TARTU ÜLIKOOL BIOMEEDIKUM Biokeemia osakond U. Soomets, K. Kilk, A. Ottas, R. Porosk, R. Mahlapuu, M. Zilmer Inimese ainevahetusega seotud metaboliitide struktuur, reaktsioonivõime ja biofunktsioonid Biokeemia I osa (Sissejuhatavad peatükid) Tartu 2018 BIOKEEMIA OSAKOND BIO– JA SIIRDEMEDITSIINI INSTITUUT MEDITSIINITEADUSTE VALDKOND TARTU ÜLIKOOL Inimese ainevahetusega seotud metaboliitide struktuur, reaktsioonivõime ja biofunktsioo- nid. Biokeemia I osa. (Sissejuhatavad peatükid) Toimetajad: Rando Porosk, Riina Mahlapuu, Kalle Kilk, Ursel Soomets Disain: Mihkel Zilmer, Ursel Soomets Autoriõigus © U. Soomets, K. Kilk, A. Ottas, R. Porosk, R. Mahlapuu, M
BIOKEEMIA - VITAMIINID Metabolism ehk ainevahetus keemiliste protsesside kompleks, milles organism võtab väliskeskkonnast aineid, kasutab neid oma elutegevuses ja eristab jäägid taas väliskeskkonda. Vitamiinid A D E K Q (rasvlahustuvad) B1 B2 B6 B12 C foolhape biotiin Vitamiinid on hädavajalikud kõikide organismide normaalseks elutegevuseks. Inimene saab vitamiine põhiliselt ja enamikus toiduga. Vitamiinide allikad: · toit · seedekulgla mikrofloora tegevus · vitamiinipreparaadid Mida puhtam ja on üksikult . Ei saa toimida koos. Toimeühikud peab olema võimalikult kõrge . Vitamiinidest võib tekkida defitsiid Vitamiinivaegus ehk hüpovitaminoos tekib harilikult pikemaajalise väär- või vaegtoitumise korral ning väljendub mitmesuguste tervisehäirete Avitaminoos ehk (täielik) vitamiinipuudus on pikaajalisest ja kestvast vitamiinivaegusest põhjustatud haigusseisund. NIMETUSED BIOFUNKTSIOON ...
Biokeemia praktikumi protokoll Töö 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Üliõpilane: Jaroslav Marhivka (rühm B) Juhendaja: Ly Villo Teaduskond ja eriala: Matemaatika- ja loodusteaduskond, Geenitehnoloogia Matrikli Nr :134369 YAGB Sissejuhatus Invertaas -D-fruktofuranosiidi fruktohüdralaas (E.C. 3.2.1.2.6) ensüüm, mis kuulub glükosiidsideme hüdrolaaside hulka (glükosidaaside hulka). Glükosidaasid katalüüsivad O- glükosiidsidemete hüdrolüüsi järgmiselt: Polü- või Oligosahhariid + Monosahhariid + (lühem)Polü- või Oligosahhariid Antud töös vaadeldatakse sahharoosi hüdrolüüsi reaktsioon, mis kulgeb C ja pH=4,8 juures. Reaktsiooni produktideks on -D-glükoos ja -D-fruktoos. Invertaasi aktiivsuse määramine põhineb sahharoosi, kui mittetaandava suhkru hüdrolüüsil uuritava invertaasi preparaadi toimel ja vabanenud taandavate suhkrute summaarse kontsentratsioo...
BIOKEEMIA I KT 1) Biokeemia põhiülesanne: Kirjeldada raku koostsimolekulide struktuure, nende füüsikalisi ja keemilisi omadusi. Kirjeldada, kuidas raku koostismolekulid funktsioneerivad molekulraatasemel. 2) Konfiguratsioon: Aatomite ruumiline paiknemine molekulis üksteise suhtes. 3) Konformatisoon: Ruumiliselt erinevad geomeetrilised vormid , mis tekivad molelukide vaba pöörluse tõttu ümber üksiksideme. Molekul võtab alati energeetiliselt stabiilseme konformatsiooni.
docstxt/14191909283717.txt
Kordamine biokeemia testiks 1.Mida tähendab asendamatu aminohape? - Neid peab saama valmiskujul. 2.Kus algab toiduvalgu seedimine inimorganismis? - Maos 3.Milles seisneb maos oleva soolhappe roll süsivesikute seedimisel?- inaktiveerib sülje ensüümi 4.Kas palaviku korral organismi veevajadus ..suureneb 5.Inimorganism saab vett...- joogi ja toiduga, samuti tekib teda toitainete oksüdatsioonil 6.Biomolekulide imendumise põhikohaks on..peensool 7.Milline süsivesik on organismi jaoks tähtsaim? glükoos 8.Seedetrakti häired (kõhulahtisus, oksendamine) põhjustavad vedeliku.....kadu. Lisaks tekib K+ kadu. 9.Mitu % inimese ööpäevasest vajadusest peavad katma lipiidid? 25 30% 10.Toitumise järgselt veresuhkru tase......tõuseb 11.Kas kõiki süsivesikuid võib nimetada suhkruks - ei 12.Milles seisneb lipiidide tähtsus organismi jaoks? - Tagavad pikaajalise energiavaru. 13.Vee saamine ja eritumine peaksid olema .....tasakaalus 14.Biomolek...
