Kasutatakse geenide positsioonide identifitseerimiseks, kromosomaalsete hälvete diagnoosimisel, tervete kromosoomide värvimisel, interfaasi kromosoomide analüüsimisel jne. Kromosomaalne sihtmärk-DNA denatureeritakse ning hübridiseeritakse märgistatud prooviga/sondiga, mis on samuti eelnevalt denatureeritud ja märgistatud fluorofoori või hapteeniga. Fluorestseeruvat 3 reportermolekuli on näha fluorestsentsmikroskoobiga ning saadakse infot teatud geneetilise aberratsiooni olemasolust või puudumisest. Plussid – saab uurida kromosomaalseid aberratsioone mittejagunevates rakkudes. On kõrge tundlikkuse ja spetsiifilisusega. Ulatusliku detekteerimisvõimega – saab mitmeid erinevaid teadaolevaid aberratsioone uurida. Miinused – saab uurida ainult teadaolevaid geneetilisi aberratsioone, kuna on vaja
annaabi.ee 
