I kaitsekategooriasse kuuluvad valdavalt vähenenud arvukuse ning kriitiliselt halvas seisus elupaikadega, suures hävimisohus olevad liigid, kelle edasine säilimine Eesti looduses ohutegurite toime jätkumisel on kaheldav. I kaitsekategooria liikide puhul on keelatud täpse kasvukoha või elupaiga kohta käiva teabe avalikustamine massiteabevahendites. I kategooria liigid võtab kaitse alla Vabariigi Valitsus määrusega I kategooria seeneliigid poropoorik Amylocystis lapponica lõhe-lehtervahelik Leucopaxillus salmonifolius roosakas tammenääts Pachykytospora tuberculosa I kategooria seeneliigid leht-kobartorik - Grifola frondosa taigapässik - Inonotopsis subiculosa lilla põdramokk - Sarcodon fuligineoviolaceus I kategooria seeneliigid krookustorik - Hapalopilus croceus Võrkheinik - Rhodotus palmatus limatünnik - Sarcosoma globosum II kategooria seeneliigid
võetud kohustustele on meil loodud head eeldused kaitsta teiste elusolendite kõrval paremini ka seente liigirikkust. Enamik kaitsealuseid seeneliike on huvilistele tundmatud ja oma tagasihoidliku välimuse tõttu ka vähe märgatavad. Eestis on kaitse all 46 seeneliiki: I kategoorias 9, II kategoorias 27 ja III kategoorias 10. 2004. aasta looduskaitseseaduse alusel on võetud kaitse alla 17 varem kaitseta liiki: I kategooria: II kategooria: poropoorik Amylocystis lapponica lepa-kärbseseen Amanita friabilis lõhe-lehtervahelik Leucopaxillus soo-maamuna Bovista paludosa salmonifolius lilla kukeseen Cantharellus melanoxeros roosakas tammenääts Pachykytospora tuberculosa Bloxami punalehik Entoloma bloxamii võrkheinik Rhodotus palmatus purpur-maakeel Geoglossum atropurpureum