Van der Waals interaktsioonid kahe kõrvutipaikneva aatomi elektronpilve fluktuatsioonidest tulenev jõud (0,35nm) Hüdrofoobne interaktsioon kahe hüdrofoobse kõrvalahela vahel Disulfiidsidemed kovalentsed sidemed Cys vahel Hemaglutiniini tertsiaar ja kvaternaarstruktuur Sekundaaarstruktuurid kombineeruvad sageli regulaaarseteks kombinatsioonideks- struktuurimotiivid' Domään- struktuuriliselt terviklik valguosa tavaliselt suurem kui 15kDa Helix-loop-helix Ca2+ siduv motiiv (kalmoduliin) Zinc finger- -heeliks ja 2 -lehte, mida hoiab koos Zn ioon Multimeersed valgud koosnevad mitmest alaühikust- mitmest polüpeptiidahelast- kvaternaarstruktuur Valkude struktuuri
TBP seondub DNA TATA-box saidi külge painutades DNA molekuli nurga alla 3. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse (vahetult) TBPga? Mitte kõik, interaktiveeruvad vaid TFIIB ja TFIIF+polII. 4. Mis on transkriptsiooni aktivaatori 2 funktsionaalset domääni ja kuidas mutatsioonid ühes või teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori oma-dusi? Transkriptsioonifaktori kaks funktsionaalset domääni on DNA-siduv domään, mis seondub kindla DNA järjestusega ja aktsivatsioonidomään, mis interakteerub teiste valkudega, et stimuleerida transkriptsiooni lähedaloleva promootori juurest. Kui N-terminaalne DNA-siduv domään siduda erinevate C-terminaalsete osade külge, siis tema funktsioon säilib. Kompleksid kas moodustuvad või ei moodustu. 5. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? TBPga seonduvad TFIIB, TFIIA
Cappimine- Kui RNAPolII on jõudnud sünteesida uuest transkriptist 25-30 nukleotiidi, siis 7metüülguanosiin ja teised 5'cap komponendid on juba mRNAde 5' otsa küljes. Seda algset staadiumi RNA protsessingus katalüüsib dimeerne capping ensüüm, mis seostub RNAPolII fosforüülitud CTDgaPolI- sünteesib ribosomaalset RNAd. CTD saba polII´l karboksüterminaalne domään, PolII- võib reguleerida väikesi tuuma RNAsid.PolII omab forforüleerivat karboksüterminaalset domääni.Osaleb lühikeste RNAde sünteesis( U6, 7s) Poly(A) saidid- elemendid ( konkreetsed järjestused) mille peale istub RNA sünteesi lõpetav/termineeriv kompleks lisatakse u 200bp adeniini saba. Pre-mRNA- 5'müts, eksonid, intronid, kaitsev 3' saba millel Poly(A) järjestus. Pre-mRNA allutatakse splaissingule-tekib küps mRNA mille tunnuseks on 5' cap ja 3' saba
ülejäänud GTF'de seondumine kompleksile. 8. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse(vahetult) TBPga? Ei tea, mida siin mõeldakse, aga in vitro transkriptsioonifaktorid liituvad kindlas järjekorras. S.t et on vaja ühe faktori eelnevat sidumist, et järgmine saaks seonduda. In vivo on vaja multivalkset mediaator-kompleksi, mis assotseeruks mittefosforüülitud PolII CTD'ga (C-terminaalne-domään), moodustades väga suure holoensüümi, mis sisaldab enamuse GTF'dest. Arvatakse, et selline kompleks istub DNA'le ühe sündmusena. 9. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? (TBP on eukarüootse transkriptsiooni faktori TFIID alaühik: TBP + 16 TAF'i = TFIID). Nime järgi võiks oletada, et kõik on. GTF'dest aga TFIIA. 10. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH kahel alaühikul on helikaasi ja ATPaasi aktiivsus
