Genoomi struktuur ja funktsioon
– 3’kompensatoorsed seondumiskohad kus seed regioonis võib olla nt GU
paar ja mittetäielik paardumine, seda kompenseerib tugevam seondumine
miRNA tagumises osas. Ehk kompenseerib seed mismatchi.
– Täielikult paardunud miRNA seondumiskohad – komplementaarsus kogu
miRNA pikkuses. Tavaline taimedes, haruldane loomades, mRNA
lõigatakse katki selle tulemusel.
•
• miRNAde seondumiskohtade ennustamine toimub põhiliselt seed regiooni
järjestuse alusel mis peab olema täielikult komplementaarne miRNAga. Lisaks
kasutavad algoritmid lisakriteeriume spetsiifilisemaks muutmiseks –
lisakriteeriumid võivad hõlmata seondumiskoha järjestuse mustreid, mis
soodustavad miRNA seondumist, erinevad sekundaarstruktuurid võivad mõjutada,
kõige olulisemaks on konserveeritus lähedaste ja kaguete liikide vahel. Mida
annaabi.ee 
