikesed loomad, enamasti putukad, keda suhkrut sisaldav nõre ligi meelitab, jäävad seda puudutades sinna kinni, sest kleepuv lima ei võimalda neil edasi liikuda. Nad kas surevad kurnatusse või lämbuvad püdela nõre kätte, mis nõrgub õhusoontesse ja need ummistab. Samal ajal eritab taim ensüüme (näiteks esteraas, peroksidaas, fosfataas ja proteaas), mis saaklooma aeglaselt lagundavad ja temas sisalduvaid toitaineid vabastavad. Istuvad näärmed resorbeerivad need toitained ning kasutavad neid taime kasvamiseks.Kogu püügilehe liikuvus on liigiti erinev. Huulheina perekonnas on arvukalt lehekujusid, mis võivad olla väga erinevad. Lehed võivad olla leherootsuga või ilma. Kõige ebatavalisem (väga haruline) kuju on kaheldamatult liigi Drosera binata lehel. Õied,viljad ja seemned:
Rida üks: Hormoonid D-vitamiinid Rühma kuuluvad vitamiinid D2, D3, D4, D5 JA D6. Lähedased struktuurilt kuid erinevad bioloogilistelt omadustelt. Vitamiin intensiivistab fosfori ja kaltsiumi üldist metabolismi, hüpervitaminoosi puhull esineb kudede kaltsifitseerumine. D-vitamiin mõjutab ka üldisi oksüdatsiooniprotsesse, sidrunhappe sünteesi luudes, veres, neerudes jm. Rohkem vajavad D-vitamiini lapsed, noored, rasedad ja imetajad- inimese puhul u 500 RÜ päevas, täiskasvanud vajavad vähem või üldse mitte. Ensüümid: mõiste, biokatalüütiline protsess. Katalüütiliselt aktiivsed valgud, mille vahendusel toimuvad biokatalüütilised protsessid. Iseloomulik aktiivsus esineb seoses elusraku struktuuriga. Ensüümid kiirendavad reaktsioone ja hoiavad neid käigus. Ensüümid toimivad vastavad keskkonnad ja tingimustes (pH, temperatuur). Biokatalüüs on üldisema katalüüsinähtuse alaliik. Katalüüs muudab keemiliste reaktsioonide kiirust, kuid ei muuda rea...
Pärilikud haigused SAKU GÜMNAASIUM KOOSTAS: ANNA-LIISA MURRE JUHENDAS: LAIVE JÜRIMAA KLASS: 9.A 2018 Sissejuhatus Ma valisin selle teema sest, ma tahtsin nende haiguste kohta rohkem teada ja neid lähemalt uurida. Ma sooviks teada kuidas need haigused tekivad. Ma tahan teada täpselt, mis haigustega on tegu ja kuidas neid ravida. Värvipimedus Värvipimeduseks nimetatakse haigust, mille korral ei suuda inimene eristada teatud värve, sagedamini rohelisi ning punaseid toone. Enamjaolt on värvipimedus kaasasündinud haigus, mis pärandub X-kromosoomi vahendusel. Enamikul värvipimedatest isikutest on siiski see haigus vähehäiriv. Olenevalt värvipimeduse vormist on häiritud erinevate värvide nägemine/eristamine Värvipimedus võib avalduda väga erinevate vormide ning raskusastmetega. Kõige sagedamini esineb puna-rohelist värvipimedust, mis tähenda...
