..stoppkoodon ● Ühele koodonile vastab maksimaalselt... 4 aminohapet ● kõigi viirusosakeste koostisesse kuuluvad... genoom, valgud ja nukleiinhapped ● Sarnaselt elusorganismidele on kõigile viirustele omane...muutumatu geneetiline kood. ● Viirushaigusi saab uurida... mitut moodi? :D lindistad ? :D ● ● Hulkrakse organismi geenidest eraldub samaaegselt.. ??? 1. Vaadake joonist! Millist protsessi on kujutatud? Tegemist on valgu sünteesi ehk translatsiooniga. Tooge kolm argumenti oma otsustuse toetuseks. 1) Joonisel on kujutatud transpordi RNA-d (iseloomulik ristikulehe kuju) 2) Transpordi RNA-d transpordivad aminohappe jääke (Phe, Val) 3) Aminohappejääkidest on moodustunud aminohappeahel e valgu primaarstruktuur (aminohappejääkide vahel peptiidsidemed) 4) Ribosoomile on kinnitunud üheahelaline mRNA, mille koostisse kuulub nukleotiid uratsiil 5) mRNA koodoniga on ühinenud tRNA antikoodon Millises raku osas protsess toimub?
mRNAd. Upstream ORF asub mRNA 5´UTR (mitte-transleeritavas) regioonis. Liiga pikk 3´UTR (RNA polümeraas on ülesünteesinud mRNA-d). mRNAd, kus kasutatakse korraga erinevates lugemisraamides valgusünteesi initsiaatorkoodoneid. NMD toimub enamasti enne, kui on katkenud mRNA füüsiline side tuumaga. Enneaegset stop-koodonit sisaldav mRNA molekul, mis on jõudnud tsütoplasmasse, pääseb suure tõenäosusega lagundamisest. NMD on alati seotud lagundatava mRNA translatsiooniga - NMD toimumiseks on vajalik translatsiooni terminatsioon enneaegsel stop-koodonil. 7. Regulaatorvalkude olulisemad alaklassid pro- ja eukarüootsel geeniregulatsioonil? Heeliks-pööre-heeliks motiiviga valgud. Homeodomääni valgud. Tsinksõrme sisaldavad valgud. Aluselised leutsiini-tõmblukku sisaldavad valgud. Aluselised heeliks-ling-heeliks valgud. POU-domääni valgud. Steroidhormoonide retseptorid 8
Geen DNA järjestuse lõik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd Histoon väga konserveerunud aluseline valk DNA ja RNA erinevused: · desoksüriboos, riboos · tümiin, uratsiil · kaheahelaline, üksikahelaline · RNA omab katalüütilist funktsiooni Transkriptsioon ehk RNA süntees. Splaising RNA modifikatsioon pärast transkriptsiooni, kus intronid eemaldatakse ja eksonid liidetakse. Toimub eukarüood mRNAs enne kui ta saab translatsiooniga toota korrektse valgu. Ribosoom valgutehas, mis sisaldab rRNAd ja ribosoomi valke. rRNA sünteesitakse tuumakeses, valgud tsütoplasmas. Igat aminohapet polüpeptiidis kodeerib üks nukleotiidikolmik, mis ei kattu omavahel ning pole ka väljajäetavaid nukleotiide. Ühele aminohappele vastab rohkem kui üks koodon, erinevus on enamasti viimases nukleotiidis. Stoppkoodonid. Kood on universaalne. Antibiootikumid passiveerivad bakterite valgusünteesi.
