HDAC eemaldab need atsetüülgrupid, et suurendada positiivset laengut histoonide sabades ja soodustab suure afiinsusega sidumist histoonide ja DNA selgroo vahel. See protsess kondenseerib DNA struktuuri, hoides ära transkriptsiooni. HDAC tegeleb keskkonnast tuleneva info protsessimisega, rakuprotsessidega, raku kasvu ja surmaga, inimhaigustega ntx vähiga. Deatsetüleerimine muudab kromatiini resistentseks nukleaasidele ja moodustub kromatiin kiudstruktuur (väga kokkupakitud) Atsetüleeritud vormis DNA fosfaatrühma negatiivne laeng neutraliseerib lüsiini positiivset laengut. Atsetüleeritud vorm on see, mis on vähem pakitud aktiveerib transkriptsiooni faktoreid (pääseb paremini ligi/ struktuur pärlikee) Kirjelda eksperimenti, mille abil saab tuvastada transkriptsiooni faktorite sidumise aktiivsust promootorsaidil 1) DnaasI footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonukleaaside aktiivsuse vastu
CpG-saared inaktiivses X-kromosoomis on suuremas osas metüleeritud. Metüleerimine on mehhanism transkriptsiooni peatamiseks. XIC X-kromosoomi inaktivatsiooni tsenter. Selle ala peal on geen XIST. See geen on aktiivne vaid inaktiivsel X-kromosoomil. XIST geen ei kodeeri ühtki valku. XIST RNA !!! seondub rakutuumas inaktiivse X-kromosoomiga (Barri kehaga). Inimese aktiivses X-kromosoomis on H4 histoon atsetüleeritud, inaktiivses X-is aga mitte (s.t., on vaikiv). CpG saarekeste metüleerumine kutsub esile geenide inaktivatsiooni. Aktiivsetel geenidel Barri kehas puuduvad CpG saared 11. Kuidas määratakse mRNA eluiga rakus? mRNA eluiga mõjutavad polü-A saba olemasolu (ilma polü-A-ta mRNA-d on väga lühiealised) ja 3' mittetransleeritavad regioonid (UTR). Eluiga mõjutavad RNA-sisesed järjestused, nagu Poly-A piirkond, mis on kaitstud PABP-
luminestsentskiirgus. Seega fotoluminestsentsi lainepikkus on suurem ergastava kiirguse lainepikkusest (Stokes'i nihe) ning selle karakteristikud (spekter, kestus, polarisatsioon) on põhiliselt määratud juba aine enda omadustega ja sõltuvad nõrgalt ergastava kiirguse parameetritest. 6. Millised ensüümid viivad läbi histoonide atsetüleerimist ja deatsetüleerimist ning kuidas mõjutab see transkriptsiooni? HAT ja HDAC kui on atsetüleeritud, pole laengut, histooniga ei seostu, transkriptsioon toimub 7. Nimeta erinevaid tsütoskeletti moodustavaid filamente? Millistest valkudest need koosnevad? Mikrofilamendid - aktiin, mikrotuubulid tubuliin, EB3, intermediaarsed filamendid - olenevalt rakutüübist Praktiline töö IV - Apoptoos ja nekroos 1. Defineeri apoptoos ja nekroos. Apoptoos- raku programmeeritud surm, mis on käivitatud raku enda poolt.