Kalgend moodustub kaseiini isoelektrilises punktis (pH 4.6) (hüdrofoobsete interaktsioonide tõttu). Happekalgendis on vähe kaltsiumit jt mineraale, need vabanevad mitsellidest vesifaasi - vadakusse. Happekalgendi abil toodetakse näiteks kohupiima ja hapupiimatooteid. Põhilised vadakuvalgud piimas on β-laktoglobuliin (~50%) ja α-laktalbumiin. Väiksema osa moodustavad immunoglobuliinid, rasvagloobulite membraanivalgud ja ensüümid: hüdrolaasid (plasmiin, lipoprotein-lipaas, aluseline fosfataas, lüsotsüüm) ja oksüdaasid (laktoperoksüdaas, ksantiinoksüdaas, katalaas). Natiivses olekus ei assotsieeru vadakuvalgud omavahel ega teiste valkudega. Kuumutamisel üle 60°C vadakuvalgud denatureeruvad ja seonduvad kaseiinidega, muutes mitselli struktuuri ja suurendades tema veesidumisvõimet. See on soovitav näiteks jogurti valmistamisel (tugevam geel ja väiksem sünerees, kuid vastunäidustatud juustu tootmisel (nõrk kalgend). Peamine kaseiini kalgendav ensüüm on kümosiin (renniin)
2 trüpsiin Katalaas maks 7.3 Ribonukleaas pankreas 7.8 Arginaas maks 9.7 Aluseline fosfataas E. coli 9.8 1.5 7.5 pH
Näide neli: Atrofeeruvates rakkudes lüsosomaalsed ensüümid ei seedi enam lipiide ja nende näol kuhjub lipofustsiin, mis on seedimatu materjal. Lüsosoomid on oma kuju ja suuruse poolest heterogeensed organellid. Ühes rakus on neid tüüpiliselt kuni paarsada. Neid on kerge identifitseerida tsütokeemiliselt, tuvastades neis teatud kindlate ensüümide olemasolu. Enamlevinud marker-ensüüm, mis esineb kõikides lüsosoomides on happeline fosfataas. Lüsosoomide heterogeensus peegeldab nende funktsioonide mitmekesisust, mida täidavad temas leiduvad happelised hüdrolaasid (väliskeskkonnast tulevate osakeste lagundamine, raku enda vanade komponentide lagundamine, fagotsüteeritud mikroorganismide seedimine) Hüdrolaasid, aga peavad enne kuidagi sinna lüsosoomi pääsema, et täiendama hakkata. Need pääsevad lüsosoomidesse, sest lüsosoomidesse liikuvad valgud on märgistatud sahhariidse jäägi küljes oleva Man-6-P-ga
toimuv reaktsioon, mis kulgeb rakus pöörduvates tingimustes. Sama ensüüm katalüüsib ka glükoneogeneesi pöördreaktsiooni. Fosfoglütseraadi kinaasi ja 1,3BPG-ga on erütrotsüütides assotseerunud oluline reaktsioon, mida katalüüsib bisfosfoglütseraadi mutaas. Reaktsiooni tulemusel moodustub 2,3-bisfosfoglütseraat (2,3BPG), oluline hemoglobiini ja hapniku vahelise kompleksi moodustamise allosteeriline regulaator. 2,3-bisfosfoglütseraadi fosfataas degradeerib 2,3BPG 3-fosfoglütseraadiks, mis on tavaline glükolüüsi raja vaheühend. Seega opereerib 2,3BPG shunt 1 ATP ekvivalendi kulutamise arvel ühe tsüklit läbiva trioosi kohta. Protsess ei ole füsioloogilistes tingimustes pööratav. 8, 9. Fosfoglütseraadi mutaas ja enolaas Glükolüüsi järelejäänud osas konverteeritakse suhteliselt madala energiaga 3PG kui fosfoatsüülester kõrge energiasisaldusega molekuliks ja seotakse fosfaat ATP kujul.
Co Vitamiin B12 koostises 6. Vitamiinid: A-retinool, D-kaltsiferool, E-tokoferool, B1-tiamiin, B2-riboflaviin, B5- pantoteenhape, B6-püridoksiin, B12-kobalamiin, H-biotiin, PP-nikotiinhape, C-askorbiinhape 7. Ensüümid: 1. Oksüdoreduktaasid: Laktoperoksüdaas denatureerub temperatuuril 80°C Katalaas denatureerub temperatuuril 75°C Reduktaas piimabakterite sünteesitud 2. Hüdrolaasid: Aluseline fosfataas inaktiveerub temperatuuril 71,7°C 15 sek jooksul Lipaas denatureerub temperatuuril 80°C Proteaas Lüsotsüüm 3. Laktoferriin Mikroobide kasvuinhibiitorid piimas: I. Laktoperoksüdaassüsteem (LPS) 1. Laktoperoksüdaas - glükoproteiin 2. Tiotsüanaat SCN- (ah- tiosulfaat- tiotsüanaat) 3. H2O2 Tekib piimhappebakterite toimel LPS toimimiseks vajalik kogus 8-10 mg/l LPS toimemehhanism:
Nitraadid ja nitritid tuleb eelnevalt redutseerida ja selleks kulub energiat. Ookeanide pinnavetes on ammooniumi hulk väike ja vetikad kasutavad nitraate. Merevees on nitraatide sisaldus tavaliselt 0,2-0,4 mg/l. Mõned tsüanobakterid kasutavad molekulaarset lämmastikku. 2.2 Fosfor Vetikad kasutavad peamiselt fosfaate. Ookeanide pinnakihis fosfaatide kontsentratsioon 0,001- 0,01 mg/l. Põhjalähedastes kihtides sisaldus tõuseb. Paljudel vetikatel esineb rakus ensüüm aluseline fosfataas - mis võimaldab neil kasutada ka lahustunud orgaanilisi fosforühendeid. 2.3 Räni Si esineb veekogus lahustunud ränihapete, mittelahustunud soolade, elusate ja surnud ränivetikate näol või kompleksühenditena raua ja alumiiniumhüdroksiidiga. Räni sisaldus varieerub pinnakihis: · Troopilistes vetes ca 0,15 mg/l · Vaikses ookeanis kuni 7 mg/l Põhjalähedastes kihtides räni sisaldus tõuseb Räni on eriti oluline ränivetikate arenguks 2.4 Raud
Millist meetodit kasutatakse juuksekarvast pärineva DNA paljundamiseks, et saada seda uurimiseks piisavas koguses: a) Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) b) DNA kloonimist plasmiidi ja paliundamist bakterite abil c) DNA keemiline süntees d) Western blot 20. Milline järgnevatest ensüümidest hoiab ära restriktaasiga avatud vektorplasmiidi retsirkulatsiooni kloonimise käigus: a) Veise soole fosfataas (calf intestine phosphatase-CIP) b) T4 DNA ligaas c) DNA polümeraas I Klenowi fragment d) Taq DNA polümeraas e) AMV pöördtranskriptaas Kontrolltöö 2. 1. Milliseid eelteadmisi on vaja meid huvitava ensüümi omaduste muutmiseks ratsionaalse (re)disani meetodil? a) Ensüümi aktiivtsentri ja toimemehhanismi tundmine b) Selektsioonisüsteemi olemasolu mutantide valikuks
Aminohapete biosüntees 1. Defineerige mis on lämmastiku fikseerimine ja millised organismid on võimelised seda protsessi läbi viima. Kirjeldage milline on lämmastiku tsükli üldskeem looduses ja millisel kujul on meie organism võimeline lämmastikku kasutama biosünteetilistes protsessides. Molekulaarne lämmastik N2 muundatakse redutseeritud või oksüdeeritud vormiks. Atmosfääris leiduv N 2 on keemiliselt väga inertne ning metabolismis kasutamiseks tuleb see redutseerida NH 3 kujule. Toimub UV kiirguse ja välgu kaasabil maa atmosfääris. Eluslooduses on lämmastikku fikseerima võimelised vähesed mikroorganismid, kes redutseerivad elementaarse lämmastiku ammooniumiks. Mõned sellistest bakteritest on vabalt elavad, paljud on aga taimede, eelkõige liblikõieliste taimede, sümbiondid. Valdav enamus organisme on võimeline omastama lämmastikku NH 4+ vormis. Summaarne reaktsioon N2 + 10H+ + 8e- + 16ATP Z 2NH4+ +...
Nende seerumtase tõused tugevasti akuutse pankreatiidi puhul, sooleinfarkti ja soolemulgustuse puhul. Aspartaadi aminotransferaas (AST) ja alaniini aminotransferaas (ALT) Nad on aminorühma ülekannet katalüüsivad AH metabolismi võtmeensüümid. Aminorühma ülekanne on mahukam maksas -> AST ja ALT on maksakahjustuse markerid. Neid on ka skeletilihastes, südamelihastes ja neerudes -> meakeriteks ka lihaskahjustustele. Aluseline fosfolaas (ALP) ja happeline fosfataas (ACP) ALP lõhustab fosfomonoestrid aluselises kkonnas. Kofaktroiks on Zn ja Mg. Kuna põhikoguse moodustavad maksa ja luu isoensüüm, on need ensüümid vastava koekahjustuse markeriteks. Luu isoensüüm on osteoblast-aktiivsete haiguste marker. Maksaensüümi tõus sapitede sulgus või maksakasvaja ACP lõhustab fosfomonoestreid happelises kkonnas. Kofaktoriks on Zn ja Mg. Pankreasevähi diagnostika
