Skäffoldimisetapil kasutatakse kahte tüüpi järjestusi: kontiige (liidetud lugemeid) ja lugemite paare (mate pair). Toimub kontiigide järjestamine ning orienteerimine kasutades lugemite paarist pärit lisainformatsiooni, mis leidub nende järjestuse mõlemas otsas (paired end). Paariliste lugemite tegemisel fragmenteeritakse DNA ja saadakse järjestusi, mille otsi sekveneeritakse genereeritakse lugemid. Fragmentide keskmine piirkond jääb tavaliselt sekveneerimata. Skäffold koosneb kontiigidest ja kontiigide vahele jäävatest tühimikest (gaps). Paralleelselt termini paired end kõrval kasutatakse ka mate pair, mis täidavad mõlemad sama eesmärki ehk annavad informatsiooni kahe lugemi vahelisest füüsilisest kaugusest. Erinevus nende vahel seisneb raamatukogu tegemise metodoloogias. Kuigi tühimiku (gap) järjestus ei ole teada, on võimalik hinnata selle pikkust kontiigide endi pikkuste järgi, mis on umbkaudu teada.
Nudiviirused Nudiviirused on ebatüüpilised putukaviirused. Nende viiruste nimetus tuleneb sellest, et nende kepikese kujulisi, membraaniga virione ei pakita erinevalt baculoviirustest OV-desse (“nude” – paljas). Seetõttu on nudiviirused väliskeskkonnas oluliselt vähem stabiilsed kui baculoviirused ja neile on iseloomulik persistentsete ja latentsete infektsioonide tekitamine. Nudiviiruste genoomiks on suur, kaheahelaline tsirkulaarne DNA. Siiani on nudiviiruste genoomid sekveneerimata ja nende molekulaarne evolutsiooniline päritolu on seetõttu ebaselge. Tuntuimad nudiviirused on Oryctes rhinoceros nudiviirus (peremees – ninasarvik põrnikas), Heliothis zea viirus (Hz-1, peremees - päikeseöölane) ja Gonad specific virus (GSV). Nudiviirused on tähtsad putuka populatsioonide mõjutajad. Oryctes virus, mis põhjustab oma peremehel (nii valmikul kui vastsel) fataalset infektsiooni, on tähtis ja väga efektiivne
kloonide fingerprintinguga. Tavalisem (kosmiidid, fagemiidid, plasmiidid) STS-l põhinev. Erinevad genoomide sekveneerimise strateegiad: Hierarchical shotgun, Whole-genome shotgun. Esimesed geenikaardid põhinesid EST markeritel. Fenotüüpe põhjustavate geenide identifitseerimise strateegiad (mittemetüleeritud CpG saared!) NB! Geenid ise ei põhjusta midagi, vaid nendelt kodeeritavad polüpeptiidid. 10. Inimgenoomi ülesehitus ja üldine iseloomustus. Heterokromatiin on valdavalt läbi sekveneerimata. Nukleaarne genoom: ~45% transposonitel põhinevad järjestused, ~44% muu mittekonserveerunud, ~6,6% heterokromatiin, ~3% kõrgelt konserveerunud (muu), 1,5% kõrgelt konserveerunud (kodeeriv). Mitokondriaalne genoom: ~93% kõrgelt konserveerunud (kodeeriv), ~5% kõrgelt konserveerunud (muu), <2% muu mittekonserveerunud. Genoomi üldiseloomustus: GC hulk genoomis 38% (IHGSC) - 41% (Celera), väärtus varieerub genoomi (kromosoomide)
annaabi.ee 
