Polüsahhariidid
Ehitus
Polümeerid
Monomeerideks monosahhariidide molekulide
jäägid (vesi eraldunud)
Ühendatud glükosiidsidemetega
Rohkem kui 10 lüli
Homopolüsahhariidid ja heteropolüsahhariidid
Omadused sõltuvad keemilise koostisest molekuli
struktuurist
Bioloogiline ja majanduslik tähtsus
Annavad rakkudele tugevuse (tselluloos,
hemitselluloos, kitiin, pektiin)
Energiaallikas (tärklis, glükogeen)
Rakkude deformeerumist takistavad (dekstriinid)
Paksendajad (agaroos, pektiin)
Kütus, keemiatööstus, paber, bioetanool
Tselluloos
Looduslik kiudaine rakukestades
Levinuim orgaaniline aine Maal (33%)
Oluline taastuv loodusressurss: süsinikuringe,
energiaallikas, keemiatööstus, paber
Ahel ei hargne
(C6H10O5)n, 7000
· Polüsahhariid on näiteks toidus olev tärklis, tselluloos, inuliin ning glükogeen. · Inimtoidu põhiline polüsahhariid on tärklis (seedub peensooles). Saab jagada kolmeks: 1)Struktuursed polüsahhariidid - millest bakterid, taimed, vetikad jne. moodusavad omale rakukestad. Nt. tselluloos 2)Varupolüsahhariidid- mille varal loomad ja taimed loovad energiavarusid. Nt. tärklis ja glükogeen 3)Muud ül. Polüsahhariidid. Tarretise valmistamine- vetikatest saadav agar, agaroos või algiin. TÄRKLIS · Kasutatakse: toiduainete paksendajana, tärklisesiirupi valmistamisel, suhkru asendajana, kangaste viimistlemiseks. · Vees ei lahustu, vaid tekitab soojendamisel tärkliseklistiistri. Kõik
Inkubeeri 30 min jääl, vahete-vahel segades. (3) Teosta "heat shock", viies tuub 5 minutiks 37 oC juurde; seejärel tagasi jääle. (4) Lisa 180 l LB söödet, sega korralikult ning inkubeeri 37 oC 30 min (segamisega või ilma). Inkubeerimise ajal valmista LB-Ampitsillini Petri tassid (vt. p5 allpool) (5) Kahesajale milliliitrile LB söötmele lisa 3g Bacto-Agarit ja keeda mikrolaineahjus kuni agari täieliku sulamiseni (ettevaatust, agaroos võib kergesti üle keeda. Selleks, et seda ei juhtuks, vali sobiva suurusega klaaskolb ja ahju reziim ning sega sagedasti). Seda tööd teosta grupi (~10 üliõpilast) peale juhendaja juuresolekul. Arvuta: Kui palju on vaja võtta ampitsilliini kontsentratsiooniga 100 mg/ml 200 ml LB söötme kohta, et selle lõppkontsentratsioon oleks 100 g/ml? 200 l (100*200ml/100000ml) 5
"Heat shock" viie minuti jooksul suurendab transformeerituse taset umbes 4 korda. (4) Lisa 180 l LB söödet, sega korralikult ning inkubeeri 37 oC 30 min (segamisega või ilma). (Segamine teeme sõrmega, kuna sees on elav rakkud.) Inkubeerimise ajal valmista LB-Ampitsillini Petri tassid (vt. p5 allpool) (5) Kahesajale milliliitrile LB söötmele lisa 3g Bacto-Agarit ja keeda mikrolaineahjus kuni agari täieliku sulamiseni (ettevaatust, agaroos võib kergesti üle keeda. Selleks, et seda ei juhtuks, vali sobiva suurusega klaaskolb ja ahju reziim ning sega sagedasti). Seda tööd teosta grupi (~10 üliõpilast) peale juhendaja juuresolekul. Arvuta: Kui palju on vaja võtta ampitsilliini kontsentratsiooniga 100 mg/ml 300 ml LB söötme kohta, et selle lõppkontsentratsioon oleks 100 g/ml? 100mg/ml100000 µg/ml 4 C1· C2 V1· V2 (6) Jahuta LB-agar 50-60 oC vesivannis alla ja seejärel lisa antibiootikum (Amp, 100 mg/ml)