dekondensatsiooni (avatud struktuuri teket). Imetajatel on kirjeldatud palju valke, milledel on n.ö. kromodomään, see seondub H3 N-terminaalsele sabale, kui viimane on Lys9 metüleeritud vormis.Arvatakse, et need valgud kontrollivad kromatiini kõrgemat järku struktuuriks pakkumist. Alternatiivselt on leitud bromodomääni sisaldavad valgud, mis tihti on seotud eukromatiiniga ning seonduvad histoonide N- atsetüleeritud sabadele. TFIID suurim alaühik sisaldab kaht järjestikku asuvat bromodomääni, mis aitavad moodustada aktiivse koodiga kromatiinil kompleksi, samas kui sellesama alaühiku atsetülaasne aktiivsus hoiab kromatiini hüperatsetüleeritud vormis. 27. Pärmi rakus toimub vaigistamine (silencing) telomeersetes DNA alades. Missugused biokeemilised protsessid on selle telomeerse vaigistamise taga? Pärmi telomeeride vaigistamine (silencing). Mitu koopiat Rap1
atsetüleerimine, metüleerimine, monoubvikvitineerimine. Arginiinijääkide metüleerimine. Seriini- ja treoniinijääkide fosforüleerimine 84. Mis on heterokromatiin ja eukromatiin? Mis neid iseloomustab? Heterokromatiin – suletud struktuur; histoonid deatsetüleeritud, seondunud HP1 valguga; tugevalt kondenseerunud, tsentromeerides ja telomeerides, sisaldab palju kordusjärjestusi, geenivaene, replikeeritakse hilsies S faasis Eukromatiin – avatud struktuur, histoonid atsetüleeritud, vähe kondenseeritud, kromosoomi õlgadel, unikaalsed järjestused, geenirikas, replikeeritud läbi S faasi, meioosis toimub rekombinatsioon. histooni atsetüültransferaas, transkriptsiooni aktivaator, hüperatsetüleeritud histooni saba 85. Milliseid post-translatsioonilisi modifikatsioone esineb histoonidel ja kuidas need kromatiini aktiivsust mõjutavad? 1. Atsetüleeritud histoonid tähistavad avatud ja transkriptsiooniliselt aktiivset kromatiini
aatRNA kompleksile) Valkude struktuur Valgud koosnevad 20+1 kodeeritud AH-st. +1 on selenotsüsteiin – Sec – esineb vähestes valkudes ja on kodeeritus UGA koodoniga (tavaliselt on stoppkoodon), bakterites ja eukarüootides, vaja ainult anaeroobsetes oludes. Lisaks kodeeritud AH-dele esinevad ka teised, mis lisatakse pärast valgusünteesi ribosoomides – post-translatsioonilsed modifikatsioonid. Modifitseeritud AH-d: hüdroksüproliin, atsetüleeritud AH-d. Valkudega on ühendatud suhkrujäägid (glükosüleerimine) või fosforhappe jäägid (valkude fosforüleerimine). AH on omavahel ühendatud peptiidsidemega. Peptiidside – amiidsideme vorm, mis moodustub α-aminohapete vahel. α- aminohapetel on amino (-NH2) ja karboksüülrühm (-COOH) ühendatud sama süsiniku aatomi külge (α süsinik). Valguahel moodustub α süsinike ja peptiidsidemete abil; αsüsinike küljest hargnevad aminohapete külgahelad
Koort kogutakse 23 (5) aasta vanustelt okstelt. Droogi peaks kuivatama temperatuuril 20 °C umbes kümme päeva. Pajukoores on omalaadne apteek. Pajukoor sisaldab fenoolglükosiide, millest peamised on salitsiin (112%) ja salikortiin (0,019%), leidub ka 2'-atsetüülsalikortiini, tremulatsiini (harva üle 1%), populiini, salireposiidi (punapajus 0,11,2%), purpureiini (punapajus kuni 0,4%), pitseiini, vimaliini ja triandriini; aga samuti salitsiini, salikortiini ja salireposiidi atsetüleeritud derivaate, salitsüülhappe estreid ja salitsüülalkoholi. Salitsülaatide derivaatide sisaldus oleneb muu hulgas taime liigist: hõberemmelgas on seda umbes 0,5%, rabedas remmelgas 110% ja punapajus 39%. Veel on droogis flavonoide (14%, sh. punapajus 0,180,4% eriodiktoüül-7-glükosiidi), D- ja L-naringeniin-5-glükosiidi (kumbagi 0,41,5%), isosalipurposiidi (0,21,5%) jt), tanniine (8 20%, kondenseerunud tanniinid ja gallotanniinid) ja polüfenoole (5%)
