Geen Nukleiinhappe järjestus, mis on vajalik funktsionaalse geeniprodukti (valk või RNA) sünteesiks. Sisaldab lisaks kodeerivatele eksonitele ka mittekodeerivaid introne, ja kontrollregioone. Geenistruktuur vaja teada, joonistada. Promootor Startsaidi lähedal asuv kontrollala (DNA regioon), mis reguleerib kogu operoni transkriptsiooni. Promootorites on spets DNA järjestus ja response elemendid, mis võimaldavad sidumissaidi RNA polümeraasile ja transkriptsioonifaktoritele. Transkriptsioonifaktor Järjestuse spetsiifiline DNAd siduv faktor. Valk, mis seonduv kindla DNA piirkonnaga. Osa süsteemist, mis kontrollib transkriptsiooni (DNA>RNA süntees). Teeb seda üksi või koos teiste valkkompleksidega, kas suurendades (kui aktivaator) või ära hoides (kui repressor) RNA polümeraaasi seondumist. Mobiilne DNA DNA, mis liigub iseeneslikult genoomis ringi. Võivad põhjustada mutatsioone ,
Toodetakse peremeesrakus patogeeni esinemisel. Fibroblastid ja monotsüüdid toodavad INF tüüp I – aktiveerib molekule, mis takistab viiruse DNA/RNA paljundamist. Samuti takistab kasvajate kasvu. Viirusega nakatunud rakk vabastab viiruseosakesi, mis saavad naabruses olevaid rakke nakatada. Nakatunud rakk hoiatab teisi vabastades samal ajal ka inteferoone. Teised rakud toodavad vastusena intederoonile suurtes kogustes ensüümi proteiinkinaas R, see on fosforüleerimisvõimega, seondub transkriptsioonifaktoritele, nii et ei saa rakus toimuda proteiinisüntees. Toodetakse ka RNaasi, mis lagundab rakusisest RNA-d. Samuti toodetakse mitmeid teisi proteiine, mis põhjustavad nakatunud rakkude apoptoosi. Samuti suurendatakse MHC I ekspressiooni – nii et viraalsed peptiidid esitatakse tsütotoksilistele T rakkudele. Ka MHC II ekspressiooni – suurendab viiruspeptiidide esitamist helper T rakkudele, mis omakorda vabastavad tsütokiine (sh veel inteferoone). Inteferoon-gamma suudab otseselt aktiveerida
teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori omadusi? Nii transkriptsiooni aktivaatoritel kui ka repressoritel on 2 funktsionaalset domääni: DNA'd siduv domään ja aktivatsiooni(repressiooni)domään. Mutatsioon esimeses võib takistada DNA'ga seondumist ja mutatsioon teises seondumist mediaatoriga. Mõlemal juhul ei saa aktivaator (repressor) täita oma funktsiooni (või nõrgendavad seda). 5 21. Nimeta peamised DNAd siduvad domäänid, mis on iseloomulikud transkriptsioonifaktoritele (vähemalt 3). Heeliks-pööre-heeliks. Domääni -heeliks seondub DNA suurde vakku. Tavaliselt aitab selle heeliksi interaktsioonile DNA'ga kaasa teine, natuke enam N-terminusse jääv -heeliks, mis annab nimetatu valguosaga hüdrofoobseid interaktsioone. Tsink-sõrm-valgud. Paljude eukarüootide valkudel on struktuursed alad, mis voltuvad ümber Zn 2+ iooni, nii et suhteliselt lühikesest polüpeptiidahelast tekib kompaktne domään. Enim levinud on C2H2 tsink-sõrm, teine on C4.
