Reguleerib viiruse replikatsiooni ning osaleb nakatatud rakkudes raku spetsiifilise transkriptsiooni ja translatsiooni mahasurumises. NSP3 osaleb viiruse replikaasi komplekside moodustamises ning NS polüproteiini protsessingu reguleerimises. NSP4 on alfaviiruste RdRp, sisaldab polümeraaset motiivi GDD. Rakus on NSP4 suhteliselt ebastabiilne ja suur osa temast lagundatakse ubiquitiin- proteosoom mehhanismi vahendusel. Alfaviiruste RNA replikatsioon Replikatsiooni cis-järjestused (polümeraasi seondumise kohad) paiknevad genoomi otstes. Replikatsioon on reguleeritud NS polüproteiini protsessingu kaudu. Replikatsiooniga kaasneb spetsiifiliste vakuoolide (modifitseeritud endo- ja lüsosoomid) moodustumine rakus. Need vakuoolid on viiruse RNA replikatsiooni kohtadeks ja sisaldavad membraanseid struktuure, mida nimetatakse sfääruliteks
degradatsiooni kiirused on erinevad; tRNA ja rRNA on suhteliselt stabiilsed, mRNA stabiilsus varieerub. Stabiilsus muutub regulatoorsete signaalide mõjul, mis arvatakse olevat ka oluline translatsiooni kontrollpunkt. mRNA eluea pikkust mõjutavad: AU-rikkad elemendid; Sekundaarne struktuur; Deadenülatsioon ehk adeniini eemaldamine polü(A)st; mRNA fragmenteerumine (oma ensümaatiline aktiivsus) ja fragmentide degradatsioon. Post-translatoorne kontroll: Erinevate valkude modifitseerimine (ubiquitiin, mis teevad valgud lühi- või pikaaegseteks (vastavalt näiteks steroid retseptorid lühiaegsed ja silma valgud näiteks pikaaegsed). Just a/h N-terminused määravad valkude stabiilsuse; kui palju vastavaid aminohappeid valkudes on. Pikaaegne geenide regulatsioon arengus ja diferentseerumises: Samad organismide rakud diferentseeruvad arengu käigus, moodustades eri funktsioone täitvaid kudesid ja organeid. Arenemine ehk ontogenees tähendabki genoomi ja tsütoplasma
annaabi.ee 