ubikvitiinimine viib valkude proteosoomse lagundamiseni. Histoonide N-terminuste atsetüülimise regulatsioon on üks geeniregulatsiooni mooduseid, mis teatud kromosoomialas mõjutab oluliselt DNA-histoonide omavahelisi interaktsioone ja kromatiini pakkimist kondenseeritud või vähem kondenseeritud struktuuriks. Histoonide (de)atsetüleerimise mehanism ja teostavad valgud. Toimub peamiselt histoonide H3 ja H4 sabas asuvate positiivselt laetud lüsiinijääkide (de)atsetüleerumise tulemusena, atsetüleeritud vormis neutraliseerib DNA fosfaatrühma negatiivne laeng lüsiini -aminorühma positiivset laengut. Histooni kood. Ühel histoonil/nukleosoomil võib toimuda mitu modifikatsiooni ja need kombinatsioonid moodustavad niinimetatud histooni koodi. 11. Mis roll on histoondeatsetülaasidel (HDAC) need on ensüümid, mis eemaldavad histoonide N-terminustelt atsetüülrühmi, muutes kromatiini kondenseerunumaks ja mis funktsioon on histoonatsetülaaltransferaasidel (HAT)
emaslooma somaatilistes rakkudes ning see on nähtav rakutuumas tumeda, tuuma membraani läheduses paikneva struktuurina, mida nim. Barr'i kehakeseks. X-inaktivatsioon toimub varajases embrüonaaleas, see toimub juhuslikult. Aktiivne kromatiin erineb ülejäänust selle poolest, et ta pole nii tugevasti kokku pakitud ning seetõttu on ta kergemini kättesaadav nukleaasidele. Ta erineb ka biokeemiliselt muust kromatiinist; nukleosoomsed histoonid on tugevasti atsetüleeritud, mis vähendab nende positiivset laengut ja seega DNA-ga seostumise tugevust. Kromatiini struktuur ja geeni ekspressioon Nukleosoomne struktuur on DNA-l nii vahetult enne kui ka kohe pärast mingi lõigu transkribeerimist. Lihtsustatud mudeli järgi struktuursed valgud ja transkriptsioonifaktorid konkureerivad DNA-ga seostumise suhtes, kusjuures struktuursed valgud takistavad nendega
I 1. Valkude struktuur Valgud koosnevad 20+1 kodeeritud aminohappest. +1 tähistab siin selenotsüsteiini (Sec), mis esineb vaid vähestes valkudes ja on kodeeritus UGA koodoniga, mis tavaliselt on stop-koodon (vt. valgusünteesi peatükk). Lisaks kodeeritud aminohapetele esinevad valkudes veel mitmed aminohapped, mis lisatakse peale valguahela sünteesi ribosoomides (post-translatsioonilised modifikatsioonid). Siia kuuluvad modifitseetitud aminohapped nagu hüdroksüproliin ja atsetüleeritud aminohapped. Paljude valkudega on ühendatud suhkrujäägid (vt. valkude glükosüleerimine) või fosforhappe jäägid (valkude fosforüleerimine). Aminohapped on omavahel ühendatud peptiidsideme abil. Peptiidside on amiidsideme vorm, mis moodustub -amiknohapete vahel. -aminohapetel on amino- ja karboksüülrühm ühedatud sama süsinuku aatomi (-süsiniku) külge. Valguahel moodustub -süsinike ja peptiidsidemete abil, kus - süsinike küljest hargnevad aminhapete külgahelad (joon 1.7)
kaudu ensüümide aktiivtsentri regulatoorsetesse saitidesse, mis paiknevad aktiivtsentrist eraldi. Sel viisil toimub näiteks biosünteetiliste ensüümide tagasisidestuslik inhibitsioon. Allosteeriline regulatsioon põhjustab ensüümi ajutisi konformatsioonilisi muutusi, kuna inhibiitori või aktivaatori seondumine on pöörduv. Lisaks allosteerilisele regulatsioonile võib ensüüm olla ka kovalentselt modifitseeritav fosforüleeritud, metüleeritud, atsetüleeritud, adenüleeritud või uridüleeritud. Ka see protsess võib olla pöörduv. Valkude pöördumatu modifikatsioon seisneb nende proteolüüsis. Ensüümiaktiivsuse allosteeriline regulatsioon Allosteerilisele regulatsioonile alluvad nii anaboolsed kui ka kataboolsed rajad. Anaboolsete radade puhul toimub peamiselt tagasisidestuslik inhibitsioon biosünteesiraja lõpp-produkti poolt. Sel viisil on reguleeritud näiteks aminohapete, nukleotiidide ja vitamiinide biosünteesirajad.
annaabi.ee 