surma. Spetsiifiliselt nikli homöostaasiks loodud valku ei tunta ühesgi imetajas, ei oodata nikli spetsiifilist muutust geeni ekspressioonis ja metabolismis. Paljud kahjulikud nikli toimed aktiveeruvad mitte-spetsiifiliste interaktsioonidega nikli ja makromolekulide vahel, mis tekitavad rakkudele kahjustusi. Raku käitub nikliga nii nagu teistegi metalli-ioonidega tekitades singaaliülekande kaskaadi nagu sekundaarne ülekanne, valgu kinaas, fosfataas või transkriptsioon. Nikli poolt modifitseeritud geeni transkriptsiooni seoses hapniku puudusega on uuritud palju „in vitro“ , et paremini mõista niklit kui kantserogeeni. Põletikulisi allergia ja astma sümptomeid mida tekitavad nikli ühendid on uuritud laialdaselt „in vivo“ ja on leitud üksikuid valke millel on nikliga põimumiseks soodsaid omadusi. Nikliga töötavatel isikutel tihtipeale tekivad hingamisteedega probleemid või vähk, mida pandi juba tähele 1933. aastal
Näiteks sulfaniilamiid, mis inhibeerib foolhappe sünteesi. Foolhape on vajalik mõningate mikroobide kasvuks. · Nad on konkureerivad inhibiitorid ja seostuvad mittekovalentselt · Vähem kõrvaltoimeid kuid nende toime on lühiajalisem Ensüüm Patoloogiline seisund Alaniini aminotransferaas Hepatiit Aspartaadi aminotransferaas Infarkt ja hepatiit Alkaalne fosfataas Maksa- ja luuhaigused Kreatiini kinaas Südame infarkt Amülaas Kõhunäärmehaigused Happeline fosfataas Eesnäärmevähk · tööstuslikud kasutusalad · Proteaasid - Esinevad naturaalselt kõikides organismides. Katalüüsivad peptiidide ja valkude peptiidsidemete hüdrolüüsi. Seetõttu kutsutakse neid ka proteaasideks
Pleura ja seerumi kolesterooli suhe üle 0,3 oleks iseloomulik eksudaatidele. Biokeemilised parameetrid eksudaadi jaoks Eksudaat võib tekkida mitmete erinevate haiguste tagajärjena. Efusioonivedeliku lisauuringud aitavad hinnata efusiooni koostist ja koostises esinevaid muutusi, mis omakorda võimaldavad välja selgitada võimalike efusioooni tekke põhjuseid. Biokeemilised näitajad, mida võidaks veel hinnata, on glükoos, amülaas, alkaalne fosfataas, triglütseriidid, kasvaja-markerid ja laktaat. Iga konkreetese näitaja kõrvalekalle normist võib olla viide võimalikul tekke põhjusele. Näiteks glükoosi kontsentratsioon peaks efusioonis olema seerumi väärtusega sama, kuid madalama väärtus võib viidata infektsioonile, kuid ka sellele, et patsient võib põdeda reumatoidartriiti. Laktaadi tase tõuseb infektsioosse pleuriidi või tuberkuloosi korral.
kinaasi, näiteks CycE1/CDK2, valgukompleksi ning tsükliinisõltuva kinaasi inhibiitori, näiteks p57 aktiivsustest ja omavahelistest mõjudest. G2-faasi kontrollpunktis on olulised mitoosile suunav faktor MPF (ingl. mitosis promoting factor), tsükliin A, tsükliinisõltuv kinaas Cdk2, fosfataas Cdc25 jt. M-faasi kontrollpunktis on olulised mitoosi anafaasi suunav kompleks APC (ingl. anaphase promoting complex), mis kontrollib, et metafaas oleks toimunud korrektselt ning lubab kromosoomidel liikuda raku pooluste suunas, aga ka tsükliin B, tsükliinisõltuvad kinaasid ja mitmed valgud. M – mitoos; I – interfaas; G1 – mitoosijärgne (sünteesieelne) faas; S –
I EKSAM Haiguse komplikatsioon- KOMPLIKATSIOON e. TÜSISTUS COMPLICATIO,-onis, f teiste organsüsteemide talitluslike häirete lisandumine Staas e verepais- STAAS stasis, -is, f. e. verepais tekib verevoolu aeglustumise või peatumise tagajärjel veresoontes, peamiselt kapiillaarides. Põhjused venoosne hüpereemia, sokk, põletik, nakkushaigused, keemilised tegurid jne. Tulemus veresoontes toimub erütrotsüütide agregatsioon e. kokkukleepumine. Staasi korral ei toimu vere hüübimist ja hemolüüsi. Staas on tagasipöörduv (reversiibelne) - põhjuste kõrvaldamisel võib verevool taastuda, organi talitlus normaliseeruda ning kaob erürotsüütide agregatsioon. STAASI LIIGID 1. ISHEEMILINE STAAS arteriaalses süsteemis esinevate takistuste tagajärjel tekkinud verevoolu katkemine kapillaarides 2. STAGNATSIOON stagnatio, -onis,f. venoossest paisust põhjustatud verevoolu seisak 3. TÕELINE KAPILLAARNE STAAS kapillaarse vereringe iseseisev häire. Põhjuseks...