Sahhariidid: Sahhariidid e süsivesikud orgaaniliste ühendite kõige levinum klass. Üle 70% eluslooduses esinevast süsinikust on sahhariidide koostises. (suhkur, tärklis, tselluloos jt) Monosahhariidid e lihtsuhkrud (glükoos, fruktoos, riboos jt). Nende molekulid võivad omavahel ühineda nii, et moodustuvad oligosahhariidid e liitsuhkrud (laktoos, sahharoos jt) või kõrgmolekulaarsed süsivesinikud ehk polüsahhariidid (tärklis, tselluloos) Monosahhariidid: 1 karbonüülrühm ja mitu hüdroksüülrühma nime tunnuseks lõppliide oos tavalised looduslikud sahariidid: 5 või 6 süsiniku aatomit (pentoos, hektoos) aldehüüdrühmaga monosahhariidid: aldoosid ja ketoosid glükoos ja fruktoos: C6H12O6 , kuid erinev struktuur ribood ja desoksüriboos: C5H10O4 keemilised omadused võime tuletada alkoholide ja karbonüülühendite kohta õpitust, lisades molekulisisese tsükli moodustumise. glükoos fruktoos ...
Tallinna Tehnikaülikool Keemiainstituut Biotehnoloogia õppetool Piimhappelise käärimise uurimine Protokoll Yasb51 Juhendaja: Tiina Randla Tallinn 2014 Töö eesmärk 1. Jogurti valmistamine: erinevate katsetingimuste mõju toote kvaliteedile, hinnata nende sobivust jorguti valmistamiseks. 2. Erinevate piimhappebakterite uurimine: Piimhappebakteritest valmistatud mikroskoobipreparaatide uurimine Bakterite genotüüpide uurimine rep-PCR meetodiga Erinevate mikroorganismide mõju uurimine piimale Töö käik 1. Jogurti valmistamine Valmistatakse 100 ml jogurtit. Määratakse piima ja kasutatava juuretise pH. Selleks tehakse juuretisest 10-kordne lahjendus, et oleks mugavam mõõta. Esmalt doseeritakse piim seisukolbi. Seejärel kaalutakse suhkur ja lisatakse piimale. Suhkur lahustatakse. Kolb markeeritakse ning ...
Tallinna Tehnikaülikool Keemiainstituut Biotehnoloogia õppetool Piimhappelise käärimise uurimine Protokoll Juhendaja: Tallinn 2014 Töö eesmärk 1. Jogurti valmistamine: erinevate katsetingimuste mõju toote kvaliteedile, hinnata nende sobivust jorguti valmistamiseks. 2. Erinevate piimhappebakterite uurimine: Piimhappebakteritest valmistatud mikroskoobipreparaatide uurimine Bakterite genotüüpide uurimine rep-PCR meetodiga Erinevate mikroorganismide mõju uurimine piimale Töö käik 1. Jogurti valmistamine Valmistatakse 100 ml jogurtit. Määratakse piima ja kasutatava juuretise pH. Selleks tehakse juuretisest 10-kordne lahjendus, et oleks mugavam mõõta. Esmalt doseeritakse piim seisukolbi. Seejärel kaalutakse suhkur ja lisatakse piimale. Suhkur lahustatakse. Kolb markeeritakse ning suletakse fooliumiga. Kolb asetata...
