15. Milleks kasutatakse FISH analüüsi? a. FISH fluorescence in situ hybridisation b. Kasutatakse erinevate DNA ja RNA järjestuste detekteerimiseks rakkudes ja kudedes. 16. Mis on MARide funktsioon? a. Iga kromosoom on üks DNA molekul, mis on pakitud nukleosoomidesse ja keeratud 30 b. nm kiududeks. Viimased kinnituvad valgumaatriksile spetsiifiliste järjestuste (MARide) c. abil. 17. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud gene? a. Footprinting. Märklaud geenid ei sisalda TATAboxi. 18. Miks kasutatakse "heat-shock" geenide promootoreid? a. Sidumine proksimaalse elemendi teatud järjestusele stimuleerib peatunud RNA-polII jätkama elongatsiooni ja indutseerib kiiret reinitsiatsiooni uute RNA-polII molekulidega. 19. Mida tähendab väljend "kasutades lacZ reporterina" ja mis analüüsi- meetodiga on tegu? Transgeenne analüüs. a
vastu. EMSA on kasulik meetod DNAd siduvate valkude kvantitatiivseks analüüsiks. 16. Nimeta vähemalt 3 üldist bioloogilist protsessi, kus enhancerite aktiivsusega kontrollitakse geeni ekspressiooni tasemeid? Enhancerite näiteid: (1) Pärmi GAL1 ja GAL10 geenid. Need 2 geeni on reguleeritud ühe enhanceri juuresolekul ja transkribeeritud vastupidistes suundades. (2) Inimese globiini geeniklaster. 17. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud geene? 18. Miks kasutatakse "heat-shock" geenide promootoreid? (Jälle üks imelik küsimus, selleks, et geenilt trankribeerida mRNA ja mRNA'lt vajalik valk.) Heat-shock geenide aktiivsus indutseeritakse rakusiseste tingimuste muutumisel, mille tagajärjel valgud hakaksid denatureerima. 4 Mõned neist geenidest kodeerivad valke, mis on denatureerivatele tingimustele erakordselt vastupidavad, teised jälle tsaperone, mis denatureeritud valke uuesti re-struktureerivad
Need TFid võivad sisaldada ühte või mitut aktivatsioonidomeeni, aga harva enam kui ühte DNAd siduvat domeeni. Transkriptsiooni faktorite klassifikatsioon DNAle sidumise järgi. Aktivaatorid ja repressorid. Nimeta peamised DNAd-siduvad domäänid, mis on iseloomulikud transkriptsioonifaktoritele (vähemalt 3) homeodomeen-valgud, heeliks-pööre- heeliks, leutsiin-lukk ja tsink-sõrm. 11. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud-geene? DNaas I footprinting ja EMSA analüüsiga. 12. DNA-valk interaktsioonide tuvastamise meetodid: footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonuleaaside aktiivsuse vastu ja EMSA üldjuhul on DNA fragmentide elektroforeetiline mobiilsus langenud, kui need on valguga kompleksis, mis põhjustab fragmendi geeli asukoha muutust (bänd jääb maha võrreldes vaba DNAga). 13
t. geenid paiknevad peamiselt kromatiinsetel lingudel. Transgeensetel loomadel on näidatud, et SARsid on vajalikud teatud naabergeenide ekspressiooniks. Äädikakärbsel on demonstreeritud, et mõned SARsid eraldavad transkriptsiooniühikud teineteisest, nii et ühe geeni transkriptsioonis osalevad valgud ei mõjuta naabergeene, mis on eraldatud SAR-iga. 36. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud geene? Muteerides uuritavat transkriptsiooni regulaatorit (selle leidmiseks võib kasutada nt DNase I footprintingut, mis näitab valgu asukohta (valk DNA-l, hakatakse lõikama lühikesi juppe, märgistatud 32P-ga) ja EMSA-ga saab tuvastada (tekitatakse radioaktiivne DNA ja seotakse sellega valgulüsaat, pärast lahustatakse geelis kompleks liigub aeglasemalt)) nii, et see enam ei funktsioneeri, tuleb kaardistada muutus geeniekspressioonis (DNA
annaabi.ee 