11.Deamineerimine ja kaasasündinud immuunsus. 12.Omandatud ja kaasasündinud immuunsuse olulisemad erinevused. 13.Lümfoidse diferentseerumis suuna rakud. 14.Müeloidse diferentseerumis suuna rakud. 15.Monotsüüdid ja nende diferentseerumine. 16.NK rakud 17.B lümfotsüüdid 18.T lümfotsüüdid 19.Aktiivsed hapniku ühendid makrofaagides ja neutrofiilides. 20.Lümfi tsirkulatsiooni eripära. 21. Tüümuse roll. 22.Hapteenid ning nende immunogeensuse mehanism 23.Immuunoglobuliin domään . 24. Võrrelge antikehade Ch2 ja Vh domääni. 25.Konformatsioonilise ja struktuurse epitoobi võrdlus. 26.Dimeerse IgA ja sekretoorse IgA erinevus. 27.Võrrelge IgM ja IgG klassi antikehi. 28.IgA tüüpi antikehade bioloogiline roll. 29.IgM tüüpi antikehade bioloogiline roll. 30.Võrrelge imetajate IgG ja lindude igY bioloogilist rolli. 31. Fc retseptorid ja nende funktsioon. 32.Kameliidide IgG2 eripära. 33.Komplemendi aktiveerumise erinevad teed. 34.Zümogeenid. 35
· Ioonkanalite retseptor: 13. Mis on erinevat ja ühist kõigil Signaalmolekul seostub retseptoriga ensüümretseptoritel? ja ioonkanal avaneb. Ioonid tungivad · Ühine: Ensüümretseptoritel rakku sisse ja muutub aktiveerub pärast signaaliga rakumembraani elektriline seostumist rakusisene domään, mis potentsiaal kuna ioonide muutub aktiivseks türosiinkinaasiks kontsentratsioon raku seesja väljas (ensüümiks, mis fosforüülib valgus on erinev. Elektrilise potentsiaali türosiini) muutus antakse edasi ja see toimib · Erinev: aktiveerivad ensüümid näiteks närvirakudes erutusena või 14. Mis tähendab ensüümretseptori
Esitlevad peptiidi TC rakkudele. Koesobivusantigeen II (MHC II) - raku pinnal asuv valgukompleks, on glükoproteiinid, mida ekspresseeritakse APC (makrofaagid, dendriitrakud, B-rakud) pinnal. MHC II koosneb kahest sarnasest ahelast ja (33 ja 28kD), mis on omavahel seotud mittekovalentse sidemetega, mõlemad polümorfsed. Esineb: 1) peptiidi siduv osa: (1ja 1); glükosüleeritud; üks S-S sild. 2) Ig-line domään: (2ja 2). 2 tunneb CD4-ja. 3) transmembraanne osa 4) tsütoplasmaatiline osa lühike, ei sisalda fosforüleerimissaite, sealt signaali edasi ei kanta. Sellega seondunud võõrvalgu fragmente tunnevad ära Th-rakud. MHC molekul määrab ära T-rakkude aktivatsiooni, mitte sellega seotud antigeen. Kogu T-rakkude repetuaar valitakse välja tänu MHC molekulidele. MHC valke kodeerivad geenid koonduvad lookustesse, mida kokku nim. MHC kompleks
19. Kasutades LacZ reporterit pärmides S.cerevisiae ja Z. bailii selgus, et näiteks nende kahe erineva pärmi TPI geeni (kodeerib glükolüüsivalku trioosfosfaadi isomeraasi) promootorid olid funktsionaalsed mõlemas pärmis, kuid reportergeeni ekspressioonitase neilt oli mõnevõrra erinev. Transgeenne analüüs analüüs, mille jooksul geenide rühma viiakse üle ühe organismi DNAst teisse. 20. Transkriptsioonilise aktivaatori funktsionaalsed domäänid: N-terminaalne DNAd - siduv domään, mis seondub teatud DNA järjestustele, ja C-terminaalne aktivatsiooni domään, mis interaktsioonis teiste valkudega aktiveerib transkriptsiooni. 21. Peamised DNAd siduvad domäänid heeliks-pööre-heeliks (helix-turn-helix), tsink-sõrm- valgud (zinc finger), leutsiin-lukud (leucine zipper), aluselised heeliks-ling-heeliks (bHLH) domäänid, homeodomään valgud. 23. Histoondeatsetülaas (HDAC) ensüümide klass, mis eemaldavad atsetüül rühmasid -
