Dezember 1721 heiratete er Anna Magdalena. Aus dieser zweiten Ehe entstammen insgesamt 13 Kinder, von denen die meisten aber schon im Kindesalter starben. Den Höhepunkt seines Shaffens bildeten von die Vokalmusik h-Moll-Messe, die Johannes- und Matthäuspassion, Weihnachtsoratorium, Himmelfahrtsoratorium, Osteroratorium, Magnificat. Und von die Instrumentalmusik Präludien und Fugen, Fantasien, Toccaten, die Passacaglia in c- Moll, eine Pastorella, Triosonaten, Orgelchoräle, Choralvorspiele, Choralbearbeitungen, Choralpartiten, Choralvariationen, Concerti.Er starb am 28. Juli 1750 im Alter von 65 Jahren in seinem Haus in Leipzig in Folge eines Schlaganfalls.
kirjutas mitme aasta jooksul (17261741) Leipzigi preioodi ajal. Siin teosed nii klaverile kui ka orelile. (jätkub) I.Osa (17261731) 6 Partiitad, ehk Itaalia süiiti. (6 Partiten) BWV 825830. II.Osa (1734) Itaalia kontsert Fduur. (Italienische Konzert) BWV 971. Partiita hmoll BWV 831. See Partiita asub eraldi siin teises osas. III.Osa (1739) "Orelimissa": Prelüüd ja Fuuga Esduur BWV 552 Pro organo pleno (Täie oreliga) ja 21 Koraalitöötlust (Choralbearbeitungen) BWV 669689. 4 Duetti (Vier Duette) BWV 802805. (jätkub) IV.Osa (1741) Goldbergvariarsioonid BWV 988. V.Osa (17401749) Fuuga Kunst (Die Kunst der Fuge) BWV 1080. On kirjutatud Gottfried Silbermanni poolt leiutatud Flügel klaverile. See oli haamerklaveri varajane eelkäija. Johann Sebastian Bach tegi tihedat koostööd Gottfried Silbermanniga, kes ehitas oreleid, mida Bach oli vastu võtnud. Bach soovis ise paigutada oma Fuuga kunsti eraldi köitesse
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