Piima koostis Vesi- 87,3 % (85,5- 88,7%) Rasv- 3,9 % (2,4-5,5%) Rasvata kuivaine 8,8% (7,9%- 10,0%): *Valk- 3,25% *Laktoos- 4,6% *Mineraalained- 0,65 % (Ca, P, Mg, K, Na, Zn, Cl, Fe, Cu) *Vitamiinid (A, C, D jne), ensüümid (peroksidaas, katalaas, fosfataas, lipaas) Piimarasv piima kõige kõikuvam koostisosa. Et rasv piima veefaasis ei lahustu, võtavad rasvaosakesed juba epiteelirakkudes keraja kuju (rasvakuulike). Lüpsisoojas piimas on rasv emulsioonina. Piimarasva sünteesil on olulisteks lähteaineteks vatsast pärinevad lenduvad rasvhapped. Glütseriin kui rasva lähteaine pärineb osaliselt verest, osalt moodustub glükoosist. Piimavalkudest sünteesitakse piimanäärmeis kaseiin, albumiin ja globuliin. Nende sünteesi
I. BIOKEEMIA AINE. RAKU EHITUS. VESI JA VESILAHUSED. (Õpik lk 3-32) 1. Bioelemendid. Bioloogilised makromolekulid. Bioelemendid: O, H, C, N, P, S. Moodustavad 99% kõikidest aatomitest inimkehas. Elemendid on molekulide tekitamiseks sobivad, sest moodustavad kovalentseid sidemeid elektronpaaride jagamisega. Biomolekulid: Valgud (ehk proteiinid, hargnemata biopolümeerid, koosnevad 20 aminohappest, moodustavad ensüümid (lipaas),retseptorid(insuliini retseptor); Nukleiinhapped (hargnemata biopolümeerid, monomeerideks nukleotiidid (dna, rna)); Süsivesikud (ehk karbohüdraadid, monomeerideks monosahhariidid, nendest tekivad polüsahhariidid mis on seotud glükosiidsidemetega; olulised energiaallikad, osalevad ka rakk-rakk äratundmisprotsessides); Lipiidid (ei moodusta polümeere!; võimelised moodustama suuri struktuure, kuid monomeerid on ühendatud nõrkade jõududega; oluline roll energiaallikana, signaalmolekulidena). Biopolümeer valgud, n...
Kompleksi 3 ensüümi ja 5 koenüüsmi kontakteeruvad vaid füüsiliselt ja seetõttu vahepeal vaheühendeid ei vabane. PyrDH ekspresseerub väga suurel kõrges hulgas südamelihastes, neerudes ja maksas. Biokeemiline sisu: Häireteta funktsioneerimine peab alati olema tagatud Vajab vitamiinide(tiamiin, riboflaviin, pantoteenhape, nikotiinhape, lipoehape) pidevat piisavat taset rakkudes PyrDH aktiveerib fosfataas ja inaktiveerib kinaas Insuliin aktiveerib PyrDH-si Shoki puhul tekkiv hapniku defitsiit pärsib PyrDH Trikarboksüülhappe tsükkel e TKT e tsitraaditsükkel e Krebsi tsükkel on inimkeha keskne metaboolne rada, mis seostab süsivesikute, lipiidide, aminohapete metabolismi. Kataboolses mõttes on TKT põhiroll süsivesikute, lipiidide valkude eelneva lõhustumise käigus tekkinud keskse metaboliiidi(atsetüül-COA) täielik lõhustumine
G(+) stafülokokk (värvub lillakassiniseks) G(-) Escherichia coli (värvub punaseks) G(+) bakteril katab rakumembraani paks peptidoglükaankiht. G(-) bakteri peptidoglükaankiht on õhuke. Selle peal paikneb täiendav kesta kiht välismembraan, mille ehitus meenutab rakumembraani. Ruumi, mis g(-) bakteritel paikneb rakumembraani ja välismembraani vahel, nimetatakse periplasmaks. Periplasma pole tühi ruum. [Periplasmas on näiteks ribonukleaas, aluseline fosfataas, penitsillinaas, transporterite seostusvalgud, formiaat-vesinik lüaas, tsütokroom C, osa rakukesta sünteesi ensüüme jne.] G(+) bakterite rakukest koosneb: 1) paksust (20-80 nm) peptidoglükaankihist, mis moodustab kuni 80% rakukesta massist, 2) Kestateihhuuhapetest, mis läbistavad peptidoglükaankihti, 3) Lipoteihhuuhapetest, mis seostuvad ka membraani lipiidkihiga. 4) Vahel rüügitakse ka G(+) rakukesta puhul rakukesta periplasmast (ruum membraani ja