BIOKEEMIA KONSPEKT I ATP (adenosiintrifosfaat) ja NADPH (taandatud nikotiinmiidadeniindinukleotiid- fosfaat) on energiarikkad e. makroergilised ühendid. Makroergiliste molekulide reageerimisel teiste biomolekulidega vabaneb energia, mille arvelt toimuvad mitmed energeetiliselt ebasoodsad protsessid (biosüntees, liikumine, osmoos). MOLEKULAARNE HIERARHIA: Anorgaanilised eellased CO2, H2O, NH3, N2. Metaboliidid püruvaat,tsitraat, suktsinaat Monomeersed ehituskivid aminohapped, nukleotiidid, monosahhariidid, rasvhapped, glütserool Makromolekulid valgud, nukleiinhapped, polüsahhariidid, lipiidid. Supramolekulaarsed kompleksid ribosoomid, tsütoskelett Organellid tuum, mitokondrid, kloroplastid. ELUSLOODUSE HIERARHIA: Molekul väikseim iseseisev osake Makromolekul kovalentsete sidemete abil lihtsatest molekulidest konstrueeritud biomolekul. Organell re...
e. Kus tekivad trioosfosfaadid Dihüdroksüatsetoonfosfaat (DHAP) ja glütseeraldehüüd 3fosfaat (G3P) on tasakaalus trioosfosfaadi isomeraasi poolt 16. Kirjutage glükolüüsi raja summaarne reaktsioonivõrrand Summaarselt tekib 1 mooli glükoosi konverteerimisel 2 mooliks püruvaadiks 2 mooli ATPd ja 2 mooli NADH. Glc + 2ADP + 2NAD+ + 2Pi => 2Püruvaat + 2ATP + 2NADH + 2H+ 17. Selgitage lühidalt, miks on fermentatiivsed reaktsioonid vajalikud Fermentatsiooni biokeemia oluline ülesanne on NAD+ regenereerimine. Seda on vaja, sest NAD+ on rakus limiteeritud hulgal ja NAD+ ammendumisel glükolüüs seiskub. 18. Kirjutage võrrand fermentatiivsetele (kas alkohoolne fermentatsioon või laktaatne fermentatsioon) reaktsioonidele koos kofaktorite ja ensüümide näitamisega a. pärmirakkudes ja b. lihaskoe rakkudes 19. Märkige, millised toodud ühenditest aktiveerivad (+) ja millised inhibeerivad fosfofruktokinaasi (ATP, AMP, tsitraat,
1. Palmitiinhappe oksüdatsiooni Hº mõõdetuna kalorimeetris on -9958 kJ/mol. Milline võiks olla sama reaktsiooni Hº elusrakus: a) sama b) negatiivsem c) positiivsem Endotermiline protsess positiivne,toimub sideme lagunemine ja soojuse neeldumine.Eksotermiline protsess- negatiivne,toimub sideme loomine ja soojus eraldub, sest antakse energiat juurde. 2. . Vette asetatud jäätükk sulab. Miks ei ole võimalik olukord, kus jäätükk muutuks veelgi külmemaks ümbritsev vesi aga soojemaks? 3. Isevoolulisel protsessil liigub soojus alati soojemalt kehalt külmemale kehale.TD II seadus. Ehk siis soojus liigub veest jääle, kristallid lõhutakse ja jää sulab ära. 4. Vee jäätumisel tema korrapära kasvab (S < 0). Kuidas on võimalik vee jäätumine? 5. Vee jäätumisel tema korrapära kasvab, ehk (S < 0). Entroopia on korrapäratus ja jäätumisel korrapäratus(entroopia) väheneb. Enne vedelikus hüplesid molekulid ringi, kuid jäätudes ...
BIOKEEMIA III TEST XX Fotosüntees 6 CO2 + 6 H2O C6H12O6 + 6 O2 1. Kloroplastide ehitus. Kus fotosünteesi erinevad staadiumid toimuvad? Fotosüntees toimub nii prokarüootsete kui ka eukarüootsete organismide membraanides. Taimedes kulgeb fotosüntees kloroplastide (üks liik plastiide) tülakoidmembraanides. Kloroplastid sisaldavad DNA, RNA ja ribosoome, olles autosoomse DNA ja valgusünteesiga organellideks rakus. Plastiidides toimub fotosüntees, varuainete ümberkujundamine jt. taimele olulised protsessid. Plastiidid on pooldumisvõimelised organellid. Nende keskmine läbimõõt on 3-8 µm. Kõik soontaimede eritüübilised plastiidid tekivad algkudedes asuvatest, muutliku kujuga läbipaistvatest kehakestest - proplastiididest. Pimedas arenevad proplastiididest võrdlemisi vähediferentseerunud ehitusega, prolamellaarkehi ja protoklorofülli sisaldavad etioplastid. Valguse mõjul muutub etioplastid...
I. BIOKEEMIA AINE. RAKU EHITUS. VESI JA VESILAHUSED. (Õpik lk 3-32) 1. Bioelemendid. Bioloogilised makromolekulid. Bioelemendid: O, H, C, N, P, S. Moodustavad 99% kõikidest aatomitest inimkehas. Elemendid on molekulide tekitamiseks sobivad, sest moodustavad kovalentseid sidemeid elektronpaaride jagamisega. Biomolekulid: Valgud (ehk proteiinid, hargnemata biopolümeerid, koosnevad 20 aminohappest, moodustavad ensüümid (lipaas),retseptorid(insuliini retseptor); Nukleiinhapped (hargnemata biopolümeerid, monomeerideks nukleotiidid (dna, rna)); Süsivesikud (ehk karbohüdraadid, monomeerideks monosahhariidid, nendest tekivad polüsahhariidid mis on seotud glükosiidsidemetega; olulised energiaallikad, osalevad ka rakk-rakk äratundmisprotsessides); Lipiidid (ei moodusta polümeere!; võimelised moodustama suuri struktuure, kuid monomeerid on ühendatud nõrkade jõududega; oluline roll energiaallikana, signaalmolekulidena). Biopolümeer valgud, n...
