-Met Cys oksüdeerimine -Ratsemisatsioon Valkude eluiga determineeritud tema järjestusega Intratsellulaarne valkude degradatsioon: -Lüsosomaalne -Ubikvitiin-sõltuv Ubikvitiin sõltuv degradatsioon Toimub proteasoomides- ATPsõltuv proteaas- 1% koguvalgust- 76AA jääki, tsütosoolne 20S-4 heptameerset domääni 19S- cap-piirkond- ATPaasne aktiivsus Hästi konserveerunud valgud- pärmides vaid 3 AH erinevus Ubikvitiin-konjugeerivad valgud E1- ubikvitiini aktiveerivad valgud E2- ubikvitiin konjugeerivad valgud E3- aksessuaarne valk, moodustab E2-E3 kompleksi-ubikvitiini ligaasid E2-E3- kompleks seondub E3 abil märklaudvalgu Lys ja moodustab E2 abil polüubikvitiinahela- ligandiks proteasoomile Valkude aktiivsus sõltub tema N terminuse struktuurist -amidatsioon -Met Ile Val Gly Pro Thr -tsükliinidel konsensus: X-X-Leu-GlyX-Ile-Gly-Asn -PEST rikkad alad 3 tüüpi E3 valke, mis tunnevad erinevaid N terminusi: 1.Aluselised AHd Cys, His 2
Lagundatakse neid valke, millele on kovalentselt külge seotud väike valk ubikvitiin . Toimub proteasoomides- ATPsõltuv proteaas- 1% koguvalgust, 20S-4 heptameerset domääni, 19S- cap-piirkond- ATPaasne aktiivsus.Hästi konserveerunud valgud- pärmides vaid 3 AH erinevus Ubikvitiin seotakse degradeerimisele määratud valgu külge ensümaatiliselt, seda toimetab spetsiaalne ensüüm, mis paneb ubikvitiini sellele valgule lüsiini jäägi külge. Ubikvineeritud valgud tuntaksegi ära proteasoomide poolt, mis on valguline kompleks. Lüsosoom on membraaniga ümbritsetud organell, kus on hüdrolüütilised ensüümid. Lüsosomaalne degradatsioon toimub lüsosoomides intratsellulaarselt ehk rakusiseselt. ??? (natuke vähe võitu ). 16 Ubikvitiini ligaasid E1- ubikvitiini aktiveerivad valgud, E2- ubikvitiin konjugeerivad valgud, E3-
metüültransferaasid. Lüsiini saab metüleerida 1-3 korda lüsiini metüültransferaaside poolt. Valkude metüleerimist on enim uuritud histoonides, kus seda viivad läbi histoon metüültransferaasid (Met kohal?). 40 Metüleeritud histoonid võivad epigeneetiliselt represseerida või aktiveerida geeni ekspressiooni teatud tingimustel. ubikvitineerimine ubikvitiini aktiveerimine (2-astmeline reaktsioon E1 ubikvitiin-aktiveeriv ensüüm viib läbi, vajab ATP energiat; 1 samm hõlmab ubikvitiin-adenülaadi intermediaadi tootmist ja teine samm viib ubikvitiini E1 aktiivtsentri tsüsteiini jääki, vabastades AMP, tekib tioester side C-terminaalse ubikvitiini karboksüülrühma ja E1 tsüsteiini sulfhüdrüülrühma vahel). Ubikvitiini viimine E1-st ubikvitiini konjugeeriva ensüümi E2 aktiivtsentrisse käi trans(tio)esterifikatsiooni reaktsiooni kaudu.
12. Valkude keemiline vananemine.??? Valkude eluiga on determineeritud tema järjestusega. Keemiline vananemine Gln Asn deaminatsioon. 13. Lüsosomaalne ja ubikvitiin-sõltuv valkude degradatsioon. Ubikvitiin sõltuv degradatsioon toimub proteasoomides. ATP-sõltuv proteaas 1% koguvalgust 76AA jääki, tsütosoolne. Ubikvitiin seotakse degradeerimisele määratud valgu külge ensümaatiliselt, seda toimetab spetsiaalne ensüüm, mis paneb ubikvitiini sellele valgule lüsiini jäägi külge. Ubikvineeritud valgud tuntaksegi ära proteasoomide poolt. Lüsosomaalne degradatsioon? 14. Valkude topoloogia. Valkude bioloogilise aktiivsuse avaldumine toimub kindlates kohtades, selle realiseerimiseks kasutatakse erinevaid signaaljärjestusi. 2 tüüpi: (1) võivad olla järjestikused, (2) moodustada valgu eri osades selle pakkimise tulemusena. 15. Posttranslatoorsed modifikatsioonid.