9.Immunohistokeemilise värvingu meetodil võib esineda mittespetsiifiline tausta värving: nimeta põhjus, kuidas vältida -Prim või sek ak mitte-spetsiifiline seondumine -Pesu pole korralikult tehtud -Endogeensed ensüümid 10.Millised kontrollvärvingud on vajalikud teostada immunohistokeemias 11.Nimeta peamised immunohistokeemilised meetodid -Immunofluorestsents meetod -PAP - peroksidaas-antiperoksidaas meetod -APAAP meetod alkaalne fosfataasantialkaalne fosfataas meetod -Avidiin biotiin meetod 12.Mis on kaksikvärving -Vaja ak-produtseeritud erinevates loomades/rabbit, goat/ -Kui erinevates loomadest võib kasutada nende mikstuuri (hoiad aeg kokku) -sek ak valik -Vastava substraadi valik 13.Immunohistokeemilisel värvingul tekkis väga nõrk signaal. Nimeta 5 peamist põhjust. -Ak lahjendus liiga nõrk -Ak ei seondu (ei tunne ära) proteiini 34 -Ak vana, valesti käsitletud
renaturatsiooni puhul see lühike sond seondub eelistatult DNA ahelaga, sest alati lühike nukleotiidi järjestus seondub pika ahelaga paremini kui kaks pikka ahelat omavahel. INNO-LIPA hübriidimise meetod: amplifitseeritakse DNA, kasutades biotiin-märget (biotinoleeritud nukleotiidid), mis seob streptavidiini tekkiv kompleks on üks tugevamaid bioloogilisi interaktsioone. Streptavidiini küljes on veel fosfataas värvireaktsiooni läbi viimiseks. Peale amplifikatsiooni viiakse see kõik testribale, kus iga triip vastab ühele järjestusele. Hübridisatsiooni korral tekib värvireaktsioon. *Sondi pikkus (mida lühem sond, seda suurem võimalus leida temale vastavaid sama lühikesi järjestusi erineva järjestusega pikemate järjestuste seast). *Nukleiinhape puhtus *Nukleiinhappe kogus * 6
Ka tsütosoolne ensüüm ZAP70 mängib olulist rolli T-raku aktivatsioonis Signaali transduktsioon: TCR variaabelsed domeenid (α ja β ahel) seostuvad vastava MHC klassi molekuliga (see sõltub sellest, millist koretseptorit T-rakk kannab) ning sellega seostunud peptiidiga. Intratsellulaarsed Src perekonna türosiin kinaasid – nagu näiteks Fyn – aktiveeritakse CD45 abil, milleks türosiin fosfataas eemaldab nende Fyn ensüümide inhibiitoraladest fosfaatgruppe, mistõttu Fyn saab aktiveeruda. Seejärel aktiveeritud Fyn fosforüleerib TCR kompleksi ITAM aladel türosiini jäägid. Fosforüleeritud ITAMid on seostumiskohtadeks kinaas ZAP70-le. ZAP70 seostub ζ ahela ITAM aladele. Koretseptori ekstatsellulaarosa (kas CD4 või CD8) seostub samuti MHC klassi molekuliga. Selle
retseptoritele. Raku pinnapealsed retseptorid-hüdrofiilne signaalmolekul Rakusisesed retseptorid- väikehüdrofoobne signaalmolekul kandja valgul liigub rakku ja seal tuuma,kus on intratsellulaarne retseptor. Nt steroidhormoonid Proteiinkinaaside ja -fosfataaside ning GTP seostumise ja hüdrolüüsi osa signaalide sisse ja väljalülitamises. Proteiin kinaasi poolt lisatakse fosfaat valgus oleva aminohappe hüdroksüülrühmale ning aktiveeritakse. Proteiin fosfataas eemaldab fosfori valgul ja inaktiveeritakse Valgul on endal GTPaasne aktiivsus –Valgul on GDP,kui sinna seondub GTP, sktiveerub valk. GTP hürolüüs inaktiveerib valgu GTP-d siduvate valkude e. GTPaaside toimemehhanism. GTPaas katalüüsib GTP hüdrolüüsi,mis inaktiveerib valgu. GTPaasi aktiveeriva valgu ja guaniin nukleotiidi vahetava faktori toimemehhanism. GAP – GTPaasi aktiveeriv valk suurendab GTPaasi hüdrolüütilist aktiivsust seega tekib GDP ning valk inaktiveerub