BIOKEEMIA 1. Eluslooduse järjepidevus põhineb- nn mäluga molekulidel, mis sisaldavad juhiseid organismide ülesehitamiseks. (DNA-geneetilise info säilitamine, RNA-molekulaarne koopiamasin) 2. Biokeemia - teadus elusaine keemilisest koostisest, biomolekulide muundumisest ning nende muundumiste seostatusest ja regulatsioonist. 3. Biokeemia alajaotused: Staatiline, dünaamiline, funktsionaalne 4. Keemiline element- teatud kindel aatomite liik. Aatom- keemilise elemendi väikseim osake. Molekul- aine väikseim osake, millel on säilinud selle aine keemilised omadused. Molekulid koosnevad (alati) aatomitest. Biomolekul- elusorganismis esinev molekul (nii anorgaanilised kui orgaanilised ained). Aine jäävuse seadus- aatomituumad ei teki ega kao keemiliste reaktsioonide käigus, vaid vahetavad
Teine test 3.10 esmaspäev Teemad: fermentatsioonireaktsioonid pentoosfosfaadi rada uurea tsükkel transaminaasid lipiidede oksüdatsioon NADH, NADHP, FADH2, tiamiinpürofosfaat, püridoksaalfosfaat 15 min (pikem) Fermentatsioonireaktsioonid – toimub tsütoplasmas Fermentatiivsete anaeroobsete) reaktsioonide ainsaks eesmärgiks on muuta NADH NAD+-iks (et hiljem seda glükolüüsis kasutada). - Energiat ei teki - Märkimisväärne erinevus – fermentatiivse metabolismi (anaeroobne) korral - toodetakse 2 ATP, aeroobsel hingamisel - 36 ATP-d eesmärk – kulutada püruvaati, samas toota NAD+ miks – hapniku puudumisel on see ianuke võimalus toota NAD+ ja ATPd Alkoholi fermentatsioon – esineb pärmis ja erinevates bakterites Fermentatsiooni produkt – alkohol – on organismile toksiline Piimhappeline fermentatsioon – esineb inimeses, teistel imetajatel ja ka nt. piimhappebakteritel Piimahappelise fermentatsiooni pro...
Ei, suhkur on koondnimetus, mis hõlmab vaid teatud osa süsivesikutest. 45) Vee saamine ja eritumine peaksid olema tasakaalus 46) Biomolekulidest on looduses kõige suuremal hulgal esindatud ... 47) Millised biomolekulid tagavad organismis mitmekesisuse? Valgud. 48) Milline makroelemendi liig põhjustab turseid? Naatrium 49) Milleks on Fe organismile vajalik? Osaleb valgude ning ensüümide ehituses ja funktsioneerimises 50) Mis on biokeemia? Teadus eluslooduse keemilise koostisest, biomolekulide muundumistest ja nende muundumiste seosest elusorganismide struktuuride spetsiifiliste funktsioonidega. 51) Organismi sisekeskkonna happe leelistasakaalu regulatsioonil osalevad elektrolüüdid
MOLEKULAARMOOTORID 1) Motoorsete valkude (=molekulaarmootorite) mõiste, funktsioneerimise põhimõte, esindajad ja molekuli ehitus. Motoorsed valgud e. mootorvalgud - valgud, mis transformeerivad ATP-energia liikumisenergiaks. ATP hüdrolüüs kutsub esile ja kontrollib mootorvalgu konformatsiooni muutusi, mille tulemusena toimub ühe molekuli libisemine või sammumine teise suhtes. Suunatud liikumise tekkeks peavad mootorvalgud pöörduvalt assotiseeruma/dissotsieeruma valgu (polümeeri), pinna või rakuorganelliga. Molekulaarmootorid on lineaarsed või roteeruvad. Lineaarsed - libisevad/roomavad mööda polümeeri; roteeruvad - töötavad rootor-staator põhimõttel. Mootorvalgud on nt. müosiin, düneiin, kinesiin. Müosiin koosneb 2 raskest ja 4 kergest ahelast (vt. pilt slaidilt 24) 2.) Mikrotuubulite koostis (NB! tubuliin), ehitus, geomeetria, polaarsus . Millised rakustruktuurid on neist ehitatud ja kuidas töötavad. Düneiini ja kinesiini koo...
Biokeemia Laboratoorne töö "Protelüütilise ensüümi ehk proteaasi aktiivuse määramine" Nimi Grupp 1. Töö eesmärk: Määrata antud protelüütilise ensüümi aktiivsust ja teha vastavad arvutused. Ensüüm: Alkalaas 2. Teooria Proteoluutilised ensuumid ehk proteaasid (EC 3.4.4., peptiid - peptiidhudrolaasid) on arvukas ruhm ensuume, mis kataluusivad peptiidsidemete hudroluusi valkudes ja peptiidides. Reaktsiooniproduktideks on erineva molekulmassiga peptiidid ja vabad aminohapped. Proteoluutilise aktiivsuse uhikuks 1 mikro kat loetakse sellist ensuumi ...