praimerite paari, mitme erineva mikroobi tuvastamiseks samast DNA proovist 20. Mille poolest erineb real-time PCR tavalisest PCR-ist?- võimaldab hinnata algmaterjali kogust, nt. DNA koopia arvu meid huvitavas lookuses. Kasutatakse veel kolmandat praimerit, mille ühes otsas on fluorestsents märgis ja teises nn summutaja. On võimalik kasutada ka kaheahelalise DNA-ga seonduvaid värve. 21. Kuidas on võimalik PCR-iga paljundatud DNAt visualiseerida?- agaroos sulatatakse puhvris->geeli valades pannakse paika geelikamm->tardunud geeli korral kamm eemaldatakse->tekkinud süvenditesse valatakse DNA->Geel valatakse puhvriga üle->DNA koos glütserooli sisaldava värvainega pannakse süvendi põhja-> DNA on negat. Laenguga ja elektri väljas liigub pluss laengu suunas->DNA on värvitu, selle nägemiseks lisatakse sageli etiidiumbromiidi, mis seostub
Alates 2. punktist tsüklid korduvad veel 21 kord. Sellega DNA ahela paljundamine toimub ekpotentsiaalselt. 2.2 Praktikum – geeli valmimine Esialgu tuleb valida mille kontsentratsiooniga geeli on vaja valmistada. Kuna mul oli tegu lühe DNA lõiguga (335 bp), valisin PCRi produkti detekteerimiseks 1,5% geeli. Geelistavaks aineks on agaroos, mis on pärit vetikatest. Segasime kokku 100 ml 1x TAE puhvrit ja 1,5 g agaroosi. Kuna agaroos ei lahustu hästi, kuumutame segu mikrolaineahis keemiseni (mitte päris keemiseni, et ei keeks üle!) ja vahepael loksutame ringjate liigutusega kuni kõik agaroos on sulanud ja lahus on homogeenne. Pärast jätame segu jahtuma tasakesi 5
Korduste arv sõltub sellest, kui palju on vaja DNA-d saada, samas liiga palju tsükleid suurendab vigade tõenäosust. c) Geelipildilt on näha, et PCR on tõenäoliselt ebaõnnestunud, kuna bändi pole näha (peaks olema noolega märgitud kohas). Põhjuseks võib olla ebatäpsus. Edasiseks tööks sain L-Envo pEGFP-C2. 2. PCR-i produkti puhastamine a) Kaalusime 1,5g agaroosi, viisime mahu TAE puhvriga 100ml-ni ja kuumutasime segu mikrolaineahjus, kuni agaroos täielikult lahustus. Seejärel jahutasime lahust ringjate liigutustega loksutades. Jahtunud segule lisasime 0,5l EtBr, loksutasime ning valasime lahuse geelialusele. Lasime geelil tarduda. b) Kuna produktide pikkus varieerus 300-2000 bp vahel, siis valmistasime 1,5% agaroos geeli. Mida pikemad produktid, seda lahjem peab olema geel, ning vastupidi. c) Kontrollgeeli valasime selleks, et hinnata, kas puhastamine on olnud efektiivne. Kui segusse
elektroforeesi. Elektroforees DNA ja RNA on negatiivse laenguga ja seetõttu liiguvad elektriväljas negatiivse elektroodi katoodi poolt positiivse elektroodi anoodi suunas. Nukleiinhapete elektroforeesil lahutatakse erineva suurusega DNA fragmentide segu vastavalt fragmentide suurustele ja võrreldakse neid mingi standardiga e. markeriga. Elektroforeesil liiguvad nukleiinhapped elektrivälja mõjul spetsiaalses keskkonnas geelis. Kaks tüüpilist foreesikeskkonda on: 1. Polüakrüülamiid 2. Agaroos Polüakrüülamiid on sünteetiline polümeer, mis moodustab poorse struktuuriga erineva läbimõõduga tunnelite labürindi. Kasutatakse lühikeste DNA/RNA fragmentide (5-500 bp) lahutamiseks. Polüakrüülamiidgeel elektroforees võib olla: • Vertikaalne ühedimensiooniline • Vertikaalne kahedimensiooniline • Horisontaalne Agaroos on lineaarne polümeer, mis koosneb D- ja L-galaktoosi jääkidest. Agaroosi ahelad
TTÜ | MIHKEL HEINMAA | MMIX SÜGIS Enamus tänapäeva punavetikaid on hulkraksed. Punavetikad on eelkõige merevee liigid ja magevees leidub harva. Sugulise paljunemisega. Värvus on tingitud fükobiliinidest, mis annab roosaka mustja tooni. Nad on väga olulised elupaikade loojad ookeanide põhjas. Sisaladavad sellist polüsahhariidi nagu agaroos, mida kasutatakse marmelaadi valmistamiseks aga ka tardsöötmete valmistamisel igasuguste bakterite jaoks. Rohevetikad. Jaotatakse kolmeks rühmaks. Väga laialt levinud. Nende hulgas on üherakulis liike, koloniaalseid ja hulkrakseid. Tõnäoliselt esineb nende hulgas sekundaarset üherakulisust: liike, mille esivanemad olid hulkraksed, kuid tänapäevaks evolutsioneerunud üherakuliseks. Ikkesvetikate hõimkond oleks polüfeneetiline hõimkond erinevate