II, mis on eukarüootsed tsütosoolsed. Chaperoninid moodustavad kambrikese, kuhu sisse pääseb voltimata valk, mis pannakse seal ATP hüdrolüüsi abil õigesse konformatsiooni ja pakitud valk vabaneb. Bakteriaalse chaperonini moodustavad Hsp60 ehk GroEL. GroEL valgud koosnevad 14/8 subühikust (55 kDa). ATPaasid, kasutavad energiat valkude korrektseks foldimiseks Jaguneb: -Ekvatoriaalne osa (243 AA) põhiliselt α-helikaalne: ATPd siduv domään - vaheosa lühike, hüdrofiilne osa- ruum ATP/ADP difusiooniks -apikaalne domään (191-376 AA) koosneb kahest β- sheedist, välimised domäänid pole selgelt struktueerunud ja moodustavad hüdrofoobseid klastreid GroEL moodustab kaks heptameerset ringi, mis mõlemad on kambrid, kuhu valk saab siseneda ning GroES moodustab kaane, mis siis selle kambri katab. Pärast ATP seondumist toimub chaperonis konformatsiooniline muutus läbi mille osa
Variaabel regioon erineb erinevate B rakkude poolt produtseeritud antikehade vahel, aga sama raku poolt produtseeritud antikehades on samasugune. Konstante regioon on identne kõikides sama isotüübi antikehades, aga erineb erinevate isotüüpide antikehades. . Konstantne regioon determineerib mehhanismi, mis on vajalik antigeeni hävitamiseks. On kahte tüüpi kergeid ahelaid lamda ja kappa. Ka kergel ahelal on konstantne ja variaabel domään. Keskmine kerge ahela pikkus on 211- 217 aminohapet. Iga antikeha sisaldab kahte kerget ahelat mis on alati identsed, ainult ühte tüüpi kerge ahel, kappa või lambda erineb. Mõnedel antikeha kohtadel on unikaalne funktsioon. Nö Y struktuuri käed sisaldavad saite, mis saavad siduda kahte antigeeni ja seeläbi ära tunda spetsiifilisi objekte. See regioon kannab nimetus Fab( fragment antigen binding). See koosneb ühest konstansest ja variaabel domäänist mõlema nii rakse kui kerge ahela
tulemusena. igale valgule spetsiifiline. Suur ruumiliste struktuuride mitmekesisus (valgud koosnevad erinevatest AH-dest). Ruumiline struktuur on valkude bioloogilise funktsioneerimise alus. struktuuri motiivid – eraldiseisvad ruumilise struktuuri elemendid. Sisaldavad sageli sarnaseid AH järjestusi – primaarstruktuuri motiive. Sarnased ruumilise struktuuri motiivid = ühesugune bioloogiline funktsioonide läbiviimine. Osa domäänist. valgu struktuurne domään – iseseisva struktuuri ja funktsiooniga üksus, mis moodustub pidevast järjestusest. Kannavad kindlaid funktsioone. Struktuurne motiiv ja domään üldjuhul ei kattu. Motiiv on domään osa. Nt kaheahelalise nukleiinhappega seondumise motiivid: heeliks-ling-heeliks, heeliks-pööre-heeliks, positiivselt laetud α heeliks, Zn sõrm – ei moodusta iseseisvaid domääne. Biokeemilisi funktsioone viivad läbi mitmest polüpeptiidist koosnevad valgu kompleksid
· Translatsioon mehhanism, kus ribosoomides (rRNA+valk) toodetakse mRNA pealt valku, kasutades selleks tRNA transporditud aminohappeid. 10. Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes? 38kD TATAbox-siduvat valk (TBP); TBP on esimene valk, mis "istub" TATAbox promootorile. Kõik tänaseks teadaolevad eukarüootsed TBPd on väga homoloogsed C-terminuse 180AA ulatuses. Selle valguosa järjestus on 80% ulatuses identne pärmi ja inimese valkudel. TBP Nterminaalne domään on erinevatelt organismidelt pärit TBP valkudel nii pikkuselt kui järjestuselt väga varieeruv. Sellel on oluline roll RNAPolII-katalüüsitud snRNAde geenide transkriptsioonis. TBP monomeer pakkub moodustades sadul-struktuuri, kus molekuli 2 poolt omavad diaadset (polaarset, kaheli) sümmeetriat, ent pole identsed. Nagu HMGI ja teised DNAd-painutavad valgud, interakteerub TBP DNA väikese vaoga, painutades tugevasti kaksikheeliksit. DNAd-siduv valgu pind