tsükliiniga. Fosforüülimist teostab proteiini kinaas (CAK). Katalüütiline aktiivsus kasvab 100 300 korda. CDK aktiivsus lisaks tsükliinidele on reguleeritud kinaaside, fosfataaside ja spetsiifiliste inhibiitorite (CKI) poolt. DNA vigastusel rakutsükkel peatatakse CKI-de poolt. Kui on fosforüülitud lisaks Thr 161-le ka Tyr 15, siis kompleks on inhibeeritud, sest on takistatud seostumine ATP-ga. Fosfataas, mis eemaldab fosforhappe jäägi Tyr 15 küljest, aktiveerib kompleksi, mis muutub võimeliseks seostuma substraadiga. Erinevad CDKd tagavad erinevate rakutsükli faaside läbimise: CDK-1 üleminek G2 faasist mitoosifaasi CDK-2 üleminek S faasist G2 faasi CDK-4 ja 6 üleminek G1 faasist S faasi jne 4.)Nimetage tsükliinidest sõltuvate kinaaside substraate rakutsüklis. ??????? See baseerub
KLASIKALISE JA MOLEKULAARGENEETIKA KUJUNEMINE. Geneetika on suhteliselt noor teadus. Kuigi pärilikkuse põhilised seaduspärasused esitas Gregor Mendel aastal 1865, tuleb geneetika sünniks lugeda siiski 20-nda sajandi algust. Alles siis taasavastati Mendeli ideed, mis said aluseks klassikalisele geneetikale. Tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni, saadi 20-nda sajandi keskel. 1944. aastal kirjeldasid Avery ja ta kolleegid katseid, kus nad uurisid bakterite (Streptococcus pneumoniae) transformatsiooni puhastatud DNA-ga. Hersey ja Chase poolt aastal 1952 avaldatud tulemused kinnitasid seda, et DNA on pärilikkuse kandja. Nad näitasid, et bakteriviiruse T2 geneetiline informatsioon säilub DNA-s. 1953-ndal aastal avaldasid James Watson ja Francis Crick DNA kaksikhelikaalse struktuuri. Need avastused ja geneetilise koodi deshifreerimine said aluseks molekulaargeneetika sünnile. Uute molekulaarsete meetodite väljatöötamin...
koekahjustust ROSide kaudu • Eksotoksiin A – inhibeerib valgusünteesi, põhjustab koe (naha, kornea) kahjustust, immuunsupressiivne • Eksotoksiin S – inhibeerib valgusünteesi, immuunsupressiivne • Leukotsidiin (tsütotoksiin) – eukarüoodi membraanidele tsütotoksiline (leukotsüüdid, põhjustab ka pulmonaalset mikrovaskulaarset kahjustust) • Elastaas – elastiini sisaldavate kudede, kollageeni, immuunglobuliinide, komplemendi faktorite hävitamine • Aluseline fosfataas – koe hävitamine, INF ja TNFα inaktiveerimine • Fosfolipaas C – termolabiilne hemolüsiin, vahendab koekahjustust, stimuleerib põletikulist vastust • Rhamnolipiid – termostabiilne hemolüsiin, häirib letsitiini sisaldavate kudede terviklikkust, pärsib ripsmete aktiivsust • Antibiootikumresistentsus haigused. • Kopsuinfektsioonid: kergest bronhide ärritusest (trahheobronhiidist) kopsuparenhüümi nekroosini (nekrotiseeriv bronhopneumoonia
1. Milliseid RNA polümeraasi subühikuid peate transkriptsiooni aktivatsiooni regulatsiooni seisukohalt olulisteks? Selgitage. Aktivatsiooni seisukohalt olulised ja faktor. Eubakterite RNA polümeraas, suurusega 480 kDa, koosneb viiest subühikust. 2ßß` - apoensüüm - koosneb neljast subühikust ja on võimeline katalüüsima RNA sünteesi. ülesandeks on apoensüümi assambleerumine (N-terminus) ja interaktsioon TF-dega või promootori UP-elemendiga (C-terminus). Sageli on transkriptsiooni initsiatsiooniks vajalik ka spetsiifiliste TF-de olemasolu. Kui transkriptsiooni kontrolliv järjestus -35 on vaevu äratuntav on vajlikud transkriptsiooni aktivaatorid. Miks ei ole konsensus igalpool? vaja geeniregulliks. Aktiveeritavatel promootoritel on -35 heksameer konsensusjärjestusest TTGACA märkimisväärselt erinev konsensusjärjestusest ja sel juhul soodustab aktivaator polümeraasi seondumist promootorile. Lisaks TF-dele toimub transkriptsiooni...