Põhikooli bioloogia eksamiks kordamine. Bioloogia-teadus elusorganismide ehitusest, talitlusest ja suhetest keskkonnaga. Palju harusid: taimed-botaanika, loomad-zooloogia Riik Enamasti jaotatakse elusloodus viide riiki : Seened, loomad, taimed, bakterid, algloomad Hõimkond Riigist järgmine taksonoomia suurüksus Näiteks: Keelikloomad(inimene) Lülijalgsed(kõrvahark) Katteseemnetaimed(võsaülane) Klass Selgroogsed loomad jaotatakse viide klassi: Kalad, kahepaiksed, roomajad, imetajad, linnud Selgrootute loomade puhul eristatakse : Käsnas(jõekäsn), ainuõõssed (meririst), ussid (vihmauss), limused (piklik jõekarp), lülijalgsed (kollane loigukiil) Katteseemtaimede puhul eristatakse: Üheidulised(nisu), kaheidulised(harilik hiirehernes) Selts Selgroogsete loomade klassid jaotatakse seltsideks: Kiskjalised, närilised, jäneselised Seltside nimed moodustatakse loomade puhul liitega –lised. Taimede j...
jaotumises kahefaasilises süsteemis. Kromatograafiat kasutatakse, et eraldada segunenud ained üksteisest. Siinkohal siis on vaja valgud eemaldada lahusest e rakuekstraktist. Ioonvahetuskromatograafia, õhukese kihi kromatograafia, pöördfaaskromatograafia, geelfiltratsioonkromatograafia. Geelelektroforeesi põhimõte – lahutamine poorses keskkonnas elektrivälja toimel. Kasutatavad polüakrüülamiid geel ja agaroos. Isoelektriline fokuseerimine. Biomolekulide detekteerimise meetodid geelis. Geel värvitakse valgu spetsiifilise värviga/spets antikehad. 11. Nukleotiidid Nukleiinhapped on biomakromolekulid, milles nukleotiidijäägid on seostunud fosfodiestersidemega. Inimkehas on kaks nukleiinhapet – DNA ja RNA. Nukleotiidid on nukleiinhapete monomeerid, rakus esinevad anioonidena, on happed. Nukleotiid koosneb lämmastikalusest (N-alustest, pentoosist ja ühest või enamast
Kromatograafiat kasutatakse, et eraldada segunenud ained üksteisest. Siinkohal siis on vaja valgud eemaldada lahusest e rakuekstraktist. Ioonvahetuskromatograafia (laeng), õhukese kihi kromatograafia, pöördfaaskromatograafia, geelfiltratsioonkromatograafia (valkude sadestumine suuruse järgi. Geelelektroforeesi põhimõte lahutamine poorses keskkonnas elektrivälja toimel. (1 aine liigub teiste suhtes, liikuma panev jõud- elekter). Kasutatavad polüakrüülamiid geel ja agaroos. Isoelektriline fokuseerimine. Biomolekulide detekteerimise meetodid geelis. Geel värvitakse valgu spetsiifilise värviga/spets antikehad. Geeli sisu peab olema aluseline, kõik valgud aluselises KK on neg. laenguga- ioonid liiguvad 11. Nukleotiidid Nukleiinhapped on biomakromolekulid, milles nukleotiidijäägid on seostunud fosfodiestersidemega. Inimkehas on kaks nukleiinhapet DNA ja RNA. Nukleotiid koosneb lämmastikalusest (N-alustest, pentoosist ja ühest või
tüpiseerimisel. 40. Elektroforees Elektroforees on elektriliselt laetud osakeste liikumine vedelikus elektrivälja mõjul: positiivsed osakesed katoodile ja negatiivsed osakesed anoodile. Elektroforees on meetod, kus laetud osakesed liiguvad elektrijuhtivust omavas vedelas keskkonnas elektrivälja mõjul. Geel-elektroforees - DNA kaksikahel liigub geelis elektriväljas kiirusega, mis on pöördvõrdeline log 10 ga tema massist (suurusest). 1. maatriks on agaroos või polüakrüülamiid 2. puhver tagab, et DNA on laetud negatiivselt 3. DNA liigub suunas - + (katoodilt anoodile). 40. Nukleiinhapete hübridiseerimine NH hübridiseerimine pôhineb denatureerunud DNA ja RNA renatureerumise fenomenil, mis seisneb selles, et teatud tingimustel denatureeritud NH ahelad on vôimelised uuesti renatureeruma ja moodustama ka vabade komplementaarsete NH ahelatega topeltahelaid.
