...
TARTU ÜLIKOOL BIOMEEDIKUM Biokeemia osakond U. Soomets, K. Kilk, A. Ottas, R. Porosk, R. Mahlapuu, M. Zilmer Inimese ainevahetusega seotud metaboliitide struktuur, reaktsioonivõime ja biofunktsioonid Biokeemia I osa (Sissejuhatavad peatükid) Tartu 2018 BIOKEEMIA OSAKOND BIO– JA SIIRDEMEDITSIINI INSTITUUT MEDITSIINITEADUSTE VALDKOND TARTU ÜLIKOOL Inimese ainevahetusega seotud metaboliitide struktuur, reaktsioonivõime ja biofunktsioo- nid. Biokeemia I osa. (Sissejuhatavad peatükid) Toimetajad: Rando Porosk, Riina Mahlapuu, Kalle Kilk, Ursel Soomets Disain: Mihkel Zilmer, Ursel Soomets Autoriõigus © U. Soomets, K. Kilk, A. Ottas, R. Porosk, R. Mahlapuu, M...
TTÜ keemiainstituut Biokeemia õppetool YKL3312 Biokeemia-praktikum Laboratoorne Töö pealkiri: töö nr. 2.2 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Õpperühm: Töö teostaja: YASB-21 Andrei Popov 082559 Õppejõud: Töö teostatud: Protokoll esitatud: Protokoll arvestatud: Tiina Randla Teoreetiline osa. Geelkromatograafia on meetod erinevate suurustega molekulide eraldamiseks segust...
4 Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Üliõpilane: Juhendaja: Tallinn 2010 Töö teoreetilised alused Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on rühm ensüüme, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi valkudes ja peptiidides. Reaktsiooniproduktideks on peptiidid ja vabad aminohapped. Valkude hüdrolüüsi nimetatakse proteolüüsiks. Proteolüütiliste ensüümide aktiivsus avaldatakse valgu hüdrolüüsil vabanevate produktide (aminohapete ja peptiidide) hulga kaudu, sest hüdrolüüsunud peptiidsidemete hulk ei ole otseselt mõõdetav. Aktiivsuse määramisel kasutatakse erinevaid substraate ja iga ensüümipreparaat lahustatakse talle so...
4 Töö pealkiri: 2.2 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Õpperühm: YAGB22 Töö teostaja: Õppejõud: Töö teostatud: 12.04.2010 Protokoll esitatud: 16.05.2010 2.2 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Töö teoreetilised alused: Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia on segu komponentide lahutamise ehk fraktsioneerimise meetod, mis põhineb aine molekulmassidel ja nende erineval jaotumisel liikuva ja liikumatu faasi vahel. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise , võimalikult ühesuguse poorsusega geeli. Ainete segu juhtimisel läbi geelkromatograafia kolonni toimub molekulide lahutumine vastavalt nende võimele difundeeruda geeli pooridesse (vastavalt molekuli suurusele). Geelkromatograafias kasutatavd geelid koosnevad kas dekstraanist, agaroosist või polüakrüülamiidist (margid er...
6 Töö pealkiri: 2.3 Karotenoidide identifitseerimine ja sisalduse määramine 1.3 Lipiidide reaktsioonid Õpperühm: YAGB22 Töö teostaja: Õppejõud: Malle Kreen Töö teostatud: 26.04.2010 Protokoll esitatud: 13.05.2010 2.3 Karotenoidide identifitseerimine ja sisalduse määramine Töö teoreetilised alused: Klorofüllid on fotosünteesi põhipigmenid ja annavad taimedele rohelise värvuse. Abipigmentideks on karotenoidid ja fikobiliinid (kollased, punased, purpursed). Karotenoidid on loomsetes organismides vitamiin A provitamiiniks. Karoteeni isomeeridest on tähsaim -karoteen, kristalliline vees mittelahustuv aine, selle molekul annab loomorganismis poolestudes kaks retinooli (vitamiin A1 molekuli). Etanoolis lahustub karoteen piiratud ulatuses, apolaarsetes lahustites hästi (petrooleeter, bensiin dietüüleeter). Karoteen ei oma optilist aktiivsust. Karotenoidi...
Ainete tuvastamine kvalitatiivsete meetoditega 1.1 Valkude reaktsioonid 1.2 Süsivesikute reaktsioonid Töö teoreetilised alused: Kvalitatiivsed reaktsioonid võimaldavad kindlaks teha mingi keemilise elemendi funktsionaalse rühma, ühendi või teatud omadustega ainete grupi olemasolu. Saadud tulemused on ühebitine ehk vastuseks saadakse kas ei või jah (reaktsioon kas toimub või mitte). Enamasti tekib sade, gaas või muutub värvus. 1.1 Valkude reaktsioonid · Valgud on polüpeptiidid, kus aminohapped on seotud amiid/peptiidsidemetega. · Valkudes sisalduvaid (proteogeenseid) aminohappeid on 20 (erinevad radikaalide struktuuri poolest). · Valgud täidavad ülesandeid tänu iseloomulikele ruumilistele struktuuridele (tuleneb primaarsest struktuurist aminohapete valik ja järjekord). · Polüpeptiidahela üksikute lõikude korrapäratust iseloomustab sekundaarne struktuur. · Kogu valgumole...