sünteesi substraadid ja mille kaudu väljub kapsiidist sünteesitav mRNA; 1 valgu trimeerid moodustavad 12 kapsiidist väljaulatuvat (kuni 40 nm võrra) paindlikku "kiudu", mis on olulised virioni seondumisel rakkudele. Virionides ja ISPV-des omab 1 (seondub 2-valguga) erinevaid konformatsioone. Vahekiht Reoviiruste virionide T=13 väliskapsiidi ja T=1 sisekapsiidi ühendavad 2- (vt. ülal) ja 2- (vt. allpool) valgud. Need valgud (täpsemalt 2-valgu 1-valku siduv domään ja 2-valk) moodustavad virionides mittetäieliku vahepealse valgukihi. See struktuur on oluline sise- ja väliskapsiidi vahelisteks interaktsioonideks. Sisemine kapsiid Reoviiruste virionide sisemise kapsiid ruumiline struktuur on teada täpsusega 0.36 nm - tehtud on röntgenstruktuur analüüs, mis on näidanud, et sisemine kapsiid omab ebatavalist T=1 sümmeetriat ja koosneb: 120-st 1-valgu subühikust (moodustavad 60 dimeeri, mis paiknevad T=1 sümmeetrias)
järjestusi - järjestuse ehk primaarstruktuuri motiive. Ühesuguste biokeemiliste funktsioonide läbiviimine põhineb enamasti sarnastel ruumilise struktuuri motiividel. Näiteks sisaldavad kõik tuntud guanosiin-nukleotiidi siduvad valgud 4-6 antiparallelsest -kihist ja 1-3 nendega risti olevast -heeliksist koosnevast domäänist, mis on G-nukleotiidi sidumise motiiv. See motiiv moodustab valgu ühe domääni. Valgu struktuurne domään on suhteliselt iseseisva struktuuri ja funktsiooniga üksus, mis moodustub pidevast järjestusest. Valgu struktuursed domäänid kannavad ka kindlaid funktsioone. Struktuurse domääni ja struktuurse motiivi kattumine on pigem erand kui reegel. Motiiv on üldjuhul domääni osa. Näiteks võib tuua kahe-ahelalise nukleiinhappega seondumise motiivid: heeliks-ling-heelis (helix-loop-helix), heeliks pööre-heeliks (helix-turn-helix), positiivselt laetud -heeliks, Zn-sõrm ja mitmed teised
Stiimuliteks, mida tunnetatakse kahekomponendiliste süsteemide abil, on näiteks pH, osmolaarsus, kemoatraktandid ja repellandid (eemaletõukajad), taimepatogeenide puhul taime pinnal kahjustatud kohtades sisalduvad signaalmolekulid. Kahekomponendiline süsteem koosneb sensorist (sageli on selleks histidiini kinaas) ja tsütoplasmas asuvast vastuvõtvast (ingl. k. response) regulaatorist. Väliskeskkonna stiimuli tunneb ära sensorvalgu N-terminaalne domään. Selle tulemusena muutub sensori aktiivsus. Näiteks histidiini kinaasi puhul toimub autofosforüleerumine, kus ATP-lt kantakse fosforüülrühm üle konserveerunud histidiini jäägile valgu C-termiaalses transmitter-domäänis. See omakorda on signaaliks tsütoplasmaatilisele regulaatorile. Regulaatori N-terminaalses vastuvõtvas (receiver) domäänis asub konserveerunud aspartaatjääk. Fosforüülrühm kantakse sensorvalgult regulaatori aspartaadile.
ESITLETAKSE MHC MOLEKULIDEGA KOMPLEKSIS) IMMUNOGEENSUS—OMADUS INDUTSEERIDA HUMORAALSET JA / VÕI RAKULIST IMMUUNVASTUST ANTIGEENSUS –VÕIME REAGEERIDA KAS ANTIKEHADE VÕI T LÜMFOTSÜÜTIDE RETSEPTORITEGA HAPTEENID-VÄIKESED MOLEKULID,MIS VÕIVAD OLLA IMMUNOGEENID KUI ON SEOTUD SUUREMALE “ KANDJALE”. Nt penitsilliin võib seonduda meie oma vere valgule(albuliinile) ja muutuda antigeeniks siis. Immuunoglobuliin domään 70-110 amiinohapet, võileiva taoline kahest kihist antiparallelsetest beeta ahelatest (7-9) struktuur, kus on väga konserveerunud disulfiid sild (2 tsüsteiini). Antikehades võime ristada konstantseid domääne aga aminoterminuses on piirkonnad mis vastutavad äratundmise eest, tegemist on variaablite domäänidega. On ka teisi valke kus võib leida immunoglobuliinide domääne (CD48helperitel) ja CD8(tsütotoksilistel)). Adhesioonimolekulid – ICAM.