Bioloogiliselt tähtsaimad biopolümeerid on nukleiinhapped ja valgud.Nukleiinhapped koosnevad nukleotiididest ja valgud aminohapetest.Nukleiinhapete bioloogiline funktsioon: DNA-päriliku informatsiooni säilitav aine elusorganismis.RNA-pärilikku informatsiooni realiseerimine.rRNA-seostub valkudega kompleksideks- ribosoomideks.ribosoomides viiakse läbi valgu süntees.mRNA-kannab geneetilist informatsiooni DNAlt ribosoomidele.tRNA- toimetab aminohappeid ribosoomidesse.VALKUDE struktuurid: Primaarstruktuur-aminohapete järjestus polüpeptiitides.Struktuuri aluseks on kovalentsed peptiidsidemed aminohappejääkide vahel. Sekundaarstruktuur- polüpeptiidiahela teatud lõikude konformatsioon.Fikseeritud vesiniksidemetega, mis tekivad peptiidsideme koostisesse kuulvate H ja O aatomite vahele. Sekundaarstruktuuri põhivürmideks on alfa-heeliks ja beeta- leht.Tertsiaalstruktuur- kogu valgumolekuli iseloomustav 3D struktuur.Struktuur tekib polüpeptiidiahel...
Keemiainstituut TTÜ Bioorgaanilise Keemia õppetool Töö nr 1.1; 1.2 Töö AINETE TUVASTAMINE KVALITATIIVSETE REAKTSIOONIDEGA: Juhendaj Malle pealkiri VALGUD JA SÜSIVESIKUD a Kreen Üliõpilane Õpperühm KATB41 Töö teostatud 13/02/2012 Arvestatud Kvalitatiivsed reaktsioonid võimaldavad kindlaks teha mingi keemilisi elemendi. Funktsionaalse rühma, ühendi või teatud omadustega ainete grupi olemasolu või puudumist uuritavas keskkonnas. Enamasti hinnatakse iseloomuliku värvusreaktsiooni teket, sademe moodustumist, gaasi eraldumist või muid üheseid silmaga nähtavaid muudatusi. Valkude ...
1.Ainete tuvastamine kvalitatiivsete reaktsioonidega 1.2 Süsivesikute reaktsioonid 1.1 Valkude reaktsioonid 1.2 Süsivesikute reaktsioonid Süsiveikud, mis koosnevad vaid süsinikust, vesinikust ja hapnikust, on arvukas bioloogiliste ühendite rühm. Struktuurile vastavalt on need süsivesikud jaotatud mono- , oligo- ja polüsahhariidideks. Monosahhariidid (monoosid e lihtsuhkrud) omavad organismis olulist energeetilist vormi ning on ka koensüümide ja nukleiinhapete koostises. Kõikide monosahhariidide üldvalem on Cx(H2O)y, kuid nad erinevad üksteisest stereomeetriliselt, mis tähendab, et funktionaalrühmad on erinevalt paigutaud. Sellepärast on omadused oluliselt erinevad. Aldehüüd- või ketorühma esinemise tõttu omavad kõik lihtsuhkrud redutseerimisvõimet. Oligosahhariidide molekulid koosnevad monooside 2-10 jäägist (nt sahharoos, laktoos, maltoos, maltotrioos jt). Polüsahhariidides ehk polüooside on aga ...
Kordamisküsimused 1. Nimeta elu tunnuseid. rakuline ehitus, biomolekulide esinemine (lipiidid, sahhariidid, valgud, nukleiinhapped, vitamiinid), aine ja energia vahetus, paljunemisvõime, arenemis ja kasvamisvõime, stabiilne sisekeskkond, reageerimine ärritusele, pärilikkus, kindel eluiga mis lõppeb surmaga, keerukas organiseerituse tase, kohastumine. 2. Eluslooduse organiseerituse tasandid ja näited. molekulaarne rakuline organismiline populatsiooniline liigiline ökosüsteemne biosfääriline 3. Teadusliku uurimismeetodi põhietapid. 4. Milliseid anorgaanilisi aineid leidub organismides? süsinik (C) hapnik (O) vesinik (H) lämmastik (N) kaalium (K) naatrium (Na) kaltsium (Ca) magneesium (Mg) raud (Fe) vesi (H2O) 5. Selgita erinevate keemiliste elementide ( Ca; Mg; Fe; I) ülesandeid organismis. Ca- luukoe komponent, aktiveerib verehüübimist, mõjutab lihasrakkude talitlust, vahendab hormoonsignaale, tagab luukoe säilimise ja arengu Mg- osa...
Laboratoorne töö 1.1 ja 1.2 Ainete tuvastamine kvalitatiivsete reaktsioonidega Töö teostaja Õpperühm Üliõpilaskood YASB21 Töö teostamise Juhendaja Protokolli esitamise kuupäev kuupäev Tiina Randla 06.02.13 19.02.13 1.1 Valkude reaktsioonid. 1.1.1 Buireedireaktsioon Biureedireaktsiooni annavad kõik ained, mis sisaldavad vähemalt kahte peptiidsidet. Leeliselises kekskonnas annab valk vask(II)ioonidega sinakasvioletse värvuse, peptiidid aga roosa värvusega biureet-kompleksi, mis moodustub vase ioonide seostumisel peptiidsidemete koostises oleva hapniku aatomitega. Värvuse intensiivsus sõltub valgu kontsentratsioonist ja vase ioonide hulgast lahuses. Töö käik · Katseklaasi valame 1ml munavalgu lahust. · Lisame 1ml 10%-list NaOH lahust j...