1. Sissejuhatus Metaboolne ja geneetiline regulatsioon bakterites Bakterirakkude efektiivseks kasvuks on vaja, et kõiki raku põhilisi ehitusblokke ja nendeks vajalikke makromolekule produtseeritaks õiges vahekorras. Selleks, et sünteesi lõpp-produktide kontsentratsioon rakus liiga kõrgele ei tõuseks, on rakus välja kujunenud kaks kontrollmehhanismi: 1. Ensüümiaktiivsuse tagasisidestuslik inhibitsioon (feedback inhibition) metaboolne regulatsioon 2. Ensüümi sünteesi repressioon geneetiline regulatsioon Tagasisidestusliku inhibitsiooni tulemusena inhibeeritakse rakus juba olemasoleva ensüümi aktiivsus reaktsiooni lõpp-produkti poolt. Inhibitsiooni võib esile kutsuda ka teatav metabolismiraja vaheprodukt. Geneetilise repressiooni korral inhibeerib tavaliselt lõpp-produkt metabolismiraja esimese ensüümi sünteesi vastava geeni avaldumise pärssimise kaudu. Metaboolne regulatsioon tagasisidestusliku inhibitsiooni kaudu ja geneetilin...
aminohapete liikumist, mis viib valgu konformatsioonilisele muutusele. Signaali vastuvõtval regulaatorvalgul on tavaliselt DNA-d siduv domeen, mille aktiivsus sõltub valgu fosforüleeritusest. Selle abil reguleeritakse geenide transkriptsiooni. Samas, mitte alati ei pea olema signaali vastuvõtval regulaatoril väljundiks DNAga seondumine. Regulaator võib olla ensümaatilise aktiivsusega, see võib olla metüültransferaas, diguanülaat tsüklaas (alarmooni süntaas), fosfataas, adenülaat tsüklaas. Regulaator ei pruugi olla ka ensümaatilise aktiivsusega, vaid valgu fosforüleerimisega reguleeritakse valk-valk interaktsioone, mis näib olevat just eriti oluline kemotaksise signaali ülekandmisel liikumiseks ning viburite asukoha muutmiseks. Näiteks CheY seondub fosforüleerimise järel flagella FliM valguga ning mõjutab liikumist. Samuti võib fosforüleerimine mõjutada transkriptsiooni regulaatori aktiviseerimisel. Näiteks mittefosforüleeritud NarL
Allosteerilised efektorid suurendavad või vähendavad ensüümi aktiivsust. Kovalentse mod puhul on sisse ja väljalülitamine. Modifikatsioon võib ensüümi muuta inaktiivseks ja vastupidi. Selles suhtes pole tasakaalu. 55 Kõige enam levinud modifitseerimine on fosforüleerimine. Mingi artikkel: W (modifitseerimata), W* (modifitseeritud) WW* (E1, kinaas paneb külge) W*W (E2, fosfataas võtab ära) (kinaasi reaktsioon) (fosfataasi reaktsioon) Statsionaarses faasis on tasakaalus need kaks reaktsiooni. Kontrollmehhanismi hoidmiseks on hinnaks ATP kulutamine. Mõlemad protsessid peavad käima, hinnaks on energia kulutamine, aga regulatsioon nõuabki oma hinda. Võime leida fosforüleeritud valgu osakaalu: y-teljel l, x-teljel Vmax1=E1totk1
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
