Arginiini dihüdrolaas, ureaas ja DNaasi testid olid negatiivsed. 5. kasv temperatuuril, NaCl kontsentratsioonidel ja pH-l 37 °C juures kasv puudus täielikult, kuid 42 °C juures esines. Maksimaalne soolataluvus oli 7% juures, kuid eelistas (kõige tugevam kasv) 0% juures kasvada. Kõige nõrgem kasv oli pH 3 juures ja tugevaim alates pH 9-st kuni 11-ni. 6. 16S rRNA geeni järjestus Kasutades BLAST andmebaasi ja tundmatu tüve 16S rRNA järjestust, sain lõpuks tulemuseks Enterobacter aerogenes'i. Tüve 33 ja E. aerogenes'i 16S rRNA järjestuste samasus on 99%. 7. Antibiootikumide efektiivsuse testimine Kasutades Kirby-Baueri meetodit, sain tulemuseks: Resistentne Keskmine Tundlik Tetratsükliin Streptomütsiin Amoksitsilliin+klavulaanhap e, kloramfenikool Liigitaksin enda bakteritüve, mille numbriks on 33, perekonda Enterobacteria
NB! Valikravim kuseteede sulfametoksasool = TMP/SMX infektsioonide korral, ka oportunistliku Pneumocystis jurovecii pneumoonia profülaktikaks ja raviks. Praktikas pms kuseteede infektsioonide raviks. 1. E. coli. 2. Enterobacter (osa tüvesid). 3. Klebsiella. S. aureus (lokaalne ravim pehmete kudede infektsiooni puhul ja kandluse vastu). Mycobacterium tuberculosis (toimib eriti hästi fagolüsosoomi madala PH juures) Suurem Toimeme Resistentsusmehhanism (pms Toime rühm hanism Rühm omandatud) Allrühm Seondub PBPga > rakuseina kompone
2. GP pulkbakterid: Microbacterium Lactobacillus Corynebacterium Arthrobacterium Kurthia Bacillus 3. GN pulkbakterid: Pseudomonas Acinetobacter Flavobacterium Alcaligenes 3 Klebsiella Enterobacter Escherichia 4. Juhuslik mikrofloora: Streptococcus Pärmid, mikroseened Piima saastumine: 1. Mastiit Saastumine streptokokkidega: S.agalactiae, S.dysgalactiae, S.uberis Corynebacterium pyogenes (suvel) 2. Kolivormne mastiit E.coli, Enterobacter aerogenes (talvel) L.monocytogenes Bacillus cereus Clostridium perfringens 3. Antisanitaarne tootmine
Kolibaktereid ei olnud jõe- ega kraanivees. Tulemus Jõe- ja kraanivesi on reostunud, kuna mõlemad ületavad piirnormi, milleks jõeveel on 1000 PMÜ/100 ml ning kraaniveel 100 PMÜ/100 ml. Küsimused 1. Mis iseloomustab kolilaadseid baktereid? Tooge välja tuntumad esindajad. Kolibakterid on gramnegatiivsed, spoore mitte moodustavad, oksüdaasnegatiivsed, kepikujulised anaeroobsed bakterid. Tundumad esindajad kuuluvad Escherichia, Enterobacter, Klebsiella ja Citrobacter perekonda. (Allikas: http://veehygieen.edicypages.com) 2. Millist ohtu võivad esile kutsuda kolilaadsed bakterid? Teatud kolibakteri tüved on põhilised toidumürgistuse põhjustajad. (Allikas: Vikipeedia) 3. Millele viitavad keskkonnas kolilaadsed bakterid? Nende bakterite esinemine viitab olmereostusele.