4 Töö pealkiri: 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Õpperühm: YAGB22 Töö teostaja: Õppejõud: Malle Kreen Töö teostatud: 3.05.2010 Protokoll esitatud: 13.05.2010 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Töö teoreetilised alused: Invertaas ehk sahharaas on ensüüm, mis katalüüsib ,D-fruktofuranosiidide hüdrolüüsireaktsiooni. Skeem: ,D-fruktofuranosiid + H2O alkohol + fruktoos Kõige levinum invertaasi substraat on sahharoos (koosneb ,D-glükoosist ja ,D-fruktoosist). Invertaasi produtseerivad pärmid, hallitusseened, ka paljud taimed, inimese seedetraktis toimub sahharoosi hüdrolüüs peensoole limaskestas toodetava invertaasi toimel. Invertaasi aktiivust määratakse sahharoosi ja mittetaandava disahhariidi hüdrolüüsi läbiviimisega, mille põhjustab uuritav ensüümipreparaat. Reaktsioonisegus detekteeritakse vabandenud taandavad monosahhariidid glükoos ja fruktoos...
3 Töö pealkiri: Glükoosisisalduse määramine ensümaatilisel meetodil Õpperühm: YAGB22 Töö teostaja: Õppejõud: Malle Kreen Töö teostatud: 15.03.2010 Protokoll esitatud: 28.03.2010 3.5 Glükoosisisalduse määramine ensümaatilisel meetodil Töö teoreetilised alused: · Bioloogilistes vedelikes kasutatakse glükoosisisalduse määramiseks enamasti ensümaatilist meetodit. See põhineb kahe ensüümi glükoos oksüdaasi (GOD) ja peroksüdaasi (POD) kasutamisel. · GOD on substraadispetsiifiline ,D-glükoosi suhtes (tänu sellele võimaldab see meetod määrata glükoosisisaldust teiste taandavate suhkrute juuresolekul). · GOD (,D-glükoosi:O2-oksüdoreduktaas) katalüüsib glükoosi oksüdeerumist lahuses sisalduva...
Biokeemia Laboratoorne töö "Protelüütilise ensüümi ehk proteaasi aktiivuse määramine" Nimi Grupp 1. Töö eesmärk: Määrata antud protelüütilise ensüümi aktiivsust ja teha vastavad arvutused. Ensüüm: Alkalaas 2. Teooria Proteoluutilised ensuumid ehk proteaasid (EC 3.4.4., peptiid - peptiidhudrolaasid) on arvukas ruhm ensuume, mis kataluusivad peptiidsidemete hudroluusi valkudes ja peptiidides. Reaktsiooniproduktideks on erineva molekulmassiga peptiidid ja vabad aminohapped. Proteoluutilise aktiivsuse uhikuks 1 mikro kat loetakse sellist ensuumi...
1Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil. Sissejuhatus Geelkromatograafia põhimõtteks on lahuse sisalduvate ainete lahutamine nende molekulmassi suuruse järgi. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise, võimalikult ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Geelkromatograafiat kasutatakse makromolekulide lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks. Proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Protsess viiakse läbi kolonnis, mis on täidetud pundunud geelikraanulitega, mille pooride mõõtmed on samas suurusjärgus lahuses sisalduvate makromolekulide dimensioonidega. Geelikraanuli pooride suurust ületavate mõõtmetega molekulid ei saa graanulitesse tungida. Geelkromatograafias kasutatavad geelid koosnevad kas dekstraanist, agaroosist või polüakrüülamiidist. Geelkromatograafia kolonni iseloo...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Üliõpilane Matrikli nr õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 Töö teoreetilised alused: Geelfiltratsioonikromatograafia ehk geelkromatograafia, mida tuntakse kui kui molekulaarsõelte meetodina, tugines lahuses sisalduvate erinevate molekulmassidega ainete...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 3.3 Glükoosisisalduse määramine ensümaatilisel meetodil Üliõpilane Matrikli nr õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 Töö teoreetilised alused: Bioloogilistes vedelikes kasutatakse glükoosisisalduse määramiseks enamasti ensümaatilist meetodit...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Üliõpilane Matrikli nr õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 Töö teoreetilised alused: Invertaas ehk sahharaas on ensüüm, mis katalüüsib ,D-fruktofuranosiidide hüdrolüüsireaktsiooni. Skeem: ,D-fruktofuranosiid + H2O alkohol + fruktoos Kõige levinum invertaasi substraat on sahharoos (koosneb ,D-glükoosist ja...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 1. Ainete tuvastamine kvalitatiivsete reaktsioonidega 1.3 Lipiidide reaktsioonid 2.5 Karotenoidide identifitseerimine ja sisalduse määramine Üliõpilane Matrikli nr Õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 1. AINETE TUVASTAMINE KVALITATIIVSETE REAKTSIOONIDEGA...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 1. Ainete tuvastamine kvalitatiivsete reaktsioonidega 1.1 Valkude reaktsioonid 1.2 Süsivesikute reaktsioonid Üliõpilane Matrikli nr õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 1. AINETE TUVASTAMINE KVALITATIIVSETE REAKTSIOONIDEGA Kvalitatiivsed reaktsioonid võimaldavad kindlaks teha mingi keemilise...
