Hingamisahel
korral on akumuleeritav energia väiksem. Glütserool-3-fosfaadi dehüdrogenaas,
nagu ka kompleks I, sisaldab mitteheemset rauda.
Mainitud flavoproteiine iseloomustab see, et esmalt kantakse elektronid üle
flaviinile ja siis edasi Fe-S klastritele. Selline ahel on vajalik, sest NADH ei saa
elektrone loovutada-liita muidu kui 2-kaupa. Fe-S klastrid on aga üheelektronilised
elektronide kandjad. Seetõttu on NADH ja Fe-S klastrite vahel ahelas kasutatud
flaviini, mis võib elektrone liita-loovutada kas 1- või 2-kaupa.
Fe-S klastritelt kantakse elektronid üle mobiilsele vahendajamolekulile- ubikinoonile
(KoensüümQ). Ubikinoon on lahustuv lipiidides ja vahendab ülekandeahela
komplekside vahel elektrone difundeerudes mitokondri sisemembraanis.
Analoogiliselt flaviinile saab ubikinoon loovutada-liita elektrone kahe või ühekaupa.
Ühe elektroni liitnud radikaalset vormi nimetatakse semikinooniks. Ubikinoon saab