Tallinna Tehnikaülikool 3.4 Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Üliõpilane: Juhendaja: Tallinn 2010 Töö teoreetilised alused Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on rühm ensüüme, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi valkudes ja peptiidides. Reaktsiooniproduktideks on peptiidid ja vabad aminohapped. Valkude hüdrolüüsi nimetatakse proteolüüsiks. Proteolüütiliste ensüümide aktiivsus avaldatakse valgu hüdrolüüsil vabanevate produktide (aminohapete ja peptiidide) hulga kaudu, sest hüdrolüüsunud peptiidsidemete hulk ei ole otseselt mõõdetav. Aktiivsuse määramisel kasutatakse erinevaid substraate ja iga ensüümipreparaat lahustatakse talle so...
Laboratoorne töö III Üliõpilane: Meelika Lukner (155308) Kuupäev: 11.03.2016 Invertaasi aktiivsuse määramine Invertaas ehk β-D-fruktofrunaosiidi fruktohüdrolaas ehk β-fruktofuranosidaas on ensüüm, mis kuulub glükosidaaside hulka. Need katalüüsivad O- glükosiidsidemete hüdrolüüsi. β-D-fruktofuranosiidide hüdrolüüsi käigus, mida katalüüsib invertaas, vabanevad fruktoosimolekulid. Invertaasi produtseerivad pärmid, hallitusseened, taimed ja mesilased. Looduses enim levinud β-D-fruktofuranosiid on sahharoos, mis hüdrolüüsub peensoole limaskesta rakkude poolt toodetava invertaasi toimel. Invertaasi meetodi määramise meetod põhineb sahharoosi hüdrolüüsil uuritava invertaasi preparaadi toimel ja vabanenud glükoosi ja fruktoosi summaarsete kontsentratsiooni määramis...
Tallinna Tehnikaülikool Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Laboratoorne töö 2.1 Üliõpilane: Rühm: Juhendaja: Tallinn Teooria Geelkromatograafia põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine e fraktsioneerimine nende molekulmassi suuruse järgi. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise, võimalikult ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Kasutatakse pundunud geeligraanulitega täidetud kolonne, mille pooride mõõtmed on samas suurusjärgus lahuses sisalduvate makromolekulide dimensioonidega. Geelid, mida seda liiki kromatograafias kasutatakse, koosnevad kas dekstraanist (glükoosi plümeer, mida sünteesib bakter Leuconostoc mesenteroides), agaroosist (lineaarne punavetikate polüsahhariid, mis sisaldab D-galaktoosi ja 3,6-anhüdro-L- galaktoosi molekuli jääk...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL Keemia instituut Bioorgaanilise keemia õppetool Biokeemia praktikumi laboratoorne töö 3.2 Glükoosisisalduse määramine ensümaatilisel meetodil Üliõpilane: Liis Hendrikson Matrikli nr: 104191 Õpperühm: KATB 41 Juhendaja: Tiina Randla 3.3 GLÜKOOSISISALDUSE MÄÄRAMINE ENSÜMAATILISEL MEETODIL Töö teoreetilised alused: Glükoosisisalduse kvantitatiivseks määramiseks bioloogilistes objektides (vereseerum,
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL Keemiainstituut Bioorgaanilise keemia õppetool Biokeemia praktikumi laboratoorne töö 1.3 Lipiidide reaktsioonid 2.2 Karotenoidide identifitseerimine ja sisalduse määramine Üliõpilane: Liis Hendrikson Matrikli nr: 104191 Õpperühm: KATB 41 Juhedaja: Tiina Randla 1.3 LIPIIDIDE REAKTSIOONID Töö teoreetilised alused Lipiidid on heterogeenne ühendite rühm, mille molekulide keemilise ehituse iseloomulikuks tunnuseks on estersidemete esinemine
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL Keemia instituut Bioorgaanilise keemia õppetool Biokeemia praktikumi laboratoorne töö 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Üliõpilane: Liis Hendrikson Matrikli nr: 104191 Õpperühm: KATB 41 Juhendaja: Tiina Randla 2.1 AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEETODIL Töö teoreetilised alused: Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonikromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mille põhimõte on lahuses sisalduvate ainete lahutamine ehk fraktsioneerimine nende
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL Keemia instituut Bioorgaanilise keemia õppetool Biokeemia praktikumi laboratoorne töö 3.2 Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Üliõpilane: Liis Hendrikson Matrikli nr: 104191 Õpperühm: KATB 41 Juhendaja: Tiina Randla 3.2 PROTEOLÜÜTILISE ENSÜÜMI AKTIIVSUSE MÄÄRAMINE Töö teoreetilised alused: Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid (ka proteinaasid või peptidaasid) on ensüümis,
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL Keemia instituut Bioorgaanilise keemia õppetool Biokeemia praktikumi laboratoorne töö 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Üliõpilane: Liis Hendrikson Matrikli nr: 104191 Õpperühm: KATB 41 Juhendaja: Tiina Randla 3.1 INVERTAASI AKTIIVSUSE MÄÄRAMINE Töö teoreetilised alused: Invertaas ehk -fruktofuranosidaas on enüüsm, mis kuulub glükosiidsideme hüdrolaaside ehk glükosidaaside hulka, mis katalüüsivad O-glükosiidsideme hüdrolüüsi. Invertaas
Tallinna Tehnikaülikool Keemiainstituut Bioorgaanilise keemia õppetool Töö number 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Versioon 1 Töö teostaja: Karina Gailit YAGB 134365 Töö juhendaja: Malle Kreen Tallinn 2014 1 Invertaasi aktiivsuse määramine Teooria Invertaas(-D-fruktofuranosiidi fruktohüdrolaas, EC 3.2.1.26) on ensüüm,mis kuulub glükosiidsidemete hüdrolaaside hulka. Sellised ensüümid katalüüsivad O-glükosiidsidemete hüdrolüüsi vastavlt skeemile: Invertaas katalüüsib -D-fruktofuranosiidide hüdrolüüsireaktsiooni, vabastades neist fruktoosi molekule: Sahharoosi hüdrolüüsireaktsiooni produktideks on -D-fruktoos ja -D- glükoos. Invertaasi preparaatide määramisel k...