2)kromosoomi struktuur (DNA pakkimisi aste, N-aluse metülatsioon, histoonide modifikatsioonid); 3)enamasti positiivve regulatsioon; 4) transkriptsioon ja translatsioon on eraldatud; 5) post-transkriptsiooniline modifitseerimine; 6) rakusisesed ja välised regulatoorsed signaalid. Transkriptsiooni faktorid (TF) TF seostuvad geenide promootoralas paiknevate cis- elementidega ning reguleerivad nende geenide ekspressiooni. Struktuur: DNA-d siduv domään, aktivatsioonidomään, valk-valk interaktsiooni domään. 34.Trp operon. Trp operon on konstitutiivne ja ekspresseerub pidevalt, kodeerib Trp sünteesi raja 5 ensüümi. Trp repressor avaldub, kuid ei seostu ise operaatoriga. Kui trp on kõrgem kui rakul vaja, moodustub repressor kompleksi Trp-ga. See seostub operaatoriga blokeerides ekspressiooni ja Trp sünteesi. Attenuatsiooni mehhanism: lisakontroll, võimaldab
· Eukarüootidele omaseid aktiini, müosiini ja tubuliini pole neil siiski leitud. · Chaperoniinid on valgulised kompleksid, mis seostuvad värskelt sünteesitud valkudele ja aitavad neid pakkida. Kuumashoki tingimustes aga seostuvad nad kahjustunud valguga ja kaitsevad seda edasise denaturatsiooni eest. · Nad saavad taastada ka valgu stuktuuri, kasutades selleks ATP hüdrolüüsi energiat. Neil on ATP-ga seondumise domään ja ATPaasne aktiivsus. · Chaperoniinide rolli rakuskeleti moodustamises hakati uurima hüpertermofiilsel (valgulise kestaga) atsidofiilsel arhel Sulfolobus shibatae, kellel kindlasti on vaja hoolitseda valkude struktuuri säilumise eest, sest tema Topt on 83 kraadi ja pH opt on 3.0. · Selle bakteri chaperoniinid koosnevad kahest suures koguses rakus esinevast valgust. Nad agregeeruvad niitideks, kui in vitro lisada neile ATPd ja Mg.
geenidel A box ja B box, 5SrRNA geenidel C box). Initsiatsiooniks on vaja 3 GTF'i: TFIIIC ja TFIIIB osalevad nii tRNA kui 5SrRNA, TFIIIA vaid 5SrRNA transkriptsiooni initsiatsioonil. On vajalik, et spetsiifilised GTF'd istuksid teatud DNA järjestustele. TFIIIB alaühik BRF suunab polümeraasi õigele elemendile. Kui TFIIIB on sidunud, siis saab RNAPolIII seonduda ja rNTPde olemasolul initseerida transkriptsiooni. 1. N-terminaalne DNAd - siduv domään, mis seondub teatud DNA järjestustele, 2. C-terminaalne aktivatsiooni domään, mis interaktsioonis teiste valkudega aktiveerib transkriptsiooni. N-terminuses asuva domääni mutatsioon võtab ära võime DNA-le seonduda. C- terminaalse domääni muteerimine vähendab transkriptsiooni aktiivsust. Transkriptsiooniline regulatsioon eukarüoodis translatsioonilised repressorid, nt akonitaas, uORF, IRES (ei teki kompleksi 5' capil), eIF4E defosforülatsioon (inhibeerib 5' sõltuvat
ning valk inaktiveerub GEF - guaniin nukleotiidi vahetav faktor vahetab valgu küljes oleva GDP GTP vastu aktiveerides selle kaudu valgu Proteiin kinaaside struktuuri element, mis määrab nende funktsiooni. Kinaasi aktiveerumine peale seda kui ta fosforüülib enda struktuuris oleva türosiini. Src tüüpi Struktuur- rasvhape (plasmamembraani sisepinnaga seostumise koht), SH3 (peptiidiga seostumise koht), SH2(fosfaadi kinnitumine), kinaasi domään, COOH. Fosfaadi eemaldamine (SH2) lõdvendab kinaasi struktuuri. Aktiveeriv ligand seostub SH3. Kinaasi fosforüülib enda struktuuris oleva türosiini ja aktiveerub Signaliseeriva kompleksi seostumine retseptorile. Inaktiivne retseptor ja tema poolt aktiveeritavad valgud on seotud kompleksis tellingvalguga (scaffold protein) või signaliseeriv kompleks seostub retseptorile ainult ajutiselt, siis kui retseptor on aktiveerunud. Aktiveerunud retseptor fosforüleerib iseennast.
