kompleksist, ning seejärel TFIIA ja TFIIB • TATA-box on paljude geenid promootoralas, sageli ca 25-35 nt algussaidist • Peale RNA polümeraasi seondumist kompleksiga vabanevad üldised transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas fosforüleeritakse ning algab RNA süntees Oluline osa geenide regulatsioonis on enhaanseritel Enhaanseralade kasutamine (ja geenide aktivatsioon) sõltub rakus olevatest spetsiifilistest transkriptsioonifaktoritest Immuunrakkudel on retseptorite ja antikehade geenid, mis rekombineeritakse unikaalsel viisil Hamba arenguks on vaja paljude geenide koostöö Rakuvälised signaalid mõjutavad geenide ekspressiooni Eukaryotic cells have many different gene regulatory mechanisms A protein encoded from a gene may directly or indirectly affect its own gene activity (both positive or negative way) Transkriptsioonifaktori mitme seondumispiirkonna
Loomuomane signaalide saatmine ja spetsialiseerumine Rathke sopi kujunemine on kindlaks määratud loomuomaste parakriinsete faktorite gradiendiga ektodermis. Kõhtliselt seljapoole suunatud BMP2 gradient ja Indian hedgehog on määratud sopi kõhtmise ektodermi ja kondenseeruva kõhtmise mesenhüümi poolt. Vastupidises, seljalt kõhupoole suunas, on FGFd. Säärased gradiendid põhjustavad erinevates rakukogumites sünteesitud transkriptsioonifaktorite kuhjumise. Paljusid neist transkriptsioonifaktoritest on tarvis multipotentsiaalsete eellasrakkude edasise laienemise reguleerimiseks. Rakkude seotus Ajuripatsi eesosa tunnustab transkriptsioonifaktorite pärilikkust. Varajastes staadiumites ajuripatsi eesosa rakud on multipotentsiaalsed, kuid arengu jooksul nad kaotavad võime areneda ükskõik, millisteks rakkudeks, kuna kasvufaktorid mõjutavad neid. LHh3 positiivsed rakud, millel pole Prop-1 transkriptsioonifaktorit, arenevad rostral thyrocyte'de tipu rakkudeks
mida nimetatakse promootor järjestuseks, kuhu külge peab kinnituma promootorvalk. 58. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni. Mõlemal juhul on tarvis DNA ahelad eraldada (lokaalselt). Eukarüootidel on initsiatsiooniks alati vaja transkriptsioonifaktoreid, et RNA polümeraas saaks seonduda promootor alale. 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon – Kui RNA polümeraas vabaneb basaalsetest transkriptsioonifaktoritest, siis järgneb elongatsioon nagu bakterirakuski. Elongatsiooni käigus on DNA ahelad transkriptsiooni toimumise kohas teineteisest 18 aluspaari ulatuses eraldunud. RNA ahela polümerisatsioon toimub kiirusega 40 nukleotiidi sekundis. Sünteesitav RNA ahel eraldub DNA ahelast, vahetult transkriptsiooni toimumise kohas on DNA ja RNA aga kuni kolme nukleotiidi ulatuses paardunud. Süntees toimub matriitsahelalt, komplementaarselt.
Eukarüoodil: · Enne kui eukarüootne RNA polümeraas seondub promootoralale ja algatab transkriptsiooni, peavad sinna seonduma basaalsed transkriptsioonifaktorid. · Kui DNA promootoralale on seondunud kindlad transkriptsioonifaktorid, siis seondub RNA polümeraas. Erinevate RNA polümeraaside puhul on promootorelemendid ja sinna seonduvad transkriptsioonifaktorid erinevad. · Kui RNA polümeraas vabaneb basaalsetest transkriptsioonifaktoritest algab elongatsioon. 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon RNA ahela kasvatamine RNA polümeraasi poolt. Sünteesitava RNA ahela 5' otsa modifitseerimine toimub juba elongatsiooni varajasel etapil. 5' otsa lisatav ,,müts" sisaldab ebatavalist 5'-5' trifosfaatsidet ja kahte metüülrühma. Selline struktuur RNA molekuli otsas on äratuntav translatsiooni initsiatsioonil osalevate
tRNA-toimvad adapteritena translatsioonil polüpeptiidahelasse lülitatavate aminohapete ja mRNA molekulis asuvate aminohappeid määravate koodonite vahel snRNA-osalevad intronite slaissingul. 58)Võrrelge prok. ja euk. transkriptsiooni initsiatsiooni. Nii nagu bakterirakus, on ka eukarüoodirakus transkriptsiooni initsiatsiooniks vajalik DNA ahelate lokaalne teineteisest eemaldumine. 59)Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Kui RNA polümeraas vabaneb basaalsetest transkriptsioonifaktoritest promootorpiirkonnas, järgneb RNA ahela elongatsioon sarnaselt bakterirakus toimuvale. Sünteesitava RNA ahela 5´ otsa modifitseerimine toimub juba elongatsiooni varajasel etapil. 5´ otsa lisatav 7-metüülguanosiin "müts" sisaldab ebatavalist 5´-5´- trifosfaatsidet ja kahte metüülrühma. Selline struktuur RNA molekuli otsas on äratuntav translatsiooni initsiatsioonil osalevate valkude poolt, samuti kaitseb see mRNA-d degradatsiooni eest.