kõhuvalu ja vesine diarröa, hiljem ilmub rooja veri. Palavikku tavaliselt ei ole. 3. MILLELE VIITAVAD KESKONNAS COLI-LAADSED BAKTERID? MKS NEID ON VAJA MÄÄRATA? Escherichia coli on otsene fekaalse päritoluga reostuse näitaja. E. coli avastamine joogivees tõestab väljaheidetega levivate haigustekitajate joogivette sattumise võimalust. See on heterogeenne grupp soolebakterite sugukonda kuuluvatest erinevatest perekondadest (G. Escherichia, G. Citrobacter, G. Enterobacter, G. Klebsiella jt). Neid leitakse nii väljaheidetes kui ka väliskeskkonnas (toitaineterikkas vees, reovees, pinnases, lagunevas taimses materjalis). Nende avastamine joogivees näitab: Joogivee töötlemise puudulikkust; Joogivee saastumist pärast desinfitseerimist; Toitainete rikkust vees (torustikus) Haigustekitajate joogivette sattumise võimalikkust; 4. MILLISED PIIRNORMID ON KEHTESTATUD COLI BAKTERILE JÕEVEES?
aureus’e põhjustatud pehmete kudede infektsioonide ravis, patogeense stafülokokikandluse vastu. nitrofurantoiin Pärsib bakteriraku kasvu, E. coli, Enterobacter spp., Klebsiella spp. tüvedesse. pärssides mitmesuguseid Kasutatakse uroinfektsioonide ravis, korduvate uroinfektsioonide bakteriaalseid ensüüme, profülaktikas, infektsioosse diarröa ravis.
baktereid terves inimorganismis Tabel 1: Terve inimese soolestikus esinevad bakterid: SUGUKOND, PEREKOND PROMINENDID MUUD LIIGID SOOLESTIKUS Pseudomonadacae Pseudomonas aeruginosa (pyocyanea) Pseudomonas Ps. (Alkaligenes) faecalis Enterobacteriacene Escherichia coli Klebsiella Klebisella (Aerobacter) pneumoniae Enterobacter Enterobacter (Aerobacter) aerogenes 7 Proteus Proteus mirabilis Bacteroidaceae Bacteroides capillosus. B. Oralis Bacteroides Bacteroides fragilis B. clostridiformis. B. putredinis B. coagulans. B. ruminicola
TALLINNA TEENINDUSKOOL Keijo Tarkiainen 011PK Toiduga Levivad Nakkushaigused Uurimustöö Juhendaja: Heiki Esskuson Tallinn 200 Mis on salmonelloos? Salmonelloos on seedekulgla nakkushaigus, mille tekitajaks on bakter Salmonella. Haiguse tunnused on palavik, kõhulahtisus, kõhuvalu, iiveldus ja oksendamine, mis tekivad enamasti 12 kuni 36 tundi pärast nakatumist, harvem 6 kuni 72 tunni möödudes. Vahel võib salmonelloos kulgeda minimaalsete haigusnähtudega. Haigus kestab tavaliselt 4 kuni 7 päeva. Haigust ravitakse tavaliselt ambulatoorselt, vaid raskemad haigusjuhud vajavad haiglaravi. Salmonellade kroonilisteks kandjateks on kodu- ja metsloomad, sealhulgas kodulinnud, veised, sead, närilised, koerad, kassid, aga ka lemmikroomajad nagu kilpkonnad. Eestis on salmonelloos levinud eeskätt haigustekitajatega saastunud toore linnuliha ja ...
kasutatakse erinevaid mikroorganisme, lähtudes nende ensümaatilistest omadustest ja ainevahetusradade tüüpidest, ning saavutatakse nii toiduainete parem säilimine kui ka toidulaua rikastamine uute toodetega. 3. Peamised patogeenid puu- ja köögiviljadel (neid esineb rikkalikult, mahepõllunduses vähem): Hallitus- ja pärmseened · Piimhappebakterid (LAB, lactic acid bacteria) · Salmonella · Escherichia coli· Cryptosporidium. · Campylobacter · Bacillus spp. · Shigella · Enterobacter spp. 4. Köögiviljade riknemise põhjused seoses mikroobidega. - Taimehaigused - Taimede/viljade pinnakahjustused (enne või pärast korjamist, selle käigus) - Pikk vahe korjamise ja pesemise vahel - Ebasobivates tingimustes säilitamine/transport pärast saagikoristust (enne töötlust) - Ebasobivates tingimustes säilitamine/transport pärast töötlust' 5. Aiasaaduste säilitamisviisid ja nende mõju mikroobidele.