docstxt/.txt
TÖÖ 2.1: AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEET ODIL Juhendajad: Kaia Kukk Priit Eek Teooria Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mille põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine ehk fraktsioneerimine nende molekulmasside, täpsemalt molekulide enda suuruste järgi. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise, võimalikult ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Geelkromatograafiat kasutatakse makromolekulide lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks, kusjuures proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Geelkromatograafia protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geeligraanulitega...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 1. Ainete tuvastamine kvalitatiivsete reaktsioonidega 1.3 Lipiidide reaktsioonid 2.5 Karotenoidide identifitseerimine ja sisalduse määramine Üliõpilane Matrikli nr Õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 1. AINETE TUVASTAMINE KVALITATIIVSETE REAKTSIOONIDEGA
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Üliõpilane Matrikli nr õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 Töö teoreetilised alused: Invertaas ehk sahharaas on ensüüm, mis katalüüsib ,D-fruktofuranosiidide hüdrolüüsireaktsiooni. Skeem: ,D-fruktofuranosiid + H2O alkohol + fruktoos Kõige levinum invertaasi substraat on sahharoos (koosneb ,D-glükoosist ja
3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Teooria Invertaas ehk -D-fruktofuranosidaas on ensüüm, mis katalüüsib -D-fruktofuranosiidide hüdrolüüsireaktsiooni, vabastades neist fruktoosi molekule. invertaas -D-fruktofuranosiid + H2O ,D-fruktoos + mono- või oligosahhariid Looduses levinuim -D-fruktofuranosiid on sahharoos, tema hüdrolüüsiproduktideks on -D-fruktoos ja -D-glükoos. Sahharoos hüdrolüüsub invertaasi toimel vastavalt reaktsioonivõrrandile: Tekkinud reaktsiooniproduktide (glükoosi ja fruktoosi) kindlakstegemiseks kasutatakse nn kompleksomeetrilist meetodit, kus põhireaktiiviks on tugevalt leeliselise reaktsiooniga lahus, mis sisaldab vask(II)triloon B kompleksi. Kompleks moodustub CuSO4 ja triloon B ekvimoraalsete hulkade ühendamisel. Kuna invertaasi toimeks on optimaalne happeline keskkond, siis toimub reaktsiooniproduktide määramiseks vajalik leeliseline komplekslahu...
1. Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine kontsentratsioon rakust väljas). G = RTln 2. Aine A liigub rakku passiivse difusiooni teel. Milline on difusiooniga seotud vabaenergia muutus olukorras, kus aine A kontsentratsioon rakus ja rakuvälises keskkonnas on võrdne. a) ei saa öelda b) 0 c) negatiivne d) positiivne 3. Millise ühendi passiivne difusioon läbi rakumembraani on kõige aeglasem ja millise kõige kiirem? (erinevad ühendid) a) glükoos b) H2O c) Na+ Na aeglane H2O kiire Kiiresti hüdrofoobsed ained O2; H2O; EtOH jne Kõige aeglasemad ioonid 4. Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine kontsentratsioon rakust väljas) ning arvestab ka membraanpotentsiaali. G = RTln + ZFoutin Z laengute arg F = 9650...
2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Teooria Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine nende molekulmassi suuruse järgi. Erineva molekulaarmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise poorse geeli erineva kiirusega. Meetodit kasutatakse makromolekulide lahutamisel ja proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geelikraanulitega, mille pooride suurus on võrreldavad lahuses sisalduvate makromolekulide suurusega. Kolonnis kasutatavad geelid koosnevad, kas dekstraanist (glükoosi polümeer), agaroosist (punavetikate polüsahariid) või polüakrüülamiidist. Geelkromatograafia kolonne iseloomustavad mahud: Täidise maht (Vt) Kolonni vaba maht, s.o graanulitevahelise vedeliku maht (Vv) Graanulitesisese vedeliku maht (Vs) Geelmaterjali (maatriksi) maht (Vg) Seega: Vt=Vv+Vs+Vg Erineva...
3.3 Glükoosisisalduse määramine ensümaatilisel meetodil Teooria Glükoosisisalduse kvantitatiivseks määrmiseks bioloogilistes vedelikes kasutatakse laialdaselt ensümaatilist meetodit, mis põhineb kahe ensüümi glükoosi oksüdaasi (GOx) ja peroksüdaasi (POx) kasutamisel. GOx on substraadispetsiifiline ,D-glükoosi suhtes, mis võimaldab meetodit kasutada ka teiste taandavate suhkrute juuresolekul. GOx katalüüsib glükoosi oksüdeerumist lahuses sisalduva hapniku toimel. GOx sisaldab flaviinadeniindinukleotiidi (FAD), mis toimib kui koensüüm. FAD kaasabil kantakse glükoosi molekulilt 2 vesiniku aatomit hapnikule, mille tulemusena oksüdeerub glükoos glükoonhappeks ja tekib viimasega ekvimolaarses koguses vesinikperoksiidi. OH OH H O OH H O H GOD H ...
