Enamus neid geene kodeerivad valke, mis kaitsevad rakku oksüdatiivse stressi puhul ja peaaegu kõik neist on SoxS poolt positiivselt reguleeritavad. SoxS moduloni kuulub ka SodA Mn-seoseline superoksiidi dismutaas, millest oli juttu eelpool. SodA-d kodeeriva operoni transkriptsioon on tegelikult väga kompleksselt reguleeritud praeguseks on kirjeldatud vähemalt 6 regulaatorit. OxyR modulon Globaalne transkriptsiooniregulaator OxyR on otseselt aktiveeritav vesinikperoksiidi poolt (kahe tsüsteiini vahel moodustub disulfiidsild). OxyR kontrollib positiivselt vähemalt 30 geeni transkriptsiooni. Need geenid kodeerivad valke, mis osalevad raku antioksüdantsetes kaitsemehhanismides ja tagavad resistentsuse paljudele antibiootikumidele (Mar valgud multiple antibiotic resistance). OxyR kontrolli all on näiteks HPI katalaas (katG geeni produkt). oxyS kodeerib väikest mittetransleeritavat RNA molekuli, mis
DMSO reduktaas asub periplasmas ja arvatakse, et tema funktsiooniks on pigem detoksifikatsioon kui hingamine. 56 Fermenteerimise regulatsioon bakterites Bakteris E. coli moodustuvad fermenteerimise tulemusena (läbi vaheühendite PEP ja püruvaat) suktsinaat, D-laktaat, atsetaat, etanool, formiaat, CO2 ja H2. Regulatsioon globaalse regulaatori Fnr kaudu Fnr on tuletatud inglisekeelsest terminist "fumarate nitrate reduction". Fnr on transkriptsiooniregulaator, mis kontrollib nii fermenteerimise kui ka anaeroobse hingamise radade ekspressiooni. Vastavad geenid ja operonid kuuluvad fnr moduloni ning on aktiveeritavad anaeroobsetes ja represseeritavad aeroobsetes tingimustes. Fnr on aminohappeliselt järjestuselt väga sarnane CRP valgule (v.a. tsüsteiini-rikas järjestus valgu N-terminuses). Samuti on sarnased mõlema valgu seondumisjärjestused. Fnr boksi moodustavad 5-bp
Hapniku puudumisel Fnr represseerib aeroobse hingamisega seotud geenide transkriptsiooni ning aktiveerib anaeroobse metabolismiga seotud geenide transkriptsiooni. Fnr on Fe-S klastriga valk, mis homodimeriseerub hapniku puudumisel ning sellises vormis reguleerib transkriptsiooni. Hapniku juuresolekul Fnr monomeriseerub väga kiiresti ning kaotab Fe-S klastri, valk inaktiveerub. ArcA on kahekomponentse signaalsüsteemi ArcAB transkriptsiooniregulaator. ArcB on membraaniseoseline sensor, mis tunnetab hingamisahela redokskandjaid, ning redutseeritud substraate nagu NADH, 47 laktaat, atsetaat ja püruvaat. Sensori fosforüleerimist soodustavad redutseeritud substraadid ning pärsivad membraani kuhjunud oksüdeeritud kinoonid. ArcB fosforüleerib ArcA ning viimane represseerib oksüdatiivses fosforüleerimises