2 Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Teooria Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi valkudes ja peptiidides, mille tulemusel tekivad madalama molekulmassiga peptiidid ja vabad aminohapped. Erinevad proteolüütilised ensüümid omavad erinevat toimespetsiifikat. Mõned lõhustavad eelistatult vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised aga toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo-ja eksopeptidaase. Optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi, milles ensüüm toimib, eristatakse hapusid (pH 2,5), neutraalseid (pH 7,2) ja leelisproteaase (pH 9,0) Proteolüütilise aktiivuse ühikuks 1 kat loetakse sellist ensüümi hulka, mis põhjustab 1 mooli peptiidsidemete hüdrolüüsi 1 s vältel 30 °C juures. Kuna hüdrol...
1 Invertaasi aktiivsuse määramine Teooria Invertaas ehk -D-fruktofuranosidaas on ensüüm, mis katalüüsib -D-fruktofuranosiidide hüdrolüüsireaktsiooni, vabastades neist fruktoosi molekule. invertaas -D-fruktofuranosiid + H2O ,D-fruktoos + mono- või oligosahhariid Looduses levinuim -D-fruktofuranosiid on sahharoos, tema hüdrolüüsiproduktideks on -D-fruktoos ja -D-glükoos. Sahharoos hüdrolüüsub invertaasi toimel vastavalt reaktsioonivõrrandile: Tekkinud reaktsiooniproduktide (glükoosi ja fruktoosi) kindlakstegemiseks kasutatakse nn kompleksomeetrilist meetodit, kus põhireaktiiviks on tugevalt leeliselise reaktsiooniga lahus, mis sisaldab vask(II)triloon B kompleksi. Kompleks moodustub CuSO4 ja triloon B ekvimoraalsete hulkade ühendamisel. Kuna invertaasi toimeks on optimaalne happeline keskkond, siis toimub reaktsiooniproduktide määramiseks vajalik leeliseline komplekslahu...
Ainete tuvastamine kvalitatiivsete reaktsioonidega Kvalitatiivsete reaktsioonidega on võimalik määrata, kas mingi keemiline element, funktsionaalne rühm, ühend või ühendite rühm leidub uuritavas proovis või mitte. Katse läbiviimisel reaktsioon vastavalt kas toimub või ei toimu, mida saab täheldada värvuse muutusega, sademe või hägu moodustumisega, gaasi eraldumisega või muude silmaga nähtavate muutuste toimumisega. 1.1 Valkude reaktsioonid 1.1.1 Biureedireaktsioon Reaktsioon toimub, kui aine sisaldab vähemalt kahte peptiidsidet. Leeliselises keskkonnas annab valk Cu(II) ioonidega sinakasvioletse, valgu mittetäieliku hüdrolüüsi produktid aga roosa värvusega biureedikompleksi. Cu2+ ioonid seostuvad nelja peptiidsideme koostisesse kuuluva lämmastiku aatomiga, kaks kummastki polüpeptiidahelast või selle fragmendist. Töö käik: 1 ml munavalgu lahusele lisati 1 ml 10% NaOH lahust ja mõni tilk 1% CuSO4 lahust. Tulemus: CuSO4 lisamis...
1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Teooria Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine nende molekulmassi suuruse järgi. Erineva molekulaarmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise poorse geeli erineva kiirusega. Meetodit kasutatakse makromolekulide lahutamisel ja proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geelikraanulitega, mille pooride suurus on võrreldavad lahuses sisalduvate makromolekulide suurusega. Kolonnis kasutatavad geelid koosnevad, kas dekstraanist (glükoosi polümeer), agaroosist (punavetikate polüsahariid) või polüakrüülamiidist. Geelkromatograafia kolonne iseloomustavad mahud: Täidise maht (Vt) Kolonni vaba maht, s.o graanulitevahelise vedeliku maht (Vv) Graanulitesisese vedeliku maht (Vs) Geelmaterjali (maatriksi) maht (Vg) Seega: Vt=Vv+Vs+Vg Erineva...