Ülikooli avamisel peetud kõnes rõhutati, et seal võivad õppida kõik vabad inimesed, seega ei olnud välistatud eestlased, kui tegemist vaba inimesega. Samas ei ole siiski teada, kas neid seal õppis. Avamisel kandis ülikool nime Academia Gustaviana. Tartu püstitati hiljem ka 1920.a Gustav II Adolfi kuju. Õppetöö sama nagu teistes ülikoolides, oli 4 teaduskonda filosoofia, usu, õigus, arsti. On ka teada, et rootsiaegsesse Tartu ülikooli oli sisse kantud 1706 üliõpilast (need, kes alustasid, ei pruukinud lõpuni jõuda). Tartus oli ülikool 1632-1656, siis viidi ülikooli tegevus üle Tallinasse, sest siis oli Rootsi-Poola sõda, sõjaohu tõttu viidi sinna, aga kool hääbus ja mõnda aega polnudki Eestis ülikooli. Alles 1690.a avati uuesti kuni 1699, siis toodi üle Pärnusse kuni 1710.a. Kuna Pärnu samal ajal alistus vene vägedele, siis ülikool oli evakueeritud Rootsi
Õpiajaks määratud kahe aasta jooksul saab selgeks lugemine, arvatavasti õpitakse ka raamatuköitmist, saksa keelt ja arvutamist. Enamik koolipoistest on pärit Tartu ümbrusest. Academia Gustava Carolina - 1690 Tartus avatakse taas ülikool "Academia Gustavo- Carolina" nime all. Õppejõudude enamus, aga ka suurem osa üliõpilaskonnast on nüüd rootslased. Reduktsioonist nördinud baltisakslased eelistavad välismaa ülikoole. Ühtekokku on mõlemasse rootsiaegsesse ülikooli immatrikuleeritud üle 1600 üliõpilase. 16951697 aastate suure näljahäda tõttu viidi ülikool Tartust Pärnusse. 28. augustil 1699 aastal avatud Pärnu Academia Gustavo-Carolina pääses Põhjasõja käigus 1708 aastal toimunud Tartu elanikkonna küüditamisest. Pärnusse kolinud ülikool sai seal tööd jätkata 1710 aastani, mil ta suleti seoses linna kapituleerumisega Põhjasõjas Vene vägedele 12. augustil 1710.