MSVLKVHAREIFDSRGNPTVEVDLYTNKGLFRAAVPSGASTGIYEALELRDNDKTRFMGKGVSKAVEHVN KTIAPALISKNINVVEQEKIDRLMLEMDGSENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGN SEVILPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPVGAESFKEAMRIGAEVYHNLKNVIKEKYGKDATNVGDE GGFAPNILENKEALELLKNAINKAGYSDKIVIGMDVAASEFYRDGKYDLDFKSPDDPSRYITHDQLGDLY KSFVKNYPVVSIEDPFDQDDWAAWKKFTACVDIQVVGDDLTVTNPKRIAKAVDEKACNCLLLKVNQIGSV TESLQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLCTGQIKTGAPCRSERLAKYNQILRIEEELGSK ARFAGRNFRNPRIN 1. default sõna pikkus, skoorimaatriks, tühiku trahv. 2. sõna = 3, PAM30, gap 9/1 Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples from WGS projects Posted date: Apr 1, 2008 5:55 PM Number of letters in database: -2,114,121,490 Number of sequences in database: 6,388,671 Lambda K H 0.340 0.284 1.71 Gapped Lambda K H 0.294 0.110 0.610 Matrix: PAM30 Gap Penalties: Existence: 9, Extension: 1
Oletame, et 1 tühiku trahv on -1 ja tühikute seeria pikkuse trahv on -2 Siis: (kokkulangevus) (mittekokkulangevus) (tühik) (seeria pikkus) S1= 10 *1 + 2* (-1) + 7*(-1) + 5*(-2) = -9 (kokkulangevus) (mittekokkulangevus) (tühik) (seeria pikkus) S2= 10*1 + 2* (-1) + 7*(-1) + 4*(-2) = -7 4. Konstrueerida oma skoorimaatriks järgmistele aminohapetele nende füüsikaliste omaduste põhjal. Lisada põhjendused. i. Ala, Gly, Cys, Trp, Lys, Ile. Ala(A) Gly(G) Cys(C) Trp(W) Lys(K) Ile(I) Ala(A) 0 Gly(G) -1 0 Cys(C) -1 -1 0 Trp(W) -4 -4 -3 0 Lys(K) -5 -3 -4 -3 0
annaabi.ee 