proovis; 4.) Stafülokokk** kuni 10 PMÜ/100 ml; 5.) Kolooniate arv 37 C° juures kuni 100 PMÜ/ml. *Coli-laadsed bakterid on kõige sagedamini ja kauem kasutusel olnud vee fekaalse reostuse indikaatororganismid. See on heterogeenne bakterite grupp, kuhu kuuluvad: 4 G.Escherichia, G. Citrobakter, G. Enterobacter, G. Klebsiella. Coli-laadsete bakterite esinemine viitab: vee puudulikule puhastamisele, töötlemisjärgsele saastumisele, toitainete rikkalikule leidumisele vees. Viimaste aastate uuringud on näidanud, et mõned coli-laadsete rühma kuuluvad tüved võivad olla mittefekaalse päritoluga või paljuneda vees temperatuuril üle 200 . See vähendab nende fekaalse reostuse tõendust, s.o. kasutamist indikaatororganismina. Paremateks on osutunud termotolerandsed coli-laadsed bakterid ja E.coli [4]
produktide spekter veelgi laiem (tabel 3). Fermentatsioon on suhteliselt ebaefektiivne energia genereerimiseks, mistõttu vajaliku energiahulga saamiseks fermenteeritakse suures koguses suhkruid. Tabel 3 Erinevate mikroobide poolt keskkonda eritatavad lõpp-produktid. Mikroob Produktid Pärmid Etanool, CO2 Streptococcus, Lactobacillus Laktaat Enterobacter Etanool, atsetoiin, laktaat, CO2 Aeromonas 2,3-butüleenglükool, atsetaat Clostridium propionicum, Propionibacterium, Propionaat, atsetaat, suktsinaat, CO2 Corynebacterium diphteriae, Neisseria Escherichia, Salmonella, Shigella, Proteus Laktaat, atsetaat, suktsinaat, etanool, H2, CO2 Clostridium, Neisseria Butanool, butüraat, atsetoon, isopropanool,
Bioinformaatika ülesanded Järjestuste võrdlemine, otsingud andmebaasidest (BLAST, FASTA, SW). 1. BLAST programmide kasutamine tundmatu valgujärjestuse identifitseerimiseks või sarnaste valgujärjestuste leidmiseks (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/). Programmide kasutamisel tutvuda tutorialite ja juhenditega!!! (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html). a. Otsida sarnaseid järjestusi antud valgujärjestusele. Valida sobiv programm vastavalt NCBI juhendile valgujärjestuse võrdlemiseks valgujärjestuste seast. Valida otsimiseks Refseq andmebaas, sooritada otsing, tulemuste formaat 500 joondamise jaoks. GTESPLLTDPSTPNFFWLAWQARDFMSKKYGQPVPDRAVSLAINSRTGRTQNHFHIHISCIRPDVRKQLDNNLAN ISSRWLPLPGGLRGHEYLARRVTESELVQRSPFMMLAEEVPEAREHMGRYGLAMVRQSDNSFVLLATQRNLLTLN RASAEEIQDHQCEILRMRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEM...