defosforüleerimise, soodustades sel viisil isotsitraadi metaboliseerimist TCA tsükli kaudu. Valkude metülatsioon ja atsetüleerimine Valkude metülatsiooni kaudu reguleeritakse näiteks E. coli rakkude kemotaksisel osalevate membraanseoseliste retseptorvalkude MCP-de (methyl-accepting chemotaxis proteins) aktiivsust. MCP-de metülatsiooni viib läbi CheR metüültransferaas, kasutades metüülrühma doonorina S-adenosüülmetioniini. MCP-de tsütoplasmaatiline C-terminaalne domään on transmitter-domään, mis signaliseerib rakku kemo- effektori olemasolust kasvukeskkonnas. Signaal kantakse viburi mootorile läbi CheA ja CheY valkude fosforüleerimise/defosforüleerimise. Vastavalt viburi pöörlemissuunale liiguvad rakud kas kemoefektori kontsentratsiooni tõusu või languse suunas. Kui MCP valgud on metüleeritud, on rakud antud efektori kontsentratsiooniga adapteerunud ning võimelised reageerima efektori kontsentratsiooni muutustele. MCP
Uute genoomide ja struktuursete valkude kogunedes toimub uute virionide moodustamine , mis vabanevad nakatunud raku purunemisel. Kokku kestab polioviiruse infektsioonitsükkel 5-10 tundi. Retseptor ja antiretseptor Polioviiruse retseptor PVR (CD155) on membraanne gülokoproteiin, mis omab kolme Ig- sarnast domääni (V- C2- C2) , transmembraanset domääni ja väikest tsütoplasmaatilist domääni. Polioviiruse seondamiseks on vajalik ainult PVR V- domään. Enamuste rihnoviiruste retseptoriteks on ICAM-1 membraanvalk. Antiretseptor asub polio- ja rhinoviiruste virionide pinnal paiknevate kanjonite- laadsete struktuuride põhjas. FMDV , coxackie A9 ja paljude teiste picornaviiruste kapsiiidid ei oma kanjoni struktuurilist pinda, ja arvatakse, et need viirused seonduvad raku poolsele retseptoritele virioni pinnal asuvate silmuste (loop) kaudu. Polioviiruse genoomi sisenemine rakku Polioviiruse rakku sisenemise esimeseks etapiks on endotsütoos
seostub rakus oleva G - valguga. GDPga seoses olev G valk on inaktiivne. G - valk, mis koosneb 3st peptiidist aktiveeritakse GDP fosforüülimistega, kusjuures 3 osast koosnev G valk jaguneb seejärel osadeks, millest igaüks muutub aktiivseks ensüümiks. G valgud on raku membraaniga seotud guanosiin nukleotiide siduvad valgud, mis osalevad signaaliülekandes. Ensüümi türosiinkinaasi aktiivsusega retseptorid – nendel aktiveerub pärast signaaliga seostumist rakusisene domään, mis muutub aktiivseks türosiinkinaasiks (ensüümiks, mis fosforüülib valgus aminohapet türosiini). Ligand aktiveerib retseptori nt kahe retseptori ahela seostamise kaudu. Rakusisesed retseptorid – nendega seostuvad hormoonid. 11. Millal on G valk aktiivne ja millal inaktiivne? Kui nad seovad GTP – guanosiin trifosfaati, siis on nad aktiivsed, kui nad seovad GDP – inaktiivsed. 12. Mis on cAMP ja cGMP, millest nad moodustatakse ja miks ei tohi nende signaalide
