eukarüoodsetel organismidel. Spontaansed: Erinevad DNA replikatsiooni vead. Wobble paardumine: T-G, C-A, A-G, T-C. Normal paardumine juba järgmises tsüklis; sagedus F2 on 25%. GT paarid korrigeeritakse proofreadinguga, ka teiste reparatsioonisüsteemidega. Insertsioon ja deletsioon. DNA silmused matriitsahelal, mille jätab DNA polümeraas vahele ja selle tulemus deletsioon. DNA silmus uuel sünteesitud ahelal, polümeraas lisab aluse. Spontaansed keemilised muutused alustes: Depurineerimine - tavaliselt A või G eemaldatakse ja asendatakse juhusliku alusega. Deamineerimine - Aminorühm eemaldatakse aluselt (C ® U); kui seda ei toimu, siis U paardub A järgmises replikatsiooni tsüklis ja moodustub (CG ® TA). Prokarüootide DNA sisaldab 5MC; selle deamineerimine annab meile T (CG ® TA). Selliseid regioone, milles on palju 5MC, nimetatakse muteerumise tulipunktideks (mutation hot spots). Indutseeritud mutatsioonid mutageenid.