klooramfenikoolile, tetratsükliinidele, TMP-SMXile. Katku kontrolliks näriliste populatsiooni vähendamine, riskipopulatsiooni vaktsineerimine. Teiste infektsioonide kontrollis oluline korralik toiduvalmistamine. Saastunud vereproduktide kontrolliks usaldusväärne meetod puudub. Bakterid mõmm :) 05/06 Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Serratia = ülejäänud enterobakterid. Klebsiella. Klebsiellal on iseloomulik limajas kihn, mis põhjustab isoleeritud kolooniate limast väljanägemist, suurenenud in vivo virulentsust. Sagedasemad tekitajad on K. pneumoniae ja K. oxytoca, mis põhjustavad keskkonnast pärinevat primaarset pneumooniat (community-acquired). Alkohoolikud, kompromiteeritud kopsufunktsiooniga patsiendid
3. Kõik on fakultatiivsed anaeroobid (kasvavad õhuhapniku tingimustes); 4. Valdavalt oksüdaas-negatiivsed; 5. Kõik fermenteerivad glükoosi, kuid teiste suhkrute lõhustamises on erinevusi, mis võimaldab neid samastada biokeemiliste reaktsioonide abil. Sugukonda kuulub vähemalt 26 perekonda ja rohkem kui 100 bakteriliiki, neist meditsiinis kõige olulisemad on: Salmonella, Shigella, Escherichia, Proteus, Citrobacter, Enterobacter, Serratia, Klebsiella, Morganella, Yersinia, Edwardsiella, Providencia. Uroinfektsioonide tekitajad on 80-90% E. coli, Proteus, Klebsiella ja Pseudomonas sp. Uuritav materjal Uriini on võimalik võtta mitmel erineval meetodil: keskjoauriin, ööpäevauriin, fraktsioneeritud uriin, kateeteruriin, punktsiooniuriin, urostoomiuriin, tsüstoskoopia. • Igal nimetatud meetodil on omad eelised ja puudused. Keskjoa uriin on kõige enam kasutatav uriini kogumise meetod.
Seedeelunkond SEEDEELUNDITE SÜSTEEM Systema digestorium seu apparatus digestorius. Seedeelundite süsteemi e. seedeelundkonda kuulub seedekanal ja sellega seonduvad lisaelundid. Seedekanali moodustavad toidu vastuvõtuks, seedimiseks ja imendumiseks ning jääkproduktide eemaldamiseks e. elimineerimiseks ühinenud õõneselundid: suuõõs ( c a v u m o r i s ) neel ( p h a r y n x ) söögitoru ( o e s o p h a g u s ) magu ( v e n t r i c u l u s, g a s t e r ) peensool ( i n t e s t i n u m tenue ) jämesool ( i n t e s t i n u m crassum ) Lisaelunditeks on keel, hambad, seinavälised seedenäärmed. Mao ja soolestiku mõn...
Terminiga Coli-laadsed tähistatakse bakterite rühma, kes inkubeerimisel 48 tunni jooksul temperatuuril 36 ± 2 ºC kääritavad laktoosi, tootes hapet ja gaasi. Nad kõik sisaldavad ensüümi ß-galaktosidaas ja on gram- negatiivsed, oksüdaasnegatiivsed, aeroobid või fakultatiivsed anaeroobid, paljud neist on liikuvad, endospoore mittemoodustavad pulgakujulised bakterid, peamiselt perekondade Escherichia, Enterobacter, Klebsiella ja Citrobacter esindajad. Kuna nimetatud bakterid on looduses laialdaselt levinud, ei ole coli-laadsete bakterite grupp seega spetsiifiline fekaalse saastatuse näitaja. Normid pinnasevesi Coli-laadsed bakterid - 20 PMÜ/100 ml põhjavesi Coli-laadsed bakterid - 0 PMÜ/100 ml 33. Klostriidid (Clostridium spp.) Klostriidid on perekonda Clostridium kuuluvad bakterid