tekitatakse üks või mitu rakusisest signaali, mis muudavad selle sihtraku käitumist. ioonkanal-retseptor. Ioonkanal-retseptorid - Ligandi seostumisel retseptoriga muutub selle konformatsioon ning tekib vaba läbipääs teatud ioonidele. Selline on näit. atsetüülkoliini retseptor lihasrakkudel. Katalüütilised retseptorid - kui ligand on seostunud, siis retseptor muutub ensümaatiliselt aktiivseks. Selliste retseptorite katalüütiline domään paikneb retseptori tsütoplasmaatilises osas ning see katalüüsib mitmete sihtvalkude fosforüleerimist. G-valkudega seotud retseptorid vahendavad raku vastust väga erinevatele signaalmolekulidele: hormoonid, neurotransmitterid, lokaalsed mediaatorid. Neile retseptoritele on iseloomulik 7 transmembraanse domääni olemasolu, s.t. et polüpeptiidahel käib 7 korda edasi-tagasi läbi plasmamembraani. Käskjalgmolekulid mõjutavad rakus toimuvaid
moodustunud. Ülekande-järgne editeerimine liigitatakse omakorda: editeerimine in cis – toimub enne valesti laetud aa-tRNA vabanemist editeerimine in trans – toimub pärast aa-tRNA vabanemist In cis editeerimise puhul toimub estersideme hüdrolüüs enamasti süntetaasi aminoatsüleerimissaidist eemal spetsiaalses editeerimissaidis. Klass Ia aaRS-del on selleks CP1 domään. Klass II ensüümide editeerimisdomäänid pole üldiselt konserveerunud ja ei sarnane CP1-ga. 5 Ülekande-järgset editeerimist in trans viivad läbi kas spetsiifilised hüdrolaasid või süntetaasid ise. Ka EF-Tu võib selles protsessis osaleda. Enamasti translokeerub Tyr-tRNA Phe 3’ ots koheselt peale moodustumist aaRS editeerimissaiti (in cis editeerimine)
tagajärjel tekitatakse üks või mitu rakusisest signaali, mis muudavad selle sihtraku käitumist. ioonkanal- retseptor. Ioonkanal-retseptorid - Ligandi seostumisel retseptoriga muutub selle konformatsioon ning tekib vaba läbipääs teatud ioonidele. Selline on näit. atsetüülkoliini retseptor lihasrakkudel. Katalüütilised retseptorid - kui ligand on seostunud, siis retseptor muutub ensümaatiliselt aktiivseks. Selliste retseptorite katalüütiline domään paikneb retseptori tsütoplasmaatilises osas ning see katalüüsib mitmete sihtvalkude fosforüleerimist. G-valkudega seotud retseptorid vahendavad raku vastust väga erinevatele signaalmolekulidele: hormoonid, neurotransmitterid, lokaalsed mediaatorid. Neile retseptoritele on iseloomulik 7 transmembraanse domääni olemasolu, s.t. et polüpeptiidahel käib 7 korda edasi-tagasi läbi plasmamembraani. Käskjalgmolekulid mõjutavad rakus toimuvaid protsesse just oma kontsentratsioonide
Eukarüootse geeni struktuur. Sisaldab introneid ja eksoneid ning enhancer'eid ja funktsionaalselt olulisi mittekodeerivaid alasid, mis määravad ära 3' lõikamise ja polüadenülatsiooni toimumise koha. RNA polümeraasid I sünteesib ainult pre-rRNAd, II sünteesib mRNAsid ja mõnesid väikseid tuuma RNAsid, mis osalevad mRNA splaisingus ja III sünteesib tRNAsid, 5S rRNAsid ja mitmeid suhteliselt lühikesi stabiilseid RNAsid. RNA polümeraas II alaühiku C-terminaalne domään (CTD). Transkriptsiooni initsiatsiooni käigus fosforüülitakse RNA polümeraas II suurima alaühiku karboksüterminaalne domeen (CTD), korduv heptapeptiidne järjestus, mis jääb fosforüülituks kuni matriitsilt transkriptsiooni lõpuni. 4. Võrdle prokarüootsete ja eukarüootsete RNA polümeraaside struktuuri ja funktsiooni. Prokarüootidel ainult üks, eukarüootidel kolm polümeraasi. Kõik kolm polümeraasikompleksi
