1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver Molekulmassi marker (DNA, 1 kb või 100 bp "ladder"; 100-200 ng raja kohta) H2O 10 x PCR puhver (Fermentas) 25 mM MgCl2 Taq DNA polümeraas, 5 u/l (Fermentas) 2 mM dNTP (Fermentas) T3 ja T7 RNA polümeraasi promootori praimerid AATTAACCCTCACTAAAGGG ja TAATACGACTCACTATAGGG, 100 ng/l Töö käik: A: Restriktsioon ei tee (1) Saadud rekombinantse DNA restriktsiooniks Cfr42I-ga: võta ~500 ng miniprep DNA-d (5 l), lisa 4 l H2O-d ja 1 l 10 x puhvrit (kokku 10 l). Jaga lahus kahte tuubi (5 l mõlemasse), ühte lisa restriktaasi (0,5-1 l) ja teise mitte. Kontroll (miinus ensüüm) on vajalik selleks, et veenduda kas restriktaas töötas. Inkubeeri 30-60 min 37 oC juures nii restriktsioon, kui ka kontroll. (2) Analüüsi saadud restriktsioon 0,8% 1 x TBE- agaroos-geelil (valmistamist vt eelmine praktikum).
Vakuool hoiab raku pallikesena pinges. Rakumahlas liiguvad kõik raku toitained. 39. Restriktaasid - ensüümid, mida toodavad bakterid enesekaitseks. Nad lõikavad DNA-d spetsiifilise nukleotiidse järjestuse järgi nii, et tekivad üheahelalised ehk kleepuvad otsad, mida on mugav komplementaarsuse põhjal liita. Bakteris tunnevad restriktaasid neile spetsiifilise koha 48 nukleotiidi järgi ära ja lõikavad võõra DNA sealt katki sellist mehhanismi nimetatakse restriktsiooniks. 40. DNA kloneerimise etapid. Kloonimise puhul võib eristada kaht meetodit: 1. Rakuvaba DNA kloonimine ehk in vitro DNA kloonimine ehk PCR. Polümeraasi ahelreaktsioon ehk PCR on meetod DNA või RNA järjestuse kordistamiseks. PCR- meetod võimaldab väga väikesest DNA lõigust luua miljoneid koopiaid. PCR metoodika töötas 1983. aastal välja Kary Mullis, kes 1993. aastal sai koos Michael Smithiga selle eest Nobeli keemiaauhinna. 2
RFLP (restriction fragment polymorphism) Kombineeritud meetod: PCR, restriktsioon ja hübridisatsioon. Joonis 3. RFLP Southern blot M. tuberculosis’e DNA-st kasutades IS6110 sondi. Tekitaja kromosomaalse DNA restriktsiooniks on kasutatud restriktsiooniensüümi PvuII. Kui restriktsioonimustrid erinevad, ei ole tekitajad epidemioloogiliselt seotud. Antud näite puhul on kasutatud kahte meetodit – restriktsiooni (REA) ja seejärel tekkinud
annaabi.ee 