Jämesoole funktsioonid: 1. imendumine - peensooles imendub vaid veidi vett, seega on käärsoolde sattunud toidusegu vedel - vesi imendub jämesooles nii, et roe jääb poolpehmeks ● jämesoole verekapillaaridesse imendub vett, mineraalsooli, ka ravimeid - K ja bikarbonaadid ekskreteeritakse jämesoole valendikku, seep on tugeva kõhulahtisuse korral K vaegus ● js-s on palju mikroobe, mis sünteesivad K-vitamiini ja foolhapet: - Escherichia Coli, Enterobacter aerogenes, Streptococcus faecalis, Clostridium welchii - inimesele omased, kuid teistes kehaosades patogeensed (E.Coli sattumisel põide -> põiepõletik) Soolegaasid koosnevad: - peamiselt lämmastikust (neelatakse alla toidu ja joogiga või ärevuse korral) - H, CO2 ja metaan produkteeritakse bakteriaalse fermentatsiooni tulemusel seedimata toiduosadest, peamiselt süsivesikutest - gaasid väljuvad soolest flatusena
Patogeensed bakterid Taksonoomia Põhitakson on LIIK- lad.k SPECIES; Sugulasliigid grupeeritakse PEREKONDA FAMILIA; Perekonnad mood. SUGUKONNA GENUS; Sugukonnad grupeeruvad seltsi ORDO; KLASS CLASSIS; HÕIMKOND PHYLUM; RIIK REGNUM; Põhiühik liik võib jaotuda ALAMLIIKIDEKS SUBSPECIES Familia (perekond): Chlamydiaceae CHLAMYDIAE (Klamüüdiad) Klamüüdiad on väikesed Gram-negatiivsed obligaatselt intratsellulaarsed (rakusisesed) bakterid 1 Klamüüdiaid kirjeldati esmalt 1907. a. orangutangi silma haigestunud konjunktiivist. Aktiivselt hakati neid uurima 1923. a., kui leiti, et ägedat kopsupõletikku, millesse nakatusid haigete papagoidega kokkupuutunud inimesed, põhjustavad just need bakterid. Tegelikult võivad kõik klamüüdiad põhjustada kopsupõletikku. Sarnaseid baktereid isoleeriti ka uretriidihaigete meeste ureetra limaskestalt. Klamüüdiate elutsükkel kirjeldati 1932. a. Neid on peetud...
6 Konspekt by Patrick Pihelgas, Sergei Rõbakov Tertsiaarne peritoniit: Primaarse või sekundaarse peritoniidi retsidiveerumine või pikk kulg peale edukat kolde kontrolli. Tekib harva, diagnoosiks vajalik eelnev peritoniit anamneesis. Esineb rohkem oportunistlikke ja nosokomiaalseid tekitajad nagu Enterococcus, Pseudomonas, Enterobacter, Candida. Suremus kõrge, 30-60%. Keemiline peritoniit. Põhjuseks veri, sapp, Ba-kontrastaine või muud ärritavad ained peritoneaalõõnes. Peritoneaalabstsess. Kapseldunud ja lokaliseeritud infektsioonikolle peritoneaalõõnes. Suurem osa tekib sekundaarse peritoniidi või kõhuõõne kirurgia järel. 7. Peritoniidi ravi printsiibid. Primaarset peritoniiti ravitakse konservatiivselt antibiootikumid ja toetav ravi. Antibiootikumideks näiteks
lipopolüsahhariidid. Näiteks varre endofüüt Methylobacterium sp. tüvi IMBG290 on võimeline hulgast sõltuvalt muutma kartuli resistentseks patogeenile Pectobacterium atrosepticum. Sõltuvalt taime endofüütide komplektist võib taim olla kaitstud patogeensete bakterite vastu või mitte, olenevalt sellest kui efektiivselt endofüüdid ISR-i esile kutsuvad. Endofüütsed bakterid võivad taimi kaitsta antimikroobsete ainete tootmisega. Näiteks Enterobacter sp tüvi 638 toodab antibiootilisi aineid, mille hulgas on 2-fenüületanool ja 4-hüdroksübensoaat. Mõlemad ained mõjuvad taimsetele patogeensetele seentele kasvu pärssivalt. Samuti on leitud, et 2- fenüületanool pärsib Aafrika unetõve tekitaja Trypanosoma elutegevust. Endofüütsed aktinomütseedid on tuntuimad antibiootikumide tootjad. Näiteks Streptomyces sp NRRL 3052, mis on Austraalias kasvava taime Kennedia