baktteriofaag T4) nm Mimiviirus (Mimicing microbe) Kirjeldati ajakirjas “Science” 2004. aastal Viiruspartikkel > 400 nm – pikka aega peeti graam- positiivseks kokiks Seni suurima genoomiga viirus – 1 181 404 bp (1,2 Mb) Kodeerib erinevalt teistest viirustest: 1) mitmeid translatsiooniga seotud faktoreid ja Mimiviirus amööbi rakus tRNA-sid 2) Topoisomeraase 3) DNA reparatsioonivalke 4) Polüsahhariidide sünteesiga seotud ensüüme Mimiviirust eristab parasiitsetest rakusisestest mikroobidest vaid ribosoomide puudumine Mimiviirus on oma suuruselt
abil sünteesitakse aminohapete vahel peptiidside. Seejärel esimene tRNA lahkub. Järjest liitub tekkiva ahelaga juurde tRNA abiga uusi aminohappeid. 4. Lõpuks jõutakse stoppkoodonini, sellega on sünteesimine lõppenud. 5. Seejärel eraldatakse komponendid ensüümi abiga ning on valmis moodustunud valgu primaarstruktuur. 6. Translatsiooniga valmib valgu primaarstruktuur, valgu lõplik ruumiline struktuur oleneb tema aminohappelisest järjestusest. Valk pakitakse kokku kõrgemat järku struktuuriks ja modifitseeritakse
Geeniekspressiooni reguleerimine mRNA stabiilsuse tasemel. Eukarüootide mRNA lagunemise kaks viisi. Kui mRNA polüA sabalüheneb kriitilise pikkuseni, siis mRNA lagundatakse. Lagundamine toimub kas 5´3´ (capist sabani) või 3´5´ suunas deadenülaasi toimel Kaks viisi kuidas mRNA translatsioon ja lagundamine konkureerivad omavahel. mRNA translatsioonil ja lagundamisel osalevad nii 5´-cap kui ka 3´ polüadenüleeritud ots. Polü-A lühenemine ja cap-struktuuri eraldamine võistlevad mRNA translatsiooniga, s.t. toimuvad samaaegselt. mRNA molekulide võimalikud paiknemiskohad pärast tuumast väljumist. Lagundamine P-kehades (processing bodies) või säilitamine stressi graanulites. Mittekodeerivad RNA-d, mis reguleerivad geeniekspressiooni rRNA-d – loevad geneetilist koodi tRNA-d – osalevad valgusünteesis Telomeeride koosseisus olevad RNA-d – osalevad kui matriitsid kromosoomi otste replitseerimises snoRNA-d – modifitseerivad ribosomaalset RNA-d
— Cap ja polüA saba stimuleerivad komplekti initsiatsiooni faktorite seondumist 2.Ires-dependent mechanism (viirustes) – Viiruste puhul algab translatsioon tihti mRNA 5´-otsast kaugel, kus asub sisenemine ribosoomi, spetsiifiline RNA järjestus Mõlema puhul on vajalik translatsiooni initsiatsioonifaktor elF4E. 59. Geeniekspressiooni reguleerimine mRNA stabiilsuse tasemel RNA polü(A) saba ja cap struktuuri lagundatakse samaaegselt translatsiooniga, e need võistlevad oma vahel. Eukarüootide mRNA lagunemise kaks viisi — kui mRNA polü-A-ots lüheneb kriitilise pikkuseni, siis mRNA lagundatakse 1. 5´-3´-lagundamine 2. 3´-5´-lagundamine deadenül aas 60. mRNA molekulide võimalikud paiknemiskohad pärast tuumast väljumist
Millist reaktsiooni katalüüsib ensüüm Rubisko. Kloroplastide stroomas, Calvini tsüklis. Rubisco e. Ribuloos 1,5-difosfaadi karboksülaas katalüüsib süsihappegaasi seostumist ribuloos 1,5- difosfaadile (RubP) Kloroplasti DNA ehitus, suurus, milliseid valke kodeerib. Kloroplastid sisaldavad mitmeid kuni mitmeid kümneid rõngas-DNA molekule suurusega 120 000 – 160 000 bp. Sisaldab ~120 geeni, 60 neist on seotud RNA transkriptsiooni ja translatsiooniga (rRNA, tRNA, RNA polümeraasi ja ribosoomi valkude geenid). ~20 geeni kodeerivad fsETA valke. Kloroplastides on kodeeritud ka Rubisco suur subühik. Esineb ~40 geeni, mille funktsioon pole teada. Fotosünteesi protsessis vesi oksüdeeritakse ja süsinik (süsihappegaas) redutseeritakse. Kirjutada sisse õige variant. Nimetage kloroplastis funktsioneerivaid subühikutest koosnevaid valke, mille mõned subühikuid on kodeeritud tuuma genoomis, mõned kloroplasti genoomis.