gloobulid= ‘chromatin liquid drops’; periromatiinne piirkond. Kromatiini gloobulid on tihedalt pakitud kromatiini domeenid. Fraktaalsed gloobulid moodustavad kromosoomi territooriumeid. Gloobuli tuumikus paiknevad aktiivselt transkribeeritavad geenid ning mittetranskribeeritav kromatiin paikneb gloobuli perifeerias. Iga piirkond fraktaalsest gloobulist on võimeline kiiresti lahti voltuma, translokeeruma ning muutuma transkriptsioonifaktoritele ja teistele valkudele kättesaadavateks. Perikromatiinne piirkond on funktsionaalne ruum tuumas, mis määrab kromatiini voltumise. Selles piirkonnas esinevad replikatsiooni, transkriptsiooni ja RNA prosessingu faktorid. Perikromatiinne piirkonnas toimuvad transkriptsioon, kotransktiptsiooniline vaigistamine, DNA replikatsioon ja tõenäoliselt ka reparatsioon. Nii RNA kui DNA süntees toimub perikromatiinses piirkonnas, kuid
seotud järjestus-spetsiifilise DNAd siduva domeeniga linkeralade abil, seetõttu regulaatorelementide vahekauguse muutmine oluliselt promootori aktiivsust ei mõjuta. Need TFid võivad sisaldada ühte või mitut aktivatsioonidomeeni, aga harva enam kui ühte DNAd siduvat domeeni. Transkriptsiooni faktorite klassifikatsioon DNAle sidumise järgi. Aktivaatorid ja repressorid. Nimeta peamised DNAd-siduvad domäänid, mis on iseloomulikud transkriptsioonifaktoritele (vähemalt 3) homeodomeen-valgud, heeliks-pööre- heeliks, leutsiin-lukk ja tsink-sõrm. 11. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud-geene? DNaas I footprinting ja EMSA analüüsiga. 12. DNA-valk interaktsioonide tuvastamise meetodid: footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonuleaaside aktiivsuse vastu ja EMSA üldjuhul on DNA fragmentide elektroforeetiline mobiilsus langenud, kui need on valguga
ja mille poolest ta a)sarnaneb, b)erineb TATAbox-st? Sidumissait on ala DNA-l, millele transkriptsioonifaktor seondub. Mõlemad on transkriptsioonifaktorite sidumisalad. TATA-box esineb eukarüootides, sidumissait on ka prokarüootides; TATAbox-ile seondub TBP (mõni TAF ka; TFIID kompleks), konkreetne järjestus; sidumissaitidel on erinevad järjestused, mistõttu võib neile seonduda ka erinevaid transkriptsioonifaktoreid. 24. Nimeta peamised DNAd siduvad domäänid, mis on iseloomulikud transkriptsioonifaktoritele (vähemalt 3) · Tsink-sõrm-valgud. Paljudel eukarüootsetel valkudel on struktuursed alad, mis voltuvad ümber Zn2+ iooni, nii et suhteliselt lühikesest polüpeptiidahelast tekib kompaktne domään. Seda struktuuri nim. tsink-sõrmeks. Esmalt kirjeldati seda kui DNAd-siduvat struktuuri, tänaseks on teada, et tsink-sõrmi võib esineda ka valkudel, mis otseselt DNAd ei seo.
seletab RNAP-DNA kompleksi kolmemõõtmeline struktuur, kus DNA pöördub ümber RNAP ensüümi. DNA on transkriptsiooni käigus tihedalt seotud RNAP subühikute vahele, mis seletab transkriptsiooni kõrge protsessiivsuse. Eukarüootne transkriptsioon - imetajatel 40 000 geeni, prokarüootidel 10x vähem - eukarüootide pärilik info on pakitud kromatiini, mis muudab DNA kättesaamatuks trans faktoritele ja transkriptsioonifaktoritele. Selles ongi erinevus eukarüootide ja prokarüootide geenide aktiivsuse regulatsioonis transkriptsiooni tasemel. - prokarüootidel on negatiivne transkriptsiooni regulatsioon, eukarüootidel positiivne transkriptsiooni regulatsioon - DNA avamine kromatiinis (kromatiini remodelleerimine) on eukarüootidele omane geeni aktiivsuse regulatsiooni põhisündmus. Selle protsessi käigus modifitseeritakse histoonid. Histoonide spetsiifilised modifikatsioonid
annaabi.ee 