translatsiooni mRNA erinevatest kohtadest. Eukarüootide ribosoomil on mRNA-le seostumiseks ja translatsiooni alustamiseks vaja 5ʹ otsa. Shine-Dalgarno järjestused (järjestused, kuhu seondub ribosoomi väike subühik 16S) Lagundamisele määratud valkude äratundmine ubikvitiinligaasi poolt ning nende valkud ubikvitinüleerimise protsess. Ubikvitiin seostub aktiveeriva ensüümi külge (E1). See kompleks seostub ubikvitiini külge siduva ensüümiga (E2) ja E1 vabaneb. Lagundatav valk seondub E3(ubikvitiinligaas- tunneb valesti pakitud või oksüdeerunud aminohappeid sisaldavaidvalgud,mis kuuluvad lagundamisele). E2 küljes olev ubikvitiin seotakse lagundatava valgu külge. E3 aktiveerib- fosforüülimine proteiin kinaasi poolt,allosteeriline üleminek ligandi seondumise tõttu, allosteeriline üleminek valgu subühiku lisandumise tõttu
10 erinevat valku. Osa neist valkudest omavad ATP-aasset aktiivsust. Nende valkude ülesanne on a) ära tunda ja elimineerida kokkupakkimata valgud b) kõrvaldada kahjustatud või valesti pakitud valgud c) lagundada lühikese poolestusajaga valgud (näit. tsükliinid) Proteasoomides lagundatakse neid valke, millele on kovalentselt külge seotud ubikvitiin, valk. Ubikvitiin seotakse degradeerimisele määratud valgu külge ensümaatiliselt, seda toimetab spetsiaalne ensüüm, mis paneb ubikvitiini sellele valgule lüsiini jäägi külge. Ubikvineeritud valgud tuntaksegi ära proteasoomide poolt. Ubikvitiini külgepanev ensüüm on see, mis peab spetsiifiliselt ära tundma lagundamist vajavad valgud. Denatureeritud või valesti kokku pakitud valgud, samuti valgud, mis sisaldavad oksüdeeritud või muidu ebanormaalseid aminohappeid, tuntakse ära selle ensüümi poolt ja saavad seeläbi lagundatud proteasoomides. See ensüüm arvatavasti tunneb ära signaale, mis
Nii saab võimalikuks valgusest sõltuvate geenide ekspressioon. 31. Milline on pimedas kasvanud DET ja COP1 geenide mutatsioonidega taimede idandite välimus. Milline on nende geenide ülesanne fotomorfogeneesis DET ja COP1 geenide mutantidel on valguses kasvanud taime väliskuju, kuigi on pimedas kasvanud. Norm geenidega idandid ei alusta pimeduses fotomorfogeneesi, kuna DET ja COP1 blokeerivad selle. Mõlemad on fotomorfogeneesi repressorid. COP1 on ubikvitiini ligaas (HY5 valgule). Kui valgus tuleb, transporditakse COP1 tuumast tsütoplasmasse ja ei saa valgusest sõltuvate geenide ekspressiooni takistada. Kui aga valgust pole ja COP1 muteerunud, siis idand ei arene täiskasvanuks. 32. Milline on valguses kasvanud HY5 geeni mutatsiooniga taimede idandite välimus. Milline on selle geeni ülesanne fotomorfogeneesis? HY5 mutantide välimus: taim kasvab küll valguses, aga on selline väliskuju nagu oleks pimedas kasvanud
37. Nimetage fotomorfogeneetiliselt mõjuva valguse retseptoritest algava signaali liikumise ahela komponendid, mis on nende funktsioonideks? Valk Toime Lokalisatsioon rakus DET1 Seostub transkriptsioonifaktoritega Rakutuumas (de-etiolatsioon) modifitseerides nende toimet DNA-le COP1 Ubikvitiini ligaas HY5 valgule Rakutuumas pimedas, valges fosforüülituna 15 (konstitutiivne tsütoplasmas, HY5 saab toimida morfogenees) HY5 TF fotomorfogeneesi peamine regulaator Tuumas
Hsp 40 – Dna J; Gep E. on üks Hsp 70, millega võib seostuda mitu Hsp 40-t. Hsp 40 määravad ära spetsiifilisuse kindlatele valkudele. N: Bip on Hsp 70 perekonna chaperon. Organellidesse transporditavad valgud liiguvad kompleksis oma chaperonidega. Valgu elu lõpp Pool sünteesitavates valkudest lagundatakse peaaegu enne, kui nad funktsioneerima hakkavad (eukarüootides). Prokarüootides pole nii hull. Valgulagundamine on väga hästi kontrollitud. Põhiliselt toimub ubikvitiini abil. Ubikvitiin – 7G ahelast koosnev COOH saba. Signaal, et valk tuleb viia proteasoomi lagundamiseks. 43 Lagundavate valkude aminorühmale lisatakse kovalentselt ubikvitiin. Ubikvitiin aktiveeritakse kompleksis E1 valkudega. Vaja läheb ka ATP-d. E1-ubikvitiin +E2-E3 → ubikvitiin-E2-E3, mis on valmis degradeeruma. E3 tunneb ära lagundatava valgu. Tavaliselt pannakse ubikvitiin-E2-E3 Lys aminorühma külge. Nüüd algab polüubikvitinüleerimine
annaabi.ee 