Millist reaktsiooni katalüüsib ensüüm Rubisko. Kloroplastide stroomas, Calvini tsüklis. Rubisco e. Ribuloos 1,5-difosfaadi karboksülaas katalüüsib süsihappegaasi seostumist ribuloos 1,5-difosfaadile (RubP) Kloroplasti DNA ehitus, suurus, milliseid valke kodeerib. Kloroplastid sisaldavad mitmeid kuni mitmeid kümneid rõngas-DNA molekule suurusega 120 000 160 000 bp. Sisaldab ~120 geeni, 60 neist on seotud RNA transkriptsiooni ja translatsiooniga (rRNA, tRNA, RNA polümeraasi ja ribosoomi valkude geenid). ~20 geeni kodeerivad fsETA valke. Kloroplastides on kodeeritud ka Rubisco suur subühik. Esineb ~40 geeni, mille funktsioon pole teada. Fotosünteesi protsessis vesi oksüdeeritakse ja süsinik (süsihappegaas) redutseeritakse. Kirjutada sisse õige variant. 23
organelli sisenemiseks ja ka tema õigeks sisemiseks lokaliseerumiseks. Näit. tülakoidi sisemusse määratud valgu transiitpeptiid koosnab kahest osast: selle N-terminuse poolne osa on oluline välismembraanide läbimisel ja see lõigatakse stroomas ära kindla ensüümi poolt. Järelejäänud osa sarnaneb ER- ga seostumist määravale liiderjärjestusele ja see võimaldab tülakoidi membraani läbimist. . Sisaldab ~120 geeni, 60 neist on seotud RNA transkriptsiooni ja translatsiooniga (rRNA, tRNA, RNA polümeraasi, ribosoomide valkude geenid) ~20 geeni kodeerivad fsETA valke. Kloroplastides on kodeeritud ka Rubisco suur subühik. Esineb ~40 geeni, mille funktsioonid pole teada. Paljud kloroplastide valgud sealhulgas ka ribosoomide valgud, on kodeeritud rakutuumas ja pärast sünteesi tsütosooli ribosoomidel peavad liikuma kloroplasti. 14.)Fotosünteesi protsessis ..............................oksüdeeritakse ja ..........................redutseeritakse
IF-3 takistab mittetranskribeeruvatel ribosoomidel kokku minna, seostub väiksema subühikuga ja ei lase neil kokkuseonduda kui translatsioon pole alanud. Takistab 50S subühiku seondumist. IF-3 peab olema enne seotud 30S-ga, kui toimivad järgmise translatsioonifaktorid. IF-1 kiirendab IF-3 ja IF-2 seostumist ja pärast nende lahkumist. IF-3 peab olema enne, siis IF-2 koos GTP ja fMet tRNA-ga seotuakse mRNA-ga (väikesesse subühikusse). Prokarüootidel on mRNA transkriptsioon seotud translatsiooniga (!) Prokarüootidel kattuvad initsiaatorkoodon ja terminaatorkoodon UAAUGA → UAA/AUG/UGA Esimese mRNA tsistroni transleerimiseks on vaja subühikute dissotsiatsiooni, hiljem enam mitte. mRNA seostub 30S-ga (30 S pinnal on koodon-antikoodon äratundmine). RNA ühel poolel on seotud 30S subühik, teisel pool suurem 50S subühik. EPA – tRNA seostumiskohad, ei vaja abivahendeid. Prokarüootide mRNA: Eukarüootidel on: üks mRNA kodeerib ühe valgu ja toimub cap-struktuuri seondumine
hulk rakus) 3.1.1.2. promootori ehitusega (DNA superspiralisatsioon, kasvukiirus, sigma faktori tüübist sõltuvus, diskiminaatori olemasolu) 3.1.1.3. regulaatorvalkudega 3.1.1.4. promootori asukohaga genoomis 3.1.1.5. vaba RNAP olemasoluga 3.1.2. transkriptsiooni attenuatsioon 3.2. Post-transkriptsiooniliselt 3.2.1. RNA elueaga 3.3. Translatsiooniga 3.3.1. translatsiooni initsiatsiooniga 3.3.2. translatsiooni elongatsiooniga 3.4. Post-translatsiooniliselt 3.4.1. valkude lagundamisega Allosteeriline regulatsioon. Allosteerilisel ensüümil on aktiivtsenter, mis viib reaktsiooni läbi, ning allosteerilisesse taskusse seondub efektor, mis pole substraat ega vii reaktsiooni läbi. Efektor on vajalik ensüümi aktiivtsentri konformatsiooni muutumiseks
annaabi.ee 