On antibiootikumidele vastupidavad ja resistentsus areneb kergelt. Reovee puhastamine Aktiivmuda helbed koosnevad bakterirakkudest ning anorgaanilistest ja orgaanilistest osakestest. Suurte aktiivmuda helveste sisemuses on hapniku kontsentratsioon madal ja see on elupaigaks anaeroobsetele bakteritele. Kokku on leitud üle 300 eri bakteri liigi. Aktiivmuda osakeste baktereid iseloomustab kiire kasv ja suur metaboolne aktiivsus: Pseudomonas, Enterobacter, Flavobacterium, Zooglea, Sphaerotilus. Nitrifitseerivad bakterid:Nitrosomonas, Nitrobacter. L isaks bakteritele leidub aktiivmudas veel algloomi (ripsloomad, viburloomad, amööbid). Aktiivmuda osakestele on iseloomulikud niitjad bakterid, kuid kui nende arvukus suureneb üle teatud piiri, siis aktiivmuda ei setti enam, tekib vaht. Ammoniaaki oksüdeerivate bakterite liigiline mitmekesisus on aktiivmudas suur
KESKKONNAMIKROBIOLOOGIA konspekt Koostanud Jaak Truu (T molekulaar-ja rakubioloogia instituut) e-mail: [email protected] 1. MIKROORGANISMIDE MITMEKESISUS Traditsiooniliselt phineb koosluste mitmekesisuse hindamine liigilise koosseisu mramisel, konkreetsete liikide arvukuse hindamisel ja iga liigi funktsiooni teadmisel. Mikroorganismide puhul on kigi nende nitajate usaldusvrne mramine hetkel veel vimatu. Miste mitmekesisus kasutamine mikroorganismide puhul on erinev kui makro-organismide korral. Mikroorganismide puhul ei ole vimalik mitmekesisuse hindamiseks kasutada ksnes organismi morfoloogilisi ja anatoomilisi tunnuseid, vaid tuleb kasutada lisaks veel spetsiifilisi fsioloogilisi tunnuseid. Rohkem kui 100 aastat phineski mikroobide mitmekesise hindamine fenotbilistel tunnustel ning mikroobide sarnasuse hindamiseks kasutati numbrilist taksonoomiat. 20 aastat tagasi arvati, et ca 40% prokarootidest on teada, praegusel hetkel on isegi ...
Rakkude kasvu aeglustumisel väheneb ompA mRNA poolestusaeg 5 minutile ka UTR-i olemasolul. UTR moodustab 3 juuksenõelastruktuuri. Stabiliseeriva toime seisukohalt on oluline, et nende ette ei jääks üksikahelalist ala. Katseliselt on näidatud, et ompA UTR-i kloneerimine teiste mRNA-de ette tõstab ka nende stabiilsust. Näiteks bla mRNA (kodeerib -laktamaasi) poolestusaeg tõuseb 3 minutilt 18 minutini. E. coli, Serratia marrescenc'i ja Enterobacter aerogenes'e ompA geenide 5`otste UTR-de võrdlemisel ilmnes, et nende järjestus on erinev, kuid sekundaarstruktuur sarnane. Kõik nad stabiliseerivad E. coli's mRNA-d. mRNA-d stabiliseerivad ka molekuli 3' otsas mittetransleeritavasse alasse jäävad juuksenõelastruktuurid. Arvatakse, et eksonukleaaside kinnitumiseks 3' otsale on vaja üksikahelalist ala vahetult molekuli otsas. Lisaks võib mRNA 3' otsast sissepoole jääv sekundaarstruktuur nii stabiilne olla, et takistab eksonukleaasil
reduction, kGy Marinated beef rib Escherichia coli, Staphylococcus 3 to 4 Jo et al. 2004 aureus, Bacillus cereus, Salmonella typhimurium Fresh broiler chicken Total aerobic plate count >5 Javanmard et al. 2006 Coliform count 3 to 5 Raw chicken breast B. cereus, Enterobacter cloacae, <2 Min et al. 2007 and thigh Alcaligenes faecalis Ground pork Listeria monocytogenes 3 Bari et al. 2006 Fresh pork loins Pseudomonas spp., psychrotrophs 3 Dogbevi et al. 1999 Novel Technologies for Microbial Spoilage Prevention 267 Several advantages of phage technology otic cells. To our knowledge, sensory data
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