Kordamisküsimused Geenitehnoloogia I 1. Millised molekulid on polümeerid? Polümeerid ehk kõrgmolekulaarsed ühendid on ained, mille molekulid koosnevad kovalentsete sidemetega seotud korduvatest struktuuriühikutest elementaarlülidest. Looduslikud polümeerid: polüsahhariidid (tselluloos, kitiin, tärklis), valgud, nukleiinhapped (DNA, RNA). Polümeerid on väga suured molekulid, moodustunud kui sajad monomeerid liituvad pikkadeks ahelateks. 2. Nukleotiidide lühiiseloomustus. Nukleotiidid on orgaanilised molekulid, mis moodustavad suuri biopolümeere- nukleiinhappeid, näiteks DNA ja RNA. Nukleotiidid on DNA ja RNA molekuli alaüksused, mis koosnevad lämmastikalusest (N-alus), suhkrust (riboos või desoksüriboos) ja fosfaatrühmast. Lämmastikalused on kas puriini või pürimidiini derivaadid. Puriinid: kahte lämmatikku sisaldava...
tüpiseerimisel. 40. Elektroforees Elektroforees on elektriliselt laetud osakeste liikumine vedelikus elektrivälja mõjul: positiivsed osakesed katoodile ja negatiivsed osakesed anoodile. Elektroforees on meetod, kus laetud osakesed liiguvad elektrijuhtivust omavas vedelas keskkonnas elektrivälja mõjul. Geel-elektroforees - DNA kaksikahel liigub geelis elektriväljas kiirusega, mis on pöördvõrdeline log 10 ga tema massist (suurusest). 1. maatriks on agaroos või polüakrüülamiid 2. puhver tagab, et DNA on laetud negatiivselt 3. DNA liigub suunas - + (katoodilt anoodile). 40. Nukleiinhapete hübridiseerimine NH hübridiseerimine pôhineb denatureerunud DNA ja RNA renatureerumise fenomenil, mis seisneb selles, et teatud tingimustel denatureeritud NH ahelad on vôimelised uuesti renatureeruma ja moodustama ka vabade komplementaarsete NH ahelatega topeltahelaid.