Laboratoorne töö 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Töö teostaja Õpperühm Üliõpilaskood Töö teostamise Juhendaja Protokolli esitamise kuupäev kuupäev Tiina Randla 06.03.13 18.03.13 Teooria Invertaas on on ensüüm, mis kuulub glükosidaaside hulka ning katalüüsib β-D- fruktofuranosiidide hüdrolüüsiraktsiooni, vabastadesneist molekule: Invertaas on inimese jaoks oluline seedeensüüm ning seda ensüümi produtseerivad pärmis, paljud taimed, hallitusseened ja ka mesilased.Sahharoos on looduses levinuim β-D-fruktofuranosiid, mis hüdrolüüsil annab β-D-fruktoosi ja α-D-glükoosi. Sahharoos hüdrolüüsub peensoole limaskesta rakkude poolt toodetava invertaasi toimel vastavalt: Invertaasi aktiivs...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Üliõpilane Matrikli nr õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 Töö teoreetilised alused: Geelfiltratsioonikromatograafia ehk geelkromatograafia, mida tuntakse kui kui molekulaarsõelte meetodina, tugines lahuses sisalduvate erinevate molekulmassidega ainete
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL KEEMIAINSTITUUT Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0060 Biokeemia praktikum Laboratoorne töö 3.3 Glükoosisisalduse määramine ensümaatilisel meetodil Üliõpilane Matrikli nr õpperühm Juhendaja: Tallinn 2011 Töö teoreetilised alused: Bioloogilistes vedelikes kasutatakse glükoosisisalduse määramiseks enamasti ensümaatilist meetodit
3.2 Proteolüütilise ensüümi aktiivsuse määramine Teooria Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi valkudes ja peptiidides, mille tulemusel tekivad madalama molekulmassiga peptiidid ja vabad aminohapped. Erinevad proteolüütilised ensüümid omavad erinevat toimespetsiifikat. Mõned lõhustavad eelistatult vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised aga toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo-ja eksopeptidaase. Optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi, milles ensüüm toimib, eristatakse hapusid (pH 2,5), neutraalseid (pH 7,2) ja leelisproteaase (pH 9,0) Proteolüütilise aktiivuse ühikuks 1 kat loetakse sellist ensüümi hulka, mis põhjustab 1 mooli peptiidsidemete hüdrolüüsi 1 s vältel 30 °C juures. Kuna hüdrol...
2.2 Karotenoidide identifitseerimine ja määramine Üliõpilane: Silvia Laiv 112429KATB41 Juhendaja: Kaia Kukk Töö teoreetilised alused Karotenoidid on fotosünteesi abipigmendid ja neid leidub taimerakkude kloroplastides ja kromoplastides ning ka mõningates fotosünteesivates organismides (vetikad, mõned seened ja bakterid). Karotenoidid absorbeerivad valgust klorofüllist erinevatel lainepikkustel, seega on nad täiendavateks kiirguse retseptoriteks. Karotenoide on üle 600 ja keemilise ehituse poolest klassifitseeritakse neid kui tetraterpenoide. Struktuurilt on karotenoidid polüeensed ahelad, milles ühes või mõlemas otsas on tavaliselt 6-liikmelised ionoontsüklid. Kõige pikema ahelaga karotenoid on lükopeen. Karotenoidid jagunevad karoteenideks ja ksantofüllideks. Karoteenid on hapnikku mittesisaldavad molekulid (nt karoteeni -, -, -, -, - jt isomeerid, lük...
Töö 3.1 INVERTAASI AKTIIVSUSE MÄÄRAMINE Marilin Karu 142627YAGB22 Juhendaja: Malle Kreen Töö teoreetilised alused Invertaas on ensüüm, mis kuulub glükosidaaside (katalüüsivad O-glükosiidsidemete hüdrolüüsi) hulka. Invertaas katalüüsib süsivesikute, mis sisaldavad fruktoosi molekule, hüdrolüüsireaktsioone, vabaneb fruktoosi molekul. Kõige sagedamini esineb sellistest süsivesikutest looduses sahharoosi, mille hüdrolüüsireaktsiooni produktideks on E-D-fruktoos ja α-D-glükoos. Seega kasutatakse enamasti invertaasi preparaatide aktiivsuse määramisel substraadina just sahharoosi. Sahharoos -> glükoos + fruktoos Invertaasi aktiivsuse määramise meetod põhineb sahharoosi kui mittetaandava disahhariidi hüdrolüüsil uuritava invertaasi preparaadi toimel ja vabanenud taandavate suhkrute glükoosi ja fruktoosi summaarse kontsentratsiooni ...