käändumine. Samas seondub TBP ka nendele promootoritele, mis TATA-box-i ei sisalda. Eukarüootne RNA polümeraas ei tunne otseselt tuumikpromootorjärjestust ära. Selle asemel vahendavad transkriptsioonifaktorid RNA polümeraasi seondumist ja transkriptsiooni initsiatsiooni. Alles pärast kindla transkriptsioonifaktori ühendumist promootorjärjestusele seondub RNA polümeraas sellele. Täielik kogum, mis seondub promootorile, moodustades transkriptsiooni initsiatsiooni kompleksi, koosneb transkriptsioonifaktoritest ja RNA polümeraasist. TBP on TFIID subühik, mis vastutab TATA boxi järjestuse ära tundmise eest ja TFIID-l sellele seostumise eest, unikaalne DNA-painutamine pärast TBP seostumist aitab ka teistel TF-del DNA-le seostuda. Nii moodustubki transkriptsiooni initsiatsiooni kompleks. Prokarüootidel toimub tranksriptsiooni initsiatsioon teisiti, ilma TBPta: Bakteriaalse polütsistroonse mRNA ribosoomaalsed sidumissaidid asuvad mRNA valkekodeeriva ala ehk tsistroni ees
) 59. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. · Elongatsioon: Prokarüoodis RNA ahela elongatsiooni katalüüsib RNA polümeraasi apoensüüm, millest on dissotseerunud sigma faktor. Sünteesitav RNA ahel eemaldub DNA ahelast, aga vahetult transkriptsiooni piirkonnas on DNA ja RNA kuni kolme nukleotiidi ulatuses paardunud. Eukarüoodis RNA polümeraas on vabanenud basaalsetest transkriptsioonifaktoritest ning järgneb elongatsioon sarnaselt prokarüoodi rakus toimuvale, kuid varases elongatsioonifaasis lisatakse 5' otsale 7-metüülguanosiin ,,müts", mille ülesandeks on olla äratundmispiirkonnaks translatsiooni initsiatsioonis osalevatele valkudele, aga ka kaitse molekuli degradatsiooni eest. · Terminatsioon Prokarüoodis - RNA ahela süntees lõpeb siis, kui RNA polümeraas kohtab
aktiveerib transkriptsioonifaktoreid. Muteerunud Ras geeni valk on hüperaktiivne ja aktiveerib signaaltee ilma, et rakk vajaks kasvufaktorit, mis indutseeriks raku jagunemist. Ras onkogeeni aktiveerib punktmutatsioonid – ühe nukleotiidi asendused DNAs. 12. Onkogeenid kui transkriptsioonifaktorid ( myc onkogeen ja myc valk , E2F kui transkriptsioonifaktor Onkogeen c - MYC. Geeni MYC poolt kodeeritav valk on 1 transkriptsioonifaktoritest (transkriptsioonifaktorite kompleksi MAX osa), mis põhjustab paljude geenide aktiivsust. Osa geene aktiveeritakse, osa aga inaktiveeritakse. Selle onkogeeni erinevad vormid MYCN, MYCL on tekkinud mutatsioonide tulemusel esmase geeni eri piirkondades. Aktiveeritakse translokatsiooni tulemusena. Produktiks on onkovalk, mis töötab samuti transkriptsioonifaktorina, kuid mõju on normaalsest erinev. See aktiveerib liigseid mitmeid geene, mis stimuleerivad rakkude
millesse kuuluvad TATA-elemendiga seonduv valk TBP (TATA-binding protein) ja mitu väikest TBP-ga assotsieerunud valke. Seejärel lisanduvad TFIIA ja TFIIB. TFIIF assotsieerub esmalt RNA polümeraasiga ja järgnevalt liituvad TFIIF ja RNA polümeraas II teiste valkudega, moodustades transkriptsiooni initsiatsiooni kompleksi. DNA ahelate lahtikeerdumine transkriptsiooni initsiatsioonikohas toimub TFIIF abil. RNA ahela elongatsioon Kui RNA polümeraas vabaneb basaalsetest transkriptsioonifaktoritest promootorpiirkonnas, järgneb RNA ahela elongatsioon sarnaselt bakterirakus toimuvale. Sünteesitava RNA ahela 5´ otsa modifitseerimine toimub juba elongatsiooni varajasel etapil. 5´ otsa lisatav 7-metüülguanosiin "müts" (7-methyl guanosine cap) sisaldab ebatavalist 5´-5´- trifosfaatsidet ja kahte metüülrühma. Selline struktuur RNA molekuli otsas on äratuntav translatsiooni initsiatsioonil osalevate valkude poolt, samuti kaitseb see mRNA-d degradatsiooni eest.
millesse kuuluvad TATA-elemendiga seonduv valk TBP (TATA-binding protein) ja mitu väikest TBP-ga assotsieerunud valke. Seejärel lisanduvad TFIIA ja TFIIB. TFIIF assotsieerub esmalt RNA polümeraasiga ja järgnevalt liituvad TFIIF ja RNA polümeraas II teiste valkudega, moodustades transkriptsiooni initsiatsiooni kompleksi. DNA ahelate lahtikeerdumine transkriptsiooni initsiatsioonikohas toimub TFIIF abil. RNA ahela elongatsioon Kui RNA polümeraas vabaneb basaalsetest transkriptsioonifaktoritest promootorpiirkonnas, järgneb RNA ahela elongatsioon sarnaselt bakterirakus toimuvale. Sünteesitava RNA ahela 5´ otsa modifitseerimine toimub juba elongatsiooni varajasel etapil. 5´ otsa lisatav 7-metüülguanosiin "müts" (7-methyl guanosine cap) sisaldab ebatavalist 5´-5´- trifosfaatsidet ja kahte metüülrühma. Selline struktuur RNA molekuli otsas on äratuntav translatsiooni initsiatsioonil osalevate valkude poolt, samuti kaitseb see mRNA-d degradatsiooni eest.
annaabi.ee 