44. Elektroforees – selle kohta ka Pata slaidides Elektroforees on elektriliselt laetud osakeste liikumine vedelikus elektrivälja mõjul: positiivsed osakesed katoodile ja negatiivsed osakesed anoodile. Elektroforees on meetod, kus laetud osakesed liiguvad elektrijuhtivust omavas vedelas keskkonnas elektrivälja mõjul. Geel-elektroforees - DNA kaksikahel liigub geelis elektriväljas kiirusega, mis on pöördvõrdeline log 10– ga tema massist (suurusest). 1. maatriks on agaroos või polüakrüülamiid 2. puhver tagab, et DNA on laetud negatiivselt 3. DNA liigub suunas - + (katoodilt anoodile). 45. Nukleiinhapete hübridiseerimine Kindla NA järjestuse tuvastamine NA molekulide segust kasutates komplementaarsusel põhinevat üksikahelate paardumist. - Geelis lahutatud DNA/RNA kantakse üle (nailon)membraanile, nii et nad oleksid üksikahelad
44. Elektroforees selle kohta ka Pata slaidides Elektroforees on elektriliselt laetud osakeste liikumine vedelikus elektrivälja mõjul: positiivsed osakesed katoodile ja negatiivsed osakesed anoodile. Elektroforees on meetod, kus laetud osakesed liiguvad elektrijuhtivust omavas vedelas keskkonnas elektrivälja mõjul. Geel-elektroforees - DNA kaksikahel liigub geelis elektriväljas kiirusega, mis on pöördvõrdeline log 10 ga tema massist (suurusest). 1. maatriks on agaroos või polüakrüülamiid 2. puhver tagab, et DNA on laetud negatiivselt 3. DNA liigub suunas - + (katoodilt anoodile). 45. Nukleiinhapete hübridiseerimine Kindla NA järjestuse tuvastamine NA molekulide segust kasutates komplementaarsusel põhinevat üksikahelate paardumist. - Geelis lahutatud DNA/RNA kantakse üle (nailon)membraanile, nii et nad oleksid üksikahelad
4. HARJUTUSTUND SÜSIVESIKUD Mono-, oligo- ja polüsahhariidid 1. Andke definitsioon järgmistele mõistetele: a) süsivesinik (keemia alusel) - Biomolekul, mis koosneb vaid vesinikust, süsinikust ja hapnikust. Süsivesikuteks loetakse polühüdroksüaldehüüde ja -ketoone või aineid, mis annavad hüdrolüüsi käigus vastavaid ühendeid. Nimetus tuleb empiirilisest valemist (CH2O)n b) Oligosahhariid - liitsuhkrud, mis koosnevad 2-10 glükosiidsidemega seotud monosahhariidi jäägist. Jaotatakse redutseeruvateks - vaba hemiatsetaalrühm on olemas; ja mitteredutseeruvateks - puudub vaba hemiatsetaalrühm. c) Polüsahhariid - liitsuhkrud. Lihtsuhkrute polümeerid, mis koosnevad sadadest kuni tuhandetest kovalentselt glükosiidsidemega seotud monosahhariidi jääkidest. Jaotatakse kaheks: homopolüsahhariidid - koosnevad ühe monosahhariidi jääkidest; heteropolüsahha...
Akrüülamiid P-10 150020000 P-30 240040000 P-100 5000100000 P-300 60000400000 Sepharose 6B 10 0004 · 106 Agaroos 4B 60 00020 · 106 2B 70 00040 · 106 47 Geelkromatograafia kolonni iseloomustavad mahud Kui läbi geelkromatograafia kolonni juhtida erineva molekulmassiga ainete segu, siis molekulid lahutuvad üksteisest vastavalt nende suurusele, st vastavalt molekulide võimele difundeeruda geeli pooridesse
I don't want to know the answers, I don't need to understand 2011. sügis KEEMILISE ANALÜÜSI ÜLDKÜSIMUSED 1. Analüüsiobjekt, proov, analüüt, maatriks. Tooge näiteid. Analüüsiobjekt on objekt, mille keemilist koostist me määrata soovime. Enamasti ei määrata mitte proovi täielikku koostist, vaid ainult mõnede konkreetsete ainete analüütide sisaldust, nt pestitsiidide sisaldust puuviljades või askorbiinhappe määramine mahlas. Analüüsiobjektid on enamasti liiga suured, et neid tervenisti analüüsida (nt kui soovime analüüsida vee kvaliteeti Emajões või suurt partiid apelsine), seetõttu võetakse analüüsiobjektist proov. Prooviks nimetatakse analüüsiobjekti seda osa, mida kasutatakse analüüsil, nt võetud pudelitäis vett või partiist välja valitud kolm apelsini. Analüüt on aine, mille sisaldust analüüsiobjektis määratakse, nt tiabendasool puuvilja puhul või vask metallisulamis. Analüüt võib olla nii element (...
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