olevad Fas retseptorid 2. FADD seondub DISC kompleksiga 3. Pro-kaspaas 8 - initsiaatorkaspaas 4. Kaspaas 8 5. Prokaspaas 3 6. Kaspaas 3 7. Apoptoos DISC kompleks death-inducing signaling complex on rakusurma indutseeriv kompleks, mille käivitab Fas ligandi seostumine Fas retseptoriga. DISC aktiveerib initsiaatorkaspaasid need aktiveerivad kaspaadide kaskaadi raku apoptootiline surm DISCis: Fas-ligand Fas retseptor FADD adaptorvalk (surma domään, surma efektordomään) prokaspaas 8 Prokaspaasid aktiveerivad teineteist tekivad aktiivsed kaspaasid aktiveerivad efektorkaspaas tsütosoolis, põhjustavad kaspaaside kaskaadi ja apoptoosi. RAKUS SISEMISELT KÄIVITATUD SIGNALISATSIOONIRADA Mitokondri vahendatud. (Intratsellulaarne stress, DNA kahjustused, oksüdatiivne stress, kõrge tsütosoolne stress) Intratsellulaarseteks apoptoosi kontrollvalkudeks on Bcl-2 perekonna valgud. Mõned neist põhjustavad
1) ioonkanal-retseptor 16 Ligandi seostumisel retseptoriga muutub selle konformatsioon ning tekib vaba läbipääs teatud ioonidele. Selline on näit. atsetüülkoliini retseptor lihasrakkudel. 2) katalüütilised retseptorid kui ligand on seostunud, siis retseptor muutub ensümaatiliselt aktiivseks. Selliste retseptorite katalüütiline domään paikneb retseptori tsütoplasmaatilises osas ning see katalüüsib mitmete sihtvalkude fosforüleerimist. Väga levinud katalüütiliste retseptorite tüüp on türosiinkinaassed retseptorid ehk retseptor-türosiin-kinaasid (RTK). Need fosforüleerivad sihtmärkvalkude türosiini jääke. Peale selle tuntakse ka seriin-treoniin kinaasseid retseptoreid, türosiin- fosfataasseid retseptoreid (mis vastupidiselt kinaasile hoopis de-fosforüleerivad sihtmärkvalke)
erinevad PAMP-id (pathogen associated molecular patterns), nt TLR5 aktiveerub flagelliini seondades. TLR retseptoreid stimuleerivad veel: gram-negatiivsete bakterite LPS, gram-positiivsete bakterite peptiidoglükaan, bakteriaalsed lipoproteiinid, flagelliin, metüleerimata CpG motiivid, dsRNA jne. TLR signaliseerimisrada: TLR seondab ligandi (milleks on PAMPi sisaldav molekul) TLR molekulide dimeriseerumine adapter proteiinide aktiveerimine (TIR domään sisaldab neid) proteiin kinaaside aktiveerimine transkriptsioonifaktorite aktivatsioon geeni transkriptsioon ekspresseeritakse: põletikulisi tsütokiine (TNF, IL-1, IL-12), kemokiine (IL-8), endoteliaalseid adhesiooni molekule (E- selektiin) jne. NLR (NACHT-LRR) on perekond tsütoplasmaatilisi molekule, mis on olulised intratsellulaarse bakteriaalse infektsiooni vastu võitlemisel. NLRid seovad tsütoplasmas bakteri derivaate, nt peptiidoglükaani.
RocS1-l on periplasmadomään, RocS2-l seda pole. Mõlemad on võimelised andma signaali edasi RocA1-le, mis on tsütoplasmaatiline. RocA1 aktiveerib cupC ja cupB klastri. RocA2 inaktiveerib mexAB-oprM geenide klastri, mis on vajalikud mitmesuguste antibiootikumide väljapumpamiseks sealhulgas ka -laktaamide. (NB! Paljud P. aeruginosa tüved, mis on isoleeritud tsüstilise fibroosiga patsientide kopsust leitud biofilmist on antibiootikumidele tundlikud). RocR-l on EAL domään ning seega c-di-GMP lagundaja. Tema represseerib teadmata signaalraja abil cupB ja cupC klastrid. (P. putida's on olemas rocS1 ja rocA2 paraloog) Tüüp IV piilid on piliini polümeerid paljudel gram-negatiivseltel bakteritel, sealhulgas peamistel inimpatogeenidel nagu Neisseria gonorrhoeae, N. meningiidis, Pseudomonas aeruginosa, Vibrio cholerae, Salmonella enterica, Legionella pneumophila ja enteropatogeensel Escherichia coliI. Need piilid on
annaabi.ee 