Biokeemia Süsivesikud (sahhariidid) Ühendid, mida saame vaadata süsiniku ja vee hüdraatidena (Cn(H2O) m. Kõik ei vasta sellele üldvalemile, sisuliselt valem olemust ei avalda. Nende jaotus: 1. Monosahhariidid monoosid- tervikmolekulidena, mille koostises on 3-7 C aatomit a) 3C - trioosid on fotosünteesi esmaproduktid b) 5C - pentoosid - riboos, desoksüriboos, nokleiinhapetes c) 6C - heksoodid - glükoos, fruktoos, galaktoos 2. Oligosahhariidid koosnevad 2- 10 monoosijäägist, neid seob glükosiidside Disahhariidid a) sahharoos : fruktoos + glükoos b) laktoos : glükoos + galaktoos c) maltoos : glükoos + glükoos d) trehaloos : glükoos + glükoos, c-l ja d-l on erinev glükosiidsideme paigutus ja positsioon 3. Polüsahhariidid 104- 107 monoosijääki, seotud glükosiidsidemega a) ehitusüksuseks glükoos - tärklis, tselluloos, kitiin, glükogeen b) ehitusüksuseks fruktoos - inuliin ...
Aminohapete biosüntees 1. Defineerige mis on lämmastiku fikseerimine ja millised organismid on võimelised seda protsessi läbi viima. Kirjeldage milline on lämmastiku tsükli üldskeem looduses ja millisel kujul on meie organism võimeline lämmastikku kasutama biosünteetilistes protsessides. Molekulaarne lämmastik N2 muundatakse redutseeritud või oksüdeeritud vormiks. Atmosfääris leiduv N 2 on keemiliselt väga inertne ning metabolismis kasutamiseks tuleb see redutseerida NH 3 kujule. Toimub UV kiirguse ja välgu kaasabil maa atmosfääris. Eluslooduses on lämmastikku fikseerima võimelised vähesed mikroorganismid, kes redutseerivad elementaarse lämmastiku ammooniumiks. Mõned sellistest bakteritest on vabalt elavad, paljud on aga taimede, eelkõige liblikõieliste taimede, sümbiondid. Valdav enamus organisme on võimeline omastama lämmastikku NH 4+ vormis. Summaarne reaktsioon N2 + 10H+ + 8e- + 16ATP Z 2NH4+ +...
BIOKEEMIA KORDAMISKÜSIMUSED JA VASTUSED 1. Ühe glükoosi molekuli täielik aeroobne lõhustumine tagab kuni 38 ATP molekuli sünteesi. Kirjeldage, millistest radades ja mil viisil sünteesitakse glükoosi täilikul lõhustumisel ATP-d. Glükolüüsi energia saagis: Ühe glükoosi molekuli kaheks püruvaadi molekuliks konverteerumise käigus sünteesitakse kaks ATP molekuli ning tekib kaks NADH molekuli. NADH molekulid transporditakse mitokondritesse, kus nad annavad oma elektronid hingamisahelasse, millega kaasneb ATP süntees oksüdatiivse fosforüleerimise teel. Kuna nii glükoos-6-fosfaadi sünteesimine glükoosist kui ka fruktoos-1,6-bisfosfaadi teke fruktoos-6-fosfaadist vajavad mõlemad reaktsioonid 1 ATP molekuli, siis glükoosi lagundamine algab hoopiski energia kulutamisega. Energiat annavad glükoloosis kahe 1,3- bisfosfoglütseraadi molekuli muutumine kaheks makroergilist sidet omavaks 3-fosfoglütseraadi molekuliks (2...
1. Nimetage, millised toodud valkude reaktsioonidest on üld-, millised erireaktsioonid ja põhjendage sellist jaotust. Üldreaktsioonid ( biureedireaktsioon ) on omased kõikidele valkudele, erireaktsioonid (Mulderi, Milloni, tiooli) on iseloomulikud ainult teatud aminohappeid sisaldavatele valkudele. 2. Kirjutage aminohappe molekuli üldistatud struktuurivalem. Kuidas aminohappeid klassifitseeritakse radikaali keemilise ehituse järgi? Polaarsed mitteionogeensed radikaalid, ionogeensed radikaalid (happelised ja aluselised), apolaarsed radikaalid. 3. Kuidas tekib peptiidside? Kirjutage reaktsioonivõrrand, kasutades vabalt valitud aminohappeid. 4. Kirjutage 2 polüpeptiidahela fragmenti ja näidake, kuidas tekib biureetkompleks valguga. 5. Milliste aminohapete esinemist valgus näitab positiivne a) tioolireaktsioon Tsüsteiin - Cys b) ksantoproteiinireaktsioon Aromaatset tuuma omavad Tyr, Phe, Trp c) Milloni reaktsioon Fenoolse r...
1.1 VALKUDE REAKTSIOONID 1. Nimetage, millised toodud valkude reaktsioonidest on üld-, millised erireaktsioonid ja põhjendage sellist jaotust. Kvalitatiivseid reaktsioone on kahte tüüpi: -universaalsed e üldreaktsioonid (biureedireaktsioon-on tingitud peptiidsidemete esinemisest), mis on omased kõikidele valkudele, -spetsiifilised e erireaktsioonid (tiooli-, ksantoproteiini-, Milloni reaktsioon jt), mis on iseloomulikud ainult teatud aminohappeid sisaldavatele valkudele. 2. Kirjutage aminohappe molekuli üldistatud struktuurivalem. Kuidas aminohappeid klassifitseeritakse radikaali keemilise ehituse järgi? Valkude koostises leidub 20 proteogeenseteks aminohapeteks. Mõningad valgud sisaldavad ka nn ebaharilikke aminohappeid, peamiselt üldlevinud aminohapete hüdroksü-, metüül-, fosforüül- jt derivaate. Polaarsete mitteionogeensete radikaalidega: Gly, Ser, Asn, Gln, Thr, Cys, Tyr Ionogeensete r